Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 STOX1-201ENST00000298596 3377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 IRAK1-204ENST00000393687 2049 ntTSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 PPP2R2B-206ENST00000453001 2569 ntTSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 PDCD1-201ENST00000334409 2114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 ZNF789-201ENST00000331410 1654 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 CHUK-201ENST00000370397 3625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 COQ7-201ENST00000321998 2657 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 PNO1-201ENST00000263657 2286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 ELMO3-203ENST00000477898 2281 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.58■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 ACOX3-203ENST00000503233 2253 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 EEF1B2-201ENST00000236957 844 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 MRPL13-201ENST00000306185 1086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 AL161785.3-201ENST00000435157 395 ntTSL 3 BASIC15.58■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 BMP7-AS1-201ENST00000445956 436 ntTSL 2 BASIC15.58■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 HMGB2-203ENST00000446922 1175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 KRBOX4-207ENST00000487081 1247 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 IL32-211ENST00000525643 1272 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 IL32-213ENST00000528163 950 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC15.58■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 AC123567.1-201ENST00000548294 1261 ntBASIC15.58■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 IL32-231ENST00000551513 791 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC15.58■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 AC105339.1-202ENST00000559535 1283 ntTSL 5 BASIC15.58■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 MIR4321-201ENST00000592276 80 ntBASIC15.58■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 AC099568.2-201ENST00000609194 695 ntBASIC15.58■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 TSC22D1-AS1-201ENST00000616360 2845 ntTSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 CHDH-201ENST00000315251 7665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 ELFN2-201ENST00000402918 8361 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC15.58■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 CD24-204ENST00000619133 2513 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.58■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 RAC2-201ENST00000249071 1482 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 FDPS-201ENST00000356657 1478 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 PFDN4-201ENST00000371419 1462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 LHCGR-204ENST00000405626 2073 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.58■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 EWSR1-206ENST00000397938 2654 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 RAB40B-206ENST00000571995 3859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 FHL2-205ENST00000393353 1531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 TRAPPC2L-201ENST00000301021 2215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 ANTXRL-205ENST00000620264 2206 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.58■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 AIFM1-201ENST00000287295 2260 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 NBEA-203ENST00000379939 10738 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.57■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 DDHD2-201ENST00000397166 4921 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.57■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 DIP2A-201ENST00000400274 7023 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.57■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 PHF23-202ENST00000454255 1662 ntTSL 2 BASIC15.57■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 ZNF514-201ENST00000295208 3011 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 SNAP91-205ENST00000439399 4452 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.57■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 BBS5-202ENST00000392663 3107 ntTSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 VAV3-210ENST00000527011 4510 ntTSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 MAGEA8-201ENST00000286482 1778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 WDR6-202ENST00000415265 1883 ntTSL 2 BASIC15.57■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 CABP1-204ENST00000453000 1857 ntTSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 SERAC1-201ENST00000367101 1907 ntTSL 5 BASIC15.57■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 FBXO28-201ENST00000366862 5451 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 ZNF593-202ENST00000374266 675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 HRAS-202ENST00000397594 1099 ntTSL 2 BASIC15.57■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 AL606760.2-202ENST00000452466 524 ntTSL 5 BASIC15.57■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 ELFN1-AS1-202ENST00000453348 637 ntTSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 AL354710.2-201ENST00000468244 550 ntTSL 4 BASIC15.57■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 PKD2-202ENST00000502363 1222 ntTSL 5 BASIC15.57■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 AC233702.7-201ENST00000536958 924 ntTSL 5 BASIC15.57■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 AC005253.2-201ENST00000593791 432 ntTSL 3 BASIC15.57■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 AC073389.2-202ENST00000607450 441 ntTSL 5 BASIC15.57■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 AC074044.1-201ENST00000609673 707 ntBASIC15.57■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 AL162274.1-201ENST00000617191 1098 ntBASIC15.57■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 CYP46A1-201ENST00000261835 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 RPS28-203ENST00000600659 1326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 ZBTB7C-204ENST00000586438 4899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 KMT2E-201ENST00000257745 6714 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 PRPF31-203ENST00000419967 2269 ntTSL 5 BASIC15.57■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 GRIN2A-201ENST00000330684 5031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 ASNA1-204ENST00000591090 1368 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.57■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 TSC22D4-201ENST00000300181 2383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 PCK2-205ENST00000558096 2433 ntTSL 2 BASIC15.57■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 ADAM11-203ENST00000535346 2529 ntTSL 2 BASIC15.57■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 RBFOX3-212ENST00000584778 1547 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.57■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 PNMA6E-202ENST00000633844 2596 ntTSL 3 BASIC15.57■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 ABCG5-201ENST00000260645 2740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 PAK2-201ENST00000327134 6139 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.57■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 AHDC1-201ENST00000247087 6334 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.57■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 AL136982.4-201ENST00000437689 1740 ntBASIC15.57■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 PPIL6-207ENST00000521072 4128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 FBXL12-206ENST00000588922 1843 ntTSL 2 BASIC15.57■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 TXNDC2-201ENST00000306084 1873 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 H2AFY-202ENST00000312469 1859 ntTSL 5 BASIC15.57■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 TRPC4AP-202ENST00000451813 3138 ntTSL 2 BASIC15.57■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 TLE6-202ENST00000452088 1883 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 KIAA0895-207ENST00000436884 1952 ntTSL 2 BASIC15.56■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 LGALS3BP-218ENST00000591778 1961 ntTSL 2 BASIC15.56■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 PARD3-206ENST00000374776 3389 ntTSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 N4BP2L1-210ENST00000613078 2032 ntTSL 5 BASIC15.56■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 ESPNL-201ENST00000343063 4836 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.56■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 ABHD15-201ENST00000307201 3592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 IGFBP3-203ENST00000381086 2322 ntTSL 2 BASIC15.56■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 F7-201ENST00000346342 2409 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 NRSN1-203ENST00000378478 2408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 THOC5-202ENST00000397871 2560 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.56■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 NFATC2-205ENST00000609507 2662 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 KANSL2-212ENST00000550347 2714 ntTSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 SSPN-201ENST00000242729 2788 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 TLK2-201ENST00000326270 3512 ntTSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 TEX12-201ENST00000280358 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 MRPL55-202ENST00000336300 722 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.56■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 HRCT1-201ENST00000354323 950 ntAPPRIS P1 BASIC15.56■□□□□ 0.08
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.4 ms