Protein–RNA interactions for Protein: Q9BY43

CHMP4A, Charged multivesicular body protein 4a, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP4AQ9BY43 AC092171.3-201ENST00000610122 2651 ntBASIC20.61■□□□□ 0.89
CHMP4AQ9BY43 WNT10B-203ENST00000407467 1802 ntTSL 2 BASIC20.61■□□□□ 0.89
CHMP4AQ9BY43 AIFM3-202ENST00000399167 2387 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.61■□□□□ 0.89
CHMP4AQ9BY43 AIFM3-207ENST00000440238 2368 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
CHMP4AQ9BY43 SLC17A3-202ENST00000360657 1750 ntTSL 2 BASIC20.61■□□□□ 0.89
CHMP4AQ9BY43 KDM4B-203ENST00000536461 5027 ntTSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
CHMP4AQ9BY43 TFAP2B-202ENST00000393655 5773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
CHMP4AQ9BY43 LRRC3-201ENST00000291592 5869 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
CHMP4AQ9BY43 KRT8-215ENST00000552150 1687 ntTSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
CHMP4AQ9BY43 SRF-201ENST00000265354 4202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
CHMP4AQ9BY43 ADAM8-205ENST00000485491 2441 ntTSL 2 BASIC20.61■□□□□ 0.89
CHMP4AQ9BY43 NPBWR2-201ENST00000369768 1352 ntAPPRIS P1 BASIC20.6■□□□□ 0.89
CHMP4AQ9BY43 EIF2B4-206ENST00000451130 1633 ntTSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
CHMP4AQ9BY43 KLC2-203ENST00000394066 2591 ntTSL 2 BASIC20.6■□□□□ 0.89
CHMP4AQ9BY43 ACY3-201ENST00000255082 1300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
CHMP4AQ9BY43 AL583722.1-201ENST00000540171 1307 ntTSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
CHMP4AQ9BY43 COQ8B-201ENST00000243583 2041 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
CHMP4AQ9BY43 AP3D1-201ENST00000345016 4870 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
CHMP4AQ9BY43 CHST8-201ENST00000262622 2479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
CHMP4AQ9BY43 ZMYM3-202ENST00000373978 1511 ntTSL 5 BASIC20.6■□□□□ 0.89
CHMP4AQ9BY43 ZBTB45P2-201ENST00000452245 1531 ntBASIC20.6■□□□□ 0.89
CHMP4AQ9BY43 CYP2R1-201ENST00000334636 2235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
CHMP4AQ9BY43 C8orf49-201ENST00000525043 1968 ntBASIC20.6■□□□□ 0.89
CHMP4AQ9BY43 ERCC1-201ENST00000013807 1278 ntTSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
CHMP4AQ9BY43 MRPL13-201ENST00000306185 1086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
CHMP4AQ9BY43 LCE5A-201ENST00000334269 819 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.6■□□□□ 0.89
CHMP4AQ9BY43 PDSS2-201ENST00000369031 1236 ntTSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
CHMP4AQ9BY43 AL022316.1-201ENST00000428765 572 ntTSL 4 BASIC20.6■□□□□ 0.89
CHMP4AQ9BY43 AL161908.2-201ENST00000457964 394 ntTSL 2 BASIC20.6■□□□□ 0.89
CHMP4AQ9BY43 PTK7-212ENST00000476760 902 ntTSL 2 BASIC20.6■□□□□ 0.89
CHMP4AQ9BY43 AC092910.3-201ENST00000484076 969 ntTSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
CHMP4AQ9BY43 AC025183.2-201ENST00000503386 428 ntTSL 3 BASIC20.6■□□□□ 0.89
CHMP4AQ9BY43 REEP4-207ENST00000523293 913 ntTSL 3 BASIC20.6■□□□□ 0.89
CHMP4AQ9BY43 AC138466.1-201ENST00000535242 391 ntTSL 3 BASIC20.6■□□□□ 0.89
CHMP4AQ9BY43 COQ9-214ENST00000567933 882 ntTSL 3 BASIC20.6■□□□□ 0.89
CHMP4AQ9BY43 AC010619.1-201ENST00000599536 675 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.6■□□□□ 0.89
CHMP4AQ9BY43 AC092070.4-201ENST00000599803 507 ntTSL 5 BASIC20.6■□□□□ 0.89
CHMP4AQ9BY43 CSRNP1-201ENST00000273153 3148 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
CHMP4AQ9BY43 TLE2-202ENST00000426948 2406 ntTSL 5 BASIC20.6■□□□□ 0.89
CHMP4AQ9BY43 EPB41L5-203ENST00000443124 2872 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
CHMP4AQ9BY43 ADAMTS13-206ENST00000371929 4934 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
CHMP4AQ9BY43 ARHGAP22-205ENST00000417912 2352 ntTSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
CHMP4AQ9BY43 PPP2R2B-206ENST00000453001 2569 ntTSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
CHMP4AQ9BY43 TRAM1-201ENST00000262213 2785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
CHMP4AQ9BY43 MAP4K4-205ENST00000350878 7640 ntTSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
CHMP4AQ9BY43 IFRD1-202ENST00000403825 2290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
CHMP4AQ9BY43 KL-201ENST00000380099 5006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
CHMP4AQ9BY43 TMC5-202ENST00000381414 4755 ntTSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
CHMP4AQ9BY43 DEPTOR-203ENST00000523492 1397 ntTSL 2 BASIC20.59■□□□□ 0.89
CHMP4AQ9BY43 PLPPR4-202ENST00000370185 5369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
CHMP4AQ9BY43 ABHD10-201ENST00000273359 2590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
CHMP4AQ9BY43 WDR70-202ENST00000504564 1526 ntTSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
CHMP4AQ9BY43 PRMT5-203ENST00000397440 1907 ntTSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
CHMP4AQ9BY43 ASL-201ENST00000304874 2143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
CHMP4AQ9BY43 ARHGAP26-202ENST00000378004 9200 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
CHMP4AQ9BY43 H2AFY-202ENST00000312469 1859 ntTSL 5 BASIC20.59■□□□□ 0.89
CHMP4AQ9BY43 C2orf40-201ENST00000238044 789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
CHMP4AQ9BY43 MB-201ENST00000359787 1170 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.59■□□□□ 0.89
CHMP4AQ9BY43 MB-202ENST00000397326 1197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
CHMP4AQ9BY43 MB-203ENST00000397328 1153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
CHMP4AQ9BY43 AL161785.2-201ENST00000427080 966 ntTSL 3 BASIC20.59■□□□□ 0.89
CHMP4AQ9BY43 LINC01160-201ENST00000441004 768 ntTSL 3 BASIC20.59■□□□□ 0.89
CHMP4AQ9BY43 ELP6-209ENST00000446787 894 ntTSL 3 BASIC20.59■□□□□ 0.89
CHMP4AQ9BY43 TMEM63A-209ENST00000537914 1018 ntTSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
CHMP4AQ9BY43 AL161757.4-201ENST00000554149 621 ntTSL 3 BASIC20.59■□□□□ 0.89
CHMP4AQ9BY43 AC010336.2-201ENST00000564226 506 ntBASIC20.59■□□□□ 0.89
CHMP4AQ9BY43 AC008481.3-201ENST00000585656 727 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.59■□□□□ 0.89
CHMP4AQ9BY43 AC243964.2-202ENST00000591312 752 ntTSL 2 BASIC20.59■□□□□ 0.89
CHMP4AQ9BY43 HFE2-206ENST00000634927 506 ntTSL 4 BASIC20.59■□□□□ 0.89
CHMP4AQ9BY43 F7-201ENST00000346342 2409 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
CHMP4AQ9BY43 AC007381.1-201ENST00000457668 2005 ntTSL 5 BASIC20.59■□□□□ 0.89
CHMP4AQ9BY43 MIR155HG-201ENST00000456917 1600 ntTSL 5 BASIC20.59■□□□□ 0.89
CHMP4AQ9BY43 USP4-201ENST00000265560 3126 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
CHMP4AQ9BY43 SLFNL1-201ENST00000302946 1951 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
CHMP4AQ9BY43 DUSP13-210ENST00000491677 1770 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
CHMP4AQ9BY43 JKAMP-215ENST00000616435 2338 ntTSL 5 BASIC20.59■□□□□ 0.89
CHMP4AQ9BY43 RTEL1-TNFRSF6B-202ENST00000482936 4931 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC20.59■□□□□ 0.89
CHMP4AQ9BY43 DUSP14-204ENST00000613659 1559 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.59■□□□□ 0.89
CHMP4AQ9BY43 PEA15-202ENST00000368076 2694 ntTSL 2 BASIC20.59■□□□□ 0.89
CHMP4AQ9BY43 WT1-203ENST00000379079 2466 ntTSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
CHMP4AQ9BY43 DIP2A-204ENST00000457905 3044 ntTSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
CHMP4AQ9BY43 CHN1-205ENST00000409900 2447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
CHMP4AQ9BY43 PTHLH-209ENST00000545234 1544 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.58■□□□□ 0.89
CHMP4AQ9BY43 PPFIA3-201ENST00000334186 4733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
CHMP4AQ9BY43 ANTXRL-205ENST00000620264 2206 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.58■□□□□ 0.89
CHMP4AQ9BY43 MON2-203ENST00000546600 6130 ntTSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
CHMP4AQ9BY43 MXD1-201ENST00000264444 5587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
CHMP4AQ9BY43 AKR7L-202ENST00000429712 1313 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
CHMP4AQ9BY43 ETV2-205ENST00000479824 1342 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
CHMP4AQ9BY43 NMD3-202ENST00000460469 3061 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
CHMP4AQ9BY43 LINC01975-201ENST00000571890 549 ntTSL 4 BASIC20.58■□□□□ 0.89
CHMP4AQ9BY43 FAM20A-205ENST00000592554 2955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
CHMP4AQ9BY43 SNHG8-201ENST00000602414 672 ntTSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
CHMP4AQ9BY43 SNHG8-205ENST00000602819 470 ntTSL 2 BASIC20.58■□□□□ 0.89
CHMP4AQ9BY43 BARD1-209ENST00000613192 703 ntTSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
CHMP4AQ9BY43 FOXA1-201ENST00000250448 2862 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.88
CHMP4AQ9BY43 CCDC110-201ENST00000307588 2898 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.88
CHMP4AQ9BY43 GPS1-208ENST00000578552 1874 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.88
CHMP4AQ9BY43 NFATC4-218ENST00000554966 2506 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.88
CHMP4AQ9BY43 NFATC4-225ENST00000556169 2509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.88
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 43.8 ms