Protein–RNA interactions for Protein: P55344

LIM2, Lens fiber membrane intrinsic protein, humanhuman

Predictions only

Length 173 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIM2P55344 TIGD2-202ENST00000603357 3217 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC15.5■□□□□ 0.07
LIM2P55344 GMIP-204ENST00000587238 2987 ntTSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
LIM2P55344 MAPK8IP2-202ENST00000329492 3381 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
LIM2P55344 TRA2B-202ENST00000342294 288 ntTSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
LIM2P55344 AP1S3-202ENST00000396653 589 ntTSL 4 BASIC15.5■□□□□ 0.07
LIM2P55344 MRPS12-203ENST00000407800 1220 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
LIM2P55344 HYPK-202ENST00000442995 1051 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
LIM2P55344 SPINK2-203ENST00000506738 763 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.5■□□□□ 0.07
LIM2P55344 C17orf49-203ENST00000546760 764 ntTSL 5 BASIC15.5■□□□□ 0.07
LIM2P55344 KRT8P23-201ENST00000560090 1207 ntBASIC15.5■□□□□ 0.07
LIM2P55344 Z97055.2-201ENST00000563715 859 ntTSL 3 BASIC15.5■□□□□ 0.07
LIM2P55344 AC013565.3-201ENST00000565547 450 ntTSL 3 BASIC15.5■□□□□ 0.07
LIM2P55344 FHL2-212ENST00000607522 759 ntTSL 2 BASIC15.5■□□□□ 0.07
LIM2P55344 AC134684.3-201ENST00000641758 218 ntBASIC15.5■□□□□ 0.07
LIM2P55344 SMAP1-201ENST00000316999 2403 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
LIM2P55344 VOPP1-207ENST00000428648 2866 ntTSL 2 BASIC15.5■□□□□ 0.07
LIM2P55344 ZNF423-206ENST00000563137 4911 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.5■□□□□ 0.07
LIM2P55344 CDCA5-201ENST00000275517 2587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
LIM2P55344 HNF1A-215ENST00000615446 2344 ntTSL 5 BASIC15.5■□□□□ 0.07
LIM2P55344 SCP2-201ENST00000371509 1889 ntTSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
LIM2P55344 ZBTB7C-221ENST00000590800 4947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
LIM2P55344 STARD7-201ENST00000337288 3368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
LIM2P55344 CCDC71L-202ENST00000523505 4232 ntAPPRIS P2 BASIC15.5■□□□□ 0.07
LIM2P55344 ACAD9-201ENST00000308982 2454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
LIM2P55344 LGR6-205ENST00000439764 2487 ntTSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
LIM2P55344 SELENOF-208ENST00000616787 1835 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.5■□□□□ 0.07
LIM2P55344 PACS1-201ENST00000320580 4392 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
LIM2P55344 MAGEA2-208ENST00000623438 2009 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.5■□□□□ 0.07
LIM2P55344 TMEM198B-203ENST00000482378 2230 ntTSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
LIM2P55344 KRT2-201ENST00000309680 2403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
LIM2P55344 GIT2-220ENST00000553118 2424 ntTSL 5 BASIC15.49■□□□□ 0.07
LIM2P55344 SNHG18-201ENST00000508179 1799 ntTSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
LIM2P55344 CDKN2B-AS1-208ENST00000580576 2175 ntTSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
LIM2P55344 IFT140-203ENST00000426508 5270 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.49■□□□□ 0.07
LIM2P55344 TRIM27-202ENST00000377199 2967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
LIM2P55344 MAPT-205ENST00000351559 5811 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
LIM2P55344 MLXIP-201ENST00000319080 8427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
LIM2P55344 CYP11A1-201ENST00000268053 1934 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
LIM2P55344 AP000787.1-201ENST00000501356 1926 ntTSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
LIM2P55344 AL445931.1-201ENST00000412181 2112 ntTSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
LIM2P55344 SYBU-209ENST00000446070 2919 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
LIM2P55344 SP2-201ENST00000376741 3112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
LIM2P55344 BACE1-201ENST00000313005 6326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
LIM2P55344 NKX3-1-201ENST00000380871 3271 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
LIM2P55344 CRY1-201ENST00000008527 3267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
LIM2P55344 AC024909.3-201ENST00000611513 2257 ntBASIC15.49■□□□□ 0.07
LIM2P55344 NDUFS2-202ENST00000392179 2064 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
LIM2P55344 SLC25A48-203ENST00000425402 2062 ntTSL 5 BASIC15.49■□□□□ 0.07
LIM2P55344 RAMP1-201ENST00000254661 910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
LIM2P55344 CD37-201ENST00000323906 1265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
LIM2P55344 ITGA9-AS1-201ENST00000366441 895 ntTSL 3 BASIC15.49■□□□□ 0.07
LIM2P55344 SEMA4B-202ENST00000411539 3807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
LIM2P55344 AC004461.1-201ENST00000412461 403 ntBASIC15.49■□□□□ 0.07
LIM2P55344 C6orf47-AS1-203ENST00000422049 673 ntTSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
LIM2P55344 AP006288.1-201ENST00000446065 395 ntBASIC15.49■□□□□ 0.07
LIM2P55344 SS18L2-202ENST00000447630 1047 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
LIM2P55344 ZNF655-216ENST00000449244 544 ntTSL 4 BASIC15.49■□□□□ 0.07
LIM2P55344 AC004967.1-201ENST00000453589 447 ntBASIC15.49■□□□□ 0.07
LIM2P55344 AP001471.1-201ENST00000454245 672 ntTSL 3 BASIC15.49■□□□□ 0.07
LIM2P55344 SLC50A1-209ENST00000484157 886 ntTSL 3 BASIC15.49■□□□□ 0.07
LIM2P55344 AC069335.1-201ENST00000489972 472 ntBASIC15.49■□□□□ 0.07
LIM2P55344 AC026191.1-201ENST00000491930 829 ntTSL 3 BASIC15.49■□□□□ 0.07
LIM2P55344 SERF1A-207ENST00000512649 846 ntTSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
LIM2P55344 AP000344.2-201ENST00000512987 629 ntBASIC15.49■□□□□ 0.07
LIM2P55344 TAGLN-206ENST00000530649 1227 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
LIM2P55344 NDUFS7-216ENST00000546283 1060 ntTSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
LIM2P55344 AL138781.1-202ENST00000563018 775 ntTSL 3 BASIC15.49■□□□□ 0.07
LIM2P55344 GNAO1-210ENST00000569295 930 ntTSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
LIM2P55344 AC068594.1-203ENST00000581153 695 ntTSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
LIM2P55344 AP000894.3-201ENST00000582554 351 ntTSL 5 BASIC15.49■□□□□ 0.07
LIM2P55344 AC020934.3-201ENST00000639810 348 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.49■□□□□ 0.07
LIM2P55344 SCAP-201ENST00000265565 4394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
LIM2P55344 RUFY2-205ENST00000454950 2613 ntTSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
LIM2P55344 TTYH2-206ENST00000529107 2015 ntTSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
LIM2P55344 KCNK9-203ENST00000520439 1441 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
LIM2P55344 MYCBPAP-203ENST00000436259 3102 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.49■□□□□ 0.07
LIM2P55344 MLLT6-210ENST00000620609 2714 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
LIM2P55344 MAGI1-213ENST00000483466 4791 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
LIM2P55344 ZNF418-208ENST00000599852 2501 ntTSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
LIM2P55344 NIM1K-201ENST00000326035 2313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
LIM2P55344 ISG20L2-202ENST00000368219 2310 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.49■□□□□ 0.07
LIM2P55344 SHMT2-232ENST00000557487 1918 ntTSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
LIM2P55344 CDS1-201ENST00000295887 4461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
LIM2P55344 GPER1-202ENST00000397088 2639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
LIM2P55344 AHSA2-202ENST00000394457 6574 ntTSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
LIM2P55344 AL592424.1-201ENST00000563624 1536 ntBASIC15.48■□□□□ 0.07
LIM2P55344 CELF4-202ENST00000361795 1853 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
LIM2P55344 SP100-204ENST00000409341 1898 ntTSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
LIM2P55344 ADORA1-203ENST00000367235 2219 ntTSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
LIM2P55344 CNOT6-207ENST00000618123 6250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
LIM2P55344 CANT1-211ENST00000591773 1669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
LIM2P55344 LITAF-201ENST00000339430 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
LIM2P55344 TCOF1-206ENST00000445265 4825 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
LIM2P55344 APLN-201ENST00000429967 3205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
LIM2P55344 ANKK1-201ENST00000303941 2543 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
LIM2P55344 CCT2-202ENST00000543146 2189 ntTSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
LIM2P55344 PLEKHA8P1-201ENST00000256692 1839 ntTSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
LIM2P55344 ATP4B-201ENST00000335288 1488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
LIM2P55344 PRAG1-201ENST00000615670 4903 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
LIM2P55344 METTL26-202ENST00000338401 544 ntTSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 33.7 ms