Protein–RNA interactions for Protein: Q96JC1

VPS39, Vam6/Vps39-like protein, humanhuman

Predictions only

Length 886 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS39Q96JC1 FALEC-201ENST00000416894 566 ntTSL 3 BASIC16.26■□□□□ 0.19
VPS39Q96JC1 TPM4P1-201ENST00000436100 807 ntBASIC16.26■□□□□ 0.19
VPS39Q96JC1 TSPY3-202ENST00000440483 414 ntTSL 5 BASIC16.26■□□□□ 0.19
VPS39Q96JC1 KRT18P34-201ENST00000488218 1270 ntBASIC16.26■□□□□ 0.19
VPS39Q96JC1 AC079776.4-201ENST00000511039 504 ntBASIC16.26■□□□□ 0.19
VPS39Q96JC1 AC019257.1-202ENST00000521498 445 ntTSL 5 BASIC16.26■□□□□ 0.19
VPS39Q96JC1 CFL1-202ENST00000524553 860 ntTSL 2 BASIC16.26■□□□□ 0.19
VPS39Q96JC1 SMCO4-204ENST00000527149 472 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.26■□□□□ 0.19
VPS39Q96JC1 AC092384.3-201ENST00000561980 531 ntTSL 4 BASIC16.26■□□□□ 0.19
VPS39Q96JC1 AC008738.3-201ENST00000589932 659 ntTSL 2 BASIC16.26■□□□□ 0.19
VPS39Q96JC1 AC023141.13-201ENST00000604991 943 ntBASIC16.26■□□□□ 0.19
VPS39Q96JC1 ZRSR2-201ENST00000307771 1491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
VPS39Q96JC1 CLDN14-201ENST00000342108 1453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
VPS39Q96JC1 CNKSR1-202ENST00000374253 2538 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
VPS39Q96JC1 C2orf48-201ENST00000381786 1897 ntTSL 2 BASIC16.26■□□□□ 0.19
VPS39Q96JC1 SBF1-201ENST00000348911 6045 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.26■□□□□ 0.19
VPS39Q96JC1 GINS2-201ENST00000253462 2673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
VPS39Q96JC1 AL596257.1-201ENST00000641463 2694 ntBASIC16.26■□□□□ 0.19
VPS39Q96JC1 RIMS3-201ENST00000372683 1408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
VPS39Q96JC1 HSD17B7P2-202ENST00000494540 1401 ntTSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
VPS39Q96JC1 ACOT7-204ENST00000377855 1614 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
VPS39Q96JC1 FAM181A-201ENST00000267594 1816 ntTSL 2 BASIC16.26■□□□□ 0.19
VPS39Q96JC1 CT62-201ENST00000449977 1825 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
VPS39Q96JC1 TUBB-206ENST00000330914 2632 ntTSL 2 BASIC16.26■□□□□ 0.19
VPS39Q96JC1 TFR2-202ENST00000431692 2631 ntTSL 5 BASIC16.26■□□□□ 0.19
VPS39Q96JC1 TRIM7-201ENST00000274773 2840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
VPS39Q96JC1 ABCB6-201ENST00000265316 3016 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
VPS39Q96JC1 DNASE2-201ENST00000222219 1955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
VPS39Q96JC1 PKP4-AS1-203ENST00000629904 1951 ntTSL 5 BASIC16.26■□□□□ 0.19
VPS39Q96JC1 BCL9L-202ENST00000526143 5514 ntTSL 5 BASIC16.26■□□□□ 0.19
VPS39Q96JC1 HMBOX1-212ENST00000558662 1765 ntTSL 5 BASIC16.26■□□□□ 0.19
VPS39Q96JC1 AC073324.2-201ENST00000626532 2941 ntTSL 4 BASIC16.25■□□□□ 0.19
VPS39Q96JC1 HYAL1-201ENST00000266031 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
VPS39Q96JC1 ZNF398-203ENST00000483892 2121 ntTSL 5 BASIC16.25■□□□□ 0.19
VPS39Q96JC1 AC104640.1-201ENST00000562617 2109 ntBASIC16.25■□□□□ 0.19
VPS39Q96JC1 TRIM46-211ENST00000611379 3082 ntTSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
VPS39Q96JC1 TGOLN2-203ENST00000398263 6138 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
VPS39Q96JC1 AC068831.3-201ENST00000553321 1858 ntTSL 2 BASIC16.25■□□□□ 0.19
VPS39Q96JC1 AL035685.1-202ENST00000637341 1688 ntTSL 5 BASIC16.25■□□□□ 0.19
VPS39Q96JC1 SHROOM2-201ENST00000380913 7447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
VPS39Q96JC1 RBM47-202ENST00000381793 4816 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.25■□□□□ 0.19
VPS39Q96JC1 GP5-201ENST00000401815 3534 ntAPPRIS P1 BASIC16.25■□□□□ 0.19
VPS39Q96JC1 ASNS-201ENST00000175506 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
VPS39Q96JC1 CKLF-204ENST00000362093 412 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
VPS39Q96JC1 CD1E-209ENST00000368164 869 ntTSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
VPS39Q96JC1 ZNF593-202ENST00000374266 675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
VPS39Q96JC1 COPS7B-207ENST00000410024 1103 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.25■□□□□ 0.19
VPS39Q96JC1 PQLC2L-205ENST00000461040 563 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC16.25■□□□□ 0.19
VPS39Q96JC1 LDLRAD2-203ENST00000543870 1180 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
VPS39Q96JC1 FLYWCH2-203ENST00000572006 754 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.25■□□□□ 0.19
VPS39Q96JC1 AC011476.2-201ENST00000585492 1271 ntTSL 2 BASIC16.25■□□□□ 0.19
VPS39Q96JC1 SLC25A6P4-201ENST00000586535 553 ntBASIC16.25■□□□□ 0.19
VPS39Q96JC1 GIPC1-213ENST00000591349 1068 ntTSL 2 BASIC16.25■□□□□ 0.19
VPS39Q96JC1 AL078644.1-201ENST00000609881 752 ntBASIC16.25■□□□□ 0.19
VPS39Q96JC1 AC244517.5-205ENST00000623615 575 ntTSL 4 BASIC16.25■□□□□ 0.19
VPS39Q96JC1 MYZAP-202ENST00000380565 2181 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
VPS39Q96JC1 CCAR2-201ENST00000308511 4853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
VPS39Q96JC1 AC098591.1-201ENST00000381811 1613 ntTSL 2 BASIC16.25■□□□□ 0.19
VPS39Q96JC1 OTX1-201ENST00000282549 2861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
VPS39Q96JC1 OTX1-202ENST00000366671 2861 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.25■□□□□ 0.19
VPS39Q96JC1 NBEA-208ENST00000629018 10791 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.25■□□□□ 0.19
VPS39Q96JC1 CHTF18-202ENST00000317063 2988 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.25■□□□□ 0.19
VPS39Q96JC1 MGME1-202ENST00000377709 1936 ntTSL 2 BASIC16.25■□□□□ 0.19
VPS39Q96JC1 UBXN2B-201ENST00000399598 5068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
VPS39Q96JC1 PRDM6-201ENST00000407847 9267 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.25■□□□□ 0.19
VPS39Q96JC1 GULP1-209ENST00000410051 1595 ntTSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
VPS39Q96JC1 NR4A2-210ENST00000429376 1571 ntTSL 5 BASIC16.25■□□□□ 0.19
VPS39Q96JC1 AP003680.1-201ENST00000598970 3660 ntBASIC16.25■□□□□ 0.19
VPS39Q96JC1 KCP-208ENST00000620378 4515 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.25■□□□□ 0.19
VPS39Q96JC1 TLDC2-201ENST00000217320 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
VPS39Q96JC1 SLC39A1-202ENST00000356205 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
VPS39Q96JC1 GULP1-206ENST00000409830 1376 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
VPS39Q96JC1 ARAP2-201ENST00000303965 7514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
VPS39Q96JC1 PMS1-212ENST00000432292 3234 ntTSL 2 BASIC16.24■□□□□ 0.19
VPS39Q96JC1 FSD2-202ENST00000541889 2356 ntTSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
VPS39Q96JC1 ERO1B-202ENST00000354619 4567 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
VPS39Q96JC1 TBC1D10C-203ENST00000526387 1520 ntTSL 2 BASIC16.24■□□□□ 0.19
VPS39Q96JC1 ZNF767P-201ENST00000463567 3520 ntTSL 2 BASIC16.24■□□□□ 0.19
VPS39Q96JC1 HIST1H2AC-202ENST00000377791 1654 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
VPS39Q96JC1 MFGE8-215ENST00000566497 1689 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.24■□□□□ 0.19
VPS39Q96JC1 AC016027.1-202ENST00000607927 1699 ntBASIC16.24■□□□□ 0.19
VPS39Q96JC1 QRFP-202ENST00000623824 1658 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.24■□□□□ 0.19
VPS39Q96JC1 ABHD18-202ENST00000398965 2177 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.24■□□□□ 0.19
VPS39Q96JC1 SLC9A7P1-201ENST00000554295 3311 ntBASIC16.24■□□□□ 0.19
VPS39Q96JC1 FES-204ENST00000414248 2327 ntTSL 2 BASIC16.24■□□□□ 0.19
VPS39Q96JC1 ALOX15B-205ENST00000573359 1809 ntTSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
VPS39Q96JC1 RUNX1-202ENST00000344691 7274 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
VPS39Q96JC1 LSP1-204ENST00000406638 2640 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.24■□□□□ 0.19
VPS39Q96JC1 LINC02167-203ENST00000566900 1489 ntTSL 2 BASIC16.24■□□□□ 0.19
VPS39Q96JC1 WNT2-201ENST00000265441 2907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
VPS39Q96JC1 MGAT1-202ENST00000333055 8863 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.24■□□□□ 0.19
VPS39Q96JC1 SLC41A1-201ENST00000367137 4997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
VPS39Q96JC1 MFNG-201ENST00000356998 2088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
VPS39Q96JC1 TCEAL3-203ENST00000372628 1221 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.24■□□□□ 0.19
VPS39Q96JC1 WWOX-204ENST00000408984 1227 ntTSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
VPS39Q96JC1 EMC9-202ENST00000419198 953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
VPS39Q96JC1 SPDYE2-202ENST00000432940 1209 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
VPS39Q96JC1 SPDYE2B-201ENST00000436228 1209 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
VPS39Q96JC1 SNHG7-203ENST00000436596 509 ntTSL 2 BASIC16.24■□□□□ 0.19
VPS39Q96JC1 SPDYE5-201ENST00000455862 1209 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 45.5 ms