Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 DRGX-202ENST00000434016 955 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.58■■□□□ 1.37
TCOF1Q13428 AP001582.1-201ENST00000525856 295 ntBASIC23.58■■□□□ 1.37
TCOF1Q13428 LINC01887-202ENST00000584734 860 ntTSL 3 BASIC23.58■■□□□ 1.37
TCOF1Q13428 AC020911.1-201ENST00000591038 578 ntTSL 2 BASIC23.58■■□□□ 1.37
TCOF1Q13428 AC010503.1-201ENST00000596027 520 ntTSL 5 BASIC23.58■■□□□ 1.37
TCOF1Q13428 AL121944.1-201ENST00000605945 686 ntTSL 2 BASIC23.58■■□□□ 1.37
TCOF1Q13428 SYTL3-203ENST00000367081 2692 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.58■■□□□ 1.37
TCOF1Q13428 HSPA1A-201ENST00000375651 2483 ntAPPRIS P1 BASIC23.58■■□□□ 1.37
TCOF1Q13428 TSPAN17-209ENST00000515708 2361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
TCOF1Q13428 AL118508.1-201ENST00000613502 2345 ntBASIC23.58■■□□□ 1.37
TCOF1Q13428 NOX5-204ENST00000455873 2277 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
TCOF1Q13428 DCP1B-201ENST00000280665 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.36
TCOF1Q13428 RAP1GDS1-203ENST00000380158 2085 ntTSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.36
TCOF1Q13428 TSNARE1-201ENST00000307180 1907 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.58■■□□□ 1.36
TCOF1Q13428 UBE2V2-205ENST00000521346 1322 ntTSL 3 BASIC23.57■■□□□ 1.36
TCOF1Q13428 B9D1-201ENST00000261499 908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
TCOF1Q13428 RPL39L-201ENST00000296277 756 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
TCOF1Q13428 AL021453.1-201ENST00000333487 2989 ntTSL 2 BASIC23.57■■□□□ 1.36
TCOF1Q13428 THEMIS2-204ENST00000373927 1082 ntTSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
TCOF1Q13428 GZMB-202ENST00000382540 816 ntTSL 5 BASIC23.57■■□□□ 1.36
TCOF1Q13428 B9D1-203ENST00000395615 805 ntTSL 3 BASIC23.57■■□□□ 1.36
TCOF1Q13428 CRYAA-203ENST00000398133 600 ntTSL 3 BASIC23.57■■□□□ 1.36
TCOF1Q13428 PGGT1BP2-201ENST00000398621 1028 ntBASIC23.57■■□□□ 1.36
TCOF1Q13428 BLVRA-202ENST00000402924 1161 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.57■■□□□ 1.36
TCOF1Q13428 MIR663B-201ENST00000408361 115 ntBASIC23.57■■□□□ 1.36
TCOF1Q13428 POLR2F-208ENST00000470701 584 ntTSL 3 BASIC23.57■■□□□ 1.36
TCOF1Q13428 OVOL1-AS1-202ENST00000532454 494 ntTSL 2 BASIC23.57■■□□□ 1.36
TCOF1Q13428 LINC02299-201ENST00000556669 430 ntTSL 5 BASIC23.57■■□□□ 1.36
TCOF1Q13428 AC007333.1-201ENST00000568286 630 ntTSL 3 BASIC23.57■■□□□ 1.36
TCOF1Q13428 CR381653.1-201ENST00000622961 812 ntTSL 3 BASIC23.57■■□□□ 1.36
TCOF1Q13428 FP236240.1-202ENST00000624019 601 ntTSL 3 BASIC23.57■■□□□ 1.36
TCOF1Q13428 CKMT1A-208ENST00000626814 1073 ntTSL 5 BASIC23.57■■□□□ 1.36
TCOF1Q13428 AC006453.2-202ENST00000635968 827 ntTSL 5 BASIC23.57■■□□□ 1.36
TCOF1Q13428 C12orf65-201ENST00000253233 2073 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
TCOF1Q13428 CDK5R1-201ENST00000313401 4325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
TCOF1Q13428 PPP2R5B-201ENST00000164133 2745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
TCOF1Q13428 SCPEP1-201ENST00000262288 1942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
TCOF1Q13428 WRAP53-202ENST00000396463 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
TCOF1Q13428 SUPT20HL2-201ENST00000486479 2409 ntBASIC23.57■■□□□ 1.36
TCOF1Q13428 MRPL57-201ENST00000309594 2246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
TCOF1Q13428 CAAP1-206ENST00000625311 1532 ntTSL 2 BASIC23.57■■□□□ 1.36
TCOF1Q13428 PRSS16-201ENST00000230582 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
TCOF1Q13428 DLG3-201ENST00000194900 6112 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.57■■□□□ 1.36
TCOF1Q13428 PRG2-202ENST00000525955 1367 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.57■■□□□ 1.36
TCOF1Q13428 WT1-209ENST00000530998 2421 ntTSL 2 BASIC23.56■■□□□ 1.36
TCOF1Q13428 CTSA-202ENST00000354880 1820 ntTSL 2 BASIC23.56■■□□□ 1.36
TCOF1Q13428 BEX2-202ENST00000372677 899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
TCOF1Q13428 AC018467.1-201ENST00000421581 717 ntTSL 5 BASIC23.56■■□□□ 1.36
TCOF1Q13428 SNHG11-212ENST00000449351 954 ntTSL 5 BASIC23.56■■□□□ 1.36
TCOF1Q13428 AC116456.1-201ENST00000526646 815 ntTSL 3 BASIC23.56■■□□□ 1.36
TCOF1Q13428 PRKCD-201ENST00000330452 2680 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
TCOF1Q13428 AL138799.1-201ENST00000448213 1675 ntBASIC23.56■■□□□ 1.36
TCOF1Q13428 ZNF385B-204ENST00000410066 3288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
TCOF1Q13428 SLC2A6-201ENST00000371897 2301 ntTSL 2 BASIC23.56■■□□□ 1.36
TCOF1Q13428 ACP2-205ENST00000527256 1499 ntTSL 2 BASIC23.56■■□□□ 1.36
TCOF1Q13428 RMND1-205ENST00000622845 1484 ntTSL 5 BASIC23.56■■□□□ 1.36
TCOF1Q13428 PGPEP1-201ENST00000252813 1409 ntTSL 2 BASIC23.56■■□□□ 1.36
TCOF1Q13428 RIMS3-201ENST00000372683 1408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
TCOF1Q13428 ACTR2-205ENST00000542850 1429 ntTSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
TCOF1Q13428 SLC25A45-201ENST00000294187 2196 ntTSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
TCOF1Q13428 PTGES3L-AARSD1-201ENST00000360221 1790 ntTSL 2 BASIC23.56■■□□□ 1.36
TCOF1Q13428 COMT-205ENST00000406520 1339 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
TCOF1Q13428 FAM151A-201ENST00000302250 2005 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
TCOF1Q13428 FAM49B-201ENST00000401979 2024 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.56■■□□□ 1.36
TCOF1Q13428 GUK1-206ENST00000366723 845 ntTSL 5 BASIC23.56■■□□□ 1.36
TCOF1Q13428 OSM-202ENST00000403389 1000 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC23.56■■□□□ 1.36
TCOF1Q13428 LINC01248-201ENST00000458264 468 ntTSL 3 BASIC23.56■■□□□ 1.36
TCOF1Q13428 AC113383.1-201ENST00000514696 582 ntTSL 4 BASIC23.56■■□□□ 1.36
TCOF1Q13428 AC090099.4-201ENST00000527671 1027 ntTSL 5 BASIC23.56■■□□□ 1.36
TCOF1Q13428 AC068473.4-201ENST00000587527 585 ntTSL 4 BASIC23.56■■□□□ 1.36
TCOF1Q13428 ILF3-AS1-201ENST00000591501 1983 ntBASIC23.55■■□□□ 1.36
TCOF1Q13428 COL23A1-202ENST00000407622 2329 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.55■■□□□ 1.36
TCOF1Q13428 CHTOP-201ENST00000368686 2250 ntTSL 2 BASIC23.55■■□□□ 1.36
TCOF1Q13428 ZNF133-205ENST00000401790 2642 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.55■■□□□ 1.36
TCOF1Q13428 ZNF133-206ENST00000402618 2622 ntTSL 2 BASIC23.55■■□□□ 1.36
TCOF1Q13428 SLC2A9-202ENST00000309065 1866 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
TCOF1Q13428 TEKT4-201ENST00000295201 1505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
TCOF1Q13428 BNIP2-213ENST00000612191 2515 ntTSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
TCOF1Q13428 GPR158-AS1-201ENST00000449643 2433 ntTSL 2 BASIC23.55■■□□□ 1.36
TCOF1Q13428 TRPM2-AS-202ENST00000456880 2056 ntTSL 2 BASIC23.55■■□□□ 1.36
TCOF1Q13428 PPTC7-201ENST00000354300 4996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
TCOF1Q13428 EZR-202ENST00000367075 3096 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
TCOF1Q13428 GOLM1-203ENST00000388712 3046 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
TCOF1Q13428 C6orf106-202ENST00000374023 4418 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
TCOF1Q13428 ANP32A-203ENST00000465139 2440 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
TCOF1Q13428 ZBTB12BP-201ENST00000314232 1122 ntBASIC23.55■■□□□ 1.36
TCOF1Q13428 ZNF135-202ENST00000359978 2120 ntTSL 2 BASIC23.55■■□□□ 1.36
TCOF1Q13428 ROR2-202ENST00000375715 2993 ntTSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
TCOF1Q13428 AC017104.1-201ENST00000415129 720 ntTSL 3 BASIC23.55■■□□□ 1.36
TCOF1Q13428 PFN1P12-201ENST00000455938 534 ntBASIC23.55■■□□□ 1.36
TCOF1Q13428 YIF1A-210ENST00000496746 667 ntTSL 2 BASIC23.55■■□□□ 1.36
TCOF1Q13428 AC125603.2-201ENST00000546835 876 ntTSL 3 BASIC23.55■■□□□ 1.36
TCOF1Q13428 C17orf49-209ENST00000552775 779 ntTSL 5 BASIC23.55■■□□□ 1.36
TCOF1Q13428 NAT9-224ENST00000583757 583 ntTSL 3 BASIC23.55■■□□□ 1.36
TCOF1Q13428 UPK1A-204ENST00000617999 1268 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.55■■□□□ 1.36
TCOF1Q13428 MIR6727-201ENST00000620702 65 ntBASIC23.55■■□□□ 1.36
TCOF1Q13428 WDR45-230ENST00000634559 1192 ntTSL 5 BASIC23.55■■□□□ 1.36
TCOF1Q13428 PRSS30P-206ENST00000641773 873 ntBASIC23.55■■□□□ 1.36
TCOF1Q13428 PARD3-214ENST00000545693 5962 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
TCOF1Q13428 ETV3-201ENST00000326786 1539 ntTSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
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