Protein–RNA interactions for Protein: P18827

SDC1, Syndecan-1, humanhuman

Predictions only

Length 310 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SDC1P18827 LINC00391-201ENST00000433569 1844 ntTSL 5 BASIC15.46■□□□□ 0.07
SDC1P18827 SYNM-201ENST00000328642 3960 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
SDC1P18827 PF4-201ENST00000296029 604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
SDC1P18827 C6orf226-201ENST00000408925 552 ntAPPRIS P1 BASIC15.46■□□□□ 0.07
SDC1P18827 AC074386.1-202ENST00000463561 864 ntBASIC15.46■□□□□ 0.07
SDC1P18827 AK2-210ENST00000548033 936 ntTSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
SDC1P18827 AP002472.1-201ENST00000577490 586 ntBASIC15.46■□□□□ 0.07
SDC1P18827 CDC42EP4-206ENST00000581014 737 ntTSL 5 BASIC15.46■□□□□ 0.07
SDC1P18827 AL590999.1-203ENST00000606829 542 ntTSL 4 BASIC15.46■□□□□ 0.07
SDC1P18827 AL512343.2-201ENST00000609423 490 ntTSL 2 BASIC15.46■□□□□ 0.07
SDC1P18827 FAM53C-202ENST00000434981 1686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
SDC1P18827 CFLAR-214ENST00000443227 1679 ntTSL 2 BASIC15.46■□□□□ 0.07
SDC1P18827 GPAT2-204ENST00000453542 2466 ntTSL 2 BASIC15.46■□□□□ 0.07
SDC1P18827 NOTO-201ENST00000398468 2749 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.46■□□□□ 0.07
SDC1P18827 MRPS22-212ENST00000495075 1547 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
SDC1P18827 HSD17B6-203ENST00000554150 1547 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.46■□□□□ 0.07
SDC1P18827 MARK3-204ENST00000416682 2969 ntTSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
SDC1P18827 NFATC4-211ENST00000554344 2955 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
SDC1P18827 GABRB3-215ENST00000622697 5876 ntTSL 5 BASIC15.46■□□□□ 0.07
SDC1P18827 AC012507.2-203ENST00000415628 1765 ntTSL 3 BASIC15.46■□□□□ 0.07
SDC1P18827 BIRC7-201ENST00000217169 1368 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
SDC1P18827 SIRT6-214ENST00000601488 1361 ntTSL 3 BASIC15.46■□□□□ 0.07
SDC1P18827 TBC1D22A-205ENST00000406733 2267 ntTSL 2 BASIC15.46■□□□□ 0.06
SDC1P18827 ALMS1P1-202ENST00000450720 1601 ntTSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.06
SDC1P18827 AMT-233ENST00000636522 1620 ntTSL 2 BASIC15.46■□□□□ 0.06
SDC1P18827 HS3ST3B1-201ENST00000360954 5367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.06
SDC1P18827 SERTAD1-201ENST00000357949 2114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.06
SDC1P18827 TRIM13-204ENST00000420995 2607 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.06
SDC1P18827 CCDC144A-202ENST00000340621 2214 ntTSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
SDC1P18827 SUN2-203ENST00000406622 2725 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
SDC1P18827 SYBU-219ENST00000528647 2995 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
SDC1P18827 STC2-201ENST00000265087 5353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
SDC1P18827 TEKT4P2-201ENST00000416067 1599 ntTSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
SDC1P18827 DBNDD1-202ENST00000304733 2081 ntTSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
SDC1P18827 MYOC-201ENST00000037502 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
SDC1P18827 RECQL4-209ENST00000617875 3809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
SDC1P18827 ULK4-203ENST00000420927 1904 ntTSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
SDC1P18827 DKFZP434H168-201ENST00000567381 1905 ntBASIC15.45■□□□□ 0.06
SDC1P18827 AC011477.6-201ENST00000604980 1927 ntBASIC15.45■□□□□ 0.06
SDC1P18827 EIF2B3-210ENST00000620860 1923 ntTSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
SDC1P18827 WDR45-202ENST00000356463 1688 ntTSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
SDC1P18827 ZNF767P-201ENST00000463567 3520 ntTSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
SDC1P18827 DEPDC7-202ENST00000311388 2012 ntTSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
SDC1P18827 ZBTB7C-201ENST00000535628 4818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
SDC1P18827 TUSC3-204ENST00000506802 1546 ntTSL 5 BASIC15.45■□□□□ 0.06
SDC1P18827 ARHGAP45-212ENST00000590577 3218 ntTSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
SDC1P18827 LIM2-201ENST00000221973 983 ntTSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
SDC1P18827 MYEF2-201ENST00000267836 2958 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
SDC1P18827 GPRC5C-201ENST00000342648 1273 ntTSL 5 BASIC15.45■□□□□ 0.06
SDC1P18827 MRPS15-201ENST00000373116 1006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
SDC1P18827 DHRS4-203ENST00000397075 727 ntTSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
SDC1P18827 HSPB7-204ENST00000411503 2128 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
SDC1P18827 AL451069.2-201ENST00000428814 297 ntTSL 3 BASIC15.45■□□□□ 0.06
SDC1P18827 SNCA-209ENST00000506244 570 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
SDC1P18827 EFCAB1-209ENST00000523092 648 ntTSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
SDC1P18827 TPD52L1-211ENST00000532429 1022 ntTSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
SDC1P18827 AC133550.1-201ENST00000563565 295 ntTSL 3 BASIC15.45■□□□□ 0.06
SDC1P18827 MKNK2-212ENST00000591588 631 ntTSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
SDC1P18827 AC008878.4-201ENST00000602083 293 ntTSL 5 BASIC15.45■□□□□ 0.06
SDC1P18827 AC099522.2-201ENST00000607001 744 ntBASIC15.45■□□□□ 0.06
SDC1P18827 STAT1-202ENST00000392322 2716 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
SDC1P18827 GPS1-208ENST00000578552 1874 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
SDC1P18827 PTBP1-202ENST00000350092 3069 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
SDC1P18827 KIAA1755-206ENST00000496900 2557 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
SDC1P18827 SNRPF-201ENST00000266735 1389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
SDC1P18827 RNF32-204ENST00000392743 1746 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
SDC1P18827 ABHD3-201ENST00000289119 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
SDC1P18827 PGAP3-211ENST00000619169 2094 ntTSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
SDC1P18827 DNAJC2-203ENST00000379263 2167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
SDC1P18827 SHISA2-201ENST00000319420 2860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
SDC1P18827 EPB41L3-203ENST00000400111 4259 ntTSL 5 BASIC15.45■□□□□ 0.06
SDC1P18827 MFSD5-202ENST00000534842 2038 ntTSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
SDC1P18827 TBC1D17-202ENST00000535102 2025 ntTSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
SDC1P18827 SLC1A7-204ENST00000611397 2499 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
SDC1P18827 ZNF135-202ENST00000359978 2120 ntTSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
SDC1P18827 CEP19-202ENST00000409690 2201 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
SDC1P18827 AC144831.1-201ENST00000573312 2656 ntBASIC15.44■□□□□ 0.06
SDC1P18827 RUSC1-205ENST00000368354 3114 ntTSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
SDC1P18827 LINC01660-203ENST00000618517 1859 ntTSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
SDC1P18827 OGFOD2-202ENST00000397389 2308 ntTSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
SDC1P18827 ZFAND5-205ENST00000376962 2785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
SDC1P18827 PBX1-219ENST00000560641 3225 ntTSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
SDC1P18827 SLC37A1-201ENST00000352133 3664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
SDC1P18827 LARP4B-211ENST00000612396 8546 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
SDC1P18827 NFIC-203ENST00000443272 1716 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
SDC1P18827 AC022532.1-201ENST00000624563 1728 ntBASIC15.44■□□□□ 0.06
SDC1P18827 ADSL-220ENST00000636714 1734 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
SDC1P18827 SLC6A2-204ENST00000561820 2268 ntTSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
SDC1P18827 ATP23-201ENST00000300145 1245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
SDC1P18827 SNHG6-201ENST00000520348 648 ntTSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
SDC1P18827 SPATA33-208ENST00000568929 1264 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
SDC1P18827 AC011530.1-201ENST00000593999 558 ntTSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
SDC1P18827 BABAM1-206ENST00000595632 966 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
SDC1P18827 BCL2L12-206ENST00000598306 510 ntTSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
SDC1P18827 AC074135.2-201ENST00000600896 510 ntTSL 3 BASIC15.44■□□□□ 0.06
SDC1P18827 AC091100.1-201ENST00000558424 2354 ntTSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
SDC1P18827 CD300LG-204ENST00000539718 1399 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
SDC1P18827 EPS8L2-201ENST00000318562 3148 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
SDC1P18827 ARHGAP9-203ENST00000424809 2569 ntTSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
SDC1P18827 AHCY-201ENST00000217426 2143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 55.3 ms