Protein–RNA interactions for Protein: Q9NPD3

EXOSC4, Exosome complex component RRP41, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 245 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
EXOSC4Q9NPD3 NPHP3-202ENST00000383282 782 ntTSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
EXOSC4Q9NPD3 NME2-202ENST00000393190 866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
EXOSC4Q9NPD3 U2AF1-203ENST00000398137 1019 ntTSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
EXOSC4Q9NPD3 U2AF1L5-212ENST00000639996 1019 ntTSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
EXOSC4Q9NPD3 CBARP-202ENST00000382477 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.2■□□□□ 0.98
EXOSC4Q9NPD3 ANKRD9-205ENST00000560748 1413 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.2■□□□□ 0.98
EXOSC4Q9NPD3 CDR2-201ENST00000268383 2702 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
EXOSC4Q9NPD3 CABP1-202ENST00000316803 1658 ntTSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
EXOSC4Q9NPD3 DUSP8P5-201ENST00000422884 1815 ntBASIC21.19■□□□□ 0.98
EXOSC4Q9NPD3 IRX5-201ENST00000320990 2061 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
EXOSC4Q9NPD3 UBTD1-201ENST00000370664 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
EXOSC4Q9NPD3 KLC3-202ENST00000470402 1820 ntTSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
EXOSC4Q9NPD3 SLC35D2-202ENST00000375257 889 ntTSL 2 BASIC21.18■□□□□ 0.98
EXOSC4Q9NPD3 AP000251.1-201ENST00000433071 822 ntTSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
EXOSC4Q9NPD3 ARID1B-220ENST00000636930 8246 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.18■□□□□ 0.98
EXOSC4Q9NPD3 ST3GAL5-269ENST00000640992 2292 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.18■□□□□ 0.98
EXOSC4Q9NPD3 HSD11B2-201ENST00000326152 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
EXOSC4Q9NPD3 CNR1-203ENST00000369501 6031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
EXOSC4Q9NPD3 SLC35B2-202ENST00000393812 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
EXOSC4Q9NPD3 DCUN1D2-208ENST00000478244 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
EXOSC4Q9NPD3 ZFAND4-205ENST00000374371 2283 ntTSL 5 BASIC21.17■□□□□ 0.98
EXOSC4Q9NPD3 AC004540.2-201ENST00000451368 611 ntTSL 2 BASIC21.17■□□□□ 0.98
EXOSC4Q9NPD3 CCDC136-202ENST00000378685 1689 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.17■□□□□ 0.98
EXOSC4Q9NPD3 E2F5-202ENST00000416274 1728 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
EXOSC4Q9NPD3 PARD3-208ENST00000374789 6005 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
EXOSC4Q9NPD3 HSPBP1-201ENST00000255631 1768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
EXOSC4Q9NPD3 PAIP1-208ENST00000514514 1603 ntTSL 5 BASIC21.16■□□□□ 0.98
EXOSC4Q9NPD3 CRELD2-203ENST00000404488 1577 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
EXOSC4Q9NPD3 GSC-201ENST00000238558 1264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
EXOSC4Q9NPD3 CMC4-202ENST00000369484 1107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
EXOSC4Q9NPD3 AL451007.3-201ENST00000640271 588 ntAPPRIS P1 BASIC21.16■□□□□ 0.98
EXOSC4Q9NPD3 MAP3K21-203ENST00000366624 5809 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
EXOSC4Q9NPD3 SLC30A2-201ENST00000374276 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
EXOSC4Q9NPD3 SLC39A4-202ENST00000301305 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
EXOSC4Q9NPD3 LRRC73-201ENST00000372441 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
EXOSC4Q9NPD3 FMR1-208ENST00000440235 4271 ntTSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
EXOSC4Q9NPD3 SLC35B2-204ENST00000537814 1715 ntTSL 2 BASIC21.15■□□□□ 0.98
EXOSC4Q9NPD3 PABPC1L2B-AS1-201ENST00000416989 1167 ntTSL 3 BASIC21.15■□□□□ 0.98
EXOSC4Q9NPD3 AL662864.1-201ENST00000454388 1167 ntTSL 3 BASIC21.15■□□□□ 0.98
EXOSC4Q9NPD3 SNX18-201ENST00000326277 2063 ntTSL 2 BASIC21.15■□□□□ 0.98
EXOSC4Q9NPD3 C1QL2-201ENST00000272520 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
EXOSC4Q9NPD3 BAZ1A-202ENST00000360310 6010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
EXOSC4Q9NPD3 KIF2A-202ENST00000401507 2539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
EXOSC4Q9NPD3 LRRC24-201ENST00000529415 1758 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
EXOSC4Q9NPD3 SLC25A42-201ENST00000318596 3120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
EXOSC4Q9NPD3 TMEM104-205ENST00000582773 1740 ntTSL 2 BASIC21.15■□□□□ 0.98
EXOSC4Q9NPD3 RPS6KA2-201ENST00000265678 5824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
EXOSC4Q9NPD3 P2RX5-201ENST00000225328 2309 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
EXOSC4Q9NPD3 ARPC2-202ENST00000315717 1505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.98
EXOSC4Q9NPD3 PSPH-201ENST00000275605 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.98
EXOSC4Q9NPD3 IL17RE-201ENST00000383814 2704 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.98
EXOSC4Q9NPD3 IQANK1-201ENST00000527139 1803 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.14■□□□□ 0.97
EXOSC4Q9NPD3 ZNF641-205ENST00000547026 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
EXOSC4Q9NPD3 PARD6A-202ENST00000458121 1260 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
EXOSC4Q9NPD3 POLE2-201ENST00000216367 1776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
EXOSC4Q9NPD3 KLC1-201ENST00000246489 2294 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.14■□□□□ 0.97
EXOSC4Q9NPD3 KLC1-224ENST00000557450 2265 ntTSL 5 BASIC21.14■□□□□ 0.97
EXOSC4Q9NPD3 ZBTB22-208ENST00000431845 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
EXOSC4Q9NPD3 PRSS56-201ENST00000449534 2157 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.14■□□□□ 0.97
EXOSC4Q9NPD3 PRSS56-203ENST00000617714 2158 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.14■□□□□ 0.97
EXOSC4Q9NPD3 ANKRD16-202ENST00000380092 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
EXOSC4Q9NPD3 RDH14-201ENST00000381249 1587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
EXOSC4Q9NPD3 ST3GAL5-222ENST00000638572 4431 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
EXOSC4Q9NPD3 CHODL-201ENST00000299295 2548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
EXOSC4Q9NPD3 EPCAM-201ENST00000263735 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
EXOSC4Q9NPD3 HGH1-207ENST00000628266 258 ntTSL 5 BASIC21.13■□□□□ 0.97
EXOSC4Q9NPD3 ECE2-202ENST00000357474 2667 ntTSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
EXOSC4Q9NPD3 AC116407.1-201ENST00000398832 1599 ntTSL 2 BASIC21.13■□□□□ 0.97
EXOSC4Q9NPD3 BFSP1-202ENST00000377873 2207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
EXOSC4Q9NPD3 SMOX-201ENST00000278795 2164 ntTSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
EXOSC4Q9NPD3 KCNS1-202ENST00000537075 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
EXOSC4Q9NPD3 HAUS3-202ENST00000443786 2430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
EXOSC4Q9NPD3 CLDN5-201ENST00000403084 2357 ntBASIC21.12■□□□□ 0.97
EXOSC4Q9NPD3 HOMEZ-201ENST00000357460 4971 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
EXOSC4Q9NPD3 AC105219.1-201ENST00000531565 1963 ntTSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
EXOSC4Q9NPD3 MAP3K3-201ENST00000361357 4818 ntTSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
EXOSC4Q9NPD3 ME2-208ENST00000638937 2471 ntTSL 5 BASIC21.12■□□□□ 0.97
EXOSC4Q9NPD3 DAZAP1-201ENST00000233078 2160 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
EXOSC4Q9NPD3 USF3-203ENST00000491165 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
EXOSC4Q9NPD3 HTATSF1-201ENST00000218364 2775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
EXOSC4Q9NPD3 DLK2-201ENST00000357338 2038 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.11■□□□□ 0.97
EXOSC4Q9NPD3 ZNF707-222ENST00000532158 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
EXOSC4Q9NPD3 NAPRT-204ENST00000449291 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
EXOSC4Q9NPD3 REPIN1-204ENST00000466559 1022 ntTSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
EXOSC4Q9NPD3 AC141586.4-201ENST00000624558 1573 ntBASIC21.1■□□□□ 0.97
EXOSC4Q9NPD3 AKT1S1-201ENST00000344175 1760 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.1■□□□□ 0.97
EXOSC4Q9NPD3 CNTFR-201ENST00000351266 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
EXOSC4Q9NPD3 CAMK2N1-201ENST00000375078 2336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
EXOSC4Q9NPD3 ZFP91-CNTF-201ENST00000389919 2319 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC21.1■□□□□ 0.97
EXOSC4Q9NPD3 BHLHE23-201ENST00000370346 1057 ntAPPRIS P1 BASIC21.1■□□□□ 0.97
EXOSC4Q9NPD3 AC231981.1-201ENST00000450917 974 ntTSL 3 BASIC21.1■□□□□ 0.97
EXOSC4Q9NPD3 C12orf75-201ENST00000443585 1366 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.1■□□□□ 0.97
EXOSC4Q9NPD3 HEXDC-202ENST00000337014 2285 ntTSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
EXOSC4Q9NPD3 USP2-204ENST00000525735 1704 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
EXOSC4Q9NPD3 KCNK13-201ENST00000282146 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
EXOSC4Q9NPD3 TBX1-201ENST00000329705 1465 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
EXOSC4Q9NPD3 LSM14B-204ENST00000370915 1079 ntTSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
EXOSC4Q9NPD3 TMEM147-202ENST00000392204 935 ntTSL 2 BASIC21.09■□□□□ 0.97
EXOSC4Q9NPD3 C11orf95-204ENST00000546282 390 ntTSL 3 BASIC21.09■□□□□ 0.97
EXOSC4Q9NPD3 U2AF2-202ENST00000450554 3022 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26.1 ms