Protein–RNA interactions for Protein: Q70EK8

USP53, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 53, humanhuman

Predictions only

Length 1,073 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP53Q70EK8 TMEM91-202ENST00000356385 944 ntTSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 AL133456.1-201ENST00000415655 577 ntTSL 4 BASIC15.33■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 CTSO-201ENST00000433477 2954 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 AC234783.1-201ENST00000441761 496 ntBASIC15.33■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 AC022210.1-201ENST00000449856 793 ntBASIC15.33■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 NME4-207ENST00000450036 985 ntTSL 3 BASIC15.33■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 LCN10-203ENST00000474369 564 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 C11orf98-202ENST00000525675 405 ntTSL 2 BASIC15.33■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 AC092552.1-201ENST00000547243 906 ntBASIC15.33■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 OIP5-AS1-209ENST00000561226 775 ntTSL 3 BASIC15.33■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 AC124287.1-201ENST00000582249 838 ntTSL 3 BASIC15.33■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 AC010327.1-201ENST00000587871 975 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.33■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 APOC4-201ENST00000591600 348 ntTSL 3 BASIC15.33■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 NDUFS7-218ENST00000618074 688 ntTSL 5 BASIC15.33■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 TAOK2-203ENST00000416441 4780 ntTSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 IGHA1-202ENST00000641837 1310 ntAPPRIS P5 BASIC15.33■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 C14orf93-202ENST00000341470 2221 ntTSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 DRC7-201ENST00000336825 2680 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.33■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 EPS8-201ENST00000281172 4061 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 ARSI-201ENST00000328668 3161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 SLC29A1-203ENST00000371724 2275 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.33■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 EDN3-205ENST00000395654 2318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 DDHD1-202ENST00000357758 5603 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 AHRR-201ENST00000316418 5661 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 SLC27A5-201ENST00000263093 2361 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 KIF13B-206ENST00000524189 8745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 GRIN2C-202ENST00000347612 2929 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 INTS4P1-202ENST00000587624 2985 ntTSL 5 BASIC15.33■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 MIB2-202ENST00000378708 3012 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.33■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 WDR70-202ENST00000504564 1526 ntTSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 PARVB-210ENST00000619710 1530 ntTSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 MANSC1-201ENST00000396349 2220 ntTSL 2 BASIC15.32■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 IL1RN-202ENST00000354115 1747 ntTSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 IL18BP-204ENST00000393703 1788 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC15.32■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 SLC4A3-201ENST00000273063 4246 ntTSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 KIF26A-201ENST00000315264 6714 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 SLC39A8-201ENST00000356736 3144 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 SAE1-202ENST00000392776 1851 ntTSL 3 BASIC15.32■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 AHR-201ENST00000242057 6276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 KDM6A-212ENST00000543216 5655 ntTSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 MIR648-201ENST00000385046 94 ntBASIC15.32■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 ATP5J-205ENST00000400094 589 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.32■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 IQCF3-202ENST00000440739 505 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.32■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 RHOA-206ENST00000454011 889 ntTSL 2 BASIC15.32■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 MPZL1-209ENST00000474859 630 ntTSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 AC133919.2-202ENST00000563515 416 ntTSL 3 BASIC15.32■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 AC129507.3-201ENST00000571512 913 ntTSL 2 BASIC15.32■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 DKC1-201ENST00000369550 2577 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 APBB1-202ENST00000311051 2619 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 SPATA20-202ENST00000356488 2634 ntTSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 DIABLO-203ENST00000353548 1345 ntTSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 RASIP1-201ENST00000222145 3308 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 CELF6-201ENST00000287202 3345 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 AL163636.2-201ENST00000553909 1498 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.32■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 KRT73-201ENST00000305748 2284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 ELK1-203ENST00000376983 2258 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 SMIM5-201ENST00000375215 1546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 TRIM50-202ENST00000453152 1599 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.32■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 CEP104-202ENST00000378230 6424 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.32■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 CCDC120-202ENST00000496529 2415 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.32■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 AAAS-217ENST00000550286 1652 ntTSL 5 BASIC15.32■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 HOXB3-205ENST00000470495 4208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 TK2-207ENST00000544898 3441 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 CARD14-202ENST00000570421 2607 ntTSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 HS3ST3B1-201ENST00000360954 5367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 BLK-205ENST00000529894 2017 ntTSL 5 BASIC15.31■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 AC005253.1-201ENST00000597411 2001 ntTSL 4 BASIC15.31■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 ACOXL-201ENST00000340561 2188 ntTSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 SPIN3-224ENST00000639583 2245 ntTSL 5 BASIC15.31■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 RDX-201ENST00000343115 4491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 IL11-201ENST00000264563 2281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 DYRK3-201ENST00000367106 2329 ntTSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 PTPRS-205ENST00000588012 5993 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 FBXO21-208ENST00000622495 6040 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 C15orf38-AP3S2-201ENST00000398333 2439 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.31■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 KIAA1147-202ENST00000536163 7296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 STPG3-201ENST00000388931 1207 ntTSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 IFNL3-201ENST00000413851 656 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 AC074338.1-201ENST00000416825 156 ntBASIC15.31■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 TMEM14DP-201ENST00000422205 345 ntBASIC15.31■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 RPL13P2-201ENST00000440687 659 ntBASIC15.31■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 GGTLC2-202ENST00000448514 678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 RHOXF1P1-201ENST00000454625 772 ntTSL 3 BASIC15.31■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 NUTM2A-AS1-212ENST00000458739 733 ntTSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 AC100810.1-201ENST00000518822 978 ntTSL 2 BASIC15.31■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 FUZ-207ENST00000526575 482 ntTSL 4 BASIC15.31■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 IL32-232ENST00000552356 623 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC15.31■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 AP3S2-204ENST00000558011 738 ntTSL 3 BASIC15.31■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 RWDD4-201ENST00000326397 2641 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.31■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 TSC2-207ENST00000439673 5287 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.31■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 CICP6-201ENST00000457191 2729 ntBASIC15.31■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 CHRDL1-204ENST00000444321 1658 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 AL035685.1-202ENST00000637341 1688 ntTSL 5 BASIC15.31■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 SLC44A3-206ENST00000527077 1943 ntTSL 2 BASIC15.31■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 FAM131B-206ENST00000443739 4382 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 FUT8-213ENST00000557164 2269 ntTSL 2 BASIC15.31■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 DGAT2-202ENST00000376262 2324 ntTSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 ZDHHC24-201ENST00000310442 4721 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 AC027796.3-201ENST00000572919 4753 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.31■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 REPS1-208ENST00000450536 4537 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 38.1 ms