Protein–RNA interactions for Protein: Q9UGP4

LIMD1, LIM domain-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 676 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMD1Q9UGP4 CD74-212ENST00000524315 584 ntTSL 5 BASIC16.75■□□□□ 0.27
LIMD1Q9UGP4 AC124947.2-201ENST00000547118 1133 ntBASIC16.75■□□□□ 0.27
LIMD1Q9UGP4 AC087612.1-201ENST00000560238 658 ntTSL 5 BASIC16.75■□□□□ 0.27
LIMD1Q9UGP4 AC092131.1-201ENST00000564046 548 ntTSL 4 BASIC16.75■□□□□ 0.27
LIMD1Q9UGP4 TECR-207ENST00000596073 1170 ntTSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
LIMD1Q9UGP4 KLK15-203ENST00000596931 692 ntTSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
LIMD1Q9UGP4 AC233724.13-201ENST00000598383 410 ntBASIC16.75■□□□□ 0.27
LIMD1Q9UGP4 TECR-220ENST00000600083 1204 ntTSL 2 BASIC16.75■□□□□ 0.27
LIMD1Q9UGP4 ATOH1-201ENST00000306011 2212 ntAPPRIS P1 BASIC16.75■□□□□ 0.27
LIMD1Q9UGP4 SLC27A2-201ENST00000267842 2394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
LIMD1Q9UGP4 RHCE-201ENST00000294413 1591 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
LIMD1Q9UGP4 ETV7-207ENST00000620358 1599 ntTSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
LIMD1Q9UGP4 TAF3-201ENST00000344293 4872 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
LIMD1Q9UGP4 AC003002.1-202ENST00000596755 1743 ntAPPRIS P1 BASIC16.75■□□□□ 0.27
LIMD1Q9UGP4 HIP1R-201ENST00000253083 4539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
LIMD1Q9UGP4 MAPRE1-201ENST00000375571 2623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
LIMD1Q9UGP4 INPP4A-204ENST00000409540 3231 ntTSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
LIMD1Q9UGP4 CRELD1-201ENST00000326434 1994 ntTSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
LIMD1Q9UGP4 SLC3A2-201ENST00000338663 1904 ntTSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
LIMD1Q9UGP4 NBPF11-205ENST00000615281 5494 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
LIMD1Q9UGP4 PCCB-218ENST00000490504 1613 ntTSL 3 BASIC16.74■□□□□ 0.27
LIMD1Q9UGP4 CRYM-201ENST00000219599 1471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
LIMD1Q9UGP4 ATP6AP2-233ENST00000638153 1303 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.74■□□□□ 0.27
LIMD1Q9UGP4 AES-201ENST00000221561 1884 ntTSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
LIMD1Q9UGP4 HIC2-201ENST00000407464 6798 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
LIMD1Q9UGP4 TUBBP5-201ENST00000290377 1563 ntTSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
LIMD1Q9UGP4 DEK-201ENST00000244776 1441 ntTSL 2 BASIC16.74■□□□□ 0.27
LIMD1Q9UGP4 LBX2-201ENST00000341396 886 ntTSL 3 BASIC16.74■□□□□ 0.27
LIMD1Q9UGP4 KRTAP10-2-201ENST00000391621 1149 ntAPPRIS P1 BASIC16.74■□□□□ 0.27
LIMD1Q9UGP4 AC092933.1-201ENST00000393644 945 ntBASIC16.74■□□□□ 0.27
LIMD1Q9UGP4 LINC01759-201ENST00000412639 985 ntTSL 3 BASIC16.74■□□□□ 0.27
LIMD1Q9UGP4 AL139158.2-202ENST00000428151 573 ntTSL 3 BASIC16.74■□□□□ 0.27
LIMD1Q9UGP4 KIF9-205ENST00000432493 633 ntTSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
LIMD1Q9UGP4 RHOA-206ENST00000454011 889 ntTSL 2 BASIC16.74■□□□□ 0.27
LIMD1Q9UGP4 C8orf37-AS1-202ENST00000517655 562 ntTSL 4 BASIC16.74■□□□□ 0.27
LIMD1Q9UGP4 BX927359.1-201ENST00000556073 543 ntTSL 2 BASIC16.74■□□□□ 0.27
LIMD1Q9UGP4 COMMD4-217ENST00000567195 677 ntTSL 2 BASIC16.74■□□□□ 0.27
LIMD1Q9UGP4 LINC01887-202ENST00000584734 860 ntTSL 3 BASIC16.74■□□□□ 0.27
LIMD1Q9UGP4 RPSAP52-203ENST00000622976 1023 ntBASIC16.74■□□□□ 0.27
LIMD1Q9UGP4 REPS1-208ENST00000450536 4537 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
LIMD1Q9UGP4 WASHC2C-209ENST00000540872 4519 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
LIMD1Q9UGP4 MBNL1-201ENST00000282486 6422 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC16.74■□□□□ 0.27
LIMD1Q9UGP4 WSB2-202ENST00000441406 1353 ntTSL 2 BASIC16.74■□□□□ 0.27
LIMD1Q9UGP4 CACNA1A-238ENST00000637276 7135 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.74■□□□□ 0.27
LIMD1Q9UGP4 KAZN-201ENST00000361144 3838 ntTSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
LIMD1Q9UGP4 MAGEA8-201ENST00000286482 1778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
LIMD1Q9UGP4 KAT7-213ENST00000510819 1769 ntTSL 2 BASIC16.74■□□□□ 0.27
LIMD1Q9UGP4 ABCG5-201ENST00000260645 2740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
LIMD1Q9UGP4 ZIC5-201ENST00000267294 4639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
LIMD1Q9UGP4 REPIN1-203ENST00000444957 2969 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
LIMD1Q9UGP4 TERT-202ENST00000334602 3210 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
LIMD1Q9UGP4 B3GNT8-201ENST00000321702 1874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
LIMD1Q9UGP4 ZBTB16-202ENST00000392996 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
LIMD1Q9UGP4 MGAT2-201ENST00000305386 2687 ntAPPRIS P1 BASIC16.73■□□□□ 0.27
LIMD1Q9UGP4 PACS2-202ENST00000430725 2944 ntTSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
LIMD1Q9UGP4 TBC1D28-201ENST00000345096 2789 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.73■□□□□ 0.27
LIMD1Q9UGP4 LRRC38-201ENST00000376085 2209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
LIMD1Q9UGP4 IQCE-217ENST00000623361 6775 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
LIMD1Q9UGP4 DMAC2-201ENST00000221943 1692 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.73■□□□□ 0.27
LIMD1Q9UGP4 ATP5S-201ENST00000245448 1671 ntTSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
LIMD1Q9UGP4 PML-206ENST00000395135 2199 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
LIMD1Q9UGP4 KCNK7-201ENST00000340313 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
LIMD1Q9UGP4 C1QC-202ENST00000374639 1183 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.73■□□□□ 0.27
LIMD1Q9UGP4 NUDT1-206ENST00000397049 714 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
LIMD1Q9UGP4 TEN1-201ENST00000397640 994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
LIMD1Q9UGP4 AL139289.2-201ENST00000424948 661 ntTSL 2 BASIC16.73■□□□□ 0.27
LIMD1Q9UGP4 AL121845.2-201ENST00000467211 252 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.73■□□□□ 0.27
LIMD1Q9UGP4 BLOC1S1-205ENST00000551926 531 ntTSL 5 BASIC16.73■□□□□ 0.27
LIMD1Q9UGP4 AL133153.2-201ENST00000557524 303 ntTSL 3 BASIC16.73■□□□□ 0.27
LIMD1Q9UGP4 RORA-AS1-205ENST00000559824 761 ntTSL 3 BASIC16.73■□□□□ 0.27
LIMD1Q9UGP4 KXD1-204ENST00000595073 1095 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.73■□□□□ 0.27
LIMD1Q9UGP4 Metazoa_SRP.80-201ENST00000619894 320 ntBASIC16.73■□□□□ 0.27
LIMD1Q9UGP4 SFTA2-203ENST00000634371 815 ntTSL 5 BASIC16.73■□□□□ 0.27
LIMD1Q9UGP4 MBD1-207ENST00000398488 1512 ntTSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
LIMD1Q9UGP4 RBFOX3-212ENST00000584778 1547 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.73■□□□□ 0.27
LIMD1Q9UGP4 BAP1-202ENST00000460680 3937 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
LIMD1Q9UGP4 ARHGAP26-202ENST00000378004 9200 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
LIMD1Q9UGP4 MAGI3-203ENST00000369615 6508 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.73■□□□□ 0.27
LIMD1Q9UGP4 ASTN2-205ENST00000361209 4622 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
LIMD1Q9UGP4 REL-202ENST00000394479 2398 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
LIMD1Q9UGP4 LAT-203ENST00000395456 1616 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
LIMD1Q9UGP4 TVP23C-204ENST00000438826 1852 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
LIMD1Q9UGP4 TMEM50B-210ENST00000542230 2375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
LIMD1Q9UGP4 UBALD1-205ENST00000590891 2641 ntBASIC16.73■□□□□ 0.27
LIMD1Q9UGP4 MCM7-203ENST00000354230 2975 ntTSL 2 BASIC16.73■□□□□ 0.27
LIMD1Q9UGP4 TNIP1-220ENST00000610535 2726 ntTSL 5 BASIC16.73■□□□□ 0.27
LIMD1Q9UGP4 B4GALT4-216ENST00000483209 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
LIMD1Q9UGP4 ARL6IP6-201ENST00000326446 2805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
LIMD1Q9UGP4 DKC1-201ENST00000369550 2577 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
LIMD1Q9UGP4 SPAG6-202ENST00000376603 2770 ntTSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
LIMD1Q9UGP4 BEND4-203ENST00000611697 1348 ntTSL 2 BASIC16.72■□□□□ 0.27
LIMD1Q9UGP4 CALM1-216ENST00000626705 1341 ntTSL 5 BASIC16.72■□□□□ 0.27
LIMD1Q9UGP4 EIF1B-AS1-206ENST00000631175 1303 ntTSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
LIMD1Q9UGP4 AC106886.4-201ENST00000623557 2502 ntBASIC16.72■□□□□ 0.27
LIMD1Q9UGP4 TTC24-201ENST00000368236 2005 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.72■□□□□ 0.27
LIMD1Q9UGP4 HSPA8-224ENST00000534624 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
LIMD1Q9UGP4 CRAMP1-202ENST00000397412 7772 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.72■□□□□ 0.27
LIMD1Q9UGP4 IDH3G-204ENST00000427365 1526 ntTSL 5 BASIC16.72■□□□□ 0.27
LIMD1Q9UGP4 AGXT-201ENST00000307503 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
LIMD1Q9UGP4 LINC00847-201ENST00000501855 1871 ntTSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 55.4 ms