Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 RHD-206ENST00000423810 1637 ntTSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
TCOF1Q13428 USP2-202ENST00000455332 2903 ntTSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
TCOF1Q13428 POM121L8P-201ENST00000417732 1281 ntBASIC23.33■■□□□ 1.33
TCOF1Q13428 POM121L9P-203ENST00000441984 1285 ntBASIC23.33■■□□□ 1.33
TCOF1Q13428 AC114812.1-204ENST00000449669 728 ntBASIC23.33■■□□□ 1.33
TCOF1Q13428 AC090502.1-201ENST00000549905 748 ntTSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
TCOF1Q13428 AC090502.1-204ENST00000551210 469 ntTSL 2 BASIC23.33■■□□□ 1.33
TCOF1Q13428 AL021546.1-201ENST00000551806 552 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.33■■□□□ 1.33
TCOF1Q13428 ABBA01031663.1-201ENST00000635630 790 ntBASIC23.33■■□□□ 1.33
TCOF1Q13428 PGAP2-205ENST00000396993 1566 ntTSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
TCOF1Q13428 CTSD-211ENST00000637387 1597 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.33■■□□□ 1.33
TCOF1Q13428 RTN1-201ENST00000267484 3435 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
TCOF1Q13428 HNF1A-216ENST00000617366 2473 ntTSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
TCOF1Q13428 PHB-201ENST00000300408 1832 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
TCOF1Q13428 AP4M1-201ENST00000359593 1817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
TCOF1Q13428 AP4M1-206ENST00000429084 1836 ntTSL 5 BASIC23.33■■□□□ 1.33
TCOF1Q13428 SUPT20H-201ENST00000350612 2739 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
TCOF1Q13428 SARS2-201ENST00000221431 2057 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.32
TCOF1Q13428 FAM32A-201ENST00000263384 1455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.32
TCOF1Q13428 SNAP47-203ENST00000366760 1446 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.33■■□□□ 1.32
TCOF1Q13428 RUSC1-203ENST00000368349 1968 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.32
TCOF1Q13428 LARP4-219ENST00000614335 1949 ntTSL 5 BASIC23.32■■□□□ 1.32
TCOF1Q13428 GLMP-214ENST00000614643 1851 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.32■■□□□ 1.32
TCOF1Q13428 THOC5-203ENST00000397872 2676 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.32■■□□□ 1.32
TCOF1Q13428 METTL25-201ENST00000248306 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
TCOF1Q13428 ADCYAP1-203ENST00000579794 3346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
TCOF1Q13428 HEBP1-201ENST00000014930 1173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
TCOF1Q13428 DUSP13-202ENST00000372700 781 ntTSL 3 BASIC23.32■■□□□ 1.32
TCOF1Q13428 CNN2P10-201ENST00000443067 918 ntBASIC23.32■■□□□ 1.32
TCOF1Q13428 CHCHD7-211ENST00000521831 573 ntTSL 2 BASIC23.32■■□□□ 1.32
TCOF1Q13428 MIR4722-201ENST00000578292 60 ntBASIC23.32■■□□□ 1.32
TCOF1Q13428 FBXL12-211ENST00000591009 1005 ntTSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
TCOF1Q13428 PSENEN-203ENST00000591949 833 ntTSL 2 BASIC23.32■■□□□ 1.32
TCOF1Q13428 THAP4-206ENST00000612200 969 ntTSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
TCOF1Q13428 Metazoa_SRP.166-201ENST00000612530 253 ntBASIC23.32■■□□□ 1.32
TCOF1Q13428 HTT-AS1_1.1-201ENST00000612914 230 ntBASIC23.32■■□□□ 1.32
TCOF1Q13428 ETV2-208ENST00000621247 941 ntTSL 5 BASIC23.32■■□□□ 1.32
TCOF1Q13428 LETM2-205ENST00000519476 2240 ntTSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
TCOF1Q13428 STMN1-203ENST00000399728 1712 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.32■■□□□ 1.32
TCOF1Q13428 SLC35F5-201ENST00000245680 4412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
TCOF1Q13428 NTMT1-204ENST00000372486 1487 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.32■■□□□ 1.32
TCOF1Q13428 SALL4-203ENST00000395997 1918 ntTSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
TCOF1Q13428 LY9-204ENST00000368039 1364 ntTSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
TCOF1Q13428 PIGP-207ENST00000464265 3437 ntTSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
TCOF1Q13428 C2CD3-213ENST00000539061 2722 ntTSL 2 BASIC23.32■■□□□ 1.32
TCOF1Q13428 ISLR2-203ENST00000435464 4259 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.32■■□□□ 1.32
TCOF1Q13428 MAGI2-217ENST00000629359 6704 ntTSL 5 BASIC23.32■■□□□ 1.32
TCOF1Q13428 ADAM15-228ENST00000531455 2678 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.32■■□□□ 1.32
TCOF1Q13428 TC2N-206ENST00000556018 1770 ntTSL 2 BASIC23.32■■□□□ 1.32
TCOF1Q13428 AL365199.1-201ENST00000421320 1714 ntTSL 2 BASIC23.31■■□□□ 1.32
TCOF1Q13428 COX10-AS1-202ENST00000449363 1944 ntTSL 2 BASIC23.31■■□□□ 1.32
TCOF1Q13428 COX6A2-201ENST00000287490 440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
TCOF1Q13428 ZNRD1-201ENST00000332435 864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
TCOF1Q13428 DUX4L47-201ENST00000566374 394 ntBASIC23.31■■□□□ 1.32
TCOF1Q13428 AC011510.1-201ENST00000598541 286 ntTSL 3 BASIC23.31■■□□□ 1.32
TCOF1Q13428 AL118558.3-201ENST00000607414 1079 ntBASIC23.31■■□□□ 1.32
TCOF1Q13428 HPSE2-205ENST00000614306 447 ntTSL 5 BASIC23.31■■□□□ 1.32
TCOF1Q13428 HOXD3-201ENST00000249440 2303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
TCOF1Q13428 LSM6-201ENST00000296581 2259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
TCOF1Q13428 TRMT44-201ENST00000389737 2799 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.31■■□□□ 1.32
TCOF1Q13428 AP000704.1-201ENST00000637940 2182 ntTSL 5 BASIC23.31■■□□□ 1.32
TCOF1Q13428 SH2D6-202ENST00000389938 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
TCOF1Q13428 CTNNBL1-209ENST00000621317 1990 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.31■■□□□ 1.32
TCOF1Q13428 ACRBP-201ENST00000229243 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
TCOF1Q13428 LINC00668-206ENST00000581725 1902 ntTSL 2 BASIC23.31■■□□□ 1.32
TCOF1Q13428 HSD17B6-201ENST00000322165 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
TCOF1Q13428 SPIN2A-201ENST00000374906 1319 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
TCOF1Q13428 TIPRL-202ENST00000367833 3032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
TCOF1Q13428 EPHX2-201ENST00000380476 2064 ntTSL 2 BASIC23.31■■□□□ 1.32
TCOF1Q13428 BPIFB2-201ENST00000170150 1898 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
TCOF1Q13428 ITPK1-210ENST00000556603 3174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
TCOF1Q13428 DMAC2-202ENST00000301183 1134 ntTSL 2 BASIC23.3■■□□□ 1.32
TCOF1Q13428 CD8B2-202ENST00000417670 633 ntBASIC23.3■■□□□ 1.32
TCOF1Q13428 AC233976.1-201ENST00000425150 451 ntTSL 3 BASIC23.3■■□□□ 1.32
TCOF1Q13428 AC090502.1-202ENST00000515416 966 ntTSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
TCOF1Q13428 RNA5SP486-201ENST00000515961 83 ntBASIC23.3■■□□□ 1.32
TCOF1Q13428 AAMDC-206ENST00000526415 579 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.3■■□□□ 1.32
TCOF1Q13428 ACTG1P17-201ENST00000558391 1119 ntBASIC23.3■■□□□ 1.32
TCOF1Q13428 AC104758.2-201ENST00000562716 483 ntTSL 3 BASIC23.3■■□□□ 1.32
TCOF1Q13428 HNRNPA1P48-202ENST00000565308 961 ntBASIC23.3■■□□□ 1.32
TCOF1Q13428 CCDC144B-202ENST00000445752 2197 ntTSL 2 BASIC23.3■■□□□ 1.32
TCOF1Q13428 TRIM62-204ENST00000543586 1638 ntTSL 2 BASIC23.3■■□□□ 1.32
TCOF1Q13428 GPR161-204ENST00000367838 2676 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
TCOF1Q13428 PDE12-202ENST00000487257 3040 ntTSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
TCOF1Q13428 LTBP4-201ENST00000204005 5032 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
TCOF1Q13428 LRRC57-204ENST00000563454 2407 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.3■■□□□ 1.32
TCOF1Q13428 DIABLO-208ENST00000464942 2569 ntTSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
TCOF1Q13428 SLC2A9-201ENST00000264784 1850 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
TCOF1Q13428 TGFB1I1-202ENST00000394858 1803 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
TCOF1Q13428 AURKC-203ENST00000448930 1318 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.3■■□□□ 1.32
TCOF1Q13428 PGBD2-201ENST00000329291 2136 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
TCOF1Q13428 TGFB1I1-214ENST00000567607 1770 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
TCOF1Q13428 AC078785.1-201ENST00000496389 734 ntTSL 3 BASIC23.3■■□□□ 1.32
TCOF1Q13428 AC132938.4-201ENST00000623835 848 ntBASIC23.3■■□□□ 1.32
TCOF1Q13428 AL358215.2-201ENST00000639693 946 ntTSL 5 BASIC23.3■■□□□ 1.32
TCOF1Q13428 SCNN1A-221ENST00000543768 2361 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.3■■□□□ 1.32
TCOF1Q13428 KATNA1-201ENST00000335643 1564 ntTSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
TCOF1Q13428 CBX2-202ENST00000310942 4644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
TCOF1Q13428 IL12A-201ENST00000305579 1522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
TCOF1Q13428 FBXO8-202ENST00000503293 1546 ntTSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
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