Protein–RNA interactions for Protein: Q53GS9

USP39, U4/U6.U5 tri-snRNP-associated protein 2, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 565 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP39Q53GS9 FAM104B-202ENST00000358460 1179 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
USP39Q53GS9 S100A16-201ENST00000368703 946 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.09■□□□□ 0.17
USP39Q53GS9 LDLRAD1-201ENST00000371360 785 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
USP39Q53GS9 CDKN1A-202ENST00000373711 793 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
USP39Q53GS9 TEN1-201ENST00000397640 994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
USP39Q53GS9 SEMA4B-202ENST00000411539 3807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
USP39Q53GS9 THPO-202ENST00000421442 1132 ntTSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
USP39Q53GS9 GALT-202ENST00000450095 1280 ntTSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
USP39Q53GS9 AP000345.1-201ENST00000454863 569 ntTSL 4 BASIC16.09■□□□□ 0.17
USP39Q53GS9 C19orf24-202ENST00000469144 668 ntTSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
USP39Q53GS9 RN7SL399P-201ENST00000471648 279 ntBASIC16.09■□□□□ 0.17
USP39Q53GS9 PKD2-202ENST00000502363 1222 ntTSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
USP39Q53GS9 AC008750.2-202ENST00000532688 729 ntTSL 3 BASIC16.09■□□□□ 0.17
USP39Q53GS9 AC034102.5-201ENST00000548731 540 ntTSL 4 BASIC16.09■□□□□ 0.17
USP39Q53GS9 SUOX-214ENST00000551841 906 ntTSL 3 BASIC16.09■□□□□ 0.17
USP39Q53GS9 IGHV3OR16-13-201ENST00000562905 353 ntAPPRIS P1 BASIC16.09■□□□□ 0.17
USP39Q53GS9 AC087392.4-201ENST00000574560 486 ntTSL 3 BASIC16.09■□□□□ 0.17
USP39Q53GS9 AC124287.1-201ENST00000582249 838 ntTSL 3 BASIC16.09■□□□□ 0.17
USP39Q53GS9 KXD1-204ENST00000595073 1095 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
USP39Q53GS9 AC005523.1-201ENST00000598782 418 ntTSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
USP39Q53GS9 TRIM39-201ENST00000376656 3338 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
USP39Q53GS9 COTL1-201ENST00000262428 1843 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
USP39Q53GS9 PRPS2-203ENST00000398491 1348 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
USP39Q53GS9 ARL5B-201ENST00000377275 7196 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
USP39Q53GS9 ING4-202ENST00000396807 1393 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
USP39Q53GS9 NFATC4-201ENST00000250373 4749 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
USP39Q53GS9 AC068587.6-202ENST00000641839 5619 ntBASIC16.09■□□□□ 0.17
USP39Q53GS9 ZCCHC3-201ENST00000500893 3354 ntAPPRIS P1 BASIC16.09■□□□□ 0.17
USP39Q53GS9 TIGAR-201ENST00000179259 2782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
USP39Q53GS9 SARAF-201ENST00000256255 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
USP39Q53GS9 CYP4F24P-201ENST00000586049 1580 ntBASIC16.09■□□□□ 0.17
USP39Q53GS9 FRMD6-AS1-201ENST00000617151 2229 ntBASIC16.09■□□□□ 0.17
USP39Q53GS9 KIF26A-201ENST00000315264 6714 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
USP39Q53GS9 IQCC-202ENST00000537469 2252 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
USP39Q53GS9 ANKRD35-202ENST00000544626 3093 ntTSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.17
USP39Q53GS9 CEP72-201ENST00000264935 2434 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
USP39Q53GS9 ZSCAN10-201ENST00000252463 2463 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
USP39Q53GS9 UBXN11-205ENST00000374221 1792 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.17
USP39Q53GS9 GFAP-233ENST00000639277 1783 ntTSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.17
USP39Q53GS9 SLC6A8-204ENST00000430077 1892 ntTSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.17
USP39Q53GS9 BBS2-218ENST00000568104 2623 ntTSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.17
USP39Q53GS9 PCDHGA12-202ENST00000613314 2634 ntAPPRIS ALT2 BASIC16.08■□□□□ 0.17
USP39Q53GS9 U82695.1-201ENST00000635752 1889 ntBASIC16.08■□□□□ 0.17
USP39Q53GS9 ELFN2-208ENST00000430883 1970 ntTSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
USP39Q53GS9 AC009292.1-201ENST00000502156 1986 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
USP39Q53GS9 NR2C1-201ENST00000330677 2014 ntTSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
USP39Q53GS9 MYB-203ENST00000341911 3672 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
USP39Q53GS9 BUD31-201ENST00000222969 1035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
USP39Q53GS9 PHLDA2-201ENST00000314222 955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
USP39Q53GS9 LCK-202ENST00000336890 2117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
USP39Q53GS9 ABHD11-AS1-201ENST00000427153 662 ntTSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
USP39Q53GS9 LINC01939-201ENST00000445279 694 ntTSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
USP39Q53GS9 AL121845.2-201ENST00000467211 252 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.08■□□□□ 0.16
USP39Q53GS9 AC026774.1-201ENST00000503652 691 ntTSL 3 BASIC16.08■□□□□ 0.16
USP39Q53GS9 PACS1-203ENST00000524815 628 ntTSL 4 BASIC16.08■□□□□ 0.16
USP39Q53GS9 TROAP-207ENST00000548311 623 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
USP39Q53GS9 AC138028.3-201ENST00000561699 213 ntTSL 3 BASIC16.08■□□□□ 0.16
USP39Q53GS9 APRT-204ENST00000563655 709 ntTSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
USP39Q53GS9 AC036164.1-201ENST00000570544 333 ntBASIC16.08■□□□□ 0.16
USP39Q53GS9 PAM16-204ENST00000571941 674 ntTSL 3 BASIC16.08■□□□□ 0.16
USP39Q53GS9 MIR4321-201ENST00000592276 80 ntBASIC16.08■□□□□ 0.16
USP39Q53GS9 AC233724.13-201ENST00000598383 410 ntBASIC16.08■□□□□ 0.16
USP39Q53GS9 Metazoa_SRP.80-201ENST00000619894 320 ntBASIC16.08■□□□□ 0.16
USP39Q53GS9 AL391650.2-201ENST00000640097 941 ntTSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
USP39Q53GS9 OR2T27-203ENST00000641652 1285 ntAPPRIS P1 BASIC16.08■□□□□ 0.16
USP39Q53GS9 CC2D1B-202ENST00000371586 5642 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
USP39Q53GS9 QRICH1-201ENST00000357496 3083 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
USP39Q53GS9 AQP10-203ENST00000484864 2262 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
USP39Q53GS9 ENOSF1-209ENST00000580982 1397 ntTSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
USP39Q53GS9 FUS-201ENST00000254108 5119 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
USP39Q53GS9 SFXN1-201ENST00000321442 4231 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
USP39Q53GS9 PPP1R16B-202ENST00000373331 6106 ntTSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
USP39Q53GS9 RASIP1-201ENST00000222145 3308 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
USP39Q53GS9 INTS14-209ENST00000567744 2419 ntTSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
USP39Q53GS9 IL3RA-202ENST00000381469 1476 ntTSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
USP39Q53GS9 PRKAG1-217ENST00000552212 1497 ntTSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
USP39Q53GS9 CHAT-205ENST00000395562 2528 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
USP39Q53GS9 CD81-201ENST00000263645 1520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
USP39Q53GS9 DNM2-202ENST00000359692 3588 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
USP39Q53GS9 NFAM1-201ENST00000329021 5602 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
USP39Q53GS9 HCG18-233ENST00000412685 2552 ntTSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
USP39Q53GS9 AC046158.3-201ENST00000624947 2558 ntBASIC16.08■□□□□ 0.16
USP39Q53GS9 MTHFR-217ENST00000641820 1569 ntBASIC16.08■□□□□ 0.16
USP39Q53GS9 AP1AR-201ENST00000274000 2902 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
USP39Q53GS9 PLPPR5-202ENST00000370188 4139 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
USP39Q53GS9 EIF2B4-212ENST00000622434 1771 ntTSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
USP39Q53GS9 MUC1-228ENST00000620103 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
USP39Q53GS9 DDX42-208ENST00000578681 4337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
USP39Q53GS9 PRKX-201ENST00000262848 6031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
USP39Q53GS9 COPS7B-206ENST00000410017 2051 ntTSL 3 BASIC16.07■□□□□ 0.16
USP39Q53GS9 DZIP1L-204ENST00000469243 2107 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
USP39Q53GS9 NSFL1C-201ENST00000216879 3568 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
USP39Q53GS9 TPD52L2-209ENST00000611972 2197 ntTSL 3 BASIC16.07■□□□□ 0.16
USP39Q53GS9 TAF1B-201ENST00000263663 2387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
USP39Q53GS9 ABLIM2-202ENST00000361581 2472 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
USP39Q53GS9 PTPN11-201ENST00000351677 6101 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
USP39Q53GS9 AC069281.2-201ENST00000485071 4401 ntTSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
USP39Q53GS9 ZNF84-208ENST00000539354 3237 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
USP39Q53GS9 RNF31-201ENST00000324103 3627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
USP39Q53GS9 PDE6D-201ENST00000287600 1175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.9 ms