Protein–RNA interactions for Protein: P12109

COL6A1, Collagen alpha-1(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,028 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A1P12109 C9orf78-201ENST00000372447 1795 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
COL6A1P12109 PEPD-202ENST00000397032 1754 ntTSL 2 BASIC17.7■□□□□ 0.42
COL6A1P12109 SP140L-204ENST00000444636 1781 ntTSL 5 BASIC17.7■□□□□ 0.42
COL6A1P12109 SLC2A6-202ENST00000371899 2528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
COL6A1P12109 TRA2A-212ENST00000621813 1931 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.7■□□□□ 0.42
COL6A1P12109 TLK2-203ENST00000346027 3449 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
COL6A1P12109 SPTBN4-202ENST00000352632 8676 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.7■□□□□ 0.42
COL6A1P12109 GRAPL-201ENST00000344415 1308 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
COL6A1P12109 SPIN2A-201ENST00000374906 1319 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
COL6A1P12109 MUM1-216ENST00000627377 2235 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.7■□□□□ 0.42
COL6A1P12109 QRFPR-202ENST00000394427 1708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
COL6A1P12109 RALGPS1-208ENST00000424082 2362 ntTSL 2 BASIC17.69■□□□□ 0.42
COL6A1P12109 CCDC157-201ENST00000338306 3001 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.69■□□□□ 0.42
COL6A1P12109 ISLR2-210ENST00000565540 2780 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC17.69■□□□□ 0.42
COL6A1P12109 TBCEL-205ENST00000529397 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
COL6A1P12109 CPAMD8-203ENST00000443236 5992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
COL6A1P12109 HAS3-205ENST00000569188 2170 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.69■□□□□ 0.42
COL6A1P12109 NFATC1-210ENST00000587635 2195 ntTSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
COL6A1P12109 ACTR3-208ENST00000535589 1530 ntTSL 2 BASIC17.69■□□□□ 0.42
COL6A1P12109 SNAI3-AS1-202ENST00000563475 2081 ntTSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
COL6A1P12109 TEX29-201ENST00000283547 709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
COL6A1P12109 PRSS55-201ENST00000328655 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
COL6A1P12109 STPG3-201ENST00000388931 1207 ntTSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
COL6A1P12109 KNCN-202ENST00000396314 608 ntAPPRIS P3 TSL 4 BASIC17.69■□□□□ 0.42
COL6A1P12109 ZSCAN32-204ENST00000422427 1267 ntTSL 2 BASIC17.69■□□□□ 0.42
COL6A1P12109 TARDBPP1-201ENST00000442013 1203 ntBASIC17.69■□□□□ 0.42
COL6A1P12109 AL160290.2-201ENST00000448347 831 ntTSL 3 BASIC17.69■□□□□ 0.42
COL6A1P12109 AC104306.2-201ENST00000451877 341 ntBASIC17.69■□□□□ 0.42
COL6A1P12109 NEU3-202ENST00000526068 431 ntTSL 2 BASIC17.69■□□□□ 0.42
COL6A1P12109 AC084859.1-201ENST00000533002 670 ntTSL 4 BASIC17.69■□□□□ 0.42
COL6A1P12109 TAPBPL-205ENST00000544021 772 ntTSL 3 BASIC17.69■□□□□ 0.42
COL6A1P12109 AC108134.3-202ENST00000571404 1207 ntTSL 5 BASIC17.69■□□□□ 0.42
COL6A1P12109 ZSCAN32-210ENST00000573830 668 ntTSL 3 BASIC17.69■□□□□ 0.42
COL6A1P12109 LINC00658-206ENST00000600157 901 ntTSL 5 BASIC17.69■□□□□ 0.42
COL6A1P12109 HIST2H2AA4-201ENST00000607355 564 ntAPPRIS P1 BASIC17.69■□□□□ 0.42
COL6A1P12109 COPS9-205ENST00000607357 418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
COL6A1P12109 MALAT1-213ENST00000618227 593 ntTSL 3 BASIC17.69■□□□□ 0.42
COL6A1P12109 MIR6727-201ENST00000620702 65 ntBASIC17.69■□□□□ 0.42
COL6A1P12109 B3GALT5-206ENST00000615480 2617 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.69■□□□□ 0.42
COL6A1P12109 PP12613-201ENST00000424958 2230 ntBASIC17.69■□□□□ 0.42
COL6A1P12109 WRAP73-202ENST00000378322 1998 ntTSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
COL6A1P12109 FLVCR1-AS1-201ENST00000356684 2525 ntTSL 2 BASIC17.69■□□□□ 0.42
COL6A1P12109 MIIP-201ENST00000235332 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
COL6A1P12109 GTF2A1L-203ENST00000430487 1575 ntTSL 2 BASIC17.69■□□□□ 0.42
COL6A1P12109 NBL1-213ENST00000622566 2109 ntAPPRIS P3 TSL 4 BASIC17.69■□□□□ 0.42
COL6A1P12109 ZNF133-212ENST00000622607 2660 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC17.69■□□□□ 0.42
COL6A1P12109 GLIS1-201ENST00000312233 2812 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC17.69■□□□□ 0.42
COL6A1P12109 GLIS1-202ENST00000628545 2807 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.69■□□□□ 0.42
COL6A1P12109 FTSJ1-202ENST00000348411 1892 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
COL6A1P12109 ZNF22-201ENST00000298299 2551 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
COL6A1P12109 NCOA6-207ENST00000616167 3271 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.69■□□□□ 0.42
COL6A1P12109 BEX4-202ENST00000372695 1328 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
COL6A1P12109 RIC8A-201ENST00000325207 2702 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
COL6A1P12109 C21orf58-203ENST00000397680 2624 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.68■□□□□ 0.42
COL6A1P12109 PILRB-208ENST00000452089 2099 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC17.68■□□□□ 0.42
COL6A1P12109 RERG-209ENST00000546331 1383 ntTSL 2 BASIC17.68■□□□□ 0.42
COL6A1P12109 SNAP91-201ENST00000195649 4434 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.68■□□□□ 0.42
COL6A1P12109 SNAP91-204ENST00000369694 4449 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.68■□□□□ 0.42
COL6A1P12109 U2AF2-201ENST00000308924 1698 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
COL6A1P12109 MIER1-204ENST00000371012 2420 ntTSL 2 BASIC17.68■□□□□ 0.42
COL6A1P12109 SNX27-203ENST00000368843 7197 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
COL6A1P12109 HEBP1-201ENST00000014930 1173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
COL6A1P12109 ISG20-201ENST00000306072 1856 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
COL6A1P12109 TXNDC2-201ENST00000306084 1873 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
COL6A1P12109 OXSR1-201ENST00000311806 4553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
COL6A1P12109 SH3BGR-201ENST00000333634 1251 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
COL6A1P12109 SCGN-201ENST00000334979 704 ntTSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
COL6A1P12109 MAPRE1-201ENST00000375571 2623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
COL6A1P12109 AC004987.2-201ENST00000395959 1148 ntBASIC17.68■□□□□ 0.42
COL6A1P12109 DDX51-202ENST00000397333 4718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
COL6A1P12109 COMMD5-203ENST00000450361 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
COL6A1P12109 AKR7A2P1-201ENST00000460134 915 ntBASIC17.68■□□□□ 0.42
COL6A1P12109 TMEM14B-204ENST00000461342 559 ntTSL 2 BASIC17.68■□□□□ 0.42
COL6A1P12109 AL160313.1-201ENST00000502101 1039 ntTSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
COL6A1P12109 NKX3-1-202ENST00000523261 713 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
COL6A1P12109 GSDMD-206ENST00000526406 2496 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC17.68■□□□□ 0.42
COL6A1P12109 UEVLD-212ENST00000541984 755 ntTSL 3 BASIC17.68■□□□□ 0.42
COL6A1P12109 C1RL-210ENST00000544702 1569 ntTSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
COL6A1P12109 ACTG1P17-201ENST00000558391 1119 ntBASIC17.68■□□□□ 0.42
COL6A1P12109 NAT9-224ENST00000583757 583 ntTSL 3 BASIC17.68■□□□□ 0.42
COL6A1P12109 THAP4-206ENST00000612200 969 ntTSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
COL6A1P12109 AL008638.5-201ENST00000623814 1298 ntBASIC17.68■□□□□ 0.42
COL6A1P12109 GRIN3B-201ENST00000234389 3281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
COL6A1P12109 SH3YL1-206ENST00000405430 2064 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.68■□□□□ 0.42
COL6A1P12109 LCORL-201ENST00000326877 5604 ntTSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
COL6A1P12109 ALDH3A1-205ENST00000444455 1771 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.68■□□□□ 0.42
COL6A1P12109 RHBG-204ENST00000537040 1789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
COL6A1P12109 PRR19-204ENST00000598490 1641 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
COL6A1P12109 GPSM2-201ENST00000264126 3032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
COL6A1P12109 SLC39A7-202ENST00000374677 2409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
COL6A1P12109 CRMP1-202ENST00000397890 2911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
COL6A1P12109 TMC6-202ENST00000322914 2786 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
COL6A1P12109 NAA35-201ENST00000361671 2649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
COL6A1P12109 CRKL-201ENST00000354336 5325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
COL6A1P12109 EXTL3-201ENST00000220562 6483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
COL6A1P12109 NAGPA-201ENST00000312251 2202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
COL6A1P12109 ELL2-201ENST00000237853 6046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
COL6A1P12109 AC141586.5-201ENST00000624546 2050 ntBASIC17.67■□□□□ 0.42
COL6A1P12109 EP300-201ENST00000263253 9587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
COL6A1P12109 KCNJ2-AS1-201ENST00000590966 2442 ntBASIC17.67■□□□□ 0.42
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 46.4 ms