Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3X0

CCDC9, Coiled-coil domain-containing protein 9, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 531 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC9Q9Y3X0 PCBP1-201ENST00000303577 1750 ntAPPRIS P1 BASIC21.35■■□□□ 1.01
CCDC9Q9Y3X0 CSAD-209ENST00000453446 1774 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
CCDC9Q9Y3X0 PPP1R3E-201ENST00000452015 4773 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.35■■□□□ 1.01
CCDC9Q9Y3X0 RNF166-203ENST00000541206 2419 ntTSL 2 BASIC21.35■■□□□ 1.01
CCDC9Q9Y3X0 FBLN7-203ENST00000409450 1394 ntTSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
CCDC9Q9Y3X0 BBS7-204ENST00000506636 2570 ntTSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
CCDC9Q9Y3X0 TMEM198-201ENST00000344458 2393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
CCDC9Q9Y3X0 ZNF57-201ENST00000306908 2003 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
CCDC9Q9Y3X0 ZNF57-205ENST00000614108 2002 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.34■■□□□ 1.01
CCDC9Q9Y3X0 TGIF1-205ENST00000401449 1670 ntTSL 2 BASIC21.34■■□□□ 1.01
CCDC9Q9Y3X0 KRT8-215ENST00000552150 1687 ntTSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
CCDC9Q9Y3X0 CACNA1A-238ENST00000637276 7135 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.34■■□□□ 1.01
CCDC9Q9Y3X0 ITGB2-AS1-202ENST00000441379 2282 ntTSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
CCDC9Q9Y3X0 LINC00957-202ENST00000441052 2590 ntTSL 2 BASIC21.34■■□□□ 1.01
CCDC9Q9Y3X0 CMTM3-214ENST00000567572 1934 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
CCDC9Q9Y3X0 ZNF248-202ENST00000374648 1286 ntTSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
CCDC9Q9Y3X0 KRTAP1-4-201ENST00000377747 408 ntAPPRIS P1 BASIC21.34■■□□□ 1.01
CCDC9Q9Y3X0 AC092614.1-201ENST00000419640 909 ntTSL 3 BASIC21.34■■□□□ 1.01
CCDC9Q9Y3X0 C2orf27AP3-201ENST00000434123 579 ntBASIC21.34■■□□□ 1.01
CCDC9Q9Y3X0 RFPL4A-201ENST00000434937 1035 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.34■■□□□ 1.01
CCDC9Q9Y3X0 LIMS3-201ENST00000437679 1220 ntTSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
CCDC9Q9Y3X0 AC012441.1-201ENST00000446669 685 ntBASIC21.34■■□□□ 1.01
CCDC9Q9Y3X0 AC023310.1-201ENST00000554836 735 ntBASIC21.34■■□□□ 1.01
CCDC9Q9Y3X0 AIPL1-204ENST00000570466 1196 ntTSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
CCDC9Q9Y3X0 SHBG-212ENST00000575314 1146 ntTSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
CCDC9Q9Y3X0 CLUHP6-201ENST00000580789 941 ntBASIC21.34■■□□□ 1.01
CCDC9Q9Y3X0 AL354718.3-201ENST00000616414 581 ntBASIC21.34■■□□□ 1.01
CCDC9Q9Y3X0 FP565260.5-201ENST00000623188 479 ntTSL 3 BASIC21.34■■□□□ 1.01
CCDC9Q9Y3X0 CR382287.1-201ENST00000623954 586 ntBASIC21.34■■□□□ 1.01
CCDC9Q9Y3X0 GGA1-203ENST00000343632 3159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
CCDC9Q9Y3X0 GOLGA2P7-201ENST00000316967 2525 ntTSL 2 BASIC21.34■■□□□ 1.01
CCDC9Q9Y3X0 BRI3BP-201ENST00000341446 6648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
CCDC9Q9Y3X0 ARID1A-205ENST00000457599 6268 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.34■■□□□ 1.01
CCDC9Q9Y3X0 NOL4L-211ENST00000621426 6577 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.34■■□□□ 1.01
CCDC9Q9Y3X0 TRMT6-201ENST00000203001 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
CCDC9Q9Y3X0 RAPGEFL1-212ENST00000620260 3855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
CCDC9Q9Y3X0 LINC00221-201ENST00000603633 1656 ntTSL 2 BASIC21.34■■□□□ 1.01
CCDC9Q9Y3X0 NDFIP1-201ENST00000253814 3851 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
CCDC9Q9Y3X0 ZNF385B-204ENST00000410066 3288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
CCDC9Q9Y3X0 C17orf62-201ENST00000306645 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
CCDC9Q9Y3X0 TP73-204ENST00000378280 2062 ntTSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
CCDC9Q9Y3X0 C17orf62-203ENST00000434650 2050 ntTSL 2 BASIC21.33■■□□□ 1.01
CCDC9Q9Y3X0 KDM1A-202ENST00000400181 3059 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
CCDC9Q9Y3X0 REPS1-202ENST00000367663 2607 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.33■■□□□ 1.01
CCDC9Q9Y3X0 PLK3-201ENST00000372201 2492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
CCDC9Q9Y3X0 GMDS-AS1-201ENST00000456943 2308 ntTSL 2 BASIC21.33■■□□□ 1.01
CCDC9Q9Y3X0 STK32C-204ENST00000368622 2010 ntTSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
CCDC9Q9Y3X0 DNAJB2-201ENST00000336576 3176 ntTSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
CCDC9Q9Y3X0 SYVN1-201ENST00000294256 3048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
CCDC9Q9Y3X0 SEPT2-245ENST00000616972 3446 ntTSL 2 BASIC21.33■■□□□ 1.01
CCDC9Q9Y3X0 MCCC1-214ENST00000610757 2410 ntTSL 5 BASIC21.33■■□□□ 1.01
CCDC9Q9Y3X0 IP6K2-202ENST00000340879 1185 ntTSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
CCDC9Q9Y3X0 C9orf16-201ENST00000372994 713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
CCDC9Q9Y3X0 LARGE-AS1-202ENST00000424291 1065 ntTSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
CCDC9Q9Y3X0 Z93015.1-201ENST00000451718 390 ntBASIC21.33■■□□□ 1.01
CCDC9Q9Y3X0 EIF4HP1-201ENST00000453115 687 ntBASIC21.33■■□□□ 1.01
CCDC9Q9Y3X0 UPF3AP2-201ENST00000457924 1132 ntBASIC21.33■■□□□ 1.01
CCDC9Q9Y3X0 AL160313.1-201ENST00000502101 1039 ntTSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
CCDC9Q9Y3X0 CNGA4-202ENST00000533426 936 ntTSL 2 BASIC21.33■■□□□ 1.01
CCDC9Q9Y3X0 PAFAH1B3-202ENST00000538771 1098 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.33■■□□□ 1.01
CCDC9Q9Y3X0 TAPBPL-205ENST00000544021 772 ntTSL 3 BASIC21.33■■□□□ 1.01
CCDC9Q9Y3X0 AC105129.2-201ENST00000559536 390 ntBASIC21.33■■□□□ 1.01
CCDC9Q9Y3X0 AC022903.1-201ENST00000579327 469 ntTSL 2 BASIC21.33■■□□□ 1.01
CCDC9Q9Y3X0 APOBEC3H-206ENST00000613677 730 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.33■■□□□ 1.01
CCDC9Q9Y3X0 OPRK1-205ENST00000612786 5196 ntTSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
CCDC9Q9Y3X0 PHGDH-208ENST00000641023 2096 ntAPPRIS P1 BASIC21.33■■□□□ 1
CCDC9Q9Y3X0 EXOC5-201ENST00000340918 2632 ntTSL 2 BASIC21.33■■□□□ 1
CCDC9Q9Y3X0 BICD2-201ENST00000356884 6427 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
CCDC9Q9Y3X0 CLN5-208ENST00000636183 6664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
CCDC9Q9Y3X0 AL139300.1-201ENST00000472726 2505 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
CCDC9Q9Y3X0 GRN-222ENST00000639447 1314 ntTSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
CCDC9Q9Y3X0 KIAA0895-207ENST00000436884 1952 ntTSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
CCDC9Q9Y3X0 AC133548.2-201ENST00000568567 2605 ntTSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
CCDC9Q9Y3X0 RNPS1-203ENST00000397086 2069 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
CCDC9Q9Y3X0 SLC25A2-201ENST00000239451 1417 ntAPPRIS P1 BASIC21.32■■□□□ 1
CCDC9Q9Y3X0 SLC3A2-201ENST00000338663 1904 ntTSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
CCDC9Q9Y3X0 CCDC12-201ENST00000292314 1017 ntTSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
CCDC9Q9Y3X0 AL662890.1-201ENST00000396818 632 ntBASIC21.32■■□□□ 1
CCDC9Q9Y3X0 DSCR3-204ENST00000399001 821 ntTSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
CCDC9Q9Y3X0 FNTAP2-201ENST00000430308 634 ntBASIC21.32■■□□□ 1
CCDC9Q9Y3X0 AC007969.1-201ENST00000433675 447 ntBASIC21.32■■□□□ 1
CCDC9Q9Y3X0 AL157392.3-216ENST00000437446 462 ntTSL 3 BASIC21.32■■□□□ 1
CCDC9Q9Y3X0 AC106786.1-201ENST00000442777 792 ntTSL 3 BASIC21.32■■□□□ 1
CCDC9Q9Y3X0 BANF1-202ENST00000445560 946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
CCDC9Q9Y3X0 TIMM8B-201ENST00000504148 819 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
CCDC9Q9Y3X0 TAGLN-206ENST00000530649 1227 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
CCDC9Q9Y3X0 RERG-205ENST00000537647 935 ntTSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
CCDC9Q9Y3X0 COPS9-205ENST00000607357 418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
CCDC9Q9Y3X0 KAT8-201ENST00000219797 1525 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
CCDC9Q9Y3X0 ALDH16A1-201ENST00000293350 3153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
CCDC9Q9Y3X0 ARRB2-204ENST00000412477 1779 ntTSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
CCDC9Q9Y3X0 USE1-206ENST00000595101 1776 ntTSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
CCDC9Q9Y3X0 CYP2R1-201ENST00000334636 2235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
CCDC9Q9Y3X0 RELA-227ENST00000615805 2236 ntTSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
CCDC9Q9Y3X0 TRIM17-205ENST00000456946 1731 ntTSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
CCDC9Q9Y3X0 AL512652.2-201ENST00000625156 1716 ntBASIC21.32■■□□□ 1
CCDC9Q9Y3X0 SHANK3-201ENST00000262795 7091 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
CCDC9Q9Y3X0 TRAF4-201ENST00000262395 2923 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
CCDC9Q9Y3X0 XAF1-201ENST00000346752 1584 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
CCDC9Q9Y3X0 NEXN-AS1-201ENST00000421331 2292 ntTSL 2 BASIC21.31■■□□□ 1
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26.1 ms