Protein–RNA interactions for Protein: Q96JC1

VPS39, Vam6/Vps39-like protein, humanhuman

Predictions only

Length 886 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS39Q96JC1 AC061975.2-201ENST00000581722 295 ntBASIC16.02■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 AC090241.2-202ENST00000602333 633 ntTSL 3 BASIC16.02■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 FAM197Y3-203ENST00000618346 717 ntBASIC16.02■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 ISG15-203ENST00000624697 788 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC16.02■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 RPS19-206ENST00000598742 2359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
VPS39Q96JC1 MAP7-207ENST00000616617 4326 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.15
VPS39Q96JC1 NECAP2-201ENST00000337132 2070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
VPS39Q96JC1 SHISA5-210ENST00000444115 2081 ntTSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.15
VPS39Q96JC1 LONP1-213ENST00000590729 2626 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
VPS39Q96JC1 ERICH5-201ENST00000318528 1761 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
VPS39Q96JC1 GTPBP8-202ENST00000383677 1787 ntTSL 3 BASIC16.02■□□□□ 0.15
VPS39Q96JC1 SPATA6-204ENST00000396199 4964 ntTSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.15
VPS39Q96JC1 SYT5-207ENST00000590851 3619 ntTSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.15
VPS39Q96JC1 TOM1-206ENST00000425375 2252 ntTSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.15
VPS39Q96JC1 PARD6G-201ENST00000353265 3868 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
VPS39Q96JC1 TMEM140-201ENST00000275767 1997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
VPS39Q96JC1 INO80-201ENST00000361937 6439 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.15
VPS39Q96JC1 ASAH1-249ENST00000637528 2215 ntTSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.15
VPS39Q96JC1 ANAPC13-206ENST00000514612 1420 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.15
VPS39Q96JC1 MBD1-202ENST00000269471 2980 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.15
VPS39Q96JC1 ITSN1-212ENST00000399367 5722 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
VPS39Q96JC1 PPP1R37-201ENST00000221462 3163 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
VPS39Q96JC1 CD14-202ENST00000401743 1648 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.01■□□□□ 0.15
VPS39Q96JC1 KLHDC2-206ENST00000554589 1641 ntTSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
VPS39Q96JC1 PXN-201ENST00000228307 3785 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
VPS39Q96JC1 HOXA3-202ENST00000396352 3263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
VPS39Q96JC1 PRKN-202ENST00000366892 1505 ntTSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
VPS39Q96JC1 P4HA2-201ENST00000166534 2230 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
VPS39Q96JC1 YPEL1-201ENST00000339468 4329 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
VPS39Q96JC1 ALDH1A2-201ENST00000249750 4098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
VPS39Q96JC1 CLTA-201ENST00000242285 1152 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
VPS39Q96JC1 KRTCAP2-201ENST00000295682 552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
VPS39Q96JC1 HELT-201ENST00000338875 1008 ntTSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
VPS39Q96JC1 CRIP1-203ENST00000409393 677 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.01■□□□□ 0.15
VPS39Q96JC1 PITPNA-AS1-201ENST00000425081 542 ntTSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
VPS39Q96JC1 LINC01237-203ENST00000430555 843 ntTSL 4 BASIC16.01■□□□□ 0.15
VPS39Q96JC1 AC007834.1-201ENST00000446473 728 ntTSL 3 BASIC16.01■□□□□ 0.15
VPS39Q96JC1 NECAP2-208ENST00000504551 768 ntTSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
VPS39Q96JC1 CTBP1-AS2-204ENST00000514984 533 ntTSL 4 BASIC16.01■□□□□ 0.15
VPS39Q96JC1 AC131009.1-201ENST00000539078 426 ntTSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
VPS39Q96JC1 Z97055.2-201ENST00000563715 859 ntTSL 3 BASIC16.01■□□□□ 0.15
VPS39Q96JC1 AC140113.2-201ENST00000604370 208 ntBASIC16.01■□□□□ 0.15
VPS39Q96JC1 SPTSSB-204ENST00000617024 1292 ntBASIC16.01■□□□□ 0.15
VPS39Q96JC1 AC010642.2-201ENST00000634676 2413 ntTSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
VPS39Q96JC1 CPSF1-213ENST00000620219 4462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
VPS39Q96JC1 POU5F1B-201ENST00000465342 5360 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.01■□□□□ 0.15
VPS39Q96JC1 YY1AP1-210ENST00000368339 3073 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
VPS39Q96JC1 KITLG-202ENST00000347404 1948 ntTSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
VPS39Q96JC1 TSEN2-207ENST00000454502 1909 ntTSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
VPS39Q96JC1 B4GALNT3-201ENST00000266383 5068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
VPS39Q96JC1 AC092127.1-201ENST00000567093 3455 ntBASIC16.01■□□□□ 0.15
VPS39Q96JC1 MRI1-202ENST00000319545 3027 ntTSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
VPS39Q96JC1 PGR-210ENST00000619228 3038 ntTSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
VPS39Q96JC1 OPA1-204ENST00000361828 6381 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
VPS39Q96JC1 DOK3-203ENST00000377112 1884 ntTSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
VPS39Q96JC1 AC087481.3-201ENST00000602886 1894 ntBASIC16.01■□□□□ 0.15
VPS39Q96JC1 GRB7-204ENST00000394211 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
VPS39Q96JC1 RPTOR-202ENST00000544334 5734 ntTSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
VPS39Q96JC1 MGEA5-203ENST00000370094 3314 ntTSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
VPS39Q96JC1 TUB-AS1-201ENST00000506601 2021 ntTSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
VPS39Q96JC1 CEP170B-204ENST00000556508 6683 ntTSL 5 BASIC16■□□□□ 0.15
VPS39Q96JC1 MECR-201ENST00000263702 1353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
VPS39Q96JC1 ZNF19-208ENST00000565637 2612 ntTSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
VPS39Q96JC1 TUBB3-201ENST00000315491 1769 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
VPS39Q96JC1 DUSP13-203ENST00000372702 1778 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
VPS39Q96JC1 AP1M2-207ENST00000590923 1757 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
VPS39Q96JC1 CUL3-202ENST00000344951 6592 ntTSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
VPS39Q96JC1 CAMK2D-205ENST00000394524 5294 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
VPS39Q96JC1 NANOS1-202ENST00000425699 4017 ntAPPRIS P2 BASIC16■□□□□ 0.15
VPS39Q96JC1 MAPK3-212ENST00000484663 2567 ntTSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
VPS39Q96JC1 CCAR2-202ENST00000389279 3980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
VPS39Q96JC1 HSP90B1-210ENST00000614327 1338 ntTSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
VPS39Q96JC1 RBFOX1-205ENST00000436368 1530 ntTSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
VPS39Q96JC1 PTHLH-209ENST00000545234 1544 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16■□□□□ 0.15
VPS39Q96JC1 EGLN3-201ENST00000250457 2709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
VPS39Q96JC1 YY1AP1-211ENST00000368340 2927 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
VPS39Q96JC1 AC097376.2-205ENST00000610159 5334 ntBASIC16■□□□□ 0.15
VPS39Q96JC1 UNC13B-201ENST00000378495 6303 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
VPS39Q96JC1 TK2-221ENST00000620035 5060 ntTSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
VPS39Q96JC1 MIEF2-203ENST00000395704 2879 ntTSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
VPS39Q96JC1 RGS7-203ENST00000366564 2295 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
VPS39Q96JC1 AC105250.1-201ENST00000509378 2057 ntBASIC16■□□□□ 0.15
VPS39Q96JC1 AC023157.3-201ENST00000619086 2088 ntBASIC16■□□□□ 0.15
VPS39Q96JC1 TPM2-201ENST00000329305 1018 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
VPS39Q96JC1 ART5-201ENST00000359918 1241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
VPS39Q96JC1 MRPS16-201ENST00000372940 866 ntTSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
VPS39Q96JC1 OTOS-202ENST00000391989 645 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16■□□□□ 0.15
VPS39Q96JC1 CYB5A-203ENST00000397914 619 ntTSL 3 BASIC16■□□□□ 0.15
VPS39Q96JC1 CCNL2-202ENST00000408918 1186 ntTSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
VPS39Q96JC1 LINC00237-202ENST00000455890 1220 ntTSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
VPS39Q96JC1 FAM86C2P-203ENST00000528684 1004 ntBASIC16■□□□□ 0.15
VPS39Q96JC1 HIST4H4-204ENST00000539745 577 ntAPPRIS P1 BASIC16■□□□□ 0.15
VPS39Q96JC1 PAX9-204ENST00000554201 1289 ntTSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
VPS39Q96JC1 AC106730.1-201ENST00000566722 1090 ntBASIC16■□□□□ 0.15
VPS39Q96JC1 PIN1-206ENST00000587625 878 ntTSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
VPS39Q96JC1 C19orf70-206ENST00000590389 769 ntTSL 3 BASIC16■□□□□ 0.15
VPS39Q96JC1 HNRNPDL-206ENST00000602300 1291 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
VPS39Q96JC1 MTX1-207ENST00000609421 1085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
VPS39Q96JC1 AC120114.3-201ENST00000611923 658 ntBASIC16■□□□□ 0.15
VPS39Q96JC1 FOLH1-201ENST00000256999 2635 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 45.2 ms