Protein–RNA interactions for Protein: P12111

COL6A3, Collagen alpha-3(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 3,177 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A3P12111 AMZ2-201ENST00000359783 1722 ntTSL 5 BASIC25.16■■□□□ 1.62
COL6A3P12111 AK1-201ENST00000223836 736 ntTSL 3 BASIC25.16■■□□□ 1.62
COL6A3P12111 AP001005.4-202ENST00000575325 560 ntTSL 4 BASIC25.16■■□□□ 1.62
COL6A3P12111 KLHL35-204ENST00000539798 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
COL6A3P12111 AL391650.1-201ENST00000448923 1468 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.15■■□□□ 1.62
COL6A3P12111 RFFL-206ENST00000447669 2030 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.15■■□□□ 1.62
COL6A3P12111 ARL16-209ENST00000573715 763 ntTSL 3 BASIC25.15■■□□□ 1.62
COL6A3P12111 ARL16-211ENST00000576135 694 ntTSL 3 BASIC25.15■■□□□ 1.62
COL6A3P12111 RALY-201ENST00000246194 1789 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
COL6A3P12111 BCKDHB-202ENST00000356489 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
COL6A3P12111 SAE1-209ENST00000598840 1831 ntTSL 5 BASIC25.14■■□□□ 1.62
COL6A3P12111 GXYLT1P5-201ENST00000614548 1189 ntBASIC25.14■■□□□ 1.62
COL6A3P12111 MYCL-202ENST00000372816 1688 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.14■■□□□ 1.62
COL6A3P12111 Z97986.1-201ENST00000565879 476 ntTSL 5 BASIC25.14■■□□□ 1.61
COL6A3P12111 PSMC3IP-208ENST00000590760 664 ntTSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.61
COL6A3P12111 TMEM191A-211ENST00000637163 1067 ntBASIC25.14■■□□□ 1.61
COL6A3P12111 SPATA22-214ENST00000575375 1374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
COL6A3P12111 SLC39A3-203ENST00000545664 1219 ntTSL 2 BASIC25.13■■□□□ 1.61
COL6A3P12111 AC091138.1-202ENST00000578967 457 ntTSL 2 BASIC25.13■■□□□ 1.61
COL6A3P12111 AC011551.1-201ENST00000614101 683 ntBASIC25.13■■□□□ 1.61
COL6A3P12111 CCDC136-202ENST00000378685 1689 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.13■■□□□ 1.61
COL6A3P12111 COL13A1-212ENST00000520133 1833 ntTSL 5 BASIC25.13■■□□□ 1.61
COL6A3P12111 TMUB1-203ENST00000462940 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
COL6A3P12111 STMN4-201ENST00000265770 1250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
COL6A3P12111 LY6E-202ENST00000429120 1173 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
COL6A3P12111 GSR-206ENST00000546342 1482 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
COL6A3P12111 GFRA4-201ENST00000290417 1427 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
COL6A3P12111 TUNAR-203ENST00000554321 767 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC25.12■■□□□ 1.61
COL6A3P12111 DUX4L19-201ENST00000557448 1267 ntBASIC25.12■■□□□ 1.61
COL6A3P12111 AC136475.3-202ENST00000534742 812 ntTSL 2 BASIC25.11■■□□□ 1.61
COL6A3P12111 AC104771.1-201ENST00000603335 964 ntBASIC25.11■■□□□ 1.61
COL6A3P12111 AC119427.1-201ENST00000633182 556 ntTSL 4 BASIC25.11■■□□□ 1.61
COL6A3P12111 PRR25-201ENST00000301698 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
COL6A3P12111 HAS1-203ENST00000594621 760 ntTSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
COL6A3P12111 KAT5-208ENST00000530446 1697 ntTSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
COL6A3P12111 PDXP-201ENST00000215904 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
COL6A3P12111 PYCR3-203ENST00000433751 1000 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.11■■□□□ 1.61
COL6A3P12111 MED14OS-201ENST00000456333 900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
COL6A3P12111 CCDC189-211ENST00000545825 1046 ntTSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
COL6A3P12111 AC010999.2-201ENST00000621974 596 ntTSL 2 BASIC25.11■■□□□ 1.61
COL6A3P12111 ZMYND11-210ENST00000403354 1664 ntTSL 5 BASIC25.11■■□□□ 1.61
COL6A3P12111 TMEM41B-207ENST00000611268 1440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
COL6A3P12111 AC092171.1-201ENST00000455866 753 ntTSL 2 BASIC25.1■■□□□ 1.61
COL6A3P12111 HNRNPAB-202ENST00000358344 1796 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
COL6A3P12111 CASP9-201ENST00000333868 2019 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
COL6A3P12111 IL15RA-201ENST00000379971 588 ntTSL 3 BASIC25.1■■□□□ 1.61
COL6A3P12111 AC093827.2-201ENST00000512654 315 ntBASIC25.1■■□□□ 1.61
COL6A3P12111 MCRIP1-210ENST00000576431 577 ntTSL 5 BASIC25.1■■□□□ 1.61
COL6A3P12111 SYT6-210ENST00000641643 1587 ntBASIC25.1■■□□□ 1.61
COL6A3P12111 LINC01970-201ENST00000581489 1810 ntTSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
COL6A3P12111 SPEF1-201ENST00000379756 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
COL6A3P12111 FAM120AOS-202ENST00000423591 1800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
COL6A3P12111 CPTP-201ENST00000343938 2190 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.09■■□□□ 1.61
COL6A3P12111 GATM-206ENST00000558336 1522 ntTSL 2 BASIC25.09■■□□□ 1.61
COL6A3P12111 NABP2-202ENST00000341463 1411 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.09■■□□□ 1.61
COL6A3P12111 EIF3J-203ENST00000535391 925 ntTSL 2 BASIC25.09■■□□□ 1.61
COL6A3P12111 AC243829.1-202ENST00000618848 486 ntTSL 3 BASIC25.09■■□□□ 1.61
COL6A3P12111 HIST2H3C-201ENST00000369158 1656 ntAPPRIS P1 BASIC25.08■■□□□ 1.61
COL6A3P12111 HIST2H3A-201ENST00000403683 1656 ntAPPRIS P1 BASIC25.08■■□□□ 1.61
COL6A3P12111 FAM219A-202ENST00000379078 770 ntTSL 3 BASIC25.08■■□□□ 1.61
COL6A3P12111 FAM219A-205ENST00000379084 893 ntTSL 5 BASIC25.08■■□□□ 1.61
COL6A3P12111 GMPPB-202ENST00000308388 1582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
COL6A3P12111 AES-207ENST00000586839 942 ntTSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
COL6A3P12111 GPR160-201ENST00000355897 2039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
COL6A3P12111 AC007009.1-201ENST00000458624 429 ntTSL 2 BASIC25.07■■□□□ 1.6
COL6A3P12111 AC092807.3-205ENST00000467666 531 ntTSL 3 BASIC25.07■■□□□ 1.6
COL6A3P12111 PLPP5-201ENST00000419686 794 ntTSL 2 BASIC25.07■■□□□ 1.6
COL6A3P12111 CAMK1D-203ENST00000615792 1725 ntTSL 5 BASIC25.07■■□□□ 1.6
COL6A3P12111 E2F4-201ENST00000379378 2096 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
COL6A3P12111 CSPG5-205ENST00000610462 2073 ntTSL 5 BASIC25.07■■□□□ 1.6
COL6A3P12111 RABL6-204ENST00000371671 1580 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
COL6A3P12111 PITX1-205ENST00000506438 1305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
COL6A3P12111 ME3-201ENST00000323418 1068 ntTSL 5 BASIC25.06■■□□□ 1.6
COL6A3P12111 NXNL2-201ENST00000375854 805 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.06■■□□□ 1.6
COL6A3P12111 CENPH-201ENST00000283006 1389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
COL6A3P12111 AC004448.1-201ENST00000458332 883 ntBASIC25.06■■□□□ 1.6
COL6A3P12111 BCAP29-209ENST00000465919 942 ntTSL 2 BASIC25.06■■□□□ 1.6
COL6A3P12111 AC099791.1-201ENST00000416440 715 ntBASIC25.05■■□□□ 1.6
COL6A3P12111 TSPY20P-201ENST00000450910 630 ntBASIC25.05■■□□□ 1.6
COL6A3P12111 HSBP1L1-201ENST00000451882 771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
COL6A3P12111 HTR6-201ENST00000289753 1984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
COL6A3P12111 TSPAN4-203ENST00000397397 1423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
COL6A3P12111 KRT18P10-201ENST00000388836 1287 ntBASIC25.05■■□□□ 1.6
COL6A3P12111 ATF4-201ENST00000337304 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
COL6A3P12111 ANKS1B-203ENST00000341752 2115 ntTSL 2 BASIC25.05■■□□□ 1.6
COL6A3P12111 PVT1-212ENST00000521951 1535 ntTSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
COL6A3P12111 LKAAEAR1-201ENST00000302096 761 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.05■■□□□ 1.6
COL6A3P12111 LKAAEAR1-202ENST00000308906 868 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
COL6A3P12111 C5orf38-201ENST00000334000 890 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
COL6A3P12111 CTAG2-202ENST00000369585 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
COL6A3P12111 EIF6-203ENST00000374450 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
COL6A3P12111 POLE4-205ENST00000483063 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
COL6A3P12111 FOXD1-202ENST00000615637 2272 ntAPPRIS P1 BASIC25.04■■□□□ 1.6
COL6A3P12111 SNX5-217ENST00000606557 1087 ntBASIC25.04■■□□□ 1.6
COL6A3P12111 SLC52A2-201ENST00000329994 1896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
COL6A3P12111 C1orf35-201ENST00000272139 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
COL6A3P12111 RPL8-201ENST00000262584 1041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
COL6A3P12111 AL022341.2-201ENST00000573609 1417 ntTSL 3 BASIC25.04■■□□□ 1.6
COL6A3P12111 MPC1-202ENST00000360961 962 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.03■■□□□ 1.6
COL6A3P12111 RAB43-208ENST00000615093 783 ntTSL 5 BASIC25.03■■□□□ 1.6
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15.7 ms