Protein–RNA interactions for Protein: Q9NXS3

KLHL28, Kelch-like protein 28, humanhuman

Predictions only

Length 571 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
KLHL28Q9NXS3 SLC26A4-AS1-202ENST00000449741 586 ntTSL 4 BASIC15.21■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 LINC00237-202ENST00000455890 1220 ntTSL 2 BASIC15.21■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 AC112482.1-201ENST00000492080 688 ntBASIC15.21■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 EFCAB1-209ENST00000523092 648 ntTSL 2 BASIC15.21■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 CD63-210ENST00000550776 870 ntTSL 5 BASIC15.21■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 AL031432.2-201ENST00000566714 459 ntBASIC15.21■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 AL928711.1-201ENST00000570165 459 ntBASIC15.21■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 MIR3909-201ENST00000579518 119 ntBASIC15.21■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 AC005256.1-202ENST00000592934 415 ntTSL 2 BASIC15.21■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 CRB3-204ENST00000600229 1078 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.21■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 AC074135.2-201ENST00000600896 510 ntTSL 3 BASIC15.21■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 AL031055.1-201ENST00000606362 631 ntBASIC15.21■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 BTC-201ENST00000395743 2816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 ZFAND5-204ENST00000376960 2686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 LITAF-201ENST00000339430 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 AFAP1-201ENST00000358461 7516 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.21■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 LRRC20-206ENST00000395011 2903 ntTSL 4 BASIC15.21■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 KLF11-201ENST00000305883 4030 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 PNCK-202ENST00000370142 1525 ntTSL 5 BASIC15.21■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 EML4-201ENST00000318522 5549 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 GAL3ST1-203ENST00000402321 1908 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.21■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 PSMC3IP-204ENST00000587209 1381 ntTSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 USP35-203ENST00000529308 4216 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.21■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 MLLT6-210ENST00000620609 2714 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 TRIM27-202ENST00000377199 2967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 FEZF1-AS1-202ENST00000428449 2653 ntTSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 AL445931.1-201ENST00000412181 2112 ntTSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 PDE4A-203ENST00000380702 4781 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 CASK-202ENST00000378158 3848 ntTSL 5 BASIC15.2■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 ARVCF-201ENST00000263207 4041 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 PRR30-202ENST00000432962 1440 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC15.2■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 CUL3-201ENST00000264414 6741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 PHTF1-205ENST00000393357 3244 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 HPCAL1-207ENST00000620771 1941 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 COQ8B-202ENST00000324464 2443 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 FAM84A-201ENST00000295092 6355 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 HELT-201ENST00000338875 1008 ntTSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 SMN1-201ENST00000351205 900 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 SMN2-201ENST00000380741 900 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 RNU1-129P-201ENST00000384064 167 ntBASIC15.2■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 ATP5G3-202ENST00000392541 842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 MOB1B-202ENST00000396051 1107 ntTSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 AC004832.2-201ENST00000426397 482 ntBASIC15.2■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 TMEM205-202ENST00000447337 916 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 KRT18P2-201ENST00000447938 1258 ntBASIC15.2■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 AL513480.1-201ENST00000451731 511 ntBASIC15.2■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 BARX1-AS1-202ENST00000454594 307 ntTSL 3 BASIC15.2■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 FAM172A-207ENST00000509739 1031 ntTSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 AP000763.4-201ENST00000544674 752 ntTSL 5 BASIC15.2■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 LRRC28-210ENST00000558879 581 ntTSL 4 BASIC15.2■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 NUTF2-206ENST00000569436 1119 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 OR7E47P-204ENST00000575924 449 ntBASIC15.2■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 U1.21-201ENST00000580816 167 ntBASIC15.2■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 OAZ1-202ENST00000582888 969 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.2■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 METTL23-202ENST00000586200 465 ntTSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 METTL23-212ENST00000590964 1006 ntTSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 ACTL9-202ENST00000612068 1252 ntBASIC15.2■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 SMN2-216ENST00000638794 846 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.2■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 AC097376.2-205ENST00000610159 5334 ntBASIC15.2■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 KRT76-201ENST00000332411 2529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 HPN-201ENST00000262626 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 UBAC2-203ENST00000403766 1375 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 VGLL4-211ENST00000430365 1377 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 MROH1-207ENST00000528919 5234 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 SNPH-202ENST00000381873 4995 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 KEAP1-201ENST00000171111 2955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 DNAAF2-201ENST00000298292 2963 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 SORCS2-201ENST00000329016 5582 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.2■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 HSFX1-201ENST00000370416 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 H1F0-201ENST00000340857 2344 ntAPPRIS P1 BASIC15.2■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 ADORA1-204ENST00000367236 3407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 KCNH3-201ENST00000257981 3867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 SGSH-201ENST00000326317 2784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 ZDHHC4-206ENST00000405731 1348 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 FGD5-206ENST00000543601 5768 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 MMP2-201ENST00000219070 3741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 HDAC11-214ENST00000446613 2875 ntTSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 AADAT-201ENST00000337664 2261 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 PAUPAR-201ENST00000630360 2965 ntBASIC15.19■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 CTBP1-209ENST00000510568 4250 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 INTS11-203ENST00000419704 1798 ntTSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 HIC2-202ENST00000407598 4734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 HLA-B-249ENST00000412585 1547 ntAPPRIS P1 BASIC15.19■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 AL592424.1-201ENST00000563624 1536 ntBASIC15.19■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 MEIS3-210ENST00000561096 1883 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 CLEC18A-209ENST00000615430 2215 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 CLEC18C-211ENST00000618957 2215 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 CLEC18B-205ENST00000619275 2215 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 TNIP1-202ENST00000389378 2935 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 ZNF831-201ENST00000371030 9401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 ZNF514-201ENST00000295208 3011 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 RNF212-203ENST00000433731 1074 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 LINC01705-201ENST00000438158 562 ntTSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 AL807752.3-201ENST00000456356 748 ntTSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 PLA2G12A-202ENST00000502283 1189 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 SUMO2P17-202ENST00000508743 738 ntTSL 3 BASIC15.19■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 TMEM97-205ENST00000583381 578 ntTSL 4 BASIC15.19■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 ELOF1-204ENST00000587806 1172 ntTSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 LINC01128-210ENST00000609139 455 ntTSL 3 BASIC15.19■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 MAP3K11-201ENST00000309100 3566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 32.3 ms