Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 MRPL55-206ENST00000366732 722 ntTSL 3 BASIC15.56■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 MXI1-205ENST00000393134 889 ntTSL 2 BASIC15.56■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 ELK1P1-201ENST00000485699 580 ntBASIC15.56■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 ZFPL1-207ENST00000526791 384 ntTSL 3 BASIC15.56■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 TIMM17BP1-201ENST00000545713 516 ntBASIC15.56■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 AL928654.4-206ENST00000551180 980 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.56■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 LINC02356-202ENST00000552663 314 ntTSL 3 BASIC15.56■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 TGIF2-C20orf24-201ENST00000558530 918 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.56■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 GABARAPL2-202ENST00000563744 791 ntTSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 AC093726.1-201ENST00000608064 963 ntBASIC15.56■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 AC017083.2-201ENST00000608069 979 ntBASIC15.56■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 PDCD6-212ENST00000614778 1050 ntTSL 2 BASIC15.56■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 BEX4-202ENST00000372695 1328 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 CYB5R2-204ENST00000524790 1338 ntTSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 KLK15-201ENST00000326856 1389 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.56■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 MYLK3-201ENST00000394809 6911 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 MYH14-204ENST00000440075 4247 ntTSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 DMRT2-202ENST00000302441 1495 ntTSL 5 BASIC15.56■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 IDH3G-204ENST00000427365 1526 ntTSL 5 BASIC15.56■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 CYP4F24P-201ENST00000586049 1580 ntBASIC15.56■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 CALCR-207ENST00000426151 1741 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 TMEM150A-203ENST00000409668 1776 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.56■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 GPER1-206ENST00000617001 1900 ntTSL 5 BASIC15.56■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 MAGEA2-207ENST00000620710 1947 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.56■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 EIF2B3-210ENST00000620860 1923 ntTSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 UCKL1-203ENST00000369908 1954 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.56■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 NCAPH2-205ENST00000420993 2037 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 IGFBP5-201ENST00000233813 6215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 SLC5A10-204ENST00000395647 2140 ntTSL 2 BASIC15.56■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 TAX1BP1-201ENST00000265393 2478 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 MAN1C1-201ENST00000263979 2627 ntTSL 5 BASIC15.56■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 AL079303.2-201ENST00000555107 2613 ntTSL 3 BASIC15.56■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 PPP2R5B-201ENST00000164133 2745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 PAK4-202ENST00000358301 2739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 TPBG-203ENST00000543496 2881 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.56■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 NGFR-201ENST00000172229 3417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 DPP6-203ENST00000404039 4798 ntTSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 RPTOR-202ENST00000544334 5734 ntTSL 5 BASIC15.56■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 UNKL-201ENST00000248104 4320 ntTSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 SEC23A-203ENST00000545328 2734 ntTSL 2 BASIC15.55■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 MAP4K1-201ENST00000396857 2653 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.55■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 EIF3J-201ENST00000261868 2569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 CCDC154-202ENST00000409671 2561 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 ADAM8-205ENST00000485491 2441 ntTSL 2 BASIC15.55■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 VEZF1-202ENST00000581208 2321 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 ASL-201ENST00000304874 2143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 ACTG1-208ENST00000575087 2001 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.55■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 FAM156B-207ENST00000616419 2032 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.55■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 FAM156A-212ENST00000617970 2032 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.55■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 HTR3E-201ENST00000335304 1912 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 MCM3AP-AS1-202ENST00000420074 1947 ntTSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 CCDC116-203ENST00000607942 1913 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.55■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 C17orf100-201ENST00000542475 1756 ntAPPRIS P1 BASIC15.55■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 PHYHD1-202ENST00000353176 1374 ntTSL 5 BASIC15.55■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 SPN-201ENST00000360121 6894 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 NDUFB7-201ENST00000215565 531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 SCAND1-201ENST00000305978 902 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 NAA10-201ENST00000370009 837 ntTSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 NAA10-203ENST00000370015 1002 ntTSL 5 BASIC15.55■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 FO393414.2-201ENST00000405153 598 ntBASIC15.55■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 AL513303.2-201ENST00000413339 536 ntTSL 2 BASIC15.55■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 FAM197Y5-201ENST00000423213 765 ntTSL 5 BASIC15.55■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 AC091729.1-201ENST00000449721 869 ntTSL 3 BASIC15.55■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 FKBP11-203ENST00000453172 959 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.55■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 RN7SL837P-201ENST00000463010 287 ntBASIC15.55■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 HOXB3-204ENST00000465120 943 ntTSL 3 BASIC15.55■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 PTK7-212ENST00000476760 902 ntTSL 2 BASIC15.55■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 DCUN1D5-209ENST00000531543 1030 ntTSL 5 BASIC15.55■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 AC087612.1-201ENST00000560238 658 ntTSL 5 BASIC15.55■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 AC092337.1-201ENST00000568699 1129 ntBASIC15.55■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 ACAP1-208ENST00000574499 412 ntTSL 2 BASIC15.55■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 CTBP2P3-201ENST00000585629 1255 ntBASIC15.55■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 AC011499.1-201ENST00000586012 581 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.55■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 AC025048.3-201ENST00000590609 569 ntBASIC15.55■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 KLK15-203ENST00000596931 692 ntTSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 KLK15-204ENST00000598239 855 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 SLC9A3-AS1-206ENST00000607005 435 ntTSL 3 BASIC15.55■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 AC005702.4-201ENST00000618393 416 ntBASIC15.55■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 NLGN4X-203ENST00000381093 5865 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.55■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 FOXA1-201ENST00000250448 2862 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 WASHC2C-208ENST00000537517 4417 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.55■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 BCAN-202ENST00000361588 2563 ntTSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 C15orf61-201ENST00000342683 4253 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 RAPGEFL1-209ENST00000544503 2079 ntTSL 2 BASIC15.55■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 SNAI2-201ENST00000020945 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 ABLIM3-206ENST00000506113 4569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 GPS1-202ENST00000320548 1949 ntTSL 2 BASIC15.55■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 ZNF623-201ENST00000458270 2733 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 PRR19-204ENST00000598490 1641 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 LMF1-201ENST00000262301 2621 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.54■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 TIMP3-201ENST00000266085 4603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 ZNF385A-212ENST00000551109 2369 ntTSL 5 BASIC15.54■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 NID1-201ENST00000264187 5864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 AC110813.1-201ENST00000507934 2209 ntTSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 MICALL1-201ENST00000215957 4710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 BANF1-201ENST00000312175 1155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 CTRB1-201ENST00000361017 858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 SZT2-AS1-201ENST00000396885 699 ntTSL 3 BASIC15.54■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 AL133456.1-201ENST00000415655 577 ntTSL 4 BASIC15.54■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 TTTY23B-201ENST00000442790 549 ntBASIC15.54■□□□□ 0.08
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 34.8 ms