Protein–RNA interactions for Protein: Q95604

HLA-C, HLA class I histocompatibility antigen, Cw-17 alpha chain, humanhuman

Predictions only

Length 372 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HLA-CQ95604 LONRF1-208ENST00000533751 3043 ntTSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
HLA-CQ95604 RNF114-201ENST00000244061 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
HLA-CQ95604 MRC2-201ENST00000303375 5988 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
HLA-CQ95604 CAP2-206ENST00000489374 1430 ntTSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
HLA-CQ95604 DARS-AS1-209ENST00000594219 1420 ntTSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
HLA-CQ95604 GPBAR1-203ENST00000521462 1465 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
HLA-CQ95604 TIMM44-201ENST00000270538 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
HLA-CQ95604 PACRGL-202ENST00000360916 2073 ntTSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
HLA-CQ95604 SLCO4A1-201ENST00000217159 2776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
HLA-CQ95604 RGS9BP-201ENST00000334176 2894 ntAPPRIS P1 BASIC16.09■□□□□ 0.17
HLA-CQ95604 ATP2A3-201ENST00000309890 4826 ntTSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.17
HLA-CQ95604 DIAPH2-205ENST00000373061 4983 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.17
HLA-CQ95604 SUFU-202ENST00000369902 5001 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
HLA-CQ95604 RASSF1-205ENST00000395126 1657 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
HLA-CQ95604 MUTYH-211ENST00000456914 1692 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
HLA-CQ95604 NFIX-210ENST00000588228 1692 ntTSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.17
HLA-CQ95604 TFEB-201ENST00000230323 2354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
HLA-CQ95604 ATG10-203ENST00000458350 1795 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
HLA-CQ95604 PLCB2-201ENST00000260402 4616 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.17
HLA-CQ95604 AP005717.1-201ENST00000500705 1899 ntTSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.17
HLA-CQ95604 ANKS3-201ENST00000304283 2662 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
HLA-CQ95604 SLC5A10-202ENST00000395643 1982 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
HLA-CQ95604 CHRNA7-207ENST00000635884 1975 ntTSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
HLA-CQ95604 KCNQ2-213ENST00000626839 9213 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
HLA-CQ95604 NDRG2-204ENST00000360463 2047 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
HLA-CQ95604 B9D1-201ENST00000261499 908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
HLA-CQ95604 SYCN-201ENST00000318438 573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
HLA-CQ95604 GSG1L-201ENST00000380897 1173 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
HLA-CQ95604 B9D1-203ENST00000395615 805 ntTSL 3 BASIC16.08■□□□□ 0.16
HLA-CQ95604 TRO-205ENST00000399736 1115 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
HLA-CQ95604 AL157935.1-209ENST00000415141 1105 ntTSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
HLA-CQ95604 DMAC2-203ENST00000417807 1065 ntTSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
HLA-CQ95604 NAALADL1-207ENST00000526799 959 ntTSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
HLA-CQ95604 AC090857.1-201ENST00000527400 390 ntBASIC16.08■□□□□ 0.16
HLA-CQ95604 AP001160.1-201ENST00000535817 565 ntTSL 3 BASIC16.08■□□□□ 0.16
HLA-CQ95604 AC141586.1-203ENST00000567242 366 ntBASIC16.08■□□□□ 0.16
HLA-CQ95604 GMFG-209ENST00000600322 622 ntTSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
HLA-CQ95604 ANGPTL8-204ENST00000616433 1223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
HLA-CQ95604 DMRTA1-201ENST00000325870 5569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
HLA-CQ95604 CCT2-202ENST00000543146 2189 ntTSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
HLA-CQ95604 FP565260.3-204ENST00000623795 2238 ntTSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
HLA-CQ95604 MIB2-231ENST00000518681 3116 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
HLA-CQ95604 STMN4-202ENST00000350889 2288 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
HLA-CQ95604 SLC26A10-201ENST00000320442 2389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
HLA-CQ95604 SPIDR-227ENST00000541342 3311 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
HLA-CQ95604 C16orf58-202ENST00000430477 2471 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
HLA-CQ95604 TCERG1L-201ENST00000368642 2618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
HLA-CQ95604 LINC01118-203ENST00000479311 1588 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
HLA-CQ95604 ZFAND6-211ENST00000559157 1559 ntTSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
HLA-CQ95604 HCRTR1-202ENST00000373706 1642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
HLA-CQ95604 WASH3P-204ENST00000558784 1644 ntTSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
HLA-CQ95604 PSEN2-211ENST00000626989 1972 ntTSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
HLA-CQ95604 KIFC3-201ENST00000379655 3427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
HLA-CQ95604 SLC39A9-209ENST00000556605 2065 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
HLA-CQ95604 BANK1-207ENST00000508653 2115 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
HLA-CQ95604 CITED2-201ENST00000367651 2354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
HLA-CQ95604 DDX31-201ENST00000310532 2408 ntTSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
HLA-CQ95604 FBXL7-202ENST00000504595 4562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
HLA-CQ95604 INTS4P1-202ENST00000587624 2985 ntTSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
HLA-CQ95604 ZNF512B-201ENST00000369888 5919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
HLA-CQ95604 AHNAK-201ENST00000257247 1024 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
HLA-CQ95604 OR9I1-201ENST00000302610 945 ntAPPRIS P1 BASIC16.07■□□□□ 0.16
HLA-CQ95604 MUC1-203ENST00000342482 537 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
HLA-CQ95604 IGHV3-13-201ENST00000390602 430 ntAPPRIS P1 BASIC16.07■□□□□ 0.16
HLA-CQ95604 GEMIN7-202ENST00000391951 716 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
HLA-CQ95604 NREP-204ENST00000419114 704 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
HLA-CQ95604 ISCA2P1-201ENST00000425548 448 ntBASIC16.07■□□□□ 0.16
HLA-CQ95604 VEGFB-202ENST00000426086 979 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
HLA-CQ95604 FBXO24-204ENST00000465843 957 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
HLA-CQ95604 AL157792.1-201ENST00000488281 530 ntBASIC16.07■□□□□ 0.16
HLA-CQ95604 UPK1B-205ENST00000497685 981 ntTSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
HLA-CQ95604 AL391280.1-201ENST00000506969 1062 ntBASIC16.07■□□□□ 0.16
HLA-CQ95604 AC093879.1-201ENST00000508959 1176 ntTSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
HLA-CQ95604 FAM86B1-218ENST00000534520 808 ntTSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
HLA-CQ95604 AL845331.2-201ENST00000561882 1044 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
HLA-CQ95604 NFIC-204ENST00000586919 1221 ntTSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
HLA-CQ95604 LINC01517-203ENST00000616194 908 ntTSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
HLA-CQ95604 GPR39-203ENST00000622084 900 ntTSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
HLA-CQ95604 IGHA2-202ENST00000497872 1320 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
HLA-CQ95604 PDS5A-201ENST00000303538 7176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
HLA-CQ95604 FGF1-201ENST00000337706 1469 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
HLA-CQ95604 P2RX5-208ENST00000552050 1536 ntTSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
HLA-CQ95604 WRAP53-210ENST00000534050 1736 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
HLA-CQ95604 Z98749.3-201ENST00000400206 1770 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
HLA-CQ95604 ATP6AP2-215ENST00000636409 1962 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
HLA-CQ95604 TUBA8-202ENST00000330423 2018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
HLA-CQ95604 FAM9B-202ENST00000362066 2047 ntTSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
HLA-CQ95604 RNF165-204ENST00000587853 2011 ntTSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
HLA-CQ95604 CNGA3-205ENST00000436404 2504 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
HLA-CQ95604 RAB4A-205ENST00000618010 2799 ntTSL 3 BASIC16.07■□□□□ 0.16
HLA-CQ95604 GRIN3B-201ENST00000234389 3281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
HLA-CQ95604 IGF2-204ENST00000381406 5179 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
HLA-CQ95604 KRT15-201ENST00000254043 5237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
HLA-CQ95604 MAP4K4-202ENST00000324219 7526 ntTSL 5 BASIC16.06■□□□□ 0.16
HLA-CQ95604 MAPT-201ENST00000262410 6762 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
HLA-CQ95604 ACE-204ENST00000428043 5120 ntTSL 2 BASIC16.06■□□□□ 0.16
HLA-CQ95604 PTPA-201ENST00000337738 2845 ntTSL 2 BASIC16.06■□□□□ 0.16
HLA-CQ95604 C16orf71-201ENST00000299320 2722 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
HLA-CQ95604 FAM109A-204ENST00000548163 2317 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.06■□□□□ 0.16
HLA-CQ95604 ABCC3-202ENST00000427699 1881 ntTSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 41.4 ms