Protein–RNA interactions for Protein: Q9UN37

VPS4A, Vacuolar protein sorting-associated protein 4A, humanhuman

Predictions only

Length 437 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS4AQ9UN37 TUBGCP2-203ENST00000368563 4218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
VPS4AQ9UN37 AKR1B15-202ENST00000457545 1621 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.5■□□□□ 0.07
VPS4AQ9UN37 NDUFB2-AS1-201ENST00000465466 1648 ntTSL 2 BASIC15.5■□□□□ 0.07
VPS4AQ9UN37 TLE3-215ENST00000559048 2918 ntTSL 2 BASIC15.5■□□□□ 0.07
VPS4AQ9UN37 MYOD1-201ENST00000250003 1801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
VPS4AQ9UN37 DUSP26-203ENST00000523956 1373 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.49■□□□□ 0.07
VPS4AQ9UN37 BFSP2-201ENST00000302334 1558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
VPS4AQ9UN37 NDUFV1-201ENST00000322776 1596 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
VPS4AQ9UN37 CCDC90B-202ENST00000455220 1550 ntTSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
VPS4AQ9UN37 GRAMD4-203ENST00000408031 2834 ntTSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
VPS4AQ9UN37 FAM222B-202ENST00000452648 2836 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
VPS4AQ9UN37 SUCLA2-201ENST00000378654 2192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
VPS4AQ9UN37 NR4A3-202ENST00000338488 2588 ntTSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
VPS4AQ9UN37 MYEF2-201ENST00000267836 2958 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
VPS4AQ9UN37 RRBP1-204ENST00000377813 5041 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
VPS4AQ9UN37 ZDHHC19-201ENST00000296326 1306 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.49■□□□□ 0.07
VPS4AQ9UN37 DUOXA1-202ENST00000430224 1317 ntTSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
VPS4AQ9UN37 PSMD5-203ENST00000373904 1538 ntTSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
VPS4AQ9UN37 HLA-B-249ENST00000412585 1547 ntAPPRIS P1 BASIC15.49■□□□□ 0.07
VPS4AQ9UN37 RASAL1-207ENST00000548055 2502 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
VPS4AQ9UN37 CHAF1A-201ENST00000301280 3339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
VPS4AQ9UN37 BECN1-213ENST00000590099 2087 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
VPS4AQ9UN37 FAM160B1-202ENST00000369248 5810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
VPS4AQ9UN37 PRMT1-217ENST00000532489 1686 ntTSL 5 BASIC15.49■□□□□ 0.07
VPS4AQ9UN37 SPSB2-203ENST00000519357 1496 ntTSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
VPS4AQ9UN37 SYNGR1-205ENST00000406293 564 ntTSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
VPS4AQ9UN37 HMGA1P7-201ENST00000406908 502 ntBASIC15.49■□□□□ 0.07
VPS4AQ9UN37 ELFN1-201ENST00000424383 3845 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.49■□□□□ 0.07
VPS4AQ9UN37 AC007274.1-201ENST00000439805 662 ntBASIC15.49■□□□□ 0.07
VPS4AQ9UN37 TTC31-205ENST00000442235 958 ntTSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
VPS4AQ9UN37 TSPAN32-207ENST00000451520 1236 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
VPS4AQ9UN37 KRT8P48-201ENST00000515599 1220 ntBASIC15.49■□□□□ 0.07
VPS4AQ9UN37 AC090607.3-202ENST00000558971 383 ntTSL 3 BASIC15.49■□□□□ 0.07
VPS4AQ9UN37 TRAPPC6A-202ENST00000585934 758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
VPS4AQ9UN37 TBX18-206ENST00000606784 1230 ntTSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
VPS4AQ9UN37 AP001059.3-201ENST00000619053 235 ntBASIC15.49■□□□□ 0.07
VPS4AQ9UN37 SSFA2-205ENST00000431877 5150 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
VPS4AQ9UN37 TCAF2P1-201ENST00000291129 2421 ntBASIC15.49■□□□□ 0.07
VPS4AQ9UN37 EPS8L2-231ENST00000614442 3188 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.49■□□□□ 0.07
VPS4AQ9UN37 EPB41L4A-AS1-201ENST00000413221 2969 ntTSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
VPS4AQ9UN37 POM121C-206ENST00000607367 3690 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.49■□□□□ 0.07
VPS4AQ9UN37 C8orf49-201ENST00000525043 1968 ntBASIC15.49■□□□□ 0.07
VPS4AQ9UN37 NIPAL4-201ENST00000311946 3274 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
VPS4AQ9UN37 UNC5C-202ENST00000504962 1789 ntTSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
VPS4AQ9UN37 DPYSL3-201ENST00000343218 5476 ntTSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
VPS4AQ9UN37 ZNF713-202ENST00000429591 4339 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.49■□□□□ 0.07
VPS4AQ9UN37 UBAC2-203ENST00000403766 1375 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
VPS4AQ9UN37 PSEN2-203ENST00000422240 1947 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
VPS4AQ9UN37 SBSN-201ENST00000452271 1945 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
VPS4AQ9UN37 SLC1A7-204ENST00000611397 2499 ntTSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
VPS4AQ9UN37 NIN-203ENST00000382041 6496 ntTSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
VPS4AQ9UN37 UGDH-202ENST00000501493 2826 ntTSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
VPS4AQ9UN37 SYNE3-203ENST00000554873 2826 ntTSL 5 BASIC15.49■□□□□ 0.07
VPS4AQ9UN37 ASAH1-201ENST00000262097 2618 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
VPS4AQ9UN37 MIR137HG-202ENST00000424528 2639 ntTSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
VPS4AQ9UN37 CDIP1-209ENST00000567695 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
VPS4AQ9UN37 PDE1C-202ENST00000396182 2420 ntTSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
VPS4AQ9UN37 ZNF276-201ENST00000289816 4589 ntTSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
VPS4AQ9UN37 CARMIL3-201ENST00000342740 4597 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
VPS4AQ9UN37 TPD52L2-203ENST00000348257 2237 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
VPS4AQ9UN37 ZNF367-201ENST00000375256 3646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
VPS4AQ9UN37 HLA-DQB2-231ENST00000435145 2026 ntBASIC15.48■□□□□ 0.07
VPS4AQ9UN37 SLC39A1-203ENST00000368621 2398 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
VPS4AQ9UN37 PLEKHN1-201ENST00000379407 2194 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
VPS4AQ9UN37 BIN3-201ENST00000276416 1835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
VPS4AQ9UN37 PDLIM1-201ENST00000329399 1452 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
VPS4AQ9UN37 TUBB6-211ENST00000591208 1492 ntTSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
VPS4AQ9UN37 PSMD9-201ENST00000261817 2307 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
VPS4AQ9UN37 ISG20L2-202ENST00000368219 2310 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
VPS4AQ9UN37 ATP6AP2-217ENST00000636580 2337 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
VPS4AQ9UN37 ZNF662-201ENST00000328199 3186 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
VPS4AQ9UN37 DIO3OS-208ENST00000556120 2473 ntTSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
VPS4AQ9UN37 LTC4S-201ENST00000292596 666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
VPS4AQ9UN37 MRGPRD-201ENST00000309106 966 ntAPPRIS P1 BASIC15.48■□□□□ 0.07
VPS4AQ9UN37 OR8S1-201ENST00000310194 1080 ntBASIC15.48■□□□□ 0.07
VPS4AQ9UN37 ZSCAN2-205ENST00000379358 906 ntTSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
VPS4AQ9UN37 VMO1-203ENST00000416307 712 ntTSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
VPS4AQ9UN37 HEBP2-202ENST00000448741 661 ntTSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
VPS4AQ9UN37 AL807752.3-201ENST00000456356 748 ntTSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
VPS4AQ9UN37 IQSEC2-204ENST00000485377 835 ntTSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
VPS4AQ9UN37 VASH2-211ENST00000517399 1068 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
VPS4AQ9UN37 SLC25A39P2-201ENST00000537614 270 ntBASIC15.48■□□□□ 0.07
VPS4AQ9UN37 COQ6-210ENST00000554920 649 ntTSL 3 BASIC15.48■□□□□ 0.07
VPS4AQ9UN37 AC004597.1-201ENST00000595525 561 ntTSL 4 BASIC15.48■□□□□ 0.07
VPS4AQ9UN37 SLC12A5-209ENST00000616201 2955 ntTSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
VPS4AQ9UN37 AL390754.1-201ENST00000619088 582 ntBASIC15.48■□□□□ 0.07
VPS4AQ9UN37 SNHG28-203ENST00000621242 708 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
VPS4AQ9UN37 B3GALNT1-203ENST00000392781 3606 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
VPS4AQ9UN37 BRF1-201ENST00000327359 2292 ntTSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
VPS4AQ9UN37 BSCL2-210ENST00000421906 1440 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
VPS4AQ9UN37 ZNF7-207ENST00000528372 2905 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
VPS4AQ9UN37 CERCAM-213ENST00000612334 1554 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
VPS4AQ9UN37 GHDC-207ENST00000587427 2396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
VPS4AQ9UN37 ICAM4-203ENST00000393717 1390 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
VPS4AQ9UN37 NOL4L-210ENST00000616976 1376 ntTSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
VPS4AQ9UN37 TMED7-TICAM2-202ENST00000333314 3453 ntTSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
VPS4AQ9UN37 DGKZ-205ENST00000456247 3482 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
VPS4AQ9UN37 KCNMA1-219ENST00000480683 2963 ntTSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
VPS4AQ9UN37 TAX1BP1-201ENST00000265393 2478 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
VPS4AQ9UN37 FAM53C-202ENST00000434981 1686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.8 ms