Protein–RNA interactions for Protein: Q9ULD4

BRPF3, Bromodomain and PHD finger-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 1,205 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
BRPF3Q9ULD4 HCG4-201ENST00000418983 998 ntBASIC19.62■□□□□ 0.73
BRPF3Q9ULD4 BX890604.1-208ENST00000490920 726 ntTSL 2 BASIC19.62■□□□□ 0.73
BRPF3Q9ULD4 AP000892.1-201ENST00000504906 488 ntTSL 3 BASIC19.62■□□□□ 0.73
BRPF3Q9ULD4 AC139887.2-202ENST00000507446 534 ntTSL 4 BASIC19.62■□□□□ 0.73
BRPF3Q9ULD4 TPD52L1-211ENST00000532429 1022 ntTSL 2 BASIC19.62■□□□□ 0.73
BRPF3Q9ULD4 AC025162.1-201ENST00000554022 565 ntTSL 4 BASIC19.62■□□□□ 0.73
BRPF3Q9ULD4 NUBP2-214ENST00000568706 913 ntTSL 2 BASIC19.62■□□□□ 0.73
BRPF3Q9ULD4 NUTF2-206ENST00000569436 1119 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.62■□□□□ 0.73
BRPF3Q9ULD4 AC140113.2-201ENST00000604370 208 ntBASIC19.62■□□□□ 0.73
BRPF3Q9ULD4 PRSS30P-203ENST00000476276 2855 ntTSL 2 BASIC19.62■□□□□ 0.73
BRPF3Q9ULD4 ADGRE2-208ENST00000595839 2046 ntTSL 5 BASIC19.62■□□□□ 0.73
BRPF3Q9ULD4 ADAMTS13-201ENST00000355699 4442 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.62■□□□□ 0.73
BRPF3Q9ULD4 BRD3-201ENST00000303407 5652 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.62■□□□□ 0.73
BRPF3Q9ULD4 NFATC2-206ENST00000609943 5690 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.62■□□□□ 0.73
BRPF3Q9ULD4 MARCO-201ENST00000327097 1838 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.62■□□□□ 0.73
BRPF3Q9ULD4 CYB561A3-203ENST00000447532 1803 ntTSL 5 BASIC19.62■□□□□ 0.73
BRPF3Q9ULD4 TRIM33-201ENST00000358465 8339 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.62■□□□□ 0.73
BRPF3Q9ULD4 PDZD3-212ENST00000531114 2996 ntTSL 2 BASIC19.62■□□□□ 0.73
BRPF3Q9ULD4 GRM7-203ENST00000389336 2901 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.62■□□□□ 0.73
BRPF3Q9ULD4 SPOCK1-202ENST00000394945 4846 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.62■□□□□ 0.73
BRPF3Q9ULD4 LCK-206ENST00000373564 2137 ntTSL 5 BASIC19.61■□□□□ 0.73
BRPF3Q9ULD4 LPO-210ENST00000582328 2680 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.61■□□□□ 0.73
BRPF3Q9ULD4 AFF2-204ENST00000370458 1488 ntTSL 1 (best) BASIC19.61■□□□□ 0.73
BRPF3Q9ULD4 ANAPC13-206ENST00000514612 1420 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.61■□□□□ 0.73
BRPF3Q9ULD4 MAX-204ENST00000358402 1973 ntTSL 1 (best) BASIC19.61■□□□□ 0.73
BRPF3Q9ULD4 L2HGDH-202ENST00000267436 6414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.61■□□□□ 0.73
BRPF3Q9ULD4 CLDN6-201ENST00000328796 1369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.61■□□□□ 0.73
BRPF3Q9ULD4 ZNF259P1-201ENST00000407656 1365 ntBASIC19.61■□□□□ 0.73
BRPF3Q9ULD4 REEP2-211ENST00000613650 1944 ntTSL 5 BASIC19.61■□□□□ 0.73
BRPF3Q9ULD4 LCA10-201ENST00000618311 1392 ntTSL 2 BASIC19.61■□□□□ 0.73
BRPF3Q9ULD4 CLN3-216ENST00000565316 1318 ntTSL 1 (best) BASIC19.61■□□□□ 0.73
BRPF3Q9ULD4 THTPA-201ENST00000288014 2860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.61■□□□□ 0.73
BRPF3Q9ULD4 ASB1-201ENST00000264607 6994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.61■□□□□ 0.73
BRPF3Q9ULD4 MRNIP-201ENST00000292586 1238 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.61■□□□□ 0.73
BRPF3Q9ULD4 TRMT112-203ENST00000535750 823 ntTSL 2 BASIC19.61■□□□□ 0.73
BRPF3Q9ULD4 LRRC28-210ENST00000558879 581 ntTSL 4 BASIC19.61■□□□□ 0.73
BRPF3Q9ULD4 RPL28-209ENST00000560055 670 ntTSL 3 BASIC19.61■□□□□ 0.73
BRPF3Q9ULD4 TULP2-201ENST00000221399 1754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.61■□□□□ 0.73
BRPF3Q9ULD4 HSD17B4-206ENST00000504811 2740 ntTSL 2 BASIC19.61■□□□□ 0.73
BRPF3Q9ULD4 ATP6V0D1-201ENST00000290949 1716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.61■□□□□ 0.73
BRPF3Q9ULD4 OAZ2-207ENST00000560258 1744 ntTSL 5 BASIC19.61■□□□□ 0.73
BRPF3Q9ULD4 GGT4P-201ENST00000623672 1708 ntBASIC19.61■□□□□ 0.73
BRPF3Q9ULD4 SAFB-202ENST00000454510 2650 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.61■□□□□ 0.73
BRPF3Q9ULD4 FYN-202ENST00000354650 3628 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.61■□□□□ 0.73
BRPF3Q9ULD4 IGHM-202ENST00000637539 1683 ntAPPRIS P5 BASIC19.61■□□□□ 0.73
BRPF3Q9ULD4 USP27X-201ENST00000621775 2618 ntAPPRIS P1 BASIC19.61■□□□□ 0.73
BRPF3Q9ULD4 SFXN3-202ENST00000393459 3098 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.61■□□□□ 0.73
BRPF3Q9ULD4 SPERT-201ENST00000310521 1613 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.61■□□□□ 0.73
BRPF3Q9ULD4 AL031731.1-201ENST00000642131 2094 ntBASIC19.61■□□□□ 0.73
BRPF3Q9ULD4 SCAP-215ENST00000545718 2950 ntTSL 5 BASIC19.61■□□□□ 0.73
BRPF3Q9ULD4 MBD4-203ENST00000429544 2478 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.61■□□□□ 0.73
BRPF3Q9ULD4 GPR108-202ENST00000430424 2009 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.61■□□□□ 0.73
BRPF3Q9ULD4 SLC36A1-207ENST00000520701 2005 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.61■□□□□ 0.73
BRPF3Q9ULD4 TMEM143-202ENST00000377431 1960 ntTSL 1 (best) BASIC19.61■□□□□ 0.73
BRPF3Q9ULD4 SBSN-201ENST00000452271 1945 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.61■□□□□ 0.73
BRPF3Q9ULD4 AC139530.2-201ENST00000571730 1922 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.61■□□□□ 0.73
BRPF3Q9ULD4 ARHGEF28-201ENST00000296794 5246 ntTSL 5 BASIC19.6■□□□□ 0.73
BRPF3Q9ULD4 AIFM1-202ENST00000319908 2248 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.6■□□□□ 0.73
BRPF3Q9ULD4 STRA6-207ENST00000535552 2631 ntTSL 2 BASIC19.6■□□□□ 0.73
BRPF3Q9ULD4 MSI1-201ENST00000257552 2975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.6■□□□□ 0.73
BRPF3Q9ULD4 CCHCR1-208ENST00000451521 2587 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.6■□□□□ 0.73
BRPF3Q9ULD4 TUBGCP6-204ENST00000439308 6078 ntTSL 1 (best) BASIC19.6■□□□□ 0.73
BRPF3Q9ULD4 CNKSR1-202ENST00000374253 2538 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.6■□□□□ 0.73
BRPF3Q9ULD4 TOP3B-201ENST00000357179 2863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.6■□□□□ 0.73
BRPF3Q9ULD4 MUM1-201ENST00000415183 2837 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.6■□□□□ 0.73
BRPF3Q9ULD4 HIST1H3D-201ENST00000356476 411 ntAPPRIS P1 BASIC19.6■□□□□ 0.73
BRPF3Q9ULD4 FNDC11-202ENST00000370098 1112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.6■□□□□ 0.73
BRPF3Q9ULD4 TCEAL2-202ENST00000372780 1100 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.6■□□□□ 0.73
BRPF3Q9ULD4 HCG15-203ENST00000438190 1032 ntTSL 3 BASIC19.6■□□□□ 0.73
BRPF3Q9ULD4 AL807752.7-201ENST00000471521 989 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.6■□□□□ 0.73
BRPF3Q9ULD4 C1QB-203ENST00000509305 1254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.6■□□□□ 0.73
BRPF3Q9ULD4 AC002398.2-201ENST00000587767 660 ntTSL 5 BASIC19.6■□□□□ 0.73
BRPF3Q9ULD4 AC004877.2-201ENST00000623941 599 ntBASIC19.6■□□□□ 0.73
BRPF3Q9ULD4 P2RX5-TAX1BP3-201ENST00000550383 5905 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.6■□□□□ 0.73
BRPF3Q9ULD4 CNOT8-202ENST00000403027 2604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.6■□□□□ 0.73
BRPF3Q9ULD4 POTEE-204ENST00000613282 1926 ntTSL 5 BASIC19.6■□□□□ 0.73
BRPF3Q9ULD4 POTEI-202ENST00000615053 1926 ntTSL 5 BASIC19.6■□□□□ 0.73
BRPF3Q9ULD4 SLC25A18-201ENST00000327451 2244 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.6■□□□□ 0.73
BRPF3Q9ULD4 RIOX2-202ENST00000360258 2232 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.6■□□□□ 0.73
BRPF3Q9ULD4 MON2-201ENST00000393629 5612 ntTSL 1 (best) BASIC19.6■□□□□ 0.73
BRPF3Q9ULD4 FAM83G-202ENST00000388995 5266 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.6■□□□□ 0.73
BRPF3Q9ULD4 NFIX-214ENST00000592199 1509 ntTSL 5 BASIC19.6■□□□□ 0.73
BRPF3Q9ULD4 ANTXR1-201ENST00000303714 5859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.6■□□□□ 0.73
BRPF3Q9ULD4 CLEC18A-201ENST00000288040 2155 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.6■□□□□ 0.73
BRPF3Q9ULD4 SMAP1-202ENST00000370452 2491 ntTSL 2 BASIC19.6■□□□□ 0.73
BRPF3Q9ULD4 TMED9-201ENST00000332598 1473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.6■□□□□ 0.73
BRPF3Q9ULD4 AP2A2-222ENST00000534328 1491 ntTSL 5 BASIC19.6■□□□□ 0.73
BRPF3Q9ULD4 PANK2-209ENST00000621507 1763 ntTSL 1 (best) BASIC19.6■□□□□ 0.73
BRPF3Q9ULD4 NAALADL1-204ENST00000358658 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.59■□□□□ 0.73
BRPF3Q9ULD4 CDK2-204ENST00000553376 1725 ntTSL 5 BASIC19.59■□□□□ 0.73
BRPF3Q9ULD4 TMEM132D-202ENST00000422113 5776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.59■□□□□ 0.73
BRPF3Q9ULD4 CORO6-201ENST00000345068 2603 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC19.59■□□□□ 0.73
BRPF3Q9ULD4 IQCA1L-203ENST00000615129 2606 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.59■□□□□ 0.73
BRPF3Q9ULD4 GIPC2-201ENST00000370759 3847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.59■□□□□ 0.73
BRPF3Q9ULD4 ACP5-203ENST00000433365 1397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.59■□□□□ 0.73
BRPF3Q9ULD4 TEAD4-202ENST00000359864 1690 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.59■□□□□ 0.73
BRPF3Q9ULD4 CCDC40-201ENST00000269318 1970 ntTSL 2 BASIC19.59■□□□□ 0.73
BRPF3Q9ULD4 SYNRG-225ENST00000619541 3787 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.59■□□□□ 0.73
BRPF3Q9ULD4 MBNL1-201ENST00000282486 6422 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC19.59■□□□□ 0.73
BRPF3Q9ULD4 MALT1-202ENST00000348428 9368 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.59■□□□□ 0.73
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 38.2 ms