Protein–RNA interactions for Protein: Q9P1Q0

VPS54, Vacuolar protein sorting-associated protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 977 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS54Q9P1Q0 FAM136A-202ENST00000430566 885 ntTSL 3 BASIC27.28■■□□□ 1.96
VPS54Q9P1Q0 PLA2G10-201ENST00000438167 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.28■■□□□ 1.96
VPS54Q9P1Q0 LONRF2P2-201ENST00000439212 571 ntBASIC27.28■■□□□ 1.96
VPS54Q9P1Q0 AC116025.2-201ENST00000576632 443 ntTSL 3 BASIC27.28■■□□□ 1.96
VPS54Q9P1Q0 BHLHE23-202ENST00000612929 1109 ntBASIC27.28■■□□□ 1.96
VPS54Q9P1Q0 SPIRE1-203ENST00000410092 5533 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.28■■□□□ 1.96
VPS54Q9P1Q0 GTF2IP1-204ENST00000616377 2632 ntTSL 2 BASIC27.28■■□□□ 1.96
VPS54Q9P1Q0 GNAL-201ENST00000269162 1722 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.27■■□□□ 1.96
VPS54Q9P1Q0 NREP-202ENST00000379671 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.27■■□□□ 1.96
VPS54Q9P1Q0 FKBP1A-211ENST00000618612 1518 ntTSL 1 (best) BASIC27.27■■□□□ 1.96
VPS54Q9P1Q0 CADM4-201ENST00000222374 2178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.27■■□□□ 1.96
VPS54Q9P1Q0 FKBP1B-202ENST00000380991 1010 ntTSL 1 (best) BASIC27.27■■□□□ 1.96
VPS54Q9P1Q0 GUCD1-207ENST00000447813 895 ntTSL 3 BASIC27.27■■□□□ 1.96
VPS54Q9P1Q0 ILDR2-208ENST00000529387 1238 ntTSL 5 BASIC27.27■■□□□ 1.96
VPS54Q9P1Q0 FXYD7-204ENST00000588265 636 ntTSL 2 BASIC27.27■■□□□ 1.96
VPS54Q9P1Q0 GPR160-201ENST00000355897 2039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.27■■□□□ 1.96
VPS54Q9P1Q0 DCUN1D2-208ENST00000478244 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.27■■□□□ 1.96
VPS54Q9P1Q0 FOXO3B-201ENST00000395675 1928 ntBASIC27.27■■□□□ 1.96
VPS54Q9P1Q0 PKMYT1-211ENST00000573944 1891 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.27■■□□□ 1.96
VPS54Q9P1Q0 SPG21-201ENST00000204566 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.27■■□□□ 1.96
VPS54Q9P1Q0 CTF1-201ENST00000279804 1664 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.27■■□□□ 1.96
VPS54Q9P1Q0 DSG2-202ENST00000585206 1081 ntTSL 2 BASIC27.26■■□□□ 1.95
VPS54Q9P1Q0 PICALM-224ENST00000630913 2261 ntTSL 5 BASIC27.26■■□□□ 1.95
VPS54Q9P1Q0 KRT72-201ENST00000293745 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.26■■□□□ 1.95
VPS54Q9P1Q0 MED22-201ENST00000343730 1437 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.25■■□□□ 1.95
VPS54Q9P1Q0 IQANK1-201ENST00000527139 1803 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.25■■□□□ 1.95
VPS54Q9P1Q0 LINC01770-201ENST00000417917 634 ntTSL 2 BASIC27.25■■□□□ 1.95
VPS54Q9P1Q0 AC010980.1-201ENST00000587192 1142 ntBASIC27.25■■□□□ 1.95
VPS54Q9P1Q0 PVT1_1.1-201ENST00000615125 194 ntBASIC27.25■■□□□ 1.95
VPS54Q9P1Q0 ATXN3-252ENST00000620536 1044 ntTSL 5 BASIC27.25■■□□□ 1.95
VPS54Q9P1Q0 ATXN3-253ENST00000621269 936 ntTSL 5 BASIC27.25■■□□□ 1.95
VPS54Q9P1Q0 RABEP2-203ENST00000544477 1645 ntTSL 2 BASIC27.25■■□□□ 1.95
VPS54Q9P1Q0 TBC1D10A-201ENST00000215790 2077 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.25■■□□□ 1.95
VPS54Q9P1Q0 ZNF837-201ENST00000427624 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.24■■□□□ 1.95
VPS54Q9P1Q0 IL17RE-203ENST00000421412 2158 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.24■■□□□ 1.95
VPS54Q9P1Q0 SKOR2-203ENST00000620245 3048 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.24■■□□□ 1.95
VPS54Q9P1Q0 MDK-206ENST00000407067 1026 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.24■■□□□ 1.95
VPS54Q9P1Q0 CDC16-204ENST00000360383 2211 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC27.24■■□□□ 1.95
VPS54Q9P1Q0 MEIOB-203ENST00000412554 1884 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.23■■□□□ 1.95
VPS54Q9P1Q0 RGS19-201ENST00000332298 1510 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.23■■□□□ 1.95
VPS54Q9P1Q0 MZT2B-201ENST00000281871 933 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.23■■□□□ 1.95
VPS54Q9P1Q0 MZT2A-201ENST00000309451 624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.23■■□□□ 1.95
VPS54Q9P1Q0 PROSER2-202ENST00000379200 1232 ntAPPRIS ALT2 BASIC27.23■■□□□ 1.95
VPS54Q9P1Q0 PPM1J-201ENST00000309276 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.23■■□□□ 1.95
VPS54Q9P1Q0 YWHAH-201ENST00000248975 1825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.23■■□□□ 1.95
VPS54Q9P1Q0 MED17-227ENST00000640521 2047 ntTSL 5 BASIC27.23■■□□□ 1.95
VPS54Q9P1Q0 ST6GALNAC2-201ENST00000225276 2170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.22■■□□□ 1.95
VPS54Q9P1Q0 RAB20-201ENST00000267328 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.22■■□□□ 1.95
VPS54Q9P1Q0 BCKDHB-202ENST00000356489 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.22■■□□□ 1.95
VPS54Q9P1Q0 PGR-AS1-202ENST00000632820 1545 ntTSL 1 (best) BASIC27.22■■□□□ 1.95
VPS54Q9P1Q0 BEX3-202ENST00000372634 753 ntTSL 2 BASIC27.22■■□□□ 1.95
VPS54Q9P1Q0 ZNF784-202ENST00000591479 1559 ntTSL 1 (best) BASIC27.22■■□□□ 1.95
VPS54Q9P1Q0 GALR2-201ENST00000329003 1364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.22■■□□□ 1.95
VPS54Q9P1Q0 PTH1R-206ENST00000430002 1947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.22■■□□□ 1.95
VPS54Q9P1Q0 AC145124.1-201ENST00000528514 1361 ntTSL 2 BASIC27.22■■□□□ 1.95
VPS54Q9P1Q0 RRAS2-201ENST00000256196 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.21■■□□□ 1.95
VPS54Q9P1Q0 ACOT1-202ENST00000557556 1271 ntTSL 1 (best) BASIC27.21■■□□□ 1.95
VPS54Q9P1Q0 TANGO2-204ENST00000401833 1920 ntTSL 5 BASIC27.21■■□□□ 1.95
VPS54Q9P1Q0 AC138932.3-201ENST00000567634 1902 ntBASIC27.21■■□□□ 1.95
VPS54Q9P1Q0 IGFBP3-201ENST00000275521 2262 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.2■■□□□ 1.95
VPS54Q9P1Q0 HMG20B-202ENST00000333651 1596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.2■■□□□ 1.94
VPS54Q9P1Q0 TSPAN4-203ENST00000397397 1423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.2■■□□□ 1.94
VPS54Q9P1Q0 ECEL1-202ENST00000409941 2322 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.2■■□□□ 1.94
VPS54Q9P1Q0 ELOC-206ENST00000520242 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.2■■□□□ 1.94
VPS54Q9P1Q0 SEC11C-204ENST00000587834 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.2■■□□□ 1.94
VPS54Q9P1Q0 AC142381.3-201ENST00000568208 1670 ntBASIC27.19■■□□□ 1.94
VPS54Q9P1Q0 BIN1-201ENST00000259238 2338 ntTSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
VPS54Q9P1Q0 SNCB-201ENST00000310112 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
VPS54Q9P1Q0 SLC35B2-202ENST00000393812 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
VPS54Q9P1Q0 SLC25A1-202ENST00000451283 1514 ntTSL 2 BASIC27.18■■□□□ 1.94
VPS54Q9P1Q0 FAM120C-203ENST00000477084 1140 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.18■■□□□ 1.94
VPS54Q9P1Q0 PTOV1-201ENST00000391842 1875 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.18■■□□□ 1.94
VPS54Q9P1Q0 UBTD1-201ENST00000370664 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.18■■□□□ 1.94
VPS54Q9P1Q0 C4orf19-202ENST00000381980 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.18■■□□□ 1.94
VPS54Q9P1Q0 PIM3-201ENST00000360612 2369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
VPS54Q9P1Q0 PAOX-206ENST00000480071 1324 ntTSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
VPS54Q9P1Q0 H2AFY-204ENST00000423969 924 ntTSL 2 BASIC27.17■■□□□ 1.94
VPS54Q9P1Q0 C9orf147-202ENST00000457681 561 ntTSL 2 BASIC27.17■■□□□ 1.94
VPS54Q9P1Q0 CARMIL1-202ENST00000461945 1290 ntTSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
VPS54Q9P1Q0 FP236240.1-201ENST00000619537 1116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
VPS54Q9P1Q0 PRDM13-202ENST00000369215 2429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
VPS54Q9P1Q0 LURAP1L-201ENST00000319264 1753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
VPS54Q9P1Q0 FBXO7-206ENST00000452138 1535 ntTSL 2 BASIC27.16■■□□□ 1.94
VPS54Q9P1Q0 PDSS1-201ENST00000376215 1626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
VPS54Q9P1Q0 IDNK-201ENST00000376417 511 ntTSL 5 BASIC27.16■■□□□ 1.94
VPS54Q9P1Q0 IDNK-202ENST00000376419 692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
VPS54Q9P1Q0 SDHAF1-201ENST00000378887 1117 ntAPPRIS P1 BASIC27.16■■□□□ 1.94
VPS54Q9P1Q0 MTX2-204ENST00000443241 799 ntTSL 3 BASIC27.16■■□□□ 1.94
VPS54Q9P1Q0 RRAD-201ENST00000299759 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
VPS54Q9P1Q0 HNRNPD-203ENST00000353341 1585 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
VPS54Q9P1Q0 CSNK1E-203ENST00000396832 2791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
VPS54Q9P1Q0 ZNF74-204ENST00000405993 1839 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.16■■□□□ 1.94
VPS54Q9P1Q0 EGFL8-219ENST00000333845 1310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
VPS54Q9P1Q0 E2F5-203ENST00000418930 1890 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.15■■□□□ 1.94
VPS54Q9P1Q0 HOMER3-201ENST00000221222 1384 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC27.15■■□□□ 1.94
VPS54Q9P1Q0 YPEL1-202ENST00000403503 466 ntTSL 3 BASIC27.15■■□□□ 1.94
VPS54Q9P1Q0 AC019171.1-201ENST00000601251 1056 ntBASIC27.15■■□□□ 1.94
VPS54Q9P1Q0 AC074183.2-201ENST00000623112 922 ntBASIC27.15■■□□□ 1.94
VPS54Q9P1Q0 C7orf25-206ENST00000447342 1823 ntTSL 2 BASIC27.15■■□□□ 1.94
VPS54Q9P1Q0 MAGI2-211ENST00000535697 6146 ntTSL 5 BASIC27.15■■□□□ 1.94
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 34.3 ms