Protein–RNA interactions for Protein: Q9UN37

VPS4A, Vacuolar protein sorting-associated protein 4A, humanhuman

Predictions only

Length 437 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS4AQ9UN37 RHOQP3-201ENST00000437982 621 ntBASIC15.73■□□□□ 0.11
VPS4AQ9UN37 AL391069.2-202ENST00000447795 622 ntTSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
VPS4AQ9UN37 AC139713.2-206ENST00000499587 566 ntTSL 4 BASIC15.73■□□□□ 0.11
VPS4AQ9UN37 AC093214.1-201ENST00000511688 1107 ntBASIC15.73■□□□□ 0.11
VPS4AQ9UN37 SFTPC-204ENST00000520605 519 ntTSL 3 BASIC15.73■□□□□ 0.11
VPS4AQ9UN37 FXYD6-209ENST00000530956 579 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.73■□□□□ 0.11
VPS4AQ9UN37 AC087641.1-201ENST00000557561 1021 ntBASIC15.73■□□□□ 0.11
VPS4AQ9UN37 AC010503.2-201ENST00000599292 296 ntTSL 3 BASIC15.73■□□□□ 0.11
VPS4AQ9UN37 FSTL3-207ENST00000605925 748 ntTSL 4 BASIC15.73■□□□□ 0.11
VPS4AQ9UN37 GRIFIN-202ENST00000614228 461 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.73■□□□□ 0.11
VPS4AQ9UN37 AC244517.11-201ENST00000624192 573 ntTSL 5 BASIC15.73■□□□□ 0.11
VPS4AQ9UN37 AC110491.3-201ENST00000631985 460 ntTSL 2 BASIC15.73■□□□□ 0.11
VPS4AQ9UN37 DMKN-209ENST00000429837 1447 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
VPS4AQ9UN37 RIMS1-213ENST00000517960 4428 ntTSL 5 BASIC15.73■□□□□ 0.11
VPS4AQ9UN37 RIMS1-215ENST00000520567 4442 ntTSL 5 BASIC15.73■□□□□ 0.11
VPS4AQ9UN37 RAB37-208ENST00000402449 1560 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.73■□□□□ 0.11
VPS4AQ9UN37 LZTS1-201ENST00000265801 5459 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
VPS4AQ9UN37 CELF4-202ENST00000361795 1853 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.73■□□□□ 0.11
VPS4AQ9UN37 SP100-204ENST00000409341 1898 ntTSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
VPS4AQ9UN37 CMKLR1-204ENST00000550402 1893 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
VPS4AQ9UN37 PCGF3-213ENST00000620529 1899 ntBASIC15.73■□□□□ 0.11
VPS4AQ9UN37 SYT1-201ENST00000261205 4808 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
VPS4AQ9UN37 PLEKHA8-205ENST00000449726 7835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
VPS4AQ9UN37 USP45-201ENST00000327681 6255 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
VPS4AQ9UN37 SMAD6-201ENST00000288840 3835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
VPS4AQ9UN37 ZFPL1-201ENST00000294258 1371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
VPS4AQ9UN37 MANBAL-204ENST00000397151 1503 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.73■□□□□ 0.11
VPS4AQ9UN37 MANBAL-205ENST00000397152 1539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
VPS4AQ9UN37 SLC22A20-204ENST00000530038 1673 ntBASIC15.73■□□□□ 0.11
VPS4AQ9UN37 ZFAND6-201ENST00000261749 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
VPS4AQ9UN37 AC024909.3-201ENST00000611513 2257 ntBASIC15.73■□□□□ 0.11
VPS4AQ9UN37 AC006449.6-201ENST00000612330 2296 ntBASIC15.73■□□□□ 0.11
VPS4AQ9UN37 PI4KAP1-201ENST00000610959 2425 ntTSL 2 BASIC15.73■□□□□ 0.11
VPS4AQ9UN37 DIABLO-208ENST00000464942 2569 ntTSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
VPS4AQ9UN37 C16orf71-201ENST00000299320 2722 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
VPS4AQ9UN37 TNFRSF14-AS1-202ENST00000432521 3608 ntTSL 2 BASIC15.73■□□□□ 0.11
VPS4AQ9UN37 MDFIC-202ENST00000393486 4393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
VPS4AQ9UN37 SLC12A9-201ENST00000354161 3273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
VPS4AQ9UN37 SHISA6-204ENST00000441885 7575 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.72■□□□□ 0.11
VPS4AQ9UN37 CHD1L-203ENST00000369259 2358 ntTSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
VPS4AQ9UN37 RCAN3-210ENST00000618490 2386 ntTSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
VPS4AQ9UN37 CHST3-201ENST00000373115 6970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
VPS4AQ9UN37 AL365203.3-201ENST00000609742 2057 ntBASIC15.72■□□□□ 0.11
VPS4AQ9UN37 GPAA1P2-202ENST00000606848 1787 ntBASIC15.72■□□□□ 0.11
VPS4AQ9UN37 PPP4R3A-205ENST00000554684 4108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
VPS4AQ9UN37 DIRAS2-201ENST00000375765 4386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
VPS4AQ9UN37 BLK-205ENST00000529894 2017 ntTSL 5 BASIC15.72■□□□□ 0.11
VPS4AQ9UN37 DNM1-208ENST00000486160 3181 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
VPS4AQ9UN37 PSD-201ENST00000020673 4183 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
VPS4AQ9UN37 MCM4-201ENST00000262105 4183 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
VPS4AQ9UN37 DAND5-202ENST00000585548 1731 ntTSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
VPS4AQ9UN37 LINC01144-201ENST00000626198 1710 ntBASIC15.72■□□□□ 0.11
VPS4AQ9UN37 SHISA9-203ENST00000558583 6724 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC15.72■□□□□ 0.11
VPS4AQ9UN37 PSMD2-201ENST00000310118 3449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
VPS4AQ9UN37 ARRB2-203ENST00000381488 1236 ntTSL 2 BASIC15.72■□□□□ 0.11
VPS4AQ9UN37 CDK2AP2P3-201ENST00000422476 372 ntBASIC15.72■□□□□ 0.11
VPS4AQ9UN37 ARPC4-203ENST00000433034 926 ntTSL 3 BASIC15.72■□□□□ 0.11
VPS4AQ9UN37 AL121832.1-203ENST00000433121 475 ntTSL 3 BASIC15.72■□□□□ 0.11
VPS4AQ9UN37 POU5F1P6-201ENST00000466990 990 ntBASIC15.72■□□□□ 0.11
VPS4AQ9UN37 AKR1A1-204ENST00000471651 1018 ntTSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
VPS4AQ9UN37 AC064807.1-203ENST00000520357 575 ntTSL 5 BASIC15.72■□□□□ 0.11
VPS4AQ9UN37 DUSP6-204ENST00000547291 1074 ntTSL 2 BASIC15.72■□□□□ 0.11
VPS4AQ9UN37 AC005412.3-201ENST00000580309 715 ntBASIC15.72■□□□□ 0.11
VPS4AQ9UN37 AC104971.3-201ENST00000589794 335 ntTSL 2 BASIC15.72■□□□□ 0.11
VPS4AQ9UN37 BSG-214ENST00000614867 960 ntTSL 3 BASIC15.72■□□□□ 0.11
VPS4AQ9UN37 EYA2-208ENST00000497062 2384 ntTSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
VPS4AQ9UN37 DYNLL2-201ENST00000579991 6805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
VPS4AQ9UN37 TMEM101-201ENST00000206380 1536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
VPS4AQ9UN37 GOLGA2P2Y-202ENST00000423852 1506 ntBASIC15.72■□□□□ 0.11
VPS4AQ9UN37 C1orf43-201ENST00000350592 1610 ntTSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
VPS4AQ9UN37 EIF2B4-206ENST00000451130 1633 ntTSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
VPS4AQ9UN37 GIT2-220ENST00000553118 2424 ntTSL 5 BASIC15.72■□□□□ 0.11
VPS4AQ9UN37 DAPK2-202ENST00000457488 1741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
VPS4AQ9UN37 WDR74-205ENST00000525752 1724 ntTSL 5 BASIC15.71■□□□□ 0.11
VPS4AQ9UN37 RBFOX1-212ENST00000550418 4775 ntTSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
VPS4AQ9UN37 OPCML-202ENST00000374778 1302 ntTSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
VPS4AQ9UN37 LINC02415-201ENST00000508505 1315 ntTSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
VPS4AQ9UN37 ABTB1-201ENST00000232744 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
VPS4AQ9UN37 H1F0-201ENST00000340857 2344 ntAPPRIS P1 BASIC15.71■□□□□ 0.11
VPS4AQ9UN37 LDB3-208ENST00000623007 1664 ntTSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
VPS4AQ9UN37 FUT5-201ENST00000252675 1916 ntAPPRIS P1 BASIC15.71■□□□□ 0.11
VPS4AQ9UN37 CYP11A1-201ENST00000268053 1934 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
VPS4AQ9UN37 SHMT2-232ENST00000557487 1918 ntTSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
VPS4AQ9UN37 PPFIBP2-201ENST00000299492 3557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
VPS4AQ9UN37 SMAP1-201ENST00000316999 2403 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
VPS4AQ9UN37 MRPL43-201ENST00000299179 747 ntTSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
VPS4AQ9UN37 PPIB-201ENST00000300026 1081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
VPS4AQ9UN37 KCNIP2-208ENST00000370046 923 ntTSL 5 BASIC15.71■□□□□ 0.11
VPS4AQ9UN37 ABHD11-203ENST00000395147 812 ntTSL 3 BASIC15.71■□□□□ 0.11
VPS4AQ9UN37 NPY-203ENST00000407573 705 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.71■□□□□ 0.11
VPS4AQ9UN37 HRAS-204ENST00000417302 1233 ntTSL 5 BASIC15.71■□□□□ 0.11
VPS4AQ9UN37 HCG4-201ENST00000418983 998 ntBASIC15.71■□□□□ 0.11
VPS4AQ9UN37 AC015922.1-201ENST00000421102 1152 ntBASIC15.71■□□□□ 0.11
VPS4AQ9UN37 HRAS-205ENST00000451590 1151 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.71■□□□□ 0.11
VPS4AQ9UN37 APBB2-208ENST00000504305 1274 ntTSL 5 BASIC15.71■□□□□ 0.11
VPS4AQ9UN37 AC109322.1-201ENST00000524499 1264 ntBASIC15.71■□□□□ 0.11
VPS4AQ9UN37 AC107918.2-201ENST00000530817 355 ntBASIC15.71■□□□□ 0.11
VPS4AQ9UN37 POLD4-207ENST00000531239 584 ntTSL 2 BASIC15.71■□□□□ 0.11
VPS4AQ9UN37 BRF1-219ENST00000551787 824 ntTSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
VPS4AQ9UN37 LINC00596-201ENST00000559615 937 ntTSL 5 BASIC15.71■□□□□ 0.11
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 37.4 ms