Protein–RNA interactions for Protein: Q15858

SCN9A, Sodium channel protein type 9 subunit alpha, humanhuman

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Length 1,988 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN9AQ15858 BRWD1P1-201ENST00000401091 371 ntBASIC19.21■□□□□ 0.67
SCN9AQ15858 AC134915.1-201ENST00000426461 574 ntBASIC19.21■□□□□ 0.67
SCN9AQ15858 RFPL4A-201ENST00000434937 1035 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.21■□□□□ 0.67
SCN9AQ15858 AL157834.2-201ENST00000451737 663 ntTSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
SCN9AQ15858 RAB40B-202ENST00000538809 704 ntTSL 2 BASIC19.21■□□□□ 0.67
SCN9AQ15858 AC097634.3-201ENST00000613067 820 ntTSL 3 BASIC19.21■□□□□ 0.67
SCN9AQ15858 HARS2-202ENST00000448069 1426 ntTSL 2 BASIC19.21■□□□□ 0.67
SCN9AQ15858 SLC10A3-203ENST00000393586 1893 ntTSL 5 BASIC19.21■□□□□ 0.67
SCN9AQ15858 SGPP2-201ENST00000321276 3336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
SCN9AQ15858 ITGB7-202ENST00000422257 2791 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.21■□□□□ 0.67
SCN9AQ15858 C16orf71-204ENST00000590191 2564 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.21■□□□□ 0.67
SCN9AQ15858 EPHX2-202ENST00000517536 1600 ntTSL 5 BASIC19.21■□□□□ 0.67
SCN9AQ15858 TSEN2-207ENST00000454502 1909 ntTSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
SCN9AQ15858 DLX4-201ENST00000240306 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
SCN9AQ15858 PLA2G5-201ENST00000375108 1161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
SCN9AQ15858 TPO-206ENST00000382269 1155 ntTSL 5 BASIC19.21■□□□□ 0.67
SCN9AQ15858 METTL17-202ENST00000382985 1586 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
SCN9AQ15858 AC136604.1-201ENST00000418535 575 ntBASIC19.21■□□□□ 0.67
SCN9AQ15858 AP000812.2-201ENST00000538934 718 ntBASIC19.21■□□□□ 0.67
SCN9AQ15858 EMC4-209ENST00000559421 497 ntTSL 2 BASIC19.21■□□□□ 0.67
SCN9AQ15858 DUX4L45-201ENST00000566406 1057 ntBASIC19.21■□□□□ 0.67
SCN9AQ15858 REXO1L8P-201ENST00000604378 1897 ntBASIC19.21■□□□□ 0.67
SCN9AQ15858 AC244093.1-201ENST00000610837 814 ntBASIC19.21■□□□□ 0.67
SCN9AQ15858 ORMDL3-201ENST00000304046 2111 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
SCN9AQ15858 FBLN7-203ENST00000409450 1394 ntTSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
SCN9AQ15858 GYPC-202ENST00000356887 2067 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
SCN9AQ15858 LHCGR-203ENST00000403273 1921 ntTSL 5 BASIC19.2■□□□□ 0.66
SCN9AQ15858 IL34-202ENST00000429149 1779 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC19.2■□□□□ 0.66
SCN9AQ15858 CTNNAL1-201ENST00000325551 2490 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
SCN9AQ15858 AC005052.1-201ENST00000625181 2492 ntBASIC19.2■□□□□ 0.66
SCN9AQ15858 EVI5L-201ENST00000270530 3855 ntTSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
SCN9AQ15858 ACP2-205ENST00000527256 1499 ntTSL 2 BASIC19.2■□□□□ 0.66
SCN9AQ15858 RNF38-202ENST00000350199 5104 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.2■□□□□ 0.66
SCN9AQ15858 SNX2-213ENST00000514949 2119 ntTSL 2 BASIC19.2■□□□□ 0.66
SCN9AQ15858 THEMIS2-204ENST00000373927 1082 ntTSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
SCN9AQ15858 AL139158.2-202ENST00000428151 573 ntTSL 3 BASIC19.2■□□□□ 0.66
SCN9AQ15858 POU5F1P6-201ENST00000466990 990 ntBASIC19.2■□□□□ 0.66
SCN9AQ15858 LINC02279-201ENST00000553435 737 ntTSL 5 BASIC19.2■□□□□ 0.66
SCN9AQ15858 LINC02299-201ENST00000556669 430 ntTSL 5 BASIC19.2■□□□□ 0.66
SCN9AQ15858 C2orf69P2-201ENST00000562032 1123 ntBASIC19.2■□□□□ 0.66
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SCN9AQ15858 ADPGK-AS1-201ENST00000563592 2730 ntTSL 2 BASIC19.2■□□□□ 0.66
SCN9AQ15858 ABCA1-203ENST00000423487 1540 ntTSL 2 BASIC19.2■□□□□ 0.66
SCN9AQ15858 ZNF232-201ENST00000250076 2179 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC19.2■□□□□ 0.66
SCN9AQ15858 ELP5-202ENST00000356683 2197 ntTSL 5 BASIC19.2■□□□□ 0.66
SCN9AQ15858 KCNQ5-208ENST00000414165 6236 ntTSL 5 BASIC19.2■□□□□ 0.66
SCN9AQ15858 FAM227B-201ENST00000299338 2008 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC19.2■□□□□ 0.66
SCN9AQ15858 NOV-201ENST00000259526 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
SCN9AQ15858 CALCR-207ENST00000426151 1741 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
SCN9AQ15858 TJP3-201ENST00000539908 2897 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.2■□□□□ 0.66
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SCN9AQ15858 MMP9-201ENST00000372330 2336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
SCN9AQ15858 SLC29A1-208ENST00000393844 2326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
SCN9AQ15858 ZNF408-201ENST00000311764 2442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
SCN9AQ15858 COLQ-206ENST00000603808 1668 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
SCN9AQ15858 ASAP2-201ENST00000281419 5712 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
SCN9AQ15858 AC096536.1-201ENST00000443284 440 ntTSL 2 BASIC19.19■□□□□ 0.66
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SCN9AQ15858 DIABLO-204ENST00000413918 1859 ntTSL 2 BASIC19.19■□□□□ 0.66
SCN9AQ15858 MPPE1-201ENST00000309976 1636 ntTSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
SCN9AQ15858 JMJD4-201ENST00000366758 2595 ntTSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
SCN9AQ15858 GRM5-201ENST00000305432 4475 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
SCN9AQ15858 ATP4B-201ENST00000335288 1488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
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SCN9AQ15858 CEP83-AS1-201ENST00000623122 2482 ntBASIC19.19■□□□□ 0.66
SCN9AQ15858 DUSP13-210ENST00000491677 1770 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
SCN9AQ15858 SLC2A4-204ENST00000571308 1768 ntTSL 5 BASIC19.19■□□□□ 0.66
SCN9AQ15858 RHCE-205ENST00000349438 1235 ntTSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
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SCN9AQ15858 C12orf57-206ENST00000544681 980 ntTSL 2 BASIC19.19■□□□□ 0.66
SCN9AQ15858 TSR1-204ENST00000576112 1290 ntTSL 5 BASIC19.19■□□□□ 0.66
SCN9AQ15858 AL354740.1-203ENST00000593917 424 ntTSL 3 BASIC19.19■□□□□ 0.66
SCN9AQ15858 AC107373.2-201ENST00000607735 490 ntBASIC19.19■□□□□ 0.66
SCN9AQ15858 ARL6IP6-201ENST00000326446 2805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
SCN9AQ15858 FGFR3-210ENST00000613647 4438 ntTSL 5 BASIC19.19■□□□□ 0.66
SCN9AQ15858 BLOC1S5-202ENST00000397457 2684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
SCN9AQ15858 KCNQ2-202ENST00000344462 2750 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
SCN9AQ15858 GOLGA2-213ENST00000610329 2212 ntTSL 2 BASIC19.18■□□□□ 0.66
SCN9AQ15858 PACSIN2-203ENST00000402229 1883 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.18■□□□□ 0.66
SCN9AQ15858 ASH1L-207ENST00000548830 1862 ntTSL 5 BASIC19.18■□□□□ 0.66
SCN9AQ15858 TP73-204ENST00000378280 2062 ntTSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
SCN9AQ15858 ZNF213-202ENST00000416391 2996 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.18■□□□□ 0.66
SCN9AQ15858 VSIG10L2-202ENST00000638636 2304 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.18■□□□□ 0.66
SCN9AQ15858 HCN2-201ENST00000251287 3408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
SCN9AQ15858 OR10H1-201ENST00000334920 1124 ntAPPRIS P1 BASIC19.18■□□□□ 0.66
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SCN9AQ15858 AC026954.1-201ENST00000429771 1293 ntBASIC19.18■□□□□ 0.66
SCN9AQ15858 ZMYND10-AS1-201ENST00000440013 250 ntTSL 3 BASIC19.18■□□□□ 0.66
SCN9AQ15858 AC018685.1-201ENST00000457813 368 ntTSL 3 BASIC19.18■□□□□ 0.66
SCN9AQ15858 TMEM14B-204ENST00000461342 559 ntTSL 2 BASIC19.18■□□□□ 0.66
SCN9AQ15858 AC009908.1-201ENST00000523030 412 ntTSL 3 BASIC19.18■□□□□ 0.66
SCN9AQ15858 PLEKHA7-214ENST00000532079 565 ntTSL 5 BASIC19.18■□□□□ 0.66
SCN9AQ15858 DERL2-202ENST00000570848 657 ntTSL 5 BASIC19.18■□□□□ 0.66
SCN9AQ15858 AC108134.3-202ENST00000571404 1207 ntTSL 5 BASIC19.18■□□□□ 0.66
SCN9AQ15858 AC009134.1-201ENST00000571939 443 ntTSL 3 BASIC19.18■□□□□ 0.66
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