Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 GOLIM4-201ENST00000309027 2100 ntTSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
TCOF1Q13428 SYBU-231ENST00000533065 2645 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.05■■□□□ 1.44
TCOF1Q13428 AC069224.1-201ENST00000566372 1715 ntBASIC24.05■■□□□ 1.44
TCOF1Q13428 POLR2J-201ENST00000292614 932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
TCOF1Q13428 ETFB-201ENST00000309244 900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
TCOF1Q13428 CATSPERZ-201ENST00000328404 743 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
TCOF1Q13428 PLA2G5-201ENST00000375108 1161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
TCOF1Q13428 TEN1-201ENST00000397640 994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
TCOF1Q13428 KRT18P43-201ENST00000469825 1281 ntBASIC24.05■■□□□ 1.44
TCOF1Q13428 FAM86LP-201ENST00000478302 853 ntBASIC24.05■■□□□ 1.44
TCOF1Q13428 BRF2-202ENST00000520601 1192 ntTSL 3 BASIC24.05■■□□□ 1.44
TCOF1Q13428 TMEM101-204ENST00000587529 965 ntTSL 2 BASIC24.05■■□□□ 1.44
TCOF1Q13428 ANKS3-227ENST00000592711 580 ntTSL 4 BASIC24.05■■□□□ 1.44
TCOF1Q13428 JKAMP-215ENST00000616435 2338 ntTSL 5 BASIC24.05■■□□□ 1.44
TCOF1Q13428 BTD-207ENST00000449107 1820 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC24.05■■□□□ 1.44
TCOF1Q13428 NAT9-210ENST00000580301 1860 ntTSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
TCOF1Q13428 INTS4P2-202ENST00000614726 2019 ntBASIC24.05■■□□□ 1.44
TCOF1Q13428 PRKAG1-217ENST00000552212 1497 ntTSL 2 BASIC24.04■■□□□ 1.44
TCOF1Q13428 NDRG2-211ENST00000397858 2054 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC24.04■■□□□ 1.44
TCOF1Q13428 SLC6A9-204ENST00000372307 2162 ntTSL 2 BASIC24.04■■□□□ 1.44
TCOF1Q13428 TRAPPC2L-201ENST00000301021 2215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
TCOF1Q13428 WDR45-202ENST00000356463 1688 ntTSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
TCOF1Q13428 LMNA-203ENST00000368297 1679 ntTSL 2 BASIC24.04■■□□□ 1.44
TCOF1Q13428 ERP29-203ENST00000546477 1698 ntTSL 3 BASIC24.04■■□□□ 1.44
TCOF1Q13428 DIP2A-204ENST00000457905 3044 ntTSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
TCOF1Q13428 LTBP3-201ENST00000301873 4443 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.04■■□□□ 1.44
TCOF1Q13428 WHAMM-201ENST00000286760 5101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
TCOF1Q13428 DPP9-AS1-201ENST00000381796 3071 ntTSL 2 BASIC24.04■■□□□ 1.44
TCOF1Q13428 SLC52A1-202ENST00000424747 2412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
TCOF1Q13428 ZNF623-201ENST00000458270 2733 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
TCOF1Q13428 SERPINA4-202ENST00000555095 1987 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
TCOF1Q13428 CERNA1-202ENST00000560518 1972 ntTSL 2 BASIC24.04■■□□□ 1.44
TCOF1Q13428 HOXB1-201ENST00000239174 2020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
TCOF1Q13428 TPSD1-202ENST00000397534 896 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.04■■□□□ 1.44
TCOF1Q13428 ITIH1-202ENST00000405128 1122 ntTSL 2 BASIC24.04■■□□□ 1.44
TCOF1Q13428 AC007389.4-201ENST00000454674 793 ntBASIC24.04■■□□□ 1.44
TCOF1Q13428 SPDYE16-201ENST00000515340 858 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.04■■□□□ 1.44
TCOF1Q13428 OMP-201ENST00000529803 492 ntAPPRIS P1 BASIC24.04■■□□□ 1.44
TCOF1Q13428 AC004803.1-204ENST00000543290 512 ntTSL 4 BASIC24.04■■□□□ 1.44
TCOF1Q13428 AC009088.3-201ENST00000563605 357 ntTSL 3 BASIC24.04■■□□□ 1.44
TCOF1Q13428 AC108134.3-202ENST00000571404 1207 ntTSL 5 BASIC24.04■■□□□ 1.44
TCOF1Q13428 AC012615.4-201ENST00000586694 607 ntTSL 4 BASIC24.04■■□□□ 1.44
TCOF1Q13428 AC008758.5-201ENST00000595562 617 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC24.04■■□□□ 1.44
TCOF1Q13428 AC010319.3-201ENST00000597028 470 ntBASIC24.04■■□□□ 1.44
TCOF1Q13428 ST3GAL5-229ENST00000638986 2331 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.04■■□□□ 1.44
TCOF1Q13428 FBP1-203ENST00000415431 1487 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.04■■□□□ 1.44
TCOF1Q13428 PGAP3-201ENST00000300658 2737 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
TCOF1Q13428 JHDM1D-AS1-201ENST00000566699 2380 ntBASIC24.03■■□□□ 1.44
TCOF1Q13428 BCR-202ENST00000359540 4708 ntTSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
TCOF1Q13428 NMD3-202ENST00000460469 3061 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
TCOF1Q13428 LAPTM4B-201ENST00000445593 3173 ntTSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
TCOF1Q13428 TRIM39-205ENST00000396551 3249 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.03■■□□□ 1.44
TCOF1Q13428 SIPA1-209ENST00000534313 3521 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
TCOF1Q13428 EIF1AX-201ENST00000379593 765 ntTSL 3 BASIC24.03■■□□□ 1.44
TCOF1Q13428 C1orf210-201ENST00000423420 629 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.03■■□□□ 1.44
TCOF1Q13428 AL845321.1-202ENST00000432011 786 ntTSL 5 BASIC24.03■■□□□ 1.44
TCOF1Q13428 MLF1-206ENST00000471745 1266 ntTSL 2 BASIC24.03■■□□□ 1.44
TCOF1Q13428 C12orf57-206ENST00000544681 980 ntTSL 2 BASIC24.03■■□□□ 1.44
TCOF1Q13428 AL133153.2-201ENST00000557524 303 ntTSL 3 BASIC24.03■■□□□ 1.44
TCOF1Q13428 AL049840.4-201ENST00000602422 811 ntBASIC24.03■■□□□ 1.44
TCOF1Q13428 AC243829.4-204ENST00000616926 1115 ntTSL 5 BASIC24.03■■□□□ 1.44
TCOF1Q13428 KISS1-202ENST00000625357 435 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.03■■□□□ 1.44
TCOF1Q13428 AC020907.1-201ENST00000616460 1350 ntBASIC24.03■■□□□ 1.44
TCOF1Q13428 FDPS-202ENST00000368356 1431 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.03■■□□□ 1.44
TCOF1Q13428 CIART-203ENST00000369095 1433 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
TCOF1Q13428 LINC00221-201ENST00000603633 1656 ntTSL 2 BASIC24.03■■□□□ 1.44
TCOF1Q13428 PNLDC1-202ENST00000392167 1816 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.03■■□□□ 1.44
TCOF1Q13428 SLC2A4-202ENST00000424875 1852 ntTSL 2 BASIC24.03■■□□□ 1.44
TCOF1Q13428 ELN-207ENST00000380562 2240 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
TCOF1Q13428 MGAT2-201ENST00000305386 2687 ntAPPRIS P1 BASIC24.03■■□□□ 1.44
TCOF1Q13428 CSRNP1-201ENST00000273153 3148 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
TCOF1Q13428 RASA4-202ENST00000449970 2787 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.02■■□□□ 1.44
TCOF1Q13428 RFC5-204ENST00000454402 1655 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
TCOF1Q13428 C1RL-210ENST00000544702 1569 ntTSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
TCOF1Q13428 AL121723.1-201ENST00000445194 1519 ntBASIC24.02■■□□□ 1.44
TCOF1Q13428 SLC22A6-204ENST00000458333 1521 ntTSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
TCOF1Q13428 LINC01978-202ENST00000574526 1540 ntTSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
TCOF1Q13428 RAC2-202ENST00000401529 569 ntTSL 4 BASIC24.02■■□□□ 1.44
TCOF1Q13428 LINC01534-201ENST00000425254 815 ntTSL 2 BASIC24.02■■□□□ 1.44
TCOF1Q13428 AC099754.1-201ENST00000435884 454 ntTSL 3 BASIC24.02■■□□□ 1.44
TCOF1Q13428 TMEM225B-203ENST00000453227 1041 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.02■■□□□ 1.44
TCOF1Q13428 AC011466.1-201ENST00000595201 566 ntTSL 4 BASIC24.02■■□□□ 1.44
TCOF1Q13428 HIST1H2BO-201ENST00000616182 381 ntAPPRIS P1 BASIC24.02■■□□□ 1.44
TCOF1Q13428 GXYLT2-201ENST00000389617 3260 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.02■■□□□ 1.44
TCOF1Q13428 RABL6-201ENST00000311502 3091 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
TCOF1Q13428 DYNC1LI2-201ENST00000258198 4515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
TCOF1Q13428 NR2C1-201ENST00000330677 2014 ntTSL 5 BASIC24.02■■□□□ 1.44
TCOF1Q13428 GDF2-201ENST00000581492 1955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
TCOF1Q13428 ADAM10-205ENST00000461408 1932 ntTSL 2 BASIC24.02■■□□□ 1.44
TCOF1Q13428 TUBBP5-201ENST00000290377 1563 ntTSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
TCOF1Q13428 U73166.1-201ENST00000439898 2625 ntTSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
TCOF1Q13428 SERPINF2-203ENST00000450523 1462 ntTSL 2 BASIC24.02■■□□□ 1.43
TCOF1Q13428 CCNI2-201ENST00000378731 2355 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
TCOF1Q13428 AC106820.2-201ENST00000563775 3264 ntBASIC24.01■■□□□ 1.43
TCOF1Q13428 NPY-201ENST00000242152 585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
TCOF1Q13428 IGHV3-35-201ENST00000390617 366 ntAPPRIS P1 BASIC24.01■■□□□ 1.43
TCOF1Q13428 LNCPRESS1-201ENST00000429254 756 ntTSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
TCOF1Q13428 SNHG12-210ENST00000483436 682 ntTSL 3 BASIC24.01■■□□□ 1.43
TCOF1Q13428 AC020659.2-202ENST00000512295 513 ntTSL 2 BASIC24.01■■□□□ 1.43
TCOF1Q13428 TMEM258-204ENST00000537328 575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
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