Protein–RNA interactions for Protein: Q13263

TRIM28, Transcription intermediary factor 1-beta, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 835 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM28Q13263 NOS1AP-206ENST00000530878 2894 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.8
TRIM28Q13263 COMMD5-203ENST00000450361 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.8
TRIM28Q13263 MECR-201ENST00000263702 1353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.8
TRIM28Q13263 CALM3-212ENST00000599839 1355 ntTSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.8
TRIM28Q13263 EPB41-205ENST00000373797 2402 ntTSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
TRIM28Q13263 TCTN1-202ENST00000397655 1879 ntTSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
TRIM28Q13263 QSOX2-201ENST00000358701 4530 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.07■□□□□ 0.8
TRIM28Q13263 GXYLT2-201ENST00000389617 3260 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.07■□□□□ 0.8
TRIM28Q13263 AIFM3-202ENST00000399167 2387 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.07■□□□□ 0.8
TRIM28Q13263 AIFM3-207ENST00000440238 2368 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
TRIM28Q13263 SPECC1-203ENST00000395525 2536 ntTSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
TRIM28Q13263 VHL-202ENST00000345392 2696 ntTSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
TRIM28Q13263 TLE2-219ENST00000591529 2483 ntTSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
TRIM28Q13263 ALG5-201ENST00000239891 1154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
TRIM28Q13263 BANF1-201ENST00000312175 1155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
TRIM28Q13263 NNAT-202ENST00000346199 1209 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
TRIM28Q13263 SSR4-204ENST00000370087 745 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.07■□□□□ 0.8
TRIM28Q13263 STPG3-201ENST00000388931 1207 ntTSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
TRIM28Q13263 TOMM22P5-201ENST00000416399 439 ntBASIC20.07■□□□□ 0.8
TRIM28Q13263 Z98749.2-201ENST00000428294 700 ntTSL 5 BASIC20.07■□□□□ 0.8
TRIM28Q13263 AL669970.3-201ENST00000435284 428 ntTSL 3 BASIC20.07■□□□□ 0.8
TRIM28Q13263 AC006064.3-201ENST00000537921 477 ntTSL 4 BASIC20.07■□□□□ 0.8
TRIM28Q13263 AC105339.1-202ENST00000559535 1283 ntTSL 5 BASIC20.07■□□□□ 0.8
TRIM28Q13263 AC244517.11-204ENST00000624424 760 ntTSL 5 BASIC20.07■□□□□ 0.8
TRIM28Q13263 TRMT1-203ENST00000437766 2263 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
TRIM28Q13263 PFKP-202ENST00000381075 2769 ntTSL 2 BASIC20.07■□□□□ 0.8
TRIM28Q13263 ACTL9-201ENST00000324436 1426 ntAPPRIS P1 BASIC20.07■□□□□ 0.8
TRIM28Q13263 CTSB-220ENST00000531089 1436 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.07■□□□□ 0.8
TRIM28Q13263 TRPC6-202ENST00000348423 2448 ntTSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
TRIM28Q13263 POLG2-201ENST00000539111 1564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
TRIM28Q13263 TCEA1-208ENST00000521604 2858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
TRIM28Q13263 KCNJ8-201ENST00000240662 2389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
TRIM28Q13263 GOLGA3-203ENST00000456883 5496 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
TRIM28Q13263 AC011676.5-201ENST00000624864 2660 ntBASIC20.07■□□□□ 0.8
TRIM28Q13263 ACOXL-201ENST00000340561 2188 ntTSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
TRIM28Q13263 CHTF18-202ENST00000317063 2988 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.07■□□□□ 0.8
TRIM28Q13263 NIM1K-201ENST00000326035 2313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
TRIM28Q13263 VEZF1-202ENST00000581208 2321 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
TRIM28Q13263 GLRB-201ENST00000264428 3126 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
TRIM28Q13263 ARNT-202ENST00000358595 4887 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
TRIM28Q13263 ASIC2-201ENST00000225823 3443 ntTSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
TRIM28Q13263 SYNE3-202ENST00000553340 2615 ntTSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
TRIM28Q13263 TMEM39B-201ENST00000336294 1813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
TRIM28Q13263 SMARCD1-201ENST00000381513 3237 ntTSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
TRIM28Q13263 SAMD11-202ENST00000342066 2551 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.06■□□□□ 0.8
TRIM28Q13263 PPP2R2B-206ENST00000453001 2569 ntTSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
TRIM28Q13263 SAMD11-217ENST00000622503 2557 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.06■□□□□ 0.8
TRIM28Q13263 CD300LG-206ENST00000588884 1459 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.06■□□□□ 0.8
TRIM28Q13263 MAN1A1-201ENST00000368468 5014 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.06■□□□□ 0.8
TRIM28Q13263 DUSP13-210ENST00000491677 1770 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
TRIM28Q13263 CHRNA4-207ENST00000615287 5643 ntTSL 5 BASIC20.06■□□□□ 0.8
TRIM28Q13263 KRT86-201ENST00000293525 2091 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
TRIM28Q13263 C11orf24-201ENST00000304271 2063 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
TRIM28Q13263 NXT2-202ENST00000372103 1085 ntTSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
TRIM28Q13263 CNTNAP3-205ENST00000377659 2649 ntTSL 2 BASIC20.06■□□□□ 0.8
TRIM28Q13263 SZT2-AS1-201ENST00000396885 699 ntTSL 3 BASIC20.06■□□□□ 0.8
TRIM28Q13263 HAUS4P1-201ENST00000406739 1145 ntBASIC20.06■□□□□ 0.8
TRIM28Q13263 PHKG1P2-201ENST00000457537 863 ntBASIC20.06■□□□□ 0.8
TRIM28Q13263 LINC01184-209ENST00000514573 609 ntTSL 3 BASIC20.06■□□□□ 0.8
TRIM28Q13263 GLI4-203ENST00000517468 963 ntTSL 5 BASIC20.06■□□□□ 0.8
TRIM28Q13263 NOP2-220ENST00000545915 630 ntTSL 2 BASIC20.06■□□□□ 0.8
TRIM28Q13263 CMKLR1-204ENST00000550402 1893 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
TRIM28Q13263 AP3S2-204ENST00000558011 738 ntTSL 3 BASIC20.06■□□□□ 0.8
TRIM28Q13263 AC106886.1-201ENST00000568660 600 ntBASIC20.06■□□□□ 0.8
TRIM28Q13263 SNHG15-207ENST00000582727 1039 ntTSL 2 BASIC20.06■□□□□ 0.8
TRIM28Q13263 SBNO2-204ENST00000587024 4861 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.06■□□□□ 0.8
TRIM28Q13263 JMJD4-206ENST00000615711 2591 ntTSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
TRIM28Q13263 CRH-201ENST00000276571 1543 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
TRIM28Q13263 ASNA1-204ENST00000591090 1368 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.06■□□□□ 0.8
TRIM28Q13263 EFR3A-201ENST00000254624 5438 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
TRIM28Q13263 CSTB-204ENST00000640406 2354 ntTSL 2 BASIC20.06■□□□□ 0.8
TRIM28Q13263 AJ239322.1-201ENST00000419362 2209 ntTSL 2 BASIC20.06■□□□□ 0.8
TRIM28Q13263 SLC44A3-206ENST00000527077 1943 ntTSL 2 BASIC20.06■□□□□ 0.8
TRIM28Q13263 SNAP91-201ENST00000195649 4434 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.05■□□□□ 0.8
TRIM28Q13263 SNAP91-204ENST00000369694 4449 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.05■□□□□ 0.8
TRIM28Q13263 CYP46A1-201ENST00000261835 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
TRIM28Q13263 SAE1-202ENST00000392776 1851 ntTSL 3 BASIC20.05■□□□□ 0.8
TRIM28Q13263 ACSM1-204ENST00000520010 1894 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
TRIM28Q13263 TLE2-202ENST00000426948 2406 ntTSL 5 BASIC20.05■□□□□ 0.8
TRIM28Q13263 IL1RN-202ENST00000354115 1747 ntTSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
TRIM28Q13263 USB1-201ENST00000219281 2282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
TRIM28Q13263 TPD52L1-213ENST00000534000 2356 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
TRIM28Q13263 ITGB5-201ENST00000296181 4372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
TRIM28Q13263 SLC43A3-203ENST00000395124 2617 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
TRIM28Q13263 EEF1B2-201ENST00000236957 844 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
TRIM28Q13263 AC136604.1-201ENST00000418535 575 ntBASIC20.05■□□□□ 0.8
TRIM28Q13263 AL109811.2-201ENST00000447600 487 ntTSL 3 BASIC20.05■□□□□ 0.8
TRIM28Q13263 RN7SL399P-201ENST00000471648 279 ntBASIC20.05■□□□□ 0.8
TRIM28Q13263 PNOC-204ENST00000522209 1007 ntTSL 2 BASIC20.05■□□□□ 0.8
TRIM28Q13263 IL32-215ENST00000529550 772 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC20.05■□□□□ 0.8
TRIM28Q13263 EEF1AKMT3-204ENST00000551420 836 ntTSL 2 BASIC20.05■□□□□ 0.8
TRIM28Q13263 AC132938.2-201ENST00000579188 680 ntBASIC20.05■□□□□ 0.8
TRIM28Q13263 SLC25A39-207ENST00000586016 1156 ntTSL 5 BASIC20.05■□□□□ 0.8
TRIM28Q13263 SPIN2A-203ENST00000614076 966 ntTSL 3 BASIC20.05■□□□□ 0.8
TRIM28Q13263 AL591163.1-201ENST00000641757 987 ntBASIC20.05■□□□□ 0.8
TRIM28Q13263 C18orf8-201ENST00000269221 2162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
TRIM28Q13263 KANK4-204ENST00000371153 4665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
TRIM28Q13263 GGT5-203ENST00000398292 2408 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
TRIM28Q13263 TRAM1-205ENST00000521425 3394 ntTSL 2 BASIC20.04■□□□□ 0.8
TRIM28Q13263 UCKL1-201ENST00000354216 1837 ntTSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
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