Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3E7

CHMP3, Charged multivesicular body protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP3Q9Y3E7 DNAAF2-201ENST00000298292 2963 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
CHMP3Q9Y3E7 PRKCSH-205ENST00000587327 2189 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.98■□□□□ 0.79
CHMP3Q9Y3E7 MAGEA8-201ENST00000286482 1778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
CHMP3Q9Y3E7 COL2A1-202ENST00000380518 5071 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
CHMP3Q9Y3E7 RAD51D-218ENST00000590016 1528 ntTSL 2 BASIC19.98■□□□□ 0.79
CHMP3Q9Y3E7 TSPAN17-209ENST00000515708 2361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
CHMP3Q9Y3E7 TMUB2-209ENST00000587989 1969 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC19.98■□□□□ 0.79
CHMP3Q9Y3E7 RPS5-201ENST00000196551 740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
CHMP3Q9Y3E7 TAAR5-201ENST00000258034 1014 ntAPPRIS P1 BASIC19.98■□□□□ 0.79
CHMP3Q9Y3E7 LCE5A-201ENST00000334269 819 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.98■□□□□ 0.79
CHMP3Q9Y3E7 CALY-202ENST00000368555 783 ntTSL 2 BASIC19.98■□□□□ 0.79
CHMP3Q9Y3E7 C9orf24-204ENST00000379127 596 ntTSL 3 BASIC19.98■□□□□ 0.79
CHMP3Q9Y3E7 DIRC3-201ENST00000423123 552 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC19.98■□□□□ 0.79
CHMP3Q9Y3E7 PTK7-212ENST00000476760 902 ntTSL 2 BASIC19.98■□□□□ 0.79
CHMP3Q9Y3E7 PIMREG-202ENST00000570337 891 ntTSL 5 BASIC19.98■□□□□ 0.79
CHMP3Q9Y3E7 PIMREG-203ENST00000571373 1002 ntTSL 3 BASIC19.98■□□□□ 0.79
CHMP3Q9Y3E7 AC027307.3-201ENST00000594262 1100 ntBASIC19.98■□□□□ 0.79
CHMP3Q9Y3E7 AC239800.4-201ENST00000603712 296 ntBASIC19.98■□□□□ 0.79
CHMP3Q9Y3E7 AL035252.4-201ENST00000624174 288 ntBASIC19.98■□□□□ 0.79
CHMP3Q9Y3E7 SFT2D2-204ENST00000630869 1073 ntTSL 4 BASIC19.98■□□□□ 0.79
CHMP3Q9Y3E7 BX276092.9-202ENST00000636096 1722 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC19.98■□□□□ 0.79
CHMP3Q9Y3E7 MYB-209ENST00000442647 3304 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
CHMP3Q9Y3E7 ATP11A-AS1-201ENST00000446442 2192 ntTSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
CHMP3Q9Y3E7 VARS2-212ENST00000542001 4064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
CHMP3Q9Y3E7 GLOD4-203ENST00000536578 2497 ntTSL 5 BASIC19.98■□□□□ 0.79
CHMP3Q9Y3E7 GPAT3-208ENST00000611707 2633 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.98■□□□□ 0.79
CHMP3Q9Y3E7 DNAJA3-201ENST00000262375 2763 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
CHMP3Q9Y3E7 TLE3-212ENST00000558201 2766 ntTSL 5 BASIC19.98■□□□□ 0.79
CHMP3Q9Y3E7 FKBPL-201ENST00000375156 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
CHMP3Q9Y3E7 DCLK2-201ENST00000296550 4265 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
CHMP3Q9Y3E7 FDPS-201ENST00000356657 1478 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
CHMP3Q9Y3E7 CHST10-201ENST00000264249 2842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
CHMP3Q9Y3E7 PGAP3-201ENST00000300658 2737 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
CHMP3Q9Y3E7 PES1-202ENST00000354694 2295 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
CHMP3Q9Y3E7 RGS7-203ENST00000366564 2295 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
CHMP3Q9Y3E7 AC134407.2-201ENST00000625089 1978 ntBASIC19.97■□□□□ 0.79
CHMP3Q9Y3E7 CES4A-206ENST00000540579 1825 ntTSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
CHMP3Q9Y3E7 USP45-201ENST00000327681 6255 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
CHMP3Q9Y3E7 UAP1L1-202ENST00000409858 3365 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
CHMP3Q9Y3E7 ZNF713-202ENST00000429591 4339 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC19.97■□□□□ 0.79
CHMP3Q9Y3E7 HMGXB3-202ENST00000503427 5275 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.97■□□□□ 0.79
CHMP3Q9Y3E7 BNIP3P1-202ENST00000550043 1585 ntBASIC19.97■□□□□ 0.79
CHMP3Q9Y3E7 SLC27A5-201ENST00000263093 2361 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
CHMP3Q9Y3E7 ANXA4-202ENST00000409920 1414 ntTSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
CHMP3Q9Y3E7 COPE-202ENST00000349893 948 ntTSL 2 BASIC19.97■□□□□ 0.79
CHMP3Q9Y3E7 AC004987.2-201ENST00000395959 1148 ntBASIC19.97■□□□□ 0.79
CHMP3Q9Y3E7 AZGP1P1-201ENST00000411909 902 ntBASIC19.97■□□□□ 0.79
CHMP3Q9Y3E7 LINC00351-201ENST00000424926 911 ntTSL 3 BASIC19.97■□□□□ 0.79
CHMP3Q9Y3E7 UFL1-AS1-201ENST00000430796 548 ntTSL 3 BASIC19.97■□□□□ 0.79
CHMP3Q9Y3E7 HIST3H2BA-201ENST00000436555 524 ntBASIC19.97■□□□□ 0.79
CHMP3Q9Y3E7 AC114501.2-201ENST00000439631 535 ntBASIC19.97■□□□□ 0.79
CHMP3Q9Y3E7 AL589987.1-201ENST00000453380 819 ntBASIC19.97■□□□□ 0.79
CHMP3Q9Y3E7 AC079296.1-201ENST00000531592 560 ntTSL 3 BASIC19.97■□□□□ 0.79
CHMP3Q9Y3E7 AC091544.3-201ENST00000556424 531 ntTSL 2 BASIC19.97■□□□□ 0.79
CHMP3Q9Y3E7 SPDYE22P-201ENST00000582158 798 ntBASIC19.97■□□□□ 0.79
CHMP3Q9Y3E7 VAT1-205ENST00000587173 1174 ntTSL 2 BASIC19.97■□□□□ 0.79
CHMP3Q9Y3E7 DUSP13-214ENST00000607131 1019 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
CHMP3Q9Y3E7 AC073263.1-201ENST00000616370 494 ntTSL 3 BASIC19.97■□□□□ 0.79
CHMP3Q9Y3E7 EIF6-209ENST00000621148 1054 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.97■□□□□ 0.79
CHMP3Q9Y3E7 AC025048.6-201ENST00000634326 1161 ntBASIC19.97■□□□□ 0.79
CHMP3Q9Y3E7 ADAM10-205ENST00000461408 1932 ntTSL 2 BASIC19.97■□□□□ 0.79
CHMP3Q9Y3E7 NT5DC3-201ENST00000392876 7207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
CHMP3Q9Y3E7 IQSEC3-203ENST00000538872 7094 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.97■□□□□ 0.79
CHMP3Q9Y3E7 CLN3-201ENST00000333496 1608 ntTSL 5 BASIC19.97■□□□□ 0.79
CHMP3Q9Y3E7 PPM1E-201ENST00000308249 6542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
CHMP3Q9Y3E7 MAP4-202ENST00000360240 5142 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
CHMP3Q9Y3E7 MAPT-215ENST00000574436 1326 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.97■□□□□ 0.79
CHMP3Q9Y3E7 ATP6AP2-233ENST00000638153 1303 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.97■□□□□ 0.79
CHMP3Q9Y3E7 WASHC2C-202ENST00000359860 4471 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.97■□□□□ 0.79
CHMP3Q9Y3E7 NEIL2-204ENST00000455213 2323 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.97■□□□□ 0.79
CHMP3Q9Y3E7 TPD52L2-209ENST00000611972 2197 ntTSL 3 BASIC19.97■□□□□ 0.79
CHMP3Q9Y3E7 TRPC3-202ENST00000379645 3548 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
CHMP3Q9Y3E7 AC107871.1-202ENST00000562767 3389 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.97■□□□□ 0.79
CHMP3Q9Y3E7 FP565260.3-204ENST00000623795 2238 ntTSL 2 BASIC19.96■□□□□ 0.79
CHMP3Q9Y3E7 GBA2-202ENST00000378094 3757 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
CHMP3Q9Y3E7 MAP3K20-203ENST00000409176 2572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
CHMP3Q9Y3E7 NPC1L1-203ENST00000423141 2554 ntTSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
CHMP3Q9Y3E7 TRIM17-205ENST00000456946 1731 ntTSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
CHMP3Q9Y3E7 WT1-209ENST00000530998 2421 ntTSL 2 BASIC19.96■□□□□ 0.79
CHMP3Q9Y3E7 PDE12-202ENST00000487257 3040 ntTSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
CHMP3Q9Y3E7 LMF1-AS1-202ENST00000569574 1408 ntTSL 3 BASIC19.96■□□□□ 0.79
CHMP3Q9Y3E7 EVPL-201ENST00000301607 6614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
CHMP3Q9Y3E7 MAPK14-201ENST00000229794 3779 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
CHMP3Q9Y3E7 TRIM24-202ENST00000415680 3799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
CHMP3Q9Y3E7 YBEY-202ENST00000339195 890 ntTSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
CHMP3Q9Y3E7 CYB561D1-202ENST00000369868 1085 ntTSL 2 BASIC19.96■□□□□ 0.79
CHMP3Q9Y3E7 YBEY-203ENST00000397691 764 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.96■□□□□ 0.79
CHMP3Q9Y3E7 PABPN1L-201ENST00000411789 873 ntTSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
CHMP3Q9Y3E7 PABPN1L-202ENST00000419291 1272 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
CHMP3Q9Y3E7 CNOT8-210ENST00000519404 945 ntTSL 2 BASIC19.96■□□□□ 0.79
CHMP3Q9Y3E7 CNOT8-214ENST00000520671 923 ntTSL 2 BASIC19.96■□□□□ 0.79
CHMP3Q9Y3E7 CNOT8-218ENST00000521583 1151 ntTSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
CHMP3Q9Y3E7 AC005225.4-201ENST00000557330 545 ntBASIC19.96■□□□□ 0.79
CHMP3Q9Y3E7 KLK15-203ENST00000596931 692 ntTSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
CHMP3Q9Y3E7 KLK15-204ENST00000598239 855 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
CHMP3Q9Y3E7 PTPRF-201ENST00000359947 7727 ntTSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
CHMP3Q9Y3E7 AC007381.1-201ENST00000457668 2005 ntTSL 5 BASIC19.96■□□□□ 0.79
CHMP3Q9Y3E7 PIMREG-201ENST00000250056 1473 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
CHMP3Q9Y3E7 SLC17A7-204ENST00000600601 2237 ntTSL 2 BASIC19.96■□□□□ 0.79
CHMP3Q9Y3E7 MEX3A-202ENST00000532414 6124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 33.1 ms