Protein–RNA interactions for Protein: A0A0J9YXS1

NPHP3-ACAD11, NPHP3-ACAD11 readthrough (NMD candidate) (Fragment), humanhuman

Predictions only

Length 232 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 SCTR-201ENST00000019103 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 TBC1D10A-201ENST00000215790 2077 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 E2F5-202ENST00000416274 1728 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 HOXA4-204ENST00000610970 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 LONRF2P2-201ENST00000439212 571 ntBASIC26.29■■□□□ 1.8
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 FNTA-201ENST00000302279 1840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 CSNK1E-203ENST00000396832 2791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 IL17RE-203ENST00000421412 2158 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 ECEL1-202ENST00000409941 2322 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 CTF1-201ENST00000279804 1664 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 MBD2-201ENST00000256429 5188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 ZNF837-201ENST00000427624 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 DCUN1D2-208ENST00000478244 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 FKBP1B-202ENST00000380991 1010 ntTSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 OXLD1-203ENST00000571503 803 ntTSL 2 BASIC26.28■■□□□ 1.8
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 AC116025.2-201ENST00000576632 443 ntTSL 3 BASIC26.28■■□□□ 1.8
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 AC010980.1-201ENST00000587192 1142 ntBASIC26.28■■□□□ 1.8
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 FXYD7-204ENST00000588265 636 ntTSL 2 BASIC26.28■■□□□ 1.8
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 CADM4-201ENST00000222374 2178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 ZFAND2B-201ENST00000289528 1314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 GNAL-201ENST00000269162 1722 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.28■■□□□ 1.8
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 PKMYT1-211ENST00000573944 1891 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.28■■□□□ 1.8
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 MYDGF-201ENST00000262947 1018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 PROSER2-202ENST00000379200 1232 ntAPPRIS ALT2 BASIC26.27■■□□□ 1.8
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 LINC01770-201ENST00000417917 634 ntTSL 2 BASIC26.27■■□□□ 1.8
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 ACOT1-202ENST00000557556 1271 ntTSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 DSG2-202ENST00000585206 1081 ntTSL 2 BASIC26.27■■□□□ 1.8
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 IQANK1-201ENST00000527139 1803 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.27■■□□□ 1.8
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 MED17-227ENST00000640521 2047 ntTSL 5 BASIC26.27■■□□□ 1.8
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 FOXO3B-201ENST00000395675 1928 ntBASIC26.26■■□□□ 1.79
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 SPG21-201ENST00000204566 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 FKBP1A-211ENST00000618612 1518 ntTSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 MZT2B-201ENST00000281871 933 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 MZT2A-201ENST00000309451 624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 HYI-210ENST00000486909 905 ntTSL 5 BASIC26.26■■□□□ 1.79
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 ATXN3-252ENST00000620536 1044 ntTSL 5 BASIC26.26■■□□□ 1.79
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 ATXN3-253ENST00000621269 936 ntTSL 5 BASIC26.26■■□□□ 1.79
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 ST6GALNAC2-201ENST00000225276 2170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 AC138932.3-201ENST00000567634 1902 ntBASIC26.26■■□□□ 1.79
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 MEIOB-203ENST00000412554 1884 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.25■■□□□ 1.79
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 AC145124.1-201ENST00000528514 1361 ntTSL 2 BASIC26.25■■□□□ 1.79
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 BEX3-202ENST00000372634 753 ntTSL 2 BASIC26.25■■□□□ 1.79
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 FAM136A-202ENST00000430566 885 ntTSL 3 BASIC26.25■■□□□ 1.79
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 FAM120C-203ENST00000477084 1140 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 BIN1-201ENST00000259238 2338 ntTSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 IGFBP3-201ENST00000275521 2262 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 ZNF784-202ENST00000591479 1559 ntTSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 PPM1J-201ENST00000309276 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 MED22-201ENST00000343730 1437 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 YWHAH-201ENST00000248975 1825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 SEC11C-204ENST00000587834 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 RABEP2-203ENST00000544477 1645 ntTSL 2 BASIC26.23■■□□□ 1.79
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 PINK1-201ENST00000321556 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 PTH1R-206ENST00000430002 1947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 MDK-206ENST00000407067 1026 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 RGS19-201ENST00000332298 1510 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 BCKDHB-202ENST00000356489 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 PGR-AS1-202ENST00000632820 1545 ntTSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 RAB20-201ENST00000267328 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 TANGO2-204ENST00000401833 1920 ntTSL 5 BASIC26.21■■□□□ 1.79
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 TSPAN4-203ENST00000397397 1423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 GALR2-201ENST00000329003 1364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.79
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 PIM3-201ENST00000360612 2369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.79
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 SDHAF1-201ENST00000378887 1117 ntAPPRIS P1 BASIC26.2■■□□□ 1.78
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 FP236240.1-201ENST00000619537 1116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.78
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 HMG20B-202ENST00000333651 1596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.78
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 C4orf19-202ENST00000381980 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.78
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 UBTD1-201ENST00000370664 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 PRDM13-202ENST00000369215 2429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 RRAS2-201ENST00000256196 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 PAOX-206ENST00000480071 1324 ntTSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 AC142381.3-201ENST00000568208 1670 ntBASIC26.19■■□□□ 1.78
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 SLC35B2-202ENST00000393812 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 TNIP2-206ENST00000510267 2006 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.19■■□□□ 1.78
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 MXI1-201ENST00000239007 2424 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 ELOC-206ENST00000520242 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 SLC25A1-202ENST00000451283 1514 ntTSL 2 BASIC26.19■■□□□ 1.78
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 TMUB1-203ENST00000462940 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 HDGFL2-210ENST00000621835 2255 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 EGFL8-219ENST00000333845 1310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 PDSS1-201ENST00000376215 1626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 PTOV1-201ENST00000391842 1875 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.17■■□□□ 1.78
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 E2F5-203ENST00000418930 1890 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 OTUD5-203ENST00000396743 2682 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 H2AFY-204ENST00000423969 924 ntTSL 2 BASIC26.17■■□□□ 1.78
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 CARMIL1-202ENST00000461945 1290 ntTSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 HAGHL-205ENST00000561546 1041 ntTSL 2 BASIC26.17■■□□□ 1.78
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 NAGS-201ENST00000293404 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 AC105219.1-201ENST00000531565 1963 ntTSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 HNRNPD-203ENST00000353341 1585 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 WNT11-201ENST00000322563 1930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 LURAP1L-201ENST00000319264 1753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 NAXE-203ENST00000368235 1125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 IDNK-201ENST00000376417 511 ntTSL 5 BASIC26.16■■□□□ 1.78
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 IDNK-202ENST00000376419 692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 C9orf147-202ENST00000457681 561 ntTSL 2 BASIC26.16■■□□□ 1.78
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 SNCB-201ENST00000310112 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 ZNF74-204ENST00000405993 1839 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.16■■□□□ 1.78
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 C7orf25-206ENST00000447342 1823 ntTSL 2 BASIC26.16■■□□□ 1.78
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 EGFL8-220ENST00000395512 1312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 35.8 ms