Protein–RNA interactions for Protein: Q12873

CHD3, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 2,000 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD3Q12873 MED22-201ENST00000343730 1437 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
CHD3Q12873 TST-202ENST00000403892 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
CHD3Q12873 CTBP2-211ENST00000494626 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
CHD3Q12873 DVL1-201ENST00000378888 3239 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.17■□□□□ 0.82
CHD3Q12873 NFU1-203ENST00000410022 1467 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
CHD3Q12873 MYPOP-201ENST00000322217 1890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
CHD3Q12873 GDF1-201ENST00000247005 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
CHD3Q12873 CERS1-204ENST00000623882 2517 ntTSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
CHD3Q12873 TTBK2-207ENST00000567840 1961 ntTSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
CHD3Q12873 KLC1-203ENST00000347839 2271 ntTSL 5 BASIC20.17■□□□□ 0.82
CHD3Q12873 PKIB-205ENST00000368452 1398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
CHD3Q12873 AL022341.2-201ENST00000573609 1417 ntTSL 3 BASIC20.16■□□□□ 0.82
CHD3Q12873 TSKU-201ENST00000333090 2712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
CHD3Q12873 REEP6-201ENST00000233596 1794 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
CHD3Q12873 CCR10-201ENST00000332438 1773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
CHD3Q12873 PINK1-201ENST00000321556 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
CHD3Q12873 SDS-201ENST00000257549 1606 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.16■□□□□ 0.82
CHD3Q12873 SYT7-202ENST00000535826 1621 ntTSL 5 BASIC20.16■□□□□ 0.82
CHD3Q12873 PDPK1-204ENST00000441549 1729 ntTSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
CHD3Q12873 MAP3K3-210ENST00000584573 2480 ntTSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
CHD3Q12873 ARMC10-208ENST00000441711 2524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
CHD3Q12873 CDK2AP1-201ENST00000261692 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
CHD3Q12873 GCLC-209ENST00000514004 2356 ntTSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
CHD3Q12873 FBXL6-202ENST00000455319 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
CHD3Q12873 CREM-229ENST00000474362 1030 ntTSL 2 BASIC20.15■□□□□ 0.82
CHD3Q12873 KAT8-202ENST00000448516 1789 ntTSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
CHD3Q12873 PURG-202ENST00000475541 2875 ntAPPRIS P1 BASIC20.15■□□□□ 0.82
CHD3Q12873 ANKRD9-204ENST00000559651 1444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
CHD3Q12873 TMUB1-203ENST00000462940 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
CHD3Q12873 KAT8-206ENST00000543774 1846 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.15■□□□□ 0.82
CHD3Q12873 P2RX2-205ENST00000352418 1200 ntTSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
CHD3Q12873 C5orf38-202ENST00000397835 681 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.15■□□□□ 0.82
CHD3Q12873 SCARA5-204ENST00000524352 1945 ntTSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
CHD3Q12873 CEBPA-AS1-201ENST00000592982 2198 ntBASIC20.14■□□□□ 0.81
CHD3Q12873 TSPAN13-201ENST00000262067 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
CHD3Q12873 CCDC106-202ENST00000586790 2162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
CHD3Q12873 KRT16P3-201ENST00000439127 1283 ntBASIC20.14■□□□□ 0.81
CHD3Q12873 KLF3-AS1-202ENST00000440181 2368 ntTSL 2 BASIC20.14■□□□□ 0.81
CHD3Q12873 AC020928.2-201ENST00000588717 2197 ntBASIC20.13■□□□□ 0.81
CHD3Q12873 MPST-203ENST00000401419 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
CHD3Q12873 CENPVL1-201ENST00000602548 1620 ntAPPRIS P1 BASIC20.13■□□□□ 0.81
CHD3Q12873 CENPVL2-201ENST00000634648 1620 ntAPPRIS P1 BASIC20.13■□□□□ 0.81
CHD3Q12873 HOMER3-201ENST00000221222 1384 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.13■□□□□ 0.81
CHD3Q12873 SLC25A1-202ENST00000451283 1514 ntTSL 2 BASIC20.13■□□□□ 0.81
CHD3Q12873 ZFAND5-202ENST00000343431 1073 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.13■□□□□ 0.81
CHD3Q12873 NDEL1-219ENST00000585098 454 ntTSL 3 BASIC20.13■□□□□ 0.81
CHD3Q12873 DYRK2-203ENST00000393555 2209 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
CHD3Q12873 FCRLB-205ENST00000367948 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
CHD3Q12873 KLHDC9-203ENST00000392192 1333 ntTSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
CHD3Q12873 PLEKHO1-202ENST00000369126 1809 ntTSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
CHD3Q12873 YPEL1-202ENST00000403503 466 ntTSL 3 BASIC20.12■□□□□ 0.81
CHD3Q12873 ST3GAL6-AS1-203ENST00000488132 769 ntTSL 3 BASIC20.12■□□□□ 0.81
CHD3Q12873 OXLD1-203ENST00000571503 803 ntTSL 2 BASIC20.12■□□□□ 0.81
CHD3Q12873 MYL12B-203ENST00000581193 1249 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.12■□□□□ 0.81
CHD3Q12873 MROH6-210ENST00000533679 1921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
CHD3Q12873 DUSP22-201ENST00000344450 1485 ntTSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
CHD3Q12873 PEMT-206ENST00000435340 960 ntTSL 5 BASIC20.12■□□□□ 0.81
CHD3Q12873 BX664725.1-201ENST00000438252 379 ntBASIC20.12■□□□□ 0.81
CHD3Q12873 CTDSP2-203ENST00000547701 988 ntTSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
CHD3Q12873 EZH2-206ENST00000478654 2522 ntTSL 5 BASIC20.12■□□□□ 0.81
CHD3Q12873 E2F5-202ENST00000416274 1728 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
CHD3Q12873 RNF19B-202ENST00000356990 2598 ntTSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
CHD3Q12873 ZNF606-203ENST00000547121 1196 ntTSL 2 BASIC20.11■□□□□ 0.81
CHD3Q12873 PAOX-203ENST00000357296 1633 ntTSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
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CHD3Q12873 MT1E-201ENST00000306061 704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
CHD3Q12873 PKMYT1-211ENST00000573944 1891 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.1■□□□□ 0.81
CHD3Q12873 ARHGEF35-201ENST00000378115 2431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
CHD3Q12873 PICALM-224ENST00000630913 2261 ntTSL 5 BASIC20.1■□□□□ 0.81
CHD3Q12873 RAB20-201ENST00000267328 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
CHD3Q12873 RABL6-202ENST00000357466 1820 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
CHD3Q12873 TST-201ENST00000249042 1211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
CHD3Q12873 VSTM2L-201ENST00000373459 831 ntTSL 3 BASIC20.1■□□□□ 0.81
CHD3Q12873 SNAI3-AS1-203ENST00000565633 829 ntTSL 5 BASIC20.1■□□□□ 0.81
CHD3Q12873 EME2-205ENST00000568449 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
CHD3Q12873 OSCAR-206ENST00000391760 629 ntTSL 2 BASIC20.09■□□□□ 0.81
CHD3Q12873 HOMER3-203ENST00000433218 1418 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.09■□□□□ 0.81
CHD3Q12873 SNX5-201ENST00000377759 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
CHD3Q12873 C16orf87-201ENST00000285697 1585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
CHD3Q12873 SIX2-201ENST00000303077 2205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
CHD3Q12873 CFAP77-202ENST00000393215 901 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.09■□□□□ 0.81
CHD3Q12873 ST20-MTHFS-201ENST00000479961 859 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.09■□□□□ 0.81
CHD3Q12873 AC131281.2-201ENST00000520478 145 ntBASIC20.09■□□□□ 0.81
CHD3Q12873 KRT125P-201ENST00000546827 989 ntBASIC20.09■□□□□ 0.81
CHD3Q12873 LSM7-204ENST00000587502 575 ntTSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
CHD3Q12873 MIR4787-201ENST00000607364 84 ntBASIC20.09■□□□□ 0.81
CHD3Q12873 ZNF74-204ENST00000405993 1839 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.08■□□□□ 0.81
CHD3Q12873 KRT18P24-201ENST00000344739 1156 ntBASIC20.08■□□□□ 0.8
CHD3Q12873 PYCARD-202ENST00000350605 696 ntTSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.8
CHD3Q12873 AC092849.1-201ENST00000475250 303 ntTSL 4 BASIC20.08■□□□□ 0.8
CHD3Q12873 CLIC3-203ENST00000494426 1017 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.8
CHD3Q12873 MRGPRF-AS1-203ENST00000569432 542 ntTSL 4 BASIC20.08■□□□□ 0.8
CHD3Q12873 HMG20B-202ENST00000333651 1596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.8
CHD3Q12873 SLC35B2-204ENST00000537814 1715 ntTSL 2 BASIC20.08■□□□□ 0.8
CHD3Q12873 SPG21-201ENST00000204566 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.8
CHD3Q12873 SENP5-202ENST00000419026 973 ntTSL 3 BASIC20.07■□□□□ 0.8
CHD3Q12873 FEZ1-205ENST00000524435 750 ntTSL 2 BASIC20.07■□□□□ 0.8
CHD3Q12873 SLC35A2-209ENST00000452555 1563 ntTSL 2 BASIC20.07■□□□□ 0.8
CHD3Q12873 LTB4R2-205ENST00000543919 1560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
CHD3Q12873 NPHS2-202ENST00000367616 1670 ntTSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
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