Protein–RNA interactions for Protein: Q15858

SCN9A, Sodium channel protein type 9 subunit alpha, humanhuman

Predictions only

Length 1,988 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN9AQ15858 RHD-204ENST00000417538 1333 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.97■□□□□ 0.63
SCN9AQ15858 HRASLS5-206ENST00000540857 3032 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.97■□□□□ 0.63
SCN9AQ15858 GTF2A1L-203ENST00000430487 1575 ntTSL 2 BASIC18.97■□□□□ 0.63
SCN9AQ15858 PI16-201ENST00000373674 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.96■□□□□ 0.63
SCN9AQ15858 RTN4IP1-201ENST00000369063 1682 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.96■□□□□ 0.63
SCN9AQ15858 INTS4P1-202ENST00000587624 2985 ntTSL 5 BASIC18.96■□□□□ 0.63
SCN9AQ15858 MXRA8-209ENST00000477278 2728 ntTSL 5 BASIC18.96■□□□□ 0.63
SCN9AQ15858 NRP1-203ENST00000374821 1988 ntTSL 1 (best) BASIC18.96■□□□□ 0.63
SCN9AQ15858 ACTG1-208ENST00000575087 2001 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.96■□□□□ 0.63
SCN9AQ15858 DNMT3A-205ENST00000402667 2300 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.96■□□□□ 0.63
SCN9AQ15858 ZNF302-202ENST00000446502 2635 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.96■□□□□ 0.63
SCN9AQ15858 AL022323.1-201ENST00000366110 957 ntTSL 1 (best) BASIC18.96■□□□□ 0.63
SCN9AQ15858 MIR1202-201ENST00000408529 83 ntBASIC18.96■□□□□ 0.63
SCN9AQ15858 AC104306.2-201ENST00000451877 341 ntBASIC18.96■□□□□ 0.63
SCN9AQ15858 PGAP2-209ENST00000464261 830 ntTSL 3 BASIC18.96■□□□□ 0.63
SCN9AQ15858 AP001582.1-201ENST00000525856 295 ntBASIC18.96■□□□□ 0.63
SCN9AQ15858 ACYP1-206ENST00000555694 565 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.96■□□□□ 0.63
SCN9AQ15858 AC091891.1-201ENST00000560688 688 ntTSL 3 BASIC18.96■□□□□ 0.63
SCN9AQ15858 ARL16-210ENST00000574938 751 ntTSL 2 BASIC18.96■□□□□ 0.63
SCN9AQ15858 KSR1-207ENST00000578981 748 ntTSL 4 BASIC18.96■□□□□ 0.63
SCN9AQ15858 AL021578.1-201ENST00000613646 709 ntBASIC18.96■□□□□ 0.63
SCN9AQ15858 EBAG9-209ENST00000614147 1179 ntTSL 5 BASIC18.96■□□□□ 0.63
SCN9AQ15858 AC138951.2-201ENST00000623455 1161 ntBASIC18.96■□□□□ 0.63
SCN9AQ15858 ASPH-211ENST00000518068 2744 ntTSL 1 (best) BASIC18.96■□□□□ 0.63
SCN9AQ15858 MRPL11-201ENST00000310999 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.96■□□□□ 0.63
SCN9AQ15858 ACSF3-204ENST00000406948 2247 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.96■□□□□ 0.63
SCN9AQ15858 ZNF711-201ENST00000276123 2887 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.96■□□□□ 0.63
SCN9AQ15858 PSMD13-212ENST00000532097 1991 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.96■□□□□ 0.63
SCN9AQ15858 AKAP9-205ENST00000394564 1356 ntTSL 1 (best) BASIC18.96■□□□□ 0.63
SCN9AQ15858 PKN3-201ENST00000291906 3375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.96■□□□□ 0.63
SCN9AQ15858 ADAM6-201ENST00000606026 1843 ntTSL 2 BASIC18.96■□□□□ 0.63
SCN9AQ15858 MANSC1-201ENST00000396349 2220 ntTSL 2 BASIC18.96■□□□□ 0.63
SCN9AQ15858 PML-220ENST00000569477 2251 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
SCN9AQ15858 MOB3A-201ENST00000357066 3391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
SCN9AQ15858 TRIM13-201ENST00000356017 1637 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
SCN9AQ15858 CACNG5-201ENST00000307139 926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
SCN9AQ15858 CSHL1-203ENST00000346606 659 ntTSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
SCN9AQ15858 EMC3-AS1-202ENST00000366264 559 ntTSL 4 BASIC18.95■□□□□ 0.62
SCN9AQ15858 TNFRSF14-AS1-206ENST00000452793 569 ntTSL 3 BASIC18.95■□□□□ 0.62
SCN9AQ15858 AKIP1-210ENST00000534147 1022 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
SCN9AQ15858 ACTG1P17-201ENST00000558391 1119 ntBASIC18.95■□□□□ 0.62
SCN9AQ15858 AC009486.1-201ENST00000569860 813 ntBASIC18.95■□□□□ 0.62
SCN9AQ15858 TMEM101-204ENST00000587529 965 ntTSL 2 BASIC18.95■□□□□ 0.62
SCN9AQ15858 UBL5-208ENST00000593087 320 ntTSL 3 BASIC18.95■□□□□ 0.62
SCN9AQ15858 AIFM3-202ENST00000399167 2387 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.95■□□□□ 0.62
SCN9AQ15858 AIFM3-207ENST00000440238 2368 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
SCN9AQ15858 ADAM8-205ENST00000485491 2441 ntTSL 2 BASIC18.95■□□□□ 0.62
SCN9AQ15858 RNF165-205ENST00000588679 2904 ntBASIC18.95■□□□□ 0.62
SCN9AQ15858 KRCC1-201ENST00000347055 1753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
SCN9AQ15858 CEP76-202ENST00000423709 2197 ntTSL 2 BASIC18.95■□□□□ 0.62
SCN9AQ15858 NAA35-201ENST00000361671 2649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
SCN9AQ15858 CDK8-201ENST00000381527 3055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
SCN9AQ15858 ACBD3-201ENST00000366812 3573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
SCN9AQ15858 SEPHS1-202ENST00000378614 2387 ntTSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
SCN9AQ15858 SLC12A2-201ENST00000262461 6885 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
SCN9AQ15858 WT1-203ENST00000379079 2466 ntTSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
SCN9AQ15858 TBL2-205ENST00000432538 1573 ntTSL 2 BASIC18.95■□□□□ 0.62
SCN9AQ15858 NKAIN1-201ENST00000373736 2589 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.95■□□□□ 0.62
SCN9AQ15858 AL138709.1-201ENST00000614840 1693 ntBASIC18.95■□□□□ 0.62
SCN9AQ15858 FAM215B-201ENST00000458392 2183 ntTSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
SCN9AQ15858 SLC7A2-205ENST00000522656 2274 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
SCN9AQ15858 NPPC-201ENST00000295440 500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
SCN9AQ15858 RAB4B-201ENST00000357052 1133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
SCN9AQ15858 GABARAPL2-201ENST00000037243 1002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
SCN9AQ15858 TREML1-201ENST00000373127 1194 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
SCN9AQ15858 AC007731.4-201ENST00000420225 652 ntTSL 2 BASIC18.95■□□□□ 0.62
SCN9AQ15858 ZNF527-203ENST00000483919 1142 ntTSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
SCN9AQ15858 ARL2-204ENST00000529384 830 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.95■□□□□ 0.62
SCN9AQ15858 LINC01233-203ENST00000601708 494 ntTSL 3 BASIC18.95■□□□□ 0.62
SCN9AQ15858 AL008638.5-201ENST00000623814 1298 ntBASIC18.95■□□□□ 0.62
SCN9AQ15858 PPA1-206ENST00000625364 644 ntTSL 5 BASIC18.95■□□□□ 0.62
SCN9AQ15858 LINC00854-216ENST00000636331 718 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC18.95■□□□□ 0.62
SCN9AQ15858 ARHGAP9-204ENST00000430041 2323 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
SCN9AQ15858 MB21D2-201ENST00000392452 3368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
SCN9AQ15858 AC080080.1-201ENST00000625121 2420 ntBASIC18.95■□□□□ 0.62
SCN9AQ15858 TSNARE1-201ENST00000307180 1907 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.95■□□□□ 0.62
SCN9AQ15858 DVL2-201ENST00000005340 3018 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
SCN9AQ15858 MAGEA2-207ENST00000620710 1947 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.95■□□□□ 0.62
SCN9AQ15858 SULT2B1-202ENST00000323090 1447 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
SCN9AQ15858 UBE2D2-202ENST00000398733 2702 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
SCN9AQ15858 COX6B2-201ENST00000326529 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
SCN9AQ15858 TMEM183A-201ENST00000367242 3019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
SCN9AQ15858 ST7L-207ENST00000369669 1743 ntTSL 2 BASIC18.94■□□□□ 0.62
SCN9AQ15858 MBD1-210ENST00000457839 2473 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.94■□□□□ 0.62
SCN9AQ15858 AC011676.5-201ENST00000624864 2660 ntBASIC18.94■□□□□ 0.62
SCN9AQ15858 ZNF74-201ENST00000357502 2788 ntTSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
SCN9AQ15858 SPSB4-201ENST00000310546 2908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
SCN9AQ15858 POLD4-201ENST00000312419 918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
SCN9AQ15858 PDGFB-202ENST00000381551 1125 ntTSL 5 BASIC18.94■□□□□ 0.62
SCN9AQ15858 IGLV4-69-201ENST00000390282 419 ntAPPRIS P1 BASIC18.94■□□□□ 0.62
SCN9AQ15858 DMKN-204ENST00000408915 600 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
SCN9AQ15858 BTNL8-205ENST00000505126 1294 ntTSL 2 BASIC18.94■□□□□ 0.62
SCN9AQ15858 AAMDC-206ENST00000526415 579 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.94■□□□□ 0.62
SCN9AQ15858 LINC02205-201ENST00000559752 239 ntTSL 5 BASIC18.94■□□□□ 0.62
SCN9AQ15858 C18orf21-207ENST00000610527 1059 ntTSL 2 BASIC18.94■□□□□ 0.62
SCN9AQ15858 C18orf21-208ENST00000618334 856 ntTSL 3 BASIC18.94■□□□□ 0.62
SCN9AQ15858 PARD3-210ENST00000374794 5669 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
SCN9AQ15858 AC012313.1-201ENST00000593393 3059 ntBASIC18.94■□□□□ 0.62
SCN9AQ15858 CPNE6-201ENST00000397016 2235 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.94■□□□□ 0.62
SCN9AQ15858 CPNE6-203ENST00000537691 2233 ntTSL 2 BASIC18.94■□□□□ 0.62
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30.3 ms