Protein–RNA interactions for Protein: Q13286

CLN3, Battenin, humanhuman

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Length 438 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLN3Q13286 CDK19-202ENST00000368911 6246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
CLN3Q13286 C1QTNF6-202ENST00000397110 1647 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
CLN3Q13286 AD000671.3-202ENST00000591091 1712 ntTSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
CLN3Q13286 AL132857.2-201ENST00000634305 1737 ntTSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
CLN3Q13286 HOXB1-201ENST00000239174 2020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
CLN3Q13286 TRIM50-201ENST00000333149 2047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
CLN3Q13286 CNOT6-207ENST00000618123 6250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
CLN3Q13286 DNM3-203ENST00000367733 2322 ntTSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
CLN3Q13286 NFATC4-218ENST00000554966 2506 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
CLN3Q13286 NFATC4-225ENST00000556169 2509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
CLN3Q13286 AGAP6-201ENST00000374056 2703 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
CLN3Q13286 KCNE3-201ENST00000310128 3143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
CLN3Q13286 AC099398.1-201ENST00000567919 2776 ntBASIC15.17■□□□□ 0.02
CLN3Q13286 MTHFD2L-203ENST00000395759 2354 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
CLN3Q13286 PRORSD1P-202ENST00000563365 2154 ntBASIC15.17■□□□□ 0.02
CLN3Q13286 AC018665.1-201ENST00000622927 1362 ntBASIC15.17■□□□□ 0.02
CLN3Q13286 FGF6-201ENST00000228837 743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
CLN3Q13286 NCR1-201ENST00000291890 1155 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
CLN3Q13286 PHLDA2-201ENST00000314222 955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
CLN3Q13286 NCR1-202ENST00000338835 973 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
CLN3Q13286 NCR1-203ENST00000350790 739 ntTSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
CLN3Q13286 FAM104B-202ENST00000358460 1179 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
CLN3Q13286 S100A16-201ENST00000368703 946 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.17■□□□□ 0.02
CLN3Q13286 GSTO1-201ENST00000369710 900 ntTSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
CLN3Q13286 STX1A-203ENST00000395155 783 ntTSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
CLN3Q13286 AL354761.2-202ENST00000430816 546 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
CLN3Q13286 PRSS42-202ENST00000447340 1280 ntTSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
CLN3Q13286 AC026774.1-201ENST00000503652 691 ntTSL 3 BASIC15.17■□□□□ 0.02
CLN3Q13286 C8orf37-AS1-202ENST00000517655 562 ntTSL 4 BASIC15.17■□□□□ 0.02
CLN3Q13286 AP000943.3-201ENST00000536540 954 ntTSL 3 BASIC15.17■□□□□ 0.02
CLN3Q13286 TROAP-207ENST00000548311 623 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
CLN3Q13286 RN7SL371P-201ENST00000578099 267 ntBASIC15.17■□□□□ 0.02
CLN3Q13286 RN7SL219P-201ENST00000582872 296 ntBASIC15.17■□□□□ 0.02
CLN3Q13286 AC012615.4-201ENST00000586694 607 ntTSL 4 BASIC15.17■□□□□ 0.02
CLN3Q13286 AC025048.3-201ENST00000590609 569 ntBASIC15.17■□□□□ 0.02
CLN3Q13286 AC008758.5-201ENST00000595562 617 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC15.17■□□□□ 0.02
CLN3Q13286 MIR6787-201ENST00000616675 61 ntBASIC15.17■□□□□ 0.02
CLN3Q13286 AC005702.4-201ENST00000618393 416 ntBASIC15.17■□□□□ 0.02
CLN3Q13286 GPR182-203ENST00000622922 591 ntBASIC15.17■□□□□ 0.02
CLN3Q13286 RPSAP52-203ENST00000622976 1023 ntBASIC15.17■□□□□ 0.02
CLN3Q13286 LINC01759-203ENST00000635271 888 ntTSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
CLN3Q13286 DVL2-201ENST00000005340 3018 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
CLN3Q13286 HSF2-202ENST00000452194 2643 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
CLN3Q13286 AC133548.2-201ENST00000568567 2605 ntTSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
CLN3Q13286 FAM129C-202ENST00000335393 2508 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
CLN3Q13286 SUZ12-204ENST00000580398 3977 ntTSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
CLN3Q13286 ASB16-AS1-201ENST00000585457 2213 ntTSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
CLN3Q13286 ZNF57-201ENST00000306908 2003 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
CLN3Q13286 ZNF57-205ENST00000614108 2002 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
CLN3Q13286 WNK2-201ENST00000297954 7138 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
CLN3Q13286 SCARB1-208ENST00000544327 1812 ntTSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
CLN3Q13286 GPS1-228ENST00000624957 1825 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
CLN3Q13286 LINC01185-202ENST00000452343 1705 ntTSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
CLN3Q13286 DTX4-204ENST00000532982 1708 ntTSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
CLN3Q13286 SLCO4A1-202ENST00000370507 2665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
CLN3Q13286 CCDC137-201ENST00000329214 2468 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
CLN3Q13286 DEK-201ENST00000244776 1441 ntTSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
CLN3Q13286 LRCH3-201ENST00000334859 2258 ntTSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
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CLN3Q13286 AGXT-201ENST00000307503 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
CLN3Q13286 INSIG1-203ENST00000344756 2623 ntTSL 5 BASIC15.16■□□□□ 0.02
CLN3Q13286 MAP7-203ENST00000438100 2633 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.16■□□□□ 0.02
CLN3Q13286 MAGEA8-201ENST00000286482 1778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
CLN3Q13286 ZSCAN25-201ENST00000262941 1652 ntTSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
CLN3Q13286 ZNF140-207ENST00000440550 1663 ntTSL 2 BASIC15.16■□□□□ 0.02
CLN3Q13286 AAAS-217ENST00000550286 1652 ntTSL 5 BASIC15.16■□□□□ 0.02
CLN3Q13286 TTC24-201ENST00000368236 2005 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.16■□□□□ 0.02
CLN3Q13286 UBE2Q2-201ENST00000267938 3130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
CLN3Q13286 SNED1-202ENST00000342631 1930 ntTSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
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CLN3Q13286 RETN-201ENST00000221515 520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
CLN3Q13286 AKIP1-202ENST00000309357 1232 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
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CLN3Q13286 KDM4A-AS1-204ENST00000439057 686 ntTSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
CLN3Q13286 TMEM225B-203ENST00000453227 1041 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.16■□□□□ 0.02
CLN3Q13286 VCX3B-204ENST00000453306 868 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.16■□□□□ 0.02
CLN3Q13286 KLC4-205ENST00000458460 1251 ntTSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
CLN3Q13286 AJ271736.1-201ENST00000483543 773 ntTSL 5 BASIC15.16■□□□□ 0.02
CLN3Q13286 SLC30A5-203ENST00000502979 681 ntTSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
CLN3Q13286 C11orf98-201ENST00000524958 654 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.16■□□□□ 0.02
CLN3Q13286 GSTZ1-219ENST00000557639 873 ntTSL 2 BASIC15.16■□□□□ 0.02
CLN3Q13286 TGIF2-C20orf24-201ENST00000558530 918 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.16■□□□□ 0.02
CLN3Q13286 AC007611.1-201ENST00000568150 826 ntTSL 2 BASIC15.16■□□□□ 0.02
CLN3Q13286 AC027601.2-201ENST00000571085 805 ntTSL 5 BASIC15.16■□□□□ 0.02
CLN3Q13286 AC233724.13-201ENST00000598383 410 ntBASIC15.16■□□□□ 0.02
CLN3Q13286 CDH24-204ENST00000487137 3438 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.16■□□□□ 0.02
CLN3Q13286 C1orf159-204ENST00000379339 2429 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.16■□□□□ 0.02
CLN3Q13286 FAM69C-201ENST00000343998 3671 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.16■□□□□ 0.02
CLN3Q13286 AES-201ENST00000221561 1884 ntTSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
CLN3Q13286 TCEA2-203ENST00000361317 1427 ntTSL 2 BASIC15.16■□□□□ 0.02
CLN3Q13286 ZNF302-201ENST00000423823 2590 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
CLN3Q13286 SELENBP1-201ENST00000368868 1752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
CLN3Q13286 UBXN11-205ENST00000374221 1792 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC15.16■□□□□ 0.02
CLN3Q13286 URAHP-202ENST00000409873 1349 ntTSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
CLN3Q13286 DNAJB2-201ENST00000336576 3176 ntTSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
CLN3Q13286 FBXO33-201ENST00000298097 3853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
CLN3Q13286 GAL3ST1-203ENST00000402321 1908 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.15■□□□□ 0.02
CLN3Q13286 DYRK1B-205ENST00000597639 1806 ntTSL 5 BASIC15.15■□□□□ 0.02
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 63.8 ms