Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3X0

CCDC9, Coiled-coil domain-containing protein 9, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 531 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC9Q9Y3X0 AL590627.1-201ENST00000626603 1910 ntTSL 2 BASIC21.49■■□□□ 1.03
CCDC9Q9Y3X0 SCRIB-203ENST00000377533 5108 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
CCDC9Q9Y3X0 RUVBL1-201ENST00000322623 1761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
CCDC9Q9Y3X0 HARS2-202ENST00000448069 1426 ntTSL 2 BASIC21.49■■□□□ 1.03
CCDC9Q9Y3X0 AP5B1-201ENST00000532090 4811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
CCDC9Q9Y3X0 SEMA6B-201ENST00000586582 3986 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
CCDC9Q9Y3X0 POLR2J-201ENST00000292614 932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
CCDC9Q9Y3X0 UEVLD-201ENST00000300038 995 ntTSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
CCDC9Q9Y3X0 KRTAP19-3-201ENST00000334063 522 ntAPPRIS P1 BASIC21.49■■□□□ 1.03
CCDC9Q9Y3X0 MIR326-201ENST00000362220 95 ntBASIC21.49■■□□□ 1.03
CCDC9Q9Y3X0 AL022323.1-201ENST00000366110 957 ntTSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
CCDC9Q9Y3X0 KNCN-202ENST00000396314 608 ntAPPRIS P3 TSL 4 BASIC21.49■■□□□ 1.03
CCDC9Q9Y3X0 AC062015.1-201ENST00000423838 1134 ntTSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
CCDC9Q9Y3X0 AL121983.1-201ENST00000424181 335 ntTSL 2 BASIC21.49■■□□□ 1.03
CCDC9Q9Y3X0 AP000552.1-208ENST00000452952 576 ntTSL 4 BASIC21.49■■□□□ 1.03
CCDC9Q9Y3X0 AC115284.1-201ENST00000488257 547 ntTSL 4 BASIC21.49■■□□□ 1.03
CCDC9Q9Y3X0 YIF1A-210ENST00000496746 667 ntTSL 2 BASIC21.49■■□□□ 1.03
CCDC9Q9Y3X0 CATSPERZ-203ENST00000539943 917 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.49■■□□□ 1.03
CCDC9Q9Y3X0 AC079316.1-201ENST00000548397 411 ntBASIC21.49■■□□□ 1.03
CCDC9Q9Y3X0 LINC02299-201ENST00000556669 430 ntTSL 5 BASIC21.49■■□□□ 1.03
CCDC9Q9Y3X0 AL118558.1-202ENST00000557242 451 ntTSL 3 BASIC21.49■■□□□ 1.03
CCDC9Q9Y3X0 AL031600.1-201ENST00000563610 570 ntTSL 4 BASIC21.49■■□□□ 1.03
CCDC9Q9Y3X0 AP002360.2-202ENST00000572035 738 ntTSL 3 BASIC21.49■■□□□ 1.03
CCDC9Q9Y3X0 ATF5-205ENST00000600336 682 ntTSL 2 BASIC21.49■■□□□ 1.03
CCDC9Q9Y3X0 RPS5-209ENST00000601521 1203 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.49■■□□□ 1.03
CCDC9Q9Y3X0 CR381653.1-201ENST00000622961 812 ntTSL 3 BASIC21.49■■□□□ 1.03
CCDC9Q9Y3X0 AL158212.4-201ENST00000624062 1286 ntBASIC21.49■■□□□ 1.03
CCDC9Q9Y3X0 SNX1-214ENST00000625244 324 ntTSL 5 BASIC21.49■■□□□ 1.03
CCDC9Q9Y3X0 CASKIN2-201ENST00000321617 5015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
CCDC9Q9Y3X0 ALDH1A3-201ENST00000329841 3924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
CCDC9Q9Y3X0 B3GNT8-201ENST00000321702 1874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
CCDC9Q9Y3X0 NIPAL2-201ENST00000341166 4581 ntTSL 2 BASIC21.49■■□□□ 1.03
CCDC9Q9Y3X0 MAP2K6-209ENST00000613873 1509 ntTSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
CCDC9Q9Y3X0 CLEC18C-201ENST00000314151 1934 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
CCDC9Q9Y3X0 CLEC18A-208ENST00000568461 1934 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
CCDC9Q9Y3X0 TJP3-205ENST00000587686 2946 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
CCDC9Q9Y3X0 HNRNPA1P48-201ENST00000562726 1377 ntBASIC21.48■■□□□ 1.03
CCDC9Q9Y3X0 ALDH3A1-212ENST00000494157 1572 ntTSL 3 BASIC21.48■■□□□ 1.03
CCDC9Q9Y3X0 RWDD4-205ENST00000510968 1551 ntTSL 4 BASIC21.48■■□□□ 1.03
CCDC9Q9Y3X0 ZNF280D-205ENST00000559000 4726 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.48■■□□□ 1.03
CCDC9Q9Y3X0 PCDHA8-201ENST00000378123 2616 ntAPPRIS ALT2 BASIC21.48■■□□□ 1.03
CCDC9Q9Y3X0 SIRT6-202ENST00000337491 1641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
CCDC9Q9Y3X0 AHSA1-201ENST00000216479 1402 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
CCDC9Q9Y3X0 AP001189.5-201ENST00000637683 1413 ntTSL 5 BASIC21.48■■□□□ 1.03
CCDC9Q9Y3X0 RBM7-201ENST00000375490 2064 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
CCDC9Q9Y3X0 AC008764.6-201ENST00000595909 2069 ntBASIC21.48■■□□□ 1.03
CCDC9Q9Y3X0 C19orf48-202ENST00000391812 1666 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.48■■□□□ 1.03
CCDC9Q9Y3X0 FGD5-201ENST00000285046 5720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
CCDC9Q9Y3X0 EIF4E-201ENST00000280892 1097 ntTSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
CCDC9Q9Y3X0 LRCOL1-201ENST00000376608 778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
CCDC9Q9Y3X0 ZSCAN32-204ENST00000422427 1267 ntTSL 2 BASIC21.48■■□□□ 1.03
CCDC9Q9Y3X0 AC016694.1-201ENST00000434179 700 ntBASIC21.48■■□□□ 1.03
CCDC9Q9Y3X0 AL162431.1-201ENST00000434447 543 ntTSL 3 BASIC21.48■■□□□ 1.03
CCDC9Q9Y3X0 AC072022.1-201ENST00000450760 1144 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.48■■□□□ 1.03
CCDC9Q9Y3X0 GLYCTK-203ENST00000461183 889 ntTSL 3 BASIC21.48■■□□□ 1.03
CCDC9Q9Y3X0 MTX3-202ENST00000512528 1280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
CCDC9Q9Y3X0 NEU3-202ENST00000526068 431 ntTSL 2 BASIC21.48■■□□□ 1.03
CCDC9Q9Y3X0 COX14-203ENST00000550487 739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
CCDC9Q9Y3X0 DYNLRB2-205ENST00000568035 409 ntTSL 5 BASIC21.48■■□□□ 1.03
CCDC9Q9Y3X0 YPEL2-205ENST00000585166 881 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.48■■□□□ 1.03
CCDC9Q9Y3X0 AC005746.1-201ENST00000589244 672 ntTSL 3 BASIC21.48■■□□□ 1.03
CCDC9Q9Y3X0 PLA2G4C-AS1-201ENST00000596552 568 ntTSL 3 BASIC21.48■■□□□ 1.03
CCDC9Q9Y3X0 AC013467.2-201ENST00000605472 835 ntBASIC21.48■■□□□ 1.03
CCDC9Q9Y3X0 MFGE8-201ENST00000268150 1937 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
CCDC9Q9Y3X0 OGDH-204ENST00000443864 1744 ntTSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
CCDC9Q9Y3X0 AC006504.5-203ENST00000590628 1335 ntTSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
CCDC9Q9Y3X0 MLKL-201ENST00000306247 1781 ntTSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
CCDC9Q9Y3X0 WIPI2-201ENST00000288828 4476 ntTSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
CCDC9Q9Y3X0 ZYG11A-202ENST00000371532 3942 ntTSL 5 BASIC21.48■■□□□ 1.03
CCDC9Q9Y3X0 GYG1-201ENST00000296048 1890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
CCDC9Q9Y3X0 KCMF1-201ENST00000409785 7568 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
CCDC9Q9Y3X0 ACTR2-205ENST00000542850 1429 ntTSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
CCDC9Q9Y3X0 FIBIN-201ENST00000318627 1938 ntAPPRIS P1 BASIC21.47■■□□□ 1.03
CCDC9Q9Y3X0 CBX6-202ENST00000407418 6122 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
CCDC9Q9Y3X0 AC134043.2-201ENST00000624206 2238 ntBASIC21.47■■□□□ 1.03
CCDC9Q9Y3X0 CARNS1-202ENST00000445895 3971 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.47■■□□□ 1.03
CCDC9Q9Y3X0 PLEKHG4-205ENST00000450733 4480 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
CCDC9Q9Y3X0 RBM4-204ENST00000408993 1763 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.47■■□□□ 1.03
CCDC9Q9Y3X0 MAP3K6-202ENST00000374040 4309 ntTSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
CCDC9Q9Y3X0 UBXN1-202ENST00000301935 1153 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
CCDC9Q9Y3X0 RAB4B-201ENST00000357052 1133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
CCDC9Q9Y3X0 FO393414.2-201ENST00000405153 598 ntBASIC21.47■■□□□ 1.03
CCDC9Q9Y3X0 CXorf40A-211ENST00000450602 1204 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC21.47■■□□□ 1.03
CCDC9Q9Y3X0 ARTN-209ENST00000479128 471 ntTSL 3 BASIC21.47■■□□□ 1.03
CCDC9Q9Y3X0 AC126768.2-201ENST00000511693 718 ntTSL 3 BASIC21.47■■□□□ 1.03
CCDC9Q9Y3X0 NKX3-1-202ENST00000523261 713 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
CCDC9Q9Y3X0 AC116456.1-201ENST00000526646 815 ntTSL 3 BASIC21.47■■□□□ 1.03
CCDC9Q9Y3X0 AC100858.3-202ENST00000533496 553 ntTSL 4 BASIC21.47■■□□□ 1.03
CCDC9Q9Y3X0 RNASEK-C17orf49-201ENST00000547302 900 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.47■■□□□ 1.03
CCDC9Q9Y3X0 ZSCAN32-210ENST00000573830 668 ntTSL 3 BASIC21.47■■□□□ 1.03
CCDC9Q9Y3X0 AC002985.2-201ENST00000601106 957 ntTSL 4 BASIC21.47■■□□□ 1.03
CCDC9Q9Y3X0 AC244669.2-201ENST00000612320 853 ntBASIC21.47■■□□□ 1.03
CCDC9Q9Y3X0 Metazoa_SRP.166-201ENST00000612530 253 ntBASIC21.47■■□□□ 1.03
CCDC9Q9Y3X0 ZNFX1-AS1_1.1-201ENST00000615787 198 ntBASIC21.47■■□□□ 1.03
CCDC9Q9Y3X0 UBXN1-218ENST00000616865 1002 ntTSL 5 BASIC21.47■■□□□ 1.03
CCDC9Q9Y3X0 HADH-212ENST00000638621 741 ntTSL 5 BASIC21.47■■□□□ 1.03
CCDC9Q9Y3X0 SDR16C5-201ENST00000303749 1840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
CCDC9Q9Y3X0 ZBTB14-202ENST00000400143 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
CCDC9Q9Y3X0 TBC1D10A-203ENST00000403362 1833 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.47■■□□□ 1.03
CCDC9Q9Y3X0 ARHGEF18-201ENST00000319670 5212 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 55.4 ms