Protein–RNA interactions for Protein: P12109

COL6A1, Collagen alpha-1(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,028 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A1P12109 AC131235.3-202ENST00000608135 362 ntTSL 5 BASIC17.37■□□□□ 0.37
COL6A1P12109 LINC00595-217ENST00000635545 549 ntTSL 4 BASIC17.37■□□□□ 0.37
COL6A1P12109 NF2-208ENST00000403435 2568 ntTSL 5 BASIC17.37■□□□□ 0.37
COL6A1P12109 AP1M1-211ENST00000590756 1705 ntTSL 5 BASIC17.37■□□□□ 0.37
COL6A1P12109 ZNF302-202ENST00000446502 2635 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.37■□□□□ 0.37
COL6A1P12109 TXNRD2-214ENST00000491939 2238 ntTSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
COL6A1P12109 PRKCB-202ENST00000321728 2689 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
COL6A1P12109 PRKCD-201ENST00000330452 2680 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
COL6A1P12109 ACSM2A-213ENST00000575690 2322 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.37■□□□□ 0.37
COL6A1P12109 SFTPB-202ENST00000409383 1867 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
COL6A1P12109 ILF3-203ENST00000449870 6119 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
COL6A1P12109 XRCC1-202ENST00000543982 1994 ntTSL 2 BASIC17.37■□□□□ 0.37
COL6A1P12109 SYDE2-202ENST00000341460 5512 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.37■□□□□ 0.37
COL6A1P12109 FAM129C-202ENST00000335393 2508 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
COL6A1P12109 SPATA33-210ENST00000611218 1546 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.37■□□□□ 0.37
COL6A1P12109 TNFSF8-203ENST00000618336 1523 ntTSL 3 BASIC17.37■□□□□ 0.37
COL6A1P12109 C11orf24-201ENST00000304271 2063 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
COL6A1P12109 COQ7-201ENST00000321998 2657 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
COL6A1P12109 TP73-209ENST00000603362 1668 ntTSL 5 BASIC17.36■□□□□ 0.37
COL6A1P12109 WIPI2-201ENST00000288828 4476 ntTSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
COL6A1P12109 SELENOF-201ENST00000331835 1781 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
COL6A1P12109 HNRNPD-201ENST00000313899 3033 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
COL6A1P12109 MON1B-203ENST00000545553 1814 ntTSL 2 BASIC17.36■□□□□ 0.37
COL6A1P12109 CEP83-AS1-201ENST00000623122 2482 ntBASIC17.36■□□□□ 0.37
COL6A1P12109 OCEL1-201ENST00000215061 1133 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
COL6A1P12109 RAB41-201ENST00000276066 1071 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
COL6A1P12109 PAX4-201ENST00000338516 1085 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.36■□□□□ 0.37
COL6A1P12109 BEX2-202ENST00000372677 899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
COL6A1P12109 RAB41-202ENST00000374473 1074 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.36■□□□□ 0.37
COL6A1P12109 SUN1-204ENST00000403868 978 ntTSL 2 BASIC17.36■□□□□ 0.37
COL6A1P12109 AL157392.1-201ENST00000412388 373 ntTSL 2 BASIC17.36■□□□□ 0.37
COL6A1P12109 AP000320.1-201ENST00000440403 471 ntTSL 3 BASIC17.36■□□□□ 0.37
COL6A1P12109 MRPS25-203ENST00000444840 1281 ntTSL 2 BASIC17.36■□□□□ 0.37
COL6A1P12109 AC005920.3-202ENST00000512717 789 ntTSL 3 BASIC17.36■□□□□ 0.37
COL6A1P12109 GABARAPL1-217ENST00000545887 571 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.36■□□□□ 0.37
COL6A1P12109 AC010323.1-201ENST00000598884 580 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC17.36■□□□□ 0.37
COL6A1P12109 CU633904.3-201ENST00000624042 1029 ntBASIC17.36■□□□□ 0.37
COL6A1P12109 LINC01668-201ENST00000635001 513 ntTSL 4 BASIC17.36■□□□□ 0.37
COL6A1P12109 ABCB9-207ENST00000442833 2587 ntTSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
COL6A1P12109 AC078925.2-201ENST00000624013 1973 ntBASIC17.36■□□□□ 0.37
COL6A1P12109 KRT8P35-201ENST00000483942 1338 ntBASIC17.36■□□□□ 0.37
COL6A1P12109 CDC25A-201ENST00000302506 3783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
COL6A1P12109 ORAOV1-206ENST00000536870 2274 ntTSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
COL6A1P12109 PRR19-201ENST00000341747 1530 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.36■□□□□ 0.37
COL6A1P12109 CCDC144A-210ENST00000456009 2306 ntTSL 5 BASIC17.36■□□□□ 0.37
COL6A1P12109 VPS26A-202ENST00000373382 3229 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.36■□□□□ 0.37
COL6A1P12109 CALHM2-202ENST00000369788 1843 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.35■□□□□ 0.37
COL6A1P12109 BATF2-202ENST00000435842 1949 ntTSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
COL6A1P12109 CTSB-232ENST00000534510 1989 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.35■□□□□ 0.37
COL6A1P12109 OLA1-201ENST00000284719 4417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
COL6A1P12109 ABHD2-207ENST00000565973 2347 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.35■□□□□ 0.37
COL6A1P12109 BEX2-201ENST00000372674 668 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.35■□□□□ 0.37
COL6A1P12109 TXNRD3NB-202ENST00000383572 1131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
COL6A1P12109 MAPK15-203ENST00000395108 765 ntTSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
COL6A1P12109 ARL16-201ENST00000397498 1227 ntTSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
COL6A1P12109 SMARCE1-204ENST00000400122 1263 ntTSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
COL6A1P12109 LINC02158-201ENST00000432377 897 ntTSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
COL6A1P12109 CNN2P10-201ENST00000443067 918 ntBASIC17.35■□□□□ 0.37
COL6A1P12109 MAGEA5-201ENST00000446757 942 ntBASIC17.35■□□□□ 0.37
COL6A1P12109 GDNF-AS1-201ENST00000503382 604 ntTSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
COL6A1P12109 AC245884.6-201ENST00000515672 1067 ntBASIC17.35■□□□□ 0.37
COL6A1P12109 AP006621.2-201ENST00000533938 284 ntTSL 3 BASIC17.35■□□□□ 0.37
COL6A1P12109 SMARCE1-213ENST00000578044 1184 ntTSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
COL6A1P12109 SMARCE1-216ENST00000580419 1228 ntTSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
COL6A1P12109 FXYD6-217ENST00000584394 669 ntTSL 3 BASIC17.35■□□□□ 0.37
COL6A1P12109 AC105105.3-201ENST00000585470 646 ntTSL 5 BASIC17.35■□□□□ 0.37
COL6A1P12109 SEPT9-233ENST00000590917 541 ntTSL 4 BASIC17.35■□□□□ 0.37
COL6A1P12109 AC011495.3-201ENST00000596472 427 ntTSL 2 BASIC17.35■□□□□ 0.37
COL6A1P12109 AC008763.1-201ENST00000601797 843 ntTSL 3 BASIC17.35■□□□□ 0.37
COL6A1P12109 AP001505.2-201ENST00000616815 443 ntBASIC17.35■□□□□ 0.37
COL6A1P12109 ARL16-214ENST00000621051 1181 ntTSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
COL6A1P12109 AL021997.3-201ENST00000621053 557 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC17.35■□□□□ 0.37
COL6A1P12109 CREB3L1-206ENST00000621158 2687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
COL6A1P12109 RASSF1-205ENST00000395126 1657 ntTSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
COL6A1P12109 LINC00094-204ENST00000599836 1689 ntAPPRIS P5 BASIC17.35■□□□□ 0.37
COL6A1P12109 TCF4-201ENST00000354452 3482 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.35■□□□□ 0.37
COL6A1P12109 PRDM8-203ENST00000504452 3706 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.35■□□□□ 0.37
COL6A1P12109 TCP11L2-201ENST00000299045 2219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
COL6A1P12109 PRDM5-212ENST00000515109 2259 ntTSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
COL6A1P12109 LRFN3-201ENST00000246529 2513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
COL6A1P12109 USP27X-201ENST00000621775 2618 ntAPPRIS P1 BASIC17.34■□□□□ 0.37
COL6A1P12109 NDFIP1-201ENST00000253814 3851 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
COL6A1P12109 PHRF1-205ENST00000533464 5218 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
COL6A1P12109 AGAP2-201ENST00000257897 5388 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
COL6A1P12109 WDR90-215ENST00000549091 5589 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.34■□□□□ 0.37
COL6A1P12109 PKD1P1-201ENST00000458669 6805 ntBASIC17.34■□□□□ 0.37
COL6A1P12109 PHF20L1-201ENST00000220847 3297 ntTSL 5 BASIC17.34■□□□□ 0.37
COL6A1P12109 LHB-201ENST00000221421 514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
COL6A1P12109 EIF3G-201ENST00000253108 1103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
COL6A1P12109 BORCS5-201ENST00000298571 549 ntTSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
COL6A1P12109 MCM9-201ENST00000316068 2442 ntTSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
COL6A1P12109 CABP1-203ENST00000351200 770 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
COL6A1P12109 AVPR1B-201ENST00000367126 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
COL6A1P12109 CYB5R1-201ENST00000367249 1651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
COL6A1P12109 CSAG1-202ENST00000370287 875 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
COL6A1P12109 SMIM5-201ENST00000375215 1546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
COL6A1P12109 SYNGAP1-202ENST00000418600 5828 ntTSL 5 BASIC17.34■□□□□ 0.37
COL6A1P12109 AL355987.1-201ENST00000435202 2420 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.34■□□□□ 0.37
COL6A1P12109 SIRPB2-203ENST00000444444 884 ntTSL 2 BASIC17.34■□□□□ 0.37
COL6A1P12109 ZNF789-204ENST00000448667 1055 ntTSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 55.6 ms