Protein–RNA interactions for Protein: P39880

CUX1, Homeobox protein cut-like 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,505 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CUX1P39880 AC084859.1-201ENST00000533002 670 ntTSL 4 BASIC26.63■■□□□ 1.85
CUX1P39880 AL021546.1-201ENST00000551806 552 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.63■■□□□ 1.85
CUX1P39880 AC026495.1-203ENST00000557528 906 ntTSL 5 BASIC26.63■■□□□ 1.85
CUX1P39880 PLA2G4C-AS1-201ENST00000596552 568 ntTSL 3 BASIC26.63■■□□□ 1.85
CUX1P39880 SLC29A1-203ENST00000371724 2275 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.63■■□□□ 1.85
CUX1P39880 PALM-201ENST00000264560 2755 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC26.63■■□□□ 1.85
CUX1P39880 IL11RA-202ENST00000441545 1700 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.63■■□□□ 1.85
CUX1P39880 PCM1-206ENST00000518537 2171 ntTSL 1 (best) BASIC26.63■■□□□ 1.85
CUX1P39880 KRT35-202ENST00000393989 1670 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.63■■□□□ 1.85
CUX1P39880 EDN3-202ENST00000337938 2636 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.63■■□□□ 1.85
CUX1P39880 CDCA7L-203ENST00000406877 3066 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.63■■□□□ 1.85
CUX1P39880 DDX19B-204ENST00000451014 1608 ntTSL 2 BASIC26.63■■□□□ 1.85
CUX1P39880 CCDC110-201ENST00000307588 2898 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.63■■□□□ 1.85
CUX1P39880 MEI1-215ENST00000540833 2326 ntTSL 5 BASIC26.62■■□□□ 1.85
CUX1P39880 RAPSN-202ENST00000352508 1452 ntTSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
CUX1P39880 ABHD18-206ENST00000611882 1493 ntTSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
CUX1P39880 DHX33-202ENST00000433302 2225 ntTSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
CUX1P39880 SNHG20-204ENST00000566583 1338 ntTSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
CUX1P39880 TTLL3-209ENST00000426895 2767 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC26.62■■□□□ 1.85
CUX1P39880 THEG-202ENST00000346878 1211 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.62■■□□□ 1.85
CUX1P39880 KCNQ1DN-201ENST00000441418 1093 ntTSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
CUX1P39880 LRRC74B-201ENST00000442047 1179 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.62■■□□□ 1.85
CUX1P39880 AC104306.2-201ENST00000451877 341 ntBASIC26.62■■□□□ 1.85
CUX1P39880 AC105129.2-201ENST00000559536 390 ntBASIC26.62■■□□□ 1.85
CUX1P39880 AC120498.1-201ENST00000563593 476 ntTSL 4 BASIC26.62■■□□□ 1.85
CUX1P39880 AC009133.1-202ENST00000563806 494 ntTSL 3 BASIC26.62■■□□□ 1.85
CUX1P39880 TNNT1-212ENST00000588981 1163 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
CUX1P39880 MYH7B-209ENST00000618182 6197 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.62■■□□□ 1.85
CUX1P39880 PARD3-213ENST00000545260 5740 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
CUX1P39880 DIABLO-204ENST00000413918 1859 ntTSL 2 BASIC26.62■■□□□ 1.85
CUX1P39880 AC018735.1-201ENST00000437208 1502 ntBASIC26.62■■□□□ 1.85
CUX1P39880 PNLDC1-202ENST00000392167 1816 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.62■■□□□ 1.85
CUX1P39880 SNRPD3-201ENST00000215829 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
CUX1P39880 NFIC-202ENST00000395111 1755 ntTSL 2 BASIC26.62■■□□□ 1.85
CUX1P39880 NFKB2-201ENST00000189444 3011 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
CUX1P39880 RIMS3-201ENST00000372683 1408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
CUX1P39880 SNAP47-AS1-201ENST00000413347 1708 ntTSL 2 BASIC26.62■■□□□ 1.85
CUX1P39880 FP565260.3-204ENST00000623795 2238 ntTSL 2 BASIC26.61■■□□□ 1.85
CUX1P39880 KATNA1-201ENST00000335643 1564 ntTSL 1 (best) BASIC26.61■■□□□ 1.85
CUX1P39880 TEX13B-201ENST00000302917 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.61■■□□□ 1.85
CUX1P39880 C8orf74-201ENST00000304519 1036 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.61■■□□□ 1.85
CUX1P39880 FCGR1B-203ENST00000369384 1044 ntTSL 1 (best) BASIC26.61■■□□□ 1.85
CUX1P39880 GNG5-201ENST00000370641 920 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.61■■□□□ 1.85
CUX1P39880 C17orf51-202ENST00000412778 877 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC26.61■■□□□ 1.85
CUX1P39880 LINC01694-201ENST00000424569 821 ntTSL 5 BASIC26.61■■□□□ 1.85
CUX1P39880 C2orf27AP3-201ENST00000434123 579 ntBASIC26.61■■□□□ 1.85
CUX1P39880 OARD1-212ENST00000482515 832 ntTSL 2 BASIC26.61■■□□□ 1.85
CUX1P39880 ST8SIA2-202ENST00000539113 1089 ntTSL 1 (best) BASIC26.61■■□□□ 1.85
CUX1P39880 LINC00479-204ENST00000589300 718 ntTSL 1 (best) BASIC26.61■■□□□ 1.85
CUX1P39880 YIF1B-215ENST00000592246 936 ntTSL 3 BASIC26.61■■□□□ 1.85
CUX1P39880 AC093813.1-201ENST00000605066 256 ntBASIC26.61■■□□□ 1.85
CUX1P39880 AL354718.3-201ENST00000616414 581 ntBASIC26.61■■□□□ 1.85
CUX1P39880 CR382287.1-201ENST00000623954 586 ntBASIC26.61■■□□□ 1.85
CUX1P39880 CKMT2-201ENST00000254035 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.61■■□□□ 1.85
CUX1P39880 MYLK3-202ENST00000536476 1795 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.61■■□□□ 1.85
CUX1P39880 IRAK1-204ENST00000393687 2049 ntTSL 1 (best) BASIC26.61■■□□□ 1.85
CUX1P39880 TMEM45B-201ENST00000281441 2234 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.61■■□□□ 1.85
CUX1P39880 KLK5-202ENST00000391809 1405 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.61■■□□□ 1.85
CUX1P39880 MAPK11-201ENST00000330651 2431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.61■■□□□ 1.85
CUX1P39880 MIER1-206ENST00000371016 1802 ntTSL 1 (best) BASIC26.61■■□□□ 1.85
CUX1P39880 GRN-222ENST00000639447 1314 ntTSL 2 BASIC26.61■■□□□ 1.85
CUX1P39880 TEKT4-201ENST00000295201 1505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.6■■□□□ 1.85
CUX1P39880 MRPL34-201ENST00000252602 968 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.6■■□□□ 1.85
CUX1P39880 ACKR1-201ENST00000368121 1240 ntBASIC26.6■■□□□ 1.85
CUX1P39880 GPR17-202ENST00000393018 1177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.6■■□□□ 1.85
CUX1P39880 CYB5R3-203ENST00000402438 1050 ntTSL 5 BASIC26.6■■□□□ 1.85
CUX1P39880 MTX1P1-201ENST00000440904 838 ntBASIC26.6■■□□□ 1.85
CUX1P39880 ZNF232-201ENST00000250076 2179 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC26.6■■□□□ 1.85
CUX1P39880 DOLPP1-202ENST00000372546 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.6■■□□□ 1.85
CUX1P39880 SIGLEC7-201ENST00000305628 1469 ntTSL 1 (best) BASIC26.6■■□□□ 1.85
CUX1P39880 REV1-201ENST00000258428 4751 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.6■■□□□ 1.85
CUX1P39880 CCDC144A-210ENST00000456009 2306 ntTSL 5 BASIC26.6■■□□□ 1.85
CUX1P39880 UBAP1-203ENST00000379186 2524 ntTSL 5 BASIC26.6■■□□□ 1.85
CUX1P39880 DYDC2-202ENST00000372197 2022 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.6■■□□□ 1.85
CUX1P39880 Z98749.3-201ENST00000400206 1770 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.6■■□□□ 1.85
CUX1P39880 ST7L-207ENST00000369669 1743 ntTSL 2 BASIC26.6■■□□□ 1.85
CUX1P39880 CLPTM1L-209ENST00000507807 1740 ntTSL 1 (best) BASIC26.6■■□□□ 1.85
CUX1P39880 WT1-201ENST00000332351 3122 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.6■■□□□ 1.85
CUX1P39880 RPL39L-201ENST00000296277 756 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.6■■□□□ 1.85
CUX1P39880 DGCR5-204ENST00000440005 1299 ntTSL 1 (best) BASIC26.6■■□□□ 1.85
CUX1P39880 AP006547.1-201ENST00000563435 692 ntBASIC26.6■■□□□ 1.85
CUX1P39880 AC007333.1-201ENST00000568286 630 ntTSL 3 BASIC26.6■■□□□ 1.85
CUX1P39880 MIR4741-201ENST00000579822 90 ntBASIC26.6■■□□□ 1.85
CUX1P39880 OSBP2-211ENST00000446658 2836 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.59■■□□□ 1.85
CUX1P39880 ZNF385A-203ENST00000394313 2430 ntTSL 1 (best) BASIC26.59■■□□□ 1.85
CUX1P39880 GNB1-209ENST00000610897 3145 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.59■■□□□ 1.85
CUX1P39880 PLD4-201ENST00000392593 6515 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.59■■□□□ 1.85
CUX1P39880 AP003392.4-202ENST00000526453 1359 ntTSL 2 BASIC26.59■■□□□ 1.85
CUX1P39880 SSC4D-201ENST00000275560 2801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.59■■□□□ 1.85
CUX1P39880 SLC25A48-203ENST00000425402 2062 ntTSL 5 BASIC26.59■■□□□ 1.85
CUX1P39880 PLPPR2-208ENST00000591608 2552 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.59■■□□□ 1.85
CUX1P39880 AC005498.3-201ENST00000596587 2045 ntTSL 1 (best) BASIC26.59■■□□□ 1.85
CUX1P39880 CSH1-201ENST00000316193 900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.59■■□□□ 1.85
CUX1P39880 EVX1-202ENST00000496902 2955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.59■■□□□ 1.85
CUX1P39880 AP001582.1-201ENST00000525856 295 ntBASIC26.59■■□□□ 1.85
CUX1P39880 ACR-203ENST00000529621 708 ntTSL 5 BASIC26.59■■□□□ 1.85
CUX1P39880 SPATA21-206ENST00000612240 603 ntTSL 5 BASIC26.59■■□□□ 1.85
CUX1P39880 TTLL10-202ENST00000379289 2259 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.59■■□□□ 1.85
CUX1P39880 PLEKHB1-203ENST00000398492 2275 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.59■■□□□ 1.85
CUX1P39880 APMAP-201ENST00000217456 2430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.59■■□□□ 1.85
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 51.2 ms