Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 B3GLCT-201ENST00000343307 4254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 CBARP-204ENST00000590083 4261 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 FAF1-202ENST00000396153 6817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 CNST-203ENST00000366513 5126 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 LCOR-202ENST00000356016 4834 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 MMP2-201ENST00000219070 3741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 LINC00599-203ENST00000519461 2922 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 WT1-209ENST00000530998 2421 ntTSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 SLC17A7-204ENST00000600601 2237 ntTSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 DYNC1I1-212ENST00000630942 2249 ntTSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 NFATC1-208ENST00000586434 2103 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 PTHLH-209ENST00000545234 1544 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 DLG4-202ENST00000399506 3185 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 AAAS-217ENST00000550286 1652 ntTSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 GLUL-201ENST00000311223 4719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 CDK11B-201ENST00000340677 2534 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 BPTF-202ENST00000321892 11292 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 ZDHHC13-202ENST00000446113 2445 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 PHLDA1-203ENST00000619060 5913 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 ARSI-201ENST00000328668 3161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 CPEB2-205ENST00000442003 6797 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 KCNC2-208ENST00000549446 5625 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 EIF4E-201ENST00000280892 1097 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 AL021453.1-201ENST00000333487 2989 ntTSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 S100A16-202ENST00000368704 1146 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 HAUS4P1-201ENST00000406739 1145 ntBASIC15.42■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 SUMF2-205ENST00000413756 1171 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 HIST1H2BPS3-201ENST00000419683 341 ntBASIC15.42■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 THPO-202ENST00000421442 1132 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 AL034550.1-201ENST00000442179 986 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 RN7SL399P-201ENST00000471648 279 ntBASIC15.42■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 AC036164.1-201ENST00000570544 333 ntBASIC15.42■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 PIGL-212ENST00000581006 554 ntTSL 4 BASIC15.42■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 PRKCSH-217ENST00000592741 2100 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 KLK3-204ENST00000593997 1035 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 AC008735.3-201ENST00000596646 500 ntBASIC15.42■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 AC010326.2-201ENST00000602124 1020 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.42■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 FAM171B-202ENST00000612606 940 ntTSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 AC073263.1-201ENST00000616370 494 ntTSL 3 BASIC15.42■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 CEP170B-202ENST00000414716 6705 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 INO80-201ENST00000361937 6439 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 UCKL1-201ENST00000354216 1837 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 CDK11B-207ENST00000626918 2457 ntTSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 CDK11B-208ENST00000629289 2490 ntTSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 CDK11B-209ENST00000629312 2496 ntTSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 IL1RN-202ENST00000354115 1747 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 DCST1-201ENST00000295542 2279 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 OTUB1-202ENST00000422031 2297 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 GCK-209ENST00000616242 2260 ntTSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 ATP2A3-205ENST00000397041 4675 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 PDE4C-207ENST00000594617 4655 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 SEPT9-237ENST00000591198 2160 ntTSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 NF2-205ENST00000361452 5884 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 NAIF1-201ENST00000373078 3399 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 CYB561D2-202ENST00000418577 1533 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 BMP2K-201ENST00000335016 3804 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 ESR2-209ENST00000555278 1883 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 NEIL2-204ENST00000455213 2323 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 DOK4-201ENST00000340099 2772 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 CD276-213ENST00000561213 2690 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.41■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 TUBBP5-201ENST00000290377 1563 ntTSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 SNX31-201ENST00000311812 2457 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.41■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 ANKMY1-202ENST00000361678 2499 ntTSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 STXBP1-216ENST00000636962 2918 ntTSL 5 BASIC15.41■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 ZBTB45-201ENST00000354590 2352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 RCC2-202ENST00000375436 4087 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 AP000787.1-201ENST00000501356 1926 ntTSL 2 BASIC15.41■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 ALDOA-226ENST00000569798 1499 ntTSL 2 BASIC15.41■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 UBR5-201ENST00000220959 9418 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 SP100-205ENST00000409824 1802 ntTSL 5 BASIC15.41■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 DCP1B-201ENST00000280665 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 IL32-202ENST00000325568 1105 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 KCNK7-201ENST00000340313 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 TNNI1-203ENST00000367312 1100 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.41■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 IL32-203ENST00000382213 880 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC15.41■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 TAGLN-202ENST00000392951 928 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 RHCE-206ENST00000413854 1198 ntTSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 ECSIT-203ENST00000417981 970 ntTSL 2 BASIC15.41■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 MACROD2-AS1-201ENST00000439451 1230 ntTSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 H2AFV-207ENST00000446531 1041 ntTSL 2 BASIC15.41■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 AC147067.1-201ENST00000466692 579 ntTSL 2 BASIC15.41■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 AC026774.1-201ENST00000503652 691 ntTSL 3 BASIC15.41■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 PDCD6-202ENST00000505221 672 ntTSL 3 BASIC15.41■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 C11orf98-202ENST00000525675 405 ntTSL 2 BASIC15.41■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 EMC4-203ENST00000557879 1009 ntTSL 3 BASIC15.41■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 ORC6-206ENST00000568364 888 ntTSL 5 BASIC15.41■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 AC087741.1-202ENST00000573346 801 ntTSL 3 BASIC15.41■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 GADD45B-204ENST00000587345 765 ntTSL 2 BASIC15.41■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 AC015936.2-201ENST00000593177 259 ntBASIC15.41■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 KXD1-204ENST00000595073 1095 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.41■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 AC010319.3-201ENST00000597028 470 ntBASIC15.41■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 MIR6799-201ENST00000620297 69 ntBASIC15.41■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 C20orf166-AS1-201ENST00000412495 2302 ntTSL 2 BASIC15.41■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 GLI2-210ENST00000452319 6799 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.41■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 SMC4-204ENST00000462787 5033 ntTSL 2 BASIC15.41■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 CHRNE-201ENST00000293780 2455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 CXorf38-201ENST00000327877 2118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 ERICH5-201ENST00000318528 1761 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 PCIF1-201ENST00000372409 2747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 MYB-205ENST00000367814 3302 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 51.2 ms