Protein–RNA interactions for Protein: Q06945

SOX4, Transcription factor SOX-4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 474 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SOX4Q06945 WIPI2-201ENST00000288828 4476 ntTSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
SOX4Q06945 HOXB1-201ENST00000239174 2020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
SOX4Q06945 ACY3-201ENST00000255082 1300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
SOX4Q06945 LAT2-201ENST00000275635 1869 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
SOX4Q06945 FAM227B-201ENST00000299338 2008 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.34■□□□□ 0.37
SOX4Q06945 ASL-201ENST00000304874 2143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
SOX4Q06945 DRC3-201ENST00000313838 2064 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.34■□□□□ 0.37
SOX4Q06945 ARHGEF18-201ENST00000319670 5212 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
SOX4Q06945 ASB12-201ENST00000362002 1289 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.34■□□□□ 0.37
SOX4Q06945 TADA1-201ENST00000367874 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
SOX4Q06945 LCE3E-201ENST00000368789 611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
SOX4Q06945 NPBWR2-201ENST00000369768 1352 ntAPPRIS P1 BASIC17.34■□□□□ 0.37
SOX4Q06945 MORN4-202ENST00000370635 419 ntTSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
SOX4Q06945 GDPD3-202ENST00000406256 1397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
SOX4Q06945 PNKD-204ENST00000436005 978 ntTSL 5 BASIC17.34■□□□□ 0.37
SOX4Q06945 TEX48-201ENST00000436752 708 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.34■□□□□ 0.37
SOX4Q06945 CFLAR-214ENST00000443227 1679 ntTSL 2 BASIC17.34■□□□□ 0.37
SOX4Q06945 CRB3P1-201ENST00000449338 276 ntBASIC17.34■□□□□ 0.37
SOX4Q06945 AC002310.1-201ENST00000457283 1445 ntTSL 2 BASIC17.34■□□□□ 0.37
SOX4Q06945 MBD1-210ENST00000457839 2473 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.34■□□□□ 0.37
SOX4Q06945 LINC01118-203ENST00000479311 1588 ntTSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
SOX4Q06945 AC100861.1-202ENST00000500853 1970 ntTSL 2 BASIC17.34■□□□□ 0.37
SOX4Q06945 SLC25A30-AS1-201ENST00000506633 701 ntTSL 3 BASIC17.34■□□□□ 0.37
SOX4Q06945 AC104407.1-201ENST00000511017 1568 ntTSL 3 BASIC17.34■□□□□ 0.37
SOX4Q06945 LINC01301-205ENST00000531654 1347 ntTSL 5 BASIC17.34■□□□□ 0.37
SOX4Q06945 RAB35-202ENST00000534951 939 ntTSL 2 BASIC17.34■□□□□ 0.37
SOX4Q06945 OTUB1-206ENST00000535715 1391 ntTSL 5 BASIC17.34■□□□□ 0.37
SOX4Q06945 AC135586.1-201ENST00000539323 574 ntBASIC17.34■□□□□ 0.37
SOX4Q06945 LINC02387-201ENST00000541749 868 ntTSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
SOX4Q06945 AL928654.4-206ENST00000551180 980 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.34■□□□□ 0.37
SOX4Q06945 TGIF2-C20orf24-201ENST00000558530 918 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.34■□□□□ 0.37
SOX4Q06945 ALDOA-226ENST00000569798 1499 ntTSL 2 BASIC17.34■□□□□ 0.37
SOX4Q06945 AURKB-214ENST00000585124 1227 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
SOX4Q06945 AL662844.4-201ENST00000606367 2838 ntBASIC17.34■□□□□ 0.37
SOX4Q06945 RNA5-8SN1-201ENST00000610460 153 ntBASIC17.34■□□□□ 0.37
SOX4Q06945 TEX48-202ENST00000612244 662 ntTSL 3 BASIC17.34■□□□□ 0.37
SOX4Q06945 RNA5-8SN5-202ENST00000612463 153 ntBASIC17.34■□□□□ 0.37
SOX4Q06945 RNA5-8SN4-201ENST00000613359 153 ntBASIC17.34■□□□□ 0.37
SOX4Q06945 TNFSF8-203ENST00000618336 1523 ntTSL 3 BASIC17.34■□□□□ 0.37
SOX4Q06945 RNA5-8SN5-201ENST00000619471 153 ntBASIC17.34■□□□□ 0.37
SOX4Q06945 OASL-204ENST00000620239 1695 ntTSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
SOX4Q06945 EIF2B4-212ENST00000622434 1771 ntTSL 5 BASIC17.34■□□□□ 0.37
SOX4Q06945 ATP6AP2-233ENST00000638153 1303 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.34■□□□□ 0.37
SOX4Q06945 AF228730.6-201ENST00000641497 218 ntBASIC17.34■□□□□ 0.37
SOX4Q06945 AC084121.3-201ENST00000641716 218 ntBASIC17.34■□□□□ 0.37
SOX4Q06945 AC105233.6-201ENST00000642093 218 ntBASIC17.34■□□□□ 0.37
SOX4Q06945 TTLL11-201ENST00000321582 3250 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.34■□□□□ 0.37
SOX4Q06945 MPP1-205ENST00000413259 2195 ntTSL 2 BASIC17.33■□□□□ 0.37
SOX4Q06945 GSKIP-201ENST00000438650 2140 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.33■□□□□ 0.37
SOX4Q06945 NOMO1-208ENST00000620755 3921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.37
SOX4Q06945 WWC1-201ENST00000265293 7130 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.37
SOX4Q06945 ERICH5-201ENST00000318528 1761 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.37
SOX4Q06945 DUSP13-210ENST00000491677 1770 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.37
SOX4Q06945 BX276092.9-202ENST00000636096 1722 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC17.33■□□□□ 0.37
SOX4Q06945 KRT8-215ENST00000552150 1687 ntTSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.37
SOX4Q06945 GLIPR2-205ENST00000619700 1645 ntTSL 3 BASIC17.33■□□□□ 0.37
SOX4Q06945 GALNT10-203ENST00000425427 4344 ntTSL 2 BASIC17.33■□□□□ 0.36
SOX4Q06945 ANXA4-202ENST00000409920 1414 ntTSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
SOX4Q06945 NME3-201ENST00000219302 1069 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
SOX4Q06945 ZNF593-202ENST00000374266 675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
SOX4Q06945 RAD18-204ENST00000418463 563 ntTSL 4 BASIC17.33■□□□□ 0.36
SOX4Q06945 RAD18-205ENST00000421052 582 ntTSL 3 BASIC17.33■□□□□ 0.36
SOX4Q06945 AC008278.1-201ENST00000431117 568 ntTSL 4 BASIC17.33■□□□□ 0.36
SOX4Q06945 GNAQP1-201ENST00000444815 1067 ntBASIC17.33■□□□□ 0.36
SOX4Q06945 AL033519.3-201ENST00000450618 595 ntTSL 5 BASIC17.33■□□□□ 0.36
SOX4Q06945 SERBP1P3-201ENST00000459980 809 ntBASIC17.33■□□□□ 0.36
SOX4Q06945 CHMP4A-204ENST00000530996 967 ntTSL 3 BASIC17.33■□□□□ 0.36
SOX4Q06945 AC190387.1-201ENST00000551683 408 ntBASIC17.33■□□□□ 0.36
SOX4Q06945 AC104794.3-201ENST00000566840 1248 ntBASIC17.33■□□□□ 0.36
SOX4Q06945 AC015688.8-201ENST00000577746 656 ntTSL 4 BASIC17.33■□□□□ 0.36
SOX4Q06945 HOTAIRM1_1.1-201ENST00000622675 125 ntBASIC17.33■□□□□ 0.36
SOX4Q06945 ADAMTS17-201ENST00000268070 6207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
SOX4Q06945 SLC26A5-202ENST00000339444 2474 ntTSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
SOX4Q06945 SLC52A1-202ENST00000424747 2412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
SOX4Q06945 QPCTL-201ENST00000012049 2310 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.33■□□□□ 0.36
SOX4Q06945 FMNL1-201ENST00000328118 2330 ntTSL 2 BASIC17.33■□□□□ 0.36
SOX4Q06945 ACVR1C-201ENST00000243349 8994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
SOX4Q06945 CEBPG-201ENST00000284000 4109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
SOX4Q06945 HSFX1-201ENST00000370416 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
SOX4Q06945 SGSM2-202ENST00000426855 4734 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
SOX4Q06945 FSCN1-201ENST00000382361 2777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
SOX4Q06945 SLC17A3-202ENST00000360657 1750 ntTSL 2 BASIC17.33■□□□□ 0.36
SOX4Q06945 UBXN11-205ENST00000374221 1792 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC17.33■□□□□ 0.36
SOX4Q06945 LMF1-201ENST00000262301 2621 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.33■□□□□ 0.36
SOX4Q06945 ABHD10-201ENST00000273359 2590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
SOX4Q06945 CCDC154-202ENST00000409671 2561 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
SOX4Q06945 OLA1-202ENST00000344357 1656 ntTSL 2 BASIC17.32■□□□□ 0.36
SOX4Q06945 CHN1-205ENST00000409900 2447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
SOX4Q06945 DAP-201ENST00000230895 2339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
SOX4Q06945 PTGES3-202ENST00000414274 1547 ntTSL 2 BASIC17.32■□□□□ 0.36
SOX4Q06945 TOM1L2-201ENST00000318094 2259 ntTSL 2 BASIC17.32■□□□□ 0.36
SOX4Q06945 TRABD-202ENST00000380909 2272 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.32■□□□□ 0.36
SOX4Q06945 OTUB1-202ENST00000422031 2297 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.32■□□□□ 0.36
SOX4Q06945 SLC9A1-203ENST00000374086 2183 ntTSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
SOX4Q06945 NBL1-210ENST00000615215 2160 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
SOX4Q06945 HRAT92-201ENST00000452622 3506 ntTSL 2 BASIC17.32■□□□□ 0.36
SOX4Q06945 TVP23B-201ENST00000307767 2064 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
SOX4Q06945 UBAP1L-201ENST00000502113 1381 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.32■□□□□ 0.36
SOX4Q06945 PGAP3-201ENST00000300658 2737 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
SOX4Q06945 ZNF133-204ENST00000396026 2717 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC17.32■□□□□ 0.36
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 45.5 ms