Protein–RNA interactions for Protein: Q9P1Q0

VPS54, Vacuolar protein sorting-associated protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 977 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS54Q9P1Q0 ARMC5-203ENST00000457010 4844 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 NT5C3A-204ENST00000405342 1759 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 MIEF1-202ENST00000402881 2269 ntTSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 CHMP1A-202ENST00000535997 2295 ntTSL 2 BASIC18.31■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 WDR81-206ENST00000446363 2968 ntTSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 PLPPR2-201ENST00000251473 2727 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 CDC25C-207ENST00000513970 1968 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.31■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 CCDC105-201ENST00000292574 1732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 PROZ-202ENST00000375547 1488 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 PRRT3-202ENST00000411976 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 ARID1B-202ENST00000346085 10194 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 PITX2-204ENST00000394595 1693 ntTSL 5 BASIC18.31■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 TRPM2-208ENST00000621064 1669 ntTSL 5 BASIC18.31■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 NBPF15-202ENST00000488031 4535 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.31■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 LYNX1-206ENST00000621401 4537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 ATP6V0E1-203ENST00000519374 1433 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 TBC1D9B-201ENST00000355235 5119 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.31■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 TICAM2-201ENST00000427199 3049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 KLHDC2-206ENST00000554589 1641 ntTSL 5 BASIC18.31■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 PPP1R26-202ENST00000401470 4769 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.3■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 MYO1D-201ENST00000318217 5563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 ATP2C1-218ENST00000510168 5067 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.3■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 EHD3-201ENST00000322054 4636 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 TMEM57-202ENST00000399766 3294 ntTSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 IDH3G-204ENST00000427365 1526 ntTSL 5 BASIC18.3■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 PDE6G-204ENST00000573076 1505 ntTSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 USE1-201ENST00000263897 843 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 NECTIN1-202ENST00000340882 1059 ntTSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 KCNJ14-201ENST00000342291 2960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 RAC2-202ENST00000401529 569 ntTSL 4 BASIC18.3■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 TMEM37-202ENST00000409826 794 ntTSL 3 BASIC18.3■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 AC091729.2-201ENST00000415656 302 ntTSL 3 BASIC18.3■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 AC136604.1-201ENST00000418535 575 ntBASIC18.3■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 SERBP1P3-201ENST00000459980 809 ntBASIC18.3■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 MDH2-205ENST00000461263 648 ntTSL 2 BASIC18.3■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 RN7SL618P-201ENST00000477850 296 ntBASIC18.3■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 LY6E-204ENST00000519546 971 ntTSL 2 BASIC18.3■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 RPL10P19-202ENST00000520582 722 ntTSL 3 BASIC18.3■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 AC137894.1-201ENST00000526431 547 ntTSL 2 BASIC18.3■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 AP3S2-204ENST00000558011 738 ntTSL 3 BASIC18.3■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 MIR6069-201ENST00000620069 79 ntBASIC18.3■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 SLC20A1-201ENST00000272542 3381 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 CHST14-201ENST00000306243 3574 ntAPPRIS P1 BASIC18.3■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 SLIT1-204ENST00000371070 4564 ntTSL 5 BASIC18.3■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 AC009090.5-201ENST00000624886 2285 ntBASIC18.3■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 VOPP1-207ENST00000428648 2866 ntTSL 2 BASIC18.3■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 FAM189B-202ENST00000361361 3082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 AMHR2-202ENST00000379791 1437 ntTSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 ATP5B-201ENST00000262030 1839 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 AK4-207ENST00000545314 6887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 FAM222B-202ENST00000452648 2836 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.3■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 GOLM1-203ENST00000388712 3046 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 PDZD4-202ENST00000393758 3763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 TOR4A-201ENST00000357503 4148 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.3■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 MALT1-202ENST00000348428 9368 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 DKFZP434H168-201ENST00000567381 1905 ntBASIC18.29■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 ACSL1-202ENST00000454703 3636 ntTSL 5 BASIC18.29■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 MANBAL-204ENST00000397151 1503 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.29■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 MANBAL-205ENST00000397152 1539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 IMPDH1-202ENST00000348127 2479 ntTSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 RRP1-207ENST00000497547 3022 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 ADM-201ENST00000278175 1885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 KCNT1-214ENST00000631073 3948 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.29■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 C17orf74-201ENST00000333870 1651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 AL158154.2-201ENST00000585776 2208 ntTSL 2 BASIC18.29■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 CDC42BPG-201ENST00000342711 5742 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 PFDN4-201ENST00000371419 1462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 FAM135A-205ENST00000418814 6415 ntTSL 5 BASIC18.29■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 CACNA1A-214ENST00000614285 8410 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.29■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 DYNLL1-201ENST00000242577 720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 MRPL43-201ENST00000299179 747 ntTSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 NUDT4P1-201ENST00000322209 1206 ntAPPRIS P1 BASIC18.29■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 MB-201ENST00000359787 1170 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.29■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 HDAC8-202ENST00000373556 704 ntTSL 2 BASIC18.29■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 PTTG1-202ENST00000393964 1070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 MB-202ENST00000397326 1197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 MB-203ENST00000397328 1153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 RAD18-204ENST00000418463 563 ntTSL 4 BASIC18.29■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 RAD18-205ENST00000421052 582 ntTSL 3 BASIC18.29■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 AC241585.1-201ENST00000433527 519 ntBASIC18.29■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 PAX5-207ENST00000446742 885 ntTSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 NSUN5P1-208ENST00000473960 500 ntTSL 3 BASIC18.29■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 AC106897.1-201ENST00000512874 394 ntTSL 2 BASIC18.29■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 CNOT8-210ENST00000519404 945 ntTSL 2 BASIC18.29■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 CNOT8-214ENST00000520671 923 ntTSL 2 BASIC18.29■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 CNOT8-218ENST00000521583 1151 ntTSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 AL583722.3-202ENST00000554954 486 ntTSL 4 BASIC18.29■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 AC009065.5-201ENST00000565937 596 ntTSL 3 BASIC18.29■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 LINC00207-204ENST00000605505 666 ntTSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 MRNIP-225ENST00000610475 810 ntTSL 5 BASIC18.29■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 TYSND1-201ENST00000287078 3644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 B3GALNT1-203ENST00000392781 3606 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 DTD2-202ENST00000356180 1400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 MYCBPAP-201ENST00000323776 3186 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 TRMT1-203ENST00000437766 2263 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 COMMD5-203ENST00000450361 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 CYP2R1-207ENST00000532378 1746 ntTSL 5 BASIC18.29■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 MC1R-204ENST00000639847 2567 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.29■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 DOK3-203ENST00000377112 1884 ntTSL 2 BASIC18.29■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 IQCF5-AS1-201ENST00000440723 2000 ntTSL 2 BASIC18.28■□□□□ 0.52
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 34.4 ms