Protein–RNA interactions for Protein: P02549

SPTA1, Spectrin alpha chain, erythrocytic 1, humanhuman

Predictions only

Length 2,419 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SPTA1P02549 C12orf75-207ENST00000552457 689 ntTSL 5 BASIC21.63■■□□□ 1.05
SPTA1P02549 RARRES2P11-201ENST00000635158 484 ntBASIC21.63■■□□□ 1.05
SPTA1P02549 FBXO7-206ENST00000452138 1535 ntTSL 2 BASIC21.63■■□□□ 1.05
SPTA1P02549 LRFN4-202ENST00000393952 1550 ntTSL 5 BASIC21.63■■□□□ 1.05
SPTA1P02549 MOSPD3-203ENST00000393950 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
SPTA1P02549 FGD5-AS1-204ENST00000430166 1184 ntTSL 2 BASIC21.63■■□□□ 1.05
SPTA1P02549 TMEM218-207ENST00000528724 1117 ntTSL 5 BASIC21.63■■□□□ 1.05
SPTA1P02549 TMEM218-214ENST00000532156 954 ntTSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
SPTA1P02549 EIF3J-203ENST00000535391 925 ntTSL 2 BASIC21.63■■□□□ 1.05
SPTA1P02549 HDGF-210ENST00000537739 2073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
SPTA1P02549 AGFG1-205ENST00000409979 2089 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.62■■□□□ 1.05
SPTA1P02549 DHRS11-215ENST00000618403 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
SPTA1P02549 AF131216.4-201ENST00000638924 1588 ntBASIC21.62■■□□□ 1.05
SPTA1P02549 TYMP-203ENST00000395680 1608 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
SPTA1P02549 TYMP-204ENST00000395681 1604 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
SPTA1P02549 FGFRL1-205ENST00000510644 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
SPTA1P02549 DGAT1-201ENST00000332324 1473 ntTSL 5 BASIC21.62■■□□□ 1.05
SPTA1P02549 FAIM-203ENST00000393034 927 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.61■■□□□ 1.05
SPTA1P02549 MIR939-201ENST00000401314 82 ntBASIC21.61■■□□□ 1.05
SPTA1P02549 AP001330.3-201ENST00000520123 633 ntBASIC21.61■■□□□ 1.05
SPTA1P02549 H2AFB1-201ENST00000620016 587 ntAPPRIS P1 BASIC21.61■■□□□ 1.05
SPTA1P02549 VSTM2L-202ENST00000373461 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
SPTA1P02549 SMIM29-205ENST00000468145 903 ntTSL 2 BASIC21.61■■□□□ 1.05
SPTA1P02549 SMIM29-207ENST00000481533 1053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
SPTA1P02549 PTGDR-202ENST00000553372 1216 ntTSL 3 BASIC21.61■■□□□ 1.05
SPTA1P02549 PDPK1-203ENST00000389224 2416 ntTSL 2 BASIC21.61■■□□□ 1.05
SPTA1P02549 NGB-201ENST00000298352 1884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
SPTA1P02549 PAFAH1B2-205ENST00000529887 1056 ntTSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
SPTA1P02549 TYROBP-203ENST00000544690 522 ntTSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
SPTA1P02549 DPY19L1-209ENST00000638088 5075 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.6■■□□□ 1.05
SPTA1P02549 CERS2-205ENST00000368954 2505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
SPTA1P02549 LAMTOR1-201ENST00000278671 1179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
SPTA1P02549 TMEM70-203ENST00000517439 617 ntTSL 2 BASIC21.6■■□□□ 1.05
SPTA1P02549 AIPL1-206ENST00000571740 1202 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
SPTA1P02549 ZNF74-204ENST00000405993 1839 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.59■■□□□ 1.05
SPTA1P02549 MXRA7-203ENST00000449428 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
SPTA1P02549 UNC93B3-201ENST00000308076 687 ntBASIC21.59■■□□□ 1.05
SPTA1P02549 C19orf60-201ENST00000358607 839 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
SPTA1P02549 C19orf60-202ENST00000450195 702 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
SPTA1P02549 AC091305.1-201ENST00000479476 895 ntBASIC21.59■■□□□ 1.05
SPTA1P02549 GPR160-201ENST00000355897 2039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
SPTA1P02549 AGAP3-211ENST00000473312 2039 ntTSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
SPTA1P02549 HSPE1-203ENST00000409729 478 ntTSL 2 BASIC21.59■■□□□ 1.05
SPTA1P02549 MXD3-201ENST00000423571 1534 ntTSL 2 BASIC21.59■■□□□ 1.05
SPTA1P02549 MRPL4-207ENST00000590669 1423 ntTSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.04
SPTA1P02549 RASA4CP-201ENST00000424092 1398 ntBASIC21.58■■□□□ 1.04
SPTA1P02549 CLTA-204ENST00000433436 1235 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.04
SPTA1P02549 DENND3-207ENST00000518347 850 ntTSL 2 BASIC21.58■■□□□ 1.04
SPTA1P02549 CLTA-209ENST00000538225 1181 ntTSL 2 BASIC21.58■■□□□ 1.04
SPTA1P02549 CLTA-210ENST00000540080 989 ntTSL 2 BASIC21.58■■□□□ 1.04
SPTA1P02549 PRSS22-203ENST00000571228 1037 ntTSL 2 BASIC21.58■■□□□ 1.04
SPTA1P02549 CAPNS1-215ENST00000628018 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.57■■□□□ 1.04
SPTA1P02549 ADGRB2-204ENST00000398542 5176 ntTSL 5 BASIC21.57■■□□□ 1.04
SPTA1P02549 AIDA-202ENST00000355727 1072 ntTSL 5 BASIC21.57■■□□□ 1.04
SPTA1P02549 MIR17HG-201ENST00000400282 931 ntTSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
SPTA1P02549 RBM38-205ENST00000440234 686 ntTSL 2 BASIC21.57■■□□□ 1.04
SPTA1P02549 AL355987.3-201ENST00000456614 735 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC21.57■■□□□ 1.04
SPTA1P02549 SNAI3-AS1-204ENST00000567997 2048 ntBASIC21.57■■□□□ 1.04
SPTA1P02549 DCBLD1-201ENST00000296955 1979 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
SPTA1P02549 FBXL8-206ENST00000519917 1460 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.57■■□□□ 1.04
SPTA1P02549 POU3F1-201ENST00000373012 2184 ntAPPRIS P1 BASIC21.57■■□□□ 1.04
SPTA1P02549 UHRF2-202ENST00000381373 802 ntTSL 3 BASIC21.57■■□□□ 1.04
SPTA1P02549 ZNF32-202ENST00000395797 1201 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.56■■□□□ 1.04
SPTA1P02549 IL15RA-214ENST00000525219 1850 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
SPTA1P02549 ST7L-206ENST00000369666 1815 ntTSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
SPTA1P02549 AL136162.1-201ENST00000607711 1078 ntBASIC21.56■■□□□ 1.04
SPTA1P02549 CRTAP-202ENST00000449224 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.55■■□□□ 1.04
SPTA1P02549 PTMA-205ENST00000410064 814 ntTSL 2 BASIC21.55■■□□□ 1.04
SPTA1P02549 AC139426.1-201ENST00000568218 2529 ntBASIC21.55■■□□□ 1.04
SPTA1P02549 STX10-202ENST00000343587 1128 ntTSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
SPTA1P02549 GAK-223ENST00000628912 497 ntTSL 5 BASIC21.55■■□□□ 1.04
SPTA1P02549 TMEM61-201ENST00000371268 1097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
SPTA1P02549 SMARCA5-AS1-201ENST00000500800 945 ntTSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
SPTA1P02549 BMP8A-201ENST00000331593 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
SPTA1P02549 SEPT3-203ENST00000396426 2586 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
SPTA1P02549 FGF8-204ENST00000347978 823 ntTSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
SPTA1P02549 AC011446.1-201ENST00000591825 458 ntTSL 2 BASIC21.54■■□□□ 1.04
SPTA1P02549 LLGL2-202ENST00000375227 1374 ntTSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
SPTA1P02549 WTAP-206ENST00000621533 2109 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.53■■□□□ 1.04
SPTA1P02549 UBE2Q2P2-204ENST00000618775 648 ntTSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
SPTA1P02549 SF1-220ENST00000626028 704 ntTSL 2 BASIC21.53■■□□□ 1.04
SPTA1P02549 KAT5-208ENST00000530446 1697 ntTSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
SPTA1P02549 FGF22-201ENST00000215530 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
SPTA1P02549 VAMP2-204ENST00000488857 874 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC21.53■■□□□ 1.04
SPTA1P02549 LINC01003-201ENST00000564834 1764 ntBASIC21.52■■□□□ 1.04
SPTA1P02549 MADCAM1-202ENST00000346144 1309 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
SPTA1P02549 FHL2-203ENST00000358129 1578 ntTSL 5 BASIC21.51■■□□□ 1.03
SPTA1P02549 CGREF1-203ENST00000402394 1906 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.51■■□□□ 1.03
SPTA1P02549 VSIG8-201ENST00000368100 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
SPTA1P02549 FAIM-202ENST00000360570 1157 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC21.51■■□□□ 1.03
SPTA1P02549 ID1-201ENST00000376105 1233 ntBASIC21.51■■□□□ 1.03
SPTA1P02549 SIRT3-204ENST00000525319 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.51■■□□□ 1.03
SPTA1P02549 AC034268.1-201ENST00000441047 882 ntBASIC21.5■■□□□ 1.03
SPTA1P02549 SRD5A1P1-201ENST00000442297 786 ntBASIC21.5■■□□□ 1.03
SPTA1P02549 PPM1N-207ENST00000451287 1293 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.5■■□□□ 1.03
SPTA1P02549 TGFBR3L-202ENST00000565886 1260 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.5■■□□□ 1.03
SPTA1P02549 ARHGDIA-217ENST00000584461 886 ntTSL 2 BASIC21.5■■□□□ 1.03
SPTA1P02549 GRAMD4P4-201ENST00000613563 1115 ntBASIC21.5■■□□□ 1.03
SPTA1P02549 AL136967.2-201ENST00000623968 743 ntBASIC21.5■■□□□ 1.03
SPTA1P02549 PROC-203ENST00000409048 1586 ntTSL 5 BASIC21.5■■□□□ 1.03
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15.4 ms