Protein–RNA interactions for Protein: P34897

SHMT2, Serine hydroxymethyltransferase, mitochondrial, humanhuman

Predictions only

Length 504 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SHMT2P34897 IKZF4-206ENST00000547791 1712 ntTSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
SHMT2P34897 PBX1-215ENST00000559240 2866 ntTSL 5 BASIC15.63■□□□□ 0.09
SHMT2P34897 JPH4-202ENST00000397118 4386 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
SHMT2P34897 HOXB3-205ENST00000470495 4208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
SHMT2P34897 TMPRSS4-201ENST00000437212 2074 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
SHMT2P34897 AQP1-201ENST00000311813 2913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
SHMT2P34897 FEN1-201ENST00000305885 2296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
SHMT2P34897 PPP1R21-201ENST00000281394 3137 ntTSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
SHMT2P34897 DMRTC2-201ENST00000269945 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
SHMT2P34897 DYNLL1-201ENST00000242577 720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
SHMT2P34897 ZUFSP-201ENST00000368573 1225 ntTSL 5 BASIC15.63■□□□□ 0.09
SHMT2P34897 MIR648-201ENST00000385046 94 ntBASIC15.63■□□□□ 0.09
SHMT2P34897 MIR770-201ENST00000390219 98 ntBASIC15.63■□□□□ 0.09
SHMT2P34897 HAUS4P1-201ENST00000406739 1145 ntBASIC15.63■□□□□ 0.09
SHMT2P34897 UBE2F-202ENST00000409332 1138 ntTSL 5 BASIC15.63■□□□□ 0.09
SHMT2P34897 C2orf76-202ENST00000409466 1150 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
SHMT2P34897 NAGK-205ENST00000443938 1221 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.63■□□□□ 0.09
SHMT2P34897 NSUN5P1-208ENST00000473960 500 ntTSL 3 BASIC15.63■□□□□ 0.09
SHMT2P34897 UBA5-213ENST00000494238 2997 ntTSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
SHMT2P34897 NRK-203ENST00000536164 908 ntTSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
SHMT2P34897 AL583722.3-202ENST00000554954 486 ntTSL 4 BASIC15.63■□□□□ 0.09
SHMT2P34897 AC243562.2-201ENST00000561247 970 ntBASIC15.63■□□□□ 0.09
SHMT2P34897 AC138304.1-201ENST00000563841 424 ntTSL 3 BASIC15.63■□□□□ 0.09
SHMT2P34897 NDRG4-247ENST00000568640 1281 ntTSL 2 BASIC15.63■□□□□ 0.09
SHMT2P34897 PRR29-209ENST00000582540 967 ntTSL 2 BASIC15.63■□□□□ 0.09
SHMT2P34897 ZNF667-AS1-204ENST00000588158 921 ntTSL 3 BASIC15.63■□□□□ 0.09
SHMT2P34897 AC016168.1-201ENST00000591422 722 ntTSL 3 BASIC15.63■□□□□ 0.09
SHMT2P34897 AC026803.2-201ENST00000599784 819 ntTSL 3 BASIC15.63■□□□□ 0.09
SHMT2P34897 ARL8B-208ENST00000611208 2981 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
SHMT2P34897 AQP12B-206ENST00000621682 1080 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.63■□□□□ 0.09
SHMT2P34897 STAT3-201ENST00000264657 5047 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
SHMT2P34897 MIR155HG-201ENST00000456917 1600 ntTSL 5 BASIC15.63■□□□□ 0.09
SHMT2P34897 FOXI2-201ENST00000388920 3217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
SHMT2P34897 SLC5A7-202ENST00000409059 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
SHMT2P34897 OASL-204ENST00000620239 1695 ntTSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
SHMT2P34897 GLYCTK-207ENST00000477382 1304 ntTSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
SHMT2P34897 CDCA5-201ENST00000275517 2587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
SHMT2P34897 STUM-201ENST00000366788 7705 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.63■□□□□ 0.09
SHMT2P34897 TMEM222-210ENST00000608611 1511 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
SHMT2P34897 RBM14-201ENST00000310137 2828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
SHMT2P34897 SYNE3-203ENST00000554873 2826 ntTSL 5 BASIC15.63■□□□□ 0.09
SHMT2P34897 PRMT5-203ENST00000397440 1907 ntTSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
SHMT2P34897 AP000787.1-201ENST00000501356 1926 ntTSL 2 BASIC15.62■□□□□ 0.09
SHMT2P34897 AIFM2-201ENST00000307864 3243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
SHMT2P34897 C3orf67-201ENST00000295966 2650 ntTSL 2 BASIC15.62■□□□□ 0.09
SHMT2P34897 CYP4B1-203ENST00000371923 2110 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
SHMT2P34897 ZDHHC24-201ENST00000310442 4721 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
SHMT2P34897 FAM131B-206ENST00000443739 4382 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
SHMT2P34897 CXCL14-202ENST00000512158 1760 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
SHMT2P34897 TRAF3-204ENST00000539721 1786 ntTSL 2 BASIC15.62■□□□□ 0.09
SHMT2P34897 LRRFIP2-205ENST00000421276 2522 ntTSL 2 BASIC15.62■□□□□ 0.09
SHMT2P34897 AC018716.2-201ENST00000528390 2597 ntTSL 2 BASIC15.62■□□□□ 0.09
SHMT2P34897 DBN1-202ENST00000309007 2995 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
SHMT2P34897 AC013268.4-201ENST00000637413 2228 ntBASIC15.62■□□□□ 0.09
SHMT2P34897 RTN1-209ENST00000611068 2647 ntTSL 5 BASIC15.62■□□□□ 0.09
SHMT2P34897 POMT1-205ENST00000404875 2821 ntTSL 2 BASIC15.62■□□□□ 0.09
SHMT2P34897 ZNF514-201ENST00000295208 3011 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
SHMT2P34897 GATA4-201ENST00000335135 3414 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.62■□□□□ 0.09
SHMT2P34897 CXCL12-206ENST00000395795 404 ntTSL 5 BASIC15.62■□□□□ 0.09
SHMT2P34897 LINC01273-201ENST00000411453 685 ntTSL 2 BASIC15.62■□□□□ 0.09
SHMT2P34897 SYS1-203ENST00000414310 795 ntTSL 3 BASIC15.62■□□□□ 0.09
SHMT2P34897 BASP1P1-201ENST00000430708 665 ntBASIC15.62■□□□□ 0.09
SHMT2P34897 AC097493.3-201ENST00000509725 367 ntBASIC15.62■□□□□ 0.09
SHMT2P34897 LY6E-204ENST00000519546 971 ntTSL 2 BASIC15.62■□□□□ 0.09
SHMT2P34897 AC027369.6-201ENST00000525520 931 ntBASIC15.62■□□□□ 0.09
SHMT2P34897 TMEM258-204ENST00000537328 575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
SHMT2P34897 AL079307.3-201ENST00000556114 283 ntBASIC15.62■□□□□ 0.09
SHMT2P34897 AL162231.3-201ENST00000556278 902 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.62■□□□□ 0.09
SHMT2P34897 DUT-210ENST00000559935 569 ntTSL 3 BASIC15.62■□□□□ 0.09
SHMT2P34897 AC005498.2-205ENST00000593218 784 ntBASIC15.62■□□□□ 0.09
SHMT2P34897 MZF1-202ENST00000594108 1110 ntTSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
SHMT2P34897 BECN1-213ENST00000590099 2087 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
SHMT2P34897 ACOX3-203ENST00000503233 2253 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
SHMT2P34897 RGP1-201ENST00000378078 7018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
SHMT2P34897 CLN5-208ENST00000636183 6664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
SHMT2P34897 SCAF1-201ENST00000360565 4306 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.62■□□□□ 0.09
SHMT2P34897 GHDC-203ENST00000428494 2518 ntTSL 5 BASIC15.62■□□□□ 0.09
SHMT2P34897 HNRNPH3-202ENST00000354695 1332 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
SHMT2P34897 MKRN3-203ENST00000568252 1312 ntTSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
SHMT2P34897 KIFC3-205ENST00000540079 2781 ntTSL 2 BASIC15.62■□□□□ 0.09
SHMT2P34897 GRB7-205ENST00000445327 2197 ntTSL 2 BASIC15.62■□□□□ 0.09
SHMT2P34897 NT5C3A-204ENST00000405342 1759 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
SHMT2P34897 SMAD3-201ENST00000327367 6247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
SHMT2P34897 MGEA5-201ENST00000357797 3263 ntTSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
SHMT2P34897 MRPL57-201ENST00000309594 2246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
SHMT2P34897 CDC25B-203ENST00000344256 3071 ntTSL 2 BASIC15.62■□□□□ 0.09
SHMT2P34897 UCKL1-201ENST00000354216 1837 ntTSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
SHMT2P34897 PITPNM1-201ENST00000356404 4225 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
SHMT2P34897 HAUS3-204ENST00000506763 3166 ntTSL 2 BASIC15.61■□□□□ 0.09
SHMT2P34897 FADS2-202ENST00000278840 3630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
SHMT2P34897 ZNF367-201ENST00000375256 3646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
SHMT2P34897 SPAG1-202ENST00000388798 3852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
SHMT2P34897 PIGW-204ENST00000614443 2312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
SHMT2P34897 MARCH2-208ENST00000602117 1667 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
SHMT2P34897 AL035685.1-202ENST00000637341 1688 ntTSL 5 BASIC15.61■□□□□ 0.09
SHMT2P34897 TERF1-201ENST00000276602 3268 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
SHMT2P34897 HNF1A-211ENST00000543427 2819 ntTSL 5 BASIC15.61■□□□□ 0.09
SHMT2P34897 TAS1R1-201ENST00000333172 2892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
SHMT2P34897 MAGI1-216ENST00000497477 3555 ntTSL 5 BASIC15.61■□□□□ 0.09
SHMT2P34897 SPCS1-201ENST00000233025 1082 ntTSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 46.6 ms