Protein–RNA interactions for Protein: Q9UFE4

CCDC39, Coiled-coil domain-containing protein 39, humanhuman

Predictions only

Length 941 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC39Q9UFE4 SCTR-201ENST00000019103 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.14■■□□□ 1.94
CCDC39Q9UFE4 SH2B1-205ENST00000538342 1532 ntTSL 2 BASIC27.14■■□□□ 1.94
CCDC39Q9UFE4 ZNF365-206ENST00000395255 1674 ntTSL 1 (best) BASIC27.14■■□□□ 1.93
CCDC39Q9UFE4 SYNDIG1-201ENST00000376862 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.13■■□□□ 1.93
CCDC39Q9UFE4 GSK3A-201ENST00000222330 2188 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.12■■□□□ 1.93
CCDC39Q9UFE4 RP9P-202ENST00000450133 1212 ntBASIC27.12■■□□□ 1.93
CCDC39Q9UFE4 NREP-216ENST00000508870 540 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC27.12■■□□□ 1.93
CCDC39Q9UFE4 TTBK2-205ENST00000567274 1777 ntTSL 5 BASIC27.12■■□□□ 1.93
CCDC39Q9UFE4 MAL2-204ENST00000614891 2818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.12■■□□□ 1.93
CCDC39Q9UFE4 ABHD17AP3-201ENST00000503096 1137 ntBASIC27.11■■□□□ 1.93
CCDC39Q9UFE4 AP000911.3-201ENST00000526377 1130 ntTSL 3 BASIC27.11■■□□□ 1.93
CCDC39Q9UFE4 SAMD4B-208ENST00000598913 2877 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.11■■□□□ 1.93
CCDC39Q9UFE4 MROH6-211ENST00000534459 1789 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.11■■□□□ 1.93
CCDC39Q9UFE4 PAIP1-208ENST00000514514 1603 ntTSL 5 BASIC27.11■■□□□ 1.93
CCDC39Q9UFE4 AC096887.2-201ENST00000623443 1957 ntBASIC27.1■■□□□ 1.93
CCDC39Q9UFE4 HORMAD2-201ENST00000336726 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
CCDC39Q9UFE4 LOR-201ENST00000368742 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
CCDC39Q9UFE4 FOXO6-202ENST00000641094 1476 ntAPPRIS P1 BASIC27.1■■□□□ 1.93
CCDC39Q9UFE4 HIRA-202ENST00000340170 3395 ntTSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
CCDC39Q9UFE4 GET4-201ENST00000265857 2090 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
CCDC39Q9UFE4 HSF1-201ENST00000400780 2105 ntTSL 5 BASIC27.1■■□□□ 1.93
CCDC39Q9UFE4 GRIN2D-201ENST00000263269 5093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.09■■□□□ 1.93
CCDC39Q9UFE4 UPF3A-209ENST00000492270 494 ntTSL 2 BASIC27.09■■□□□ 1.93
CCDC39Q9UFE4 HSPB6-202ENST00000587965 711 ntTSL 2 BASIC27.09■■□□□ 1.93
CCDC39Q9UFE4 C18orf65-201ENST00000622985 2076 ntTSL 2 BASIC27.09■■□□□ 1.93
CCDC39Q9UFE4 RPL13-202ENST00000393099 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.93
CCDC39Q9UFE4 ARHGDIA-203ENST00000541078 1517 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.08■■□□□ 1.93
CCDC39Q9UFE4 CCDC106-202ENST00000586790 2162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.93
CCDC39Q9UFE4 CACTIN-AS1-201ENST00000592274 1913 ntTSL 2 BASIC27.08■■□□□ 1.93
CCDC39Q9UFE4 CASP9-201ENST00000333868 2019 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.07■■□□□ 1.92
CCDC39Q9UFE4 RDH14-201ENST00000381249 1587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.07■■□□□ 1.92
CCDC39Q9UFE4 AL137002.2-201ENST00000639766 2238 ntTSL 5 BASIC27.07■■□□□ 1.92
CCDC39Q9UFE4 ARL6IP4-208ENST00000439686 796 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC27.07■■□□□ 1.92
CCDC39Q9UFE4 UBALD1-203ENST00000587649 707 ntTSL 3 BASIC27.07■■□□□ 1.92
CCDC39Q9UFE4 FCGRT-217ENST00000599988 660 ntTSL 5 BASIC27.07■■□□□ 1.92
CCDC39Q9UFE4 AC007029.1-201ENST00000604183 313 ntBASIC27.07■■□□□ 1.92
CCDC39Q9UFE4 AGTR1-203ENST00000404754 2252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.07■■□□□ 1.92
CCDC39Q9UFE4 IFNL4-201ENST00000606380 1637 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC27.07■■□□□ 1.92
CCDC39Q9UFE4 NSMCE4A-202ENST00000369023 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.07■■□□□ 1.92
CCDC39Q9UFE4 CEBPD-201ENST00000408965 2178 ntAPPRIS P1 BASIC27.07■■□□□ 1.92
CCDC39Q9UFE4 PPP4R4-202ENST00000328839 876 ntTSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
CCDC39Q9UFE4 ALKAL1-201ENST00000358543 1217 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
CCDC39Q9UFE4 FLVCR1-AS1-203ENST00000426161 892 ntTSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
CCDC39Q9UFE4 FGF13-AS1-202ENST00000446383 584 ntTSL 3 BASIC27.06■■□□□ 1.92
CCDC39Q9UFE4 AC018413.1-201ENST00000581996 1200 ntTSL 2 BASIC27.06■■□□□ 1.92
CCDC39Q9UFE4 USP2-204ENST00000525735 1704 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
CCDC39Q9UFE4 ID2-201ENST00000234091 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
CCDC39Q9UFE4 MAPKAP1-207ENST00000394060 1586 ntTSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
CCDC39Q9UFE4 FAM193A-211ENST00000637812 4885 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.05■■□□□ 1.92
CCDC39Q9UFE4 ARRB2-210ENST00000572457 1660 ntTSL 5 BASIC27.05■■□□□ 1.92
CCDC39Q9UFE4 RPRML-201ENST00000322329 1093 ntAPPRIS P1 BASIC27.05■■□□□ 1.92
CCDC39Q9UFE4 AC093536.1-201ENST00000569153 554 ntBASIC27.05■■□□□ 1.92
CCDC39Q9UFE4 PLEKHJ1-204ENST00000586608 935 ntTSL 3 BASIC27.05■■□□□ 1.92
CCDC39Q9UFE4 IGFBP2-201ENST00000233809 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
CCDC39Q9UFE4 COQ2-201ENST00000311461 1464 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.05■■□□□ 1.92
CCDC39Q9UFE4 PVT1-212ENST00000521951 1535 ntTSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
CCDC39Q9UFE4 ANGPTL6-203ENST00000589181 1579 ntTSL 5 BASIC27.05■■□□□ 1.92
CCDC39Q9UFE4 KRT72-202ENST00000354310 1764 ntTSL 2 BASIC27.04■■□□□ 1.92
CCDC39Q9UFE4 RCCD1-203ENST00000555155 1871 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC27.04■■□□□ 1.92
CCDC39Q9UFE4 C4orf19-202ENST00000381980 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
CCDC39Q9UFE4 MAGI2-208ENST00000522391 4878 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.04■■□□□ 1.92
CCDC39Q9UFE4 SIAH2-201ENST00000312960 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
CCDC39Q9UFE4 AC068134.2-201ENST00000437095 576 ntTSL 3 BASIC27.04■■□□□ 1.92
CCDC39Q9UFE4 WBP1-202ENST00000393972 1325 ntTSL 2 BASIC27.04■■□□□ 1.92
CCDC39Q9UFE4 CCDC96-201ENST00000310085 2091 ntAPPRIS P1 BASIC27.04■■□□□ 1.92
CCDC39Q9UFE4 CADM4-201ENST00000222374 2178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
CCDC39Q9UFE4 CCDC71L-201ENST00000315965 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.03■■□□□ 1.92
CCDC39Q9UFE4 R3HDM4-201ENST00000361574 1815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.03■■□□□ 1.92
CCDC39Q9UFE4 BSCL2-205ENST00000403550 1693 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC27.03■■□□□ 1.92
CCDC39Q9UFE4 AEBP2-204ENST00000398864 5099 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.03■■□□□ 1.92
CCDC39Q9UFE4 ZBTB45-205ENST00000600990 2159 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.02■■□□□ 1.92
CCDC39Q9UFE4 GFER-205ENST00000569451 517 ntTSL 5 BASIC27.02■■□□□ 1.92
CCDC39Q9UFE4 WDR38-203ENST00000618744 1270 ntTSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
CCDC39Q9UFE4 CPNE2-202ENST00000535318 2316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
CCDC39Q9UFE4 LRIG1-202ENST00000383703 5283 ntTSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
CCDC39Q9UFE4 DSG2-201ENST00000261590 5831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
CCDC39Q9UFE4 PORCN-203ENST00000359882 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC27.02■■□□□ 1.92
CCDC39Q9UFE4 YWHAH-202ENST00000397492 1879 ntTSL 3 BASIC27.02■■□□□ 1.92
CCDC39Q9UFE4 REEP6-201ENST00000233596 1794 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
CCDC39Q9UFE4 CHST13-201ENST00000319340 1789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
CCDC39Q9UFE4 ATPAF1-213ENST00000574428 1760 ntTSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
CCDC39Q9UFE4 ZNF205-202ENST00000382192 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.91
CCDC39Q9UFE4 DEXI-202ENST00000469379 1393 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.01■■□□□ 1.91
CCDC39Q9UFE4 RNF126P1-201ENST00000567452 1320 ntBASIC27.01■■□□□ 1.91
CCDC39Q9UFE4 TNFRSF4-201ENST00000379236 1068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.91
CCDC39Q9UFE4 PEX5-205ENST00000420616 2477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.91
CCDC39Q9UFE4 GDI1-204ENST00000447750 2474 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.91
CCDC39Q9UFE4 BIN1-201ENST00000259238 2338 ntTSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.91
CCDC39Q9UFE4 BTBD7-205ENST00000554565 2697 ntTSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.91
CCDC39Q9UFE4 ZSCAN18-212ENST00000600404 1934 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27■■□□□ 1.91
CCDC39Q9UFE4 CLEC11A-201ENST00000250340 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
CCDC39Q9UFE4 TRAP1-202ENST00000538171 2052 ntTSL 2 BASIC27■■□□□ 1.91
CCDC39Q9UFE4 FPGS-221ENST00000630236 2160 ntTSL 5 BASIC26.99■■□□□ 1.91
CCDC39Q9UFE4 OPRD1-202ENST00000621425 1217 ntTSL 1 (best) BASIC26.99■■□□□ 1.91
CCDC39Q9UFE4 ZNF76-203ENST00000373953 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.99■■□□□ 1.91
CCDC39Q9UFE4 CCSER2-202ENST00000359979 2066 ntTSL 1 (best) BASIC26.99■■□□□ 1.91
CCDC39Q9UFE4 CHKA-202ENST00000356135 1755 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.99■■□□□ 1.91
CCDC39Q9UFE4 TMEM203-201ENST00000343666 1557 ntAPPRIS P1 BASIC26.98■■□□□ 1.91
CCDC39Q9UFE4 FKBP8-213ENST00000608443 1849 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.98■■□□□ 1.91
CCDC39Q9UFE4 IQCJ-SCHIP1-201ENST00000412423 2067 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.98■■□□□ 1.91
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 17.4 ms