Protein–RNA interactions for Protein: Q9BY12

SCAPER, S phase cyclin A-associated protein in the endoplasmic reticulum, humanhuman

Predictions only

Length 1,400 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCAPERQ9BY12 ITM2C-201ENST00000326407 1888 ntTSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
SCAPERQ9BY12 TOM1L1-201ENST00000348161 1895 ntTSL 2 BASIC23.7■■□□□ 1.38
SCAPERQ9BY12 TMC6-203ENST00000392467 2833 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
SCAPERQ9BY12 CABIN1-202ENST00000337989 2422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
SCAPERQ9BY12 SNAP47-AS1-201ENST00000413347 1708 ntTSL 2 BASIC23.7■■□□□ 1.38
SCAPERQ9BY12 SEC13-201ENST00000337354 1363 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
SCAPERQ9BY12 AC139713.2-201ENST00000641328 2723 ntBASIC23.69■■□□□ 1.38
SCAPERQ9BY12 MTHFD2L-203ENST00000395759 2354 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.69■■□□□ 1.38
SCAPERQ9BY12 ZNF618-203ENST00000374126 3018 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
SCAPERQ9BY12 SEMA6D-205ENST00000389425 2318 ntTSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
SCAPERQ9BY12 ZNF419-205ENST00000424930 2323 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
SCAPERQ9BY12 SNHG20-204ENST00000566583 1338 ntTSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
SCAPERQ9BY12 CIDEC-201ENST00000336832 1277 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
SCAPERQ9BY12 C14orf178-201ENST00000355883 642 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.69■■□□□ 1.38
SCAPERQ9BY12 RNU1-114P-201ENST00000365297 166 ntBASIC23.69■■□□□ 1.38
SCAPERQ9BY12 CRYBA2-202ENST00000392096 708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
SCAPERQ9BY12 RAB1A-201ENST00000398529 1198 ntTSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
SCAPERQ9BY12 AC104457.1-201ENST00000401024 814 ntBASIC23.69■■□□□ 1.38
SCAPERQ9BY12 CIDEC-203ENST00000423850 1036 ntTSL 2 BASIC23.69■■□□□ 1.38
SCAPERQ9BY12 CIDEC-206ENST00000455015 1123 ntTSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
SCAPERQ9BY12 LY6G6C-202ENST00000495859 937 ntTSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
SCAPERQ9BY12 LEF1-AS1-204ENST00000508266 559 ntTSL 4 BASIC23.69■■□□□ 1.38
SCAPERQ9BY12 KLK3-207ENST00000595952 969 ntTSL 3 BASIC23.69■■□□□ 1.38
SCAPERQ9BY12 PPIF-201ENST00000225174 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
SCAPERQ9BY12 BPIFB4-201ENST00000375483 2159 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.69■■□□□ 1.38
SCAPERQ9BY12 KRCC1-201ENST00000347055 1753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
SCAPERQ9BY12 MAGEA4-206ENST00000393921 1727 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.69■■□□□ 1.38
SCAPERQ9BY12 CENPT-235ENST00000626059 1737 ntTSL 5 BASIC23.69■■□□□ 1.38
SCAPERQ9BY12 BX276092.9-202ENST00000636096 1722 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC23.69■■□□□ 1.38
SCAPERQ9BY12 NOS2P2-202ENST00000639528 1659 ntTSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
SCAPERQ9BY12 NCK1-201ENST00000288986 1937 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
SCAPERQ9BY12 RNF216P1-203ENST00000404404 2427 ntBASIC23.69■■□□□ 1.38
SCAPERQ9BY12 SLC37A2-203ENST00000403796 2910 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.69■■□□□ 1.38
SCAPERQ9BY12 CAMK2B-208ENST00000395747 1557 ntTSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
SCAPERQ9BY12 FFAR2-201ENST00000246549 2051 ntAPPRIS P1 BASIC23.68■■□□□ 1.38
SCAPERQ9BY12 FAM109A-204ENST00000548163 2317 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.68■■□□□ 1.38
SCAPERQ9BY12 SPAG11A-203ENST00000351436 534 ntTSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
SCAPERQ9BY12 SPAG11B-204ENST00000361111 534 ntTSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
SCAPERQ9BY12 DKFZp779M0652-201ENST00000378779 649 ntTSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
SCAPERQ9BY12 CYP46A4P-201ENST00000414953 267 ntBASIC23.68■■□□□ 1.38
SCAPERQ9BY12 LINC02028-203ENST00000443776 453 ntTSL 3 BASIC23.68■■□□□ 1.38
SCAPERQ9BY12 EIF3M-203ENST00000524896 1207 ntTSL 2 BASIC23.68■■□□□ 1.38
SCAPERQ9BY12 CCDC144NL-AS1-209ENST00000577860 884 ntTSL 5 BASIC23.68■■□□□ 1.38
SCAPERQ9BY12 AC011474.2-201ENST00000579268 543 ntTSL 3 BASIC23.68■■□□□ 1.38
SCAPERQ9BY12 MIR5572-201ENST00000583188 137 ntBASIC23.68■■□□□ 1.38
SCAPERQ9BY12 NAT9-222ENST00000583476 583 ntTSL 3 BASIC23.68■■□□□ 1.38
SCAPERQ9BY12 AC010323.1-201ENST00000598884 580 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC23.68■■□□□ 1.38
SCAPERQ9BY12 NOL4L-205ENST00000375678 2042 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.68■■□□□ 1.38
SCAPERQ9BY12 KCNS2-201ENST00000287042 5219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
SCAPERQ9BY12 EVX1-202ENST00000496902 2955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
SCAPERQ9BY12 NARFL-218ENST00000568545 2486 ntTSL 2 BASIC23.68■■□□□ 1.38
SCAPERQ9BY12 CYP2R1-207ENST00000532378 1746 ntTSL 5 BASIC23.68■■□□□ 1.38
SCAPERQ9BY12 EIF4H-201ENST00000265753 2679 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC23.68■■□□□ 1.38
SCAPERQ9BY12 ANKRD13B-209ENST00000614878 2670 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.68■■□□□ 1.38
SCAPERQ9BY12 LRRC14-201ENST00000292524 5328 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
SCAPERQ9BY12 GNA12-201ENST00000275364 4378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
SCAPERQ9BY12 UCKL1-201ENST00000354216 1837 ntTSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
SCAPERQ9BY12 Z98749.3-201ENST00000400206 1770 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.68■■□□□ 1.38
SCAPERQ9BY12 ANAPC2-201ENST00000323927 2632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
SCAPERQ9BY12 SDCCAG3P2-201ENST00000326105 1023 ntBASIC23.67■■□□□ 1.38
SCAPERQ9BY12 SEPT12-202ENST00000396693 1156 ntTSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
SCAPERQ9BY12 DLGAP4-AS1-202ENST00000433238 593 ntTSL 3 BASIC23.67■■□□□ 1.38
SCAPERQ9BY12 CR589904.1-201ENST00000437830 732 ntTSL 5 BASIC23.67■■□□□ 1.38
SCAPERQ9BY12 SEPT7P2-209ENST00000450436 601 ntTSL 4 BASIC23.67■■□□□ 1.38
SCAPERQ9BY12 AC008438.1-201ENST00000507521 549 ntTSL 2 BASIC23.67■■□□□ 1.38
SCAPERQ9BY12 LSM1-203ENST00000520755 975 ntTSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
SCAPERQ9BY12 SEPT9-233ENST00000590917 541 ntTSL 4 BASIC23.67■■□□□ 1.38
SCAPERQ9BY12 CCL5-202ENST00000605140 1244 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.67■■□□□ 1.38
SCAPERQ9BY12 AL138799.1-201ENST00000448213 1675 ntBASIC23.67■■□□□ 1.38
SCAPERQ9BY12 B3GNT9-201ENST00000449549 2917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
SCAPERQ9BY12 SPDEF-201ENST00000374037 1895 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
SCAPERQ9BY12 PLTP-205ENST00000477313 2255 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
SCAPERQ9BY12 FBXL12-206ENST00000588922 1843 ntTSL 2 BASIC23.67■■□□□ 1.38
SCAPERQ9BY12 RPS6KA1-204ENST00000374168 3186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
SCAPERQ9BY12 ZDHHC18-202ENST00000374142 5020 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
SCAPERQ9BY12 USP48-201ENST00000308271 4595 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
SCAPERQ9BY12 UBALD1-205ENST00000590891 2641 ntBASIC23.67■■□□□ 1.38
SCAPERQ9BY12 IRAK1-204ENST00000393687 2049 ntTSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
SCAPERQ9BY12 CD8A-204ENST00000409781 597 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.67■■□□□ 1.38
SCAPERQ9BY12 IQCF3-203ENST00000444293 450 ntTSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
SCAPERQ9BY12 AC009403.1-204ENST00000469539 597 ntTSL 2 BASIC23.67■■□□□ 1.38
SCAPERQ9BY12 ANAPC13-205ENST00000511751 896 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.67■■□□□ 1.38
SCAPERQ9BY12 FADS2-212ENST00000522639 360 ntTSL 5 BASIC23.67■■□□□ 1.38
SCAPERQ9BY12 FADS2-215ENST00000574708 385 ntTSL 3 BASIC23.67■■□□□ 1.38
SCAPERQ9BY12 CROCCP3-204ENST00000590118 574 ntTSL 4 BASIC23.67■■□□□ 1.38
SCAPERQ9BY12 NR2C2-206ENST00000425241 2494 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.66■■□□□ 1.38
SCAPERQ9BY12 LINC01118-203ENST00000479311 1588 ntTSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
SCAPERQ9BY12 CCDC116-203ENST00000607942 1913 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.66■■□□□ 1.38
SCAPERQ9BY12 PALM-201ENST00000264560 2755 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC23.66■■□□□ 1.38
SCAPERQ9BY12 STK4-AS1-201ENST00000434401 2065 ntTSL 2 BASIC23.66■■□□□ 1.38
SCAPERQ9BY12 HCN2-201ENST00000251287 3408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
SCAPERQ9BY12 AL354989.2-201ENST00000435838 1540 ntBASIC23.66■■□□□ 1.38
SCAPERQ9BY12 LONP1-201ENST00000360614 3236 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
SCAPERQ9BY12 EIF3G-201ENST00000253108 1103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
SCAPERQ9BY12 NFYC-202ENST00000372651 1202 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.66■■□□□ 1.38
SCAPERQ9BY12 LIMS4-201ENST00000413601 1215 ntTSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
SCAPERQ9BY12 LINC01088-201ENST00000437737 973 ntTSL 5 BASIC23.66■■□□□ 1.38
SCAPERQ9BY12 PGAP2-224ENST00000490830 810 ntTSL 3 BASIC23.66■■□□□ 1.38
SCAPERQ9BY12 BHMT-206ENST00000524080 1207 ntTSL 2 BASIC23.66■■□□□ 1.38
SCAPERQ9BY12 SDHD-202ENST00000525291 790 ntTSL 3 BASIC23.66■■□□□ 1.38
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28.5 ms