Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE4

CCDC87, Coiled-coil domain-containing protein 87, humanhuman

Predictions only

Length 849 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC87Q9NVE4 HNRNPA1P13-201ENST00000510646 963 ntBASIC20.47■□□□□ 0.87
CCDC87Q9NVE4 AC009720.1-201ENST00000511867 586 ntTSL 2 BASIC20.47■□□□□ 0.87
CCDC87Q9NVE4 C8orf88-201ENST00000517562 894 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.47■□□□□ 0.87
CCDC87Q9NVE4 C8orf37-AS1-202ENST00000517655 562 ntTSL 4 BASIC20.47■□□□□ 0.87
CCDC87Q9NVE4 TROAP-207ENST00000548311 623 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.47■□□□□ 0.87
CCDC87Q9NVE4 BX927359.1-201ENST00000556073 543 ntTSL 2 BASIC20.47■□□□□ 0.87
CCDC87Q9NVE4 AC009065.5-201ENST00000565937 596 ntTSL 3 BASIC20.47■□□□□ 0.87
CCDC87Q9NVE4 C19orf70-204ENST00000587950 655 ntTSL 2 BASIC20.47■□□□□ 0.87
CCDC87Q9NVE4 AC010326.2-201ENST00000602124 1020 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.47■□□□□ 0.87
CCDC87Q9NVE4 THEM4-201ENST00000368814 2377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
CCDC87Q9NVE4 LINC01185-202ENST00000452343 1705 ntTSL 2 BASIC20.47■□□□□ 0.87
CCDC87Q9NVE4 IKZF4-206ENST00000547791 1712 ntTSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
CCDC87Q9NVE4 TUBB3-201ENST00000315491 1769 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
CCDC87Q9NVE4 SLC17A3-202ENST00000360657 1750 ntTSL 2 BASIC20.46■□□□□ 0.87
CCDC87Q9NVE4 DNAJB8-AS1-201ENST00000471626 1798 ntTSL 2 BASIC20.46■□□□□ 0.87
CCDC87Q9NVE4 CTCFL-215ENST00000608158 1984 ntTSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
CCDC87Q9NVE4 CHRNA7-207ENST00000635884 1975 ntTSL 5 BASIC20.46■□□□□ 0.87
CCDC87Q9NVE4 PCCB-218ENST00000490504 1613 ntTSL 3 BASIC20.46■□□□□ 0.87
CCDC87Q9NVE4 TCEA2-203ENST00000361317 1427 ntTSL 2 BASIC20.46■□□□□ 0.87
CCDC87Q9NVE4 ARMC6-203ENST00000392336 1866 ntTSL 2 BASIC20.46■□□□□ 0.87
CCDC87Q9NVE4 PLCH2-203ENST00000378486 4837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
CCDC87Q9NVE4 PLCH2-204ENST00000419816 4837 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.46■□□□□ 0.87
CCDC87Q9NVE4 UVSSA-208ENST00000511563 1494 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.46■□□□□ 0.87
CCDC87Q9NVE4 RETN-201ENST00000221515 520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
CCDC87Q9NVE4 NCR1-201ENST00000291890 1155 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.46■□□□□ 0.87
CCDC87Q9NVE4 KLC2-201ENST00000316924 2990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
CCDC87Q9NVE4 PRSS55-201ENST00000328655 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
CCDC87Q9NVE4 NCR1-202ENST00000338835 973 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
CCDC87Q9NVE4 NCR1-203ENST00000350790 739 ntTSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
CCDC87Q9NVE4 GBGT1-202ENST00000372038 847 ntTSL 3 BASIC20.46■□□□□ 0.87
CCDC87Q9NVE4 ZNF593-202ENST00000374266 675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
CCDC87Q9NVE4 KRTAP10-2-201ENST00000391621 1149 ntAPPRIS P1 BASIC20.46■□□□□ 0.87
CCDC87Q9NVE4 IFI27L1-201ENST00000393115 674 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
CCDC87Q9NVE4 STX1A-203ENST00000395155 783 ntTSL 2 BASIC20.46■□□□□ 0.87
CCDC87Q9NVE4 AL442647.2-201ENST00000429864 857 ntBASIC20.46■□□□□ 0.87
CCDC87Q9NVE4 TMEM225B-203ENST00000453227 1041 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.46■□□□□ 0.87
CCDC87Q9NVE4 SLC25A47P1-201ENST00000531577 414 ntBASIC20.46■□□□□ 0.87
CCDC87Q9NVE4 AL583810.1-201ENST00000553344 1045 ntBASIC20.46■□□□□ 0.87
CCDC87Q9NVE4 AC027601.2-201ENST00000571085 805 ntTSL 5 BASIC20.46■□□□□ 0.87
CCDC87Q9NVE4 AC009134.1-201ENST00000571939 443 ntTSL 3 BASIC20.46■□□□□ 0.87
CCDC87Q9NVE4 KLK3-204ENST00000593997 1035 ntTSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
CCDC87Q9NVE4 Metazoa_SRP.80-201ENST00000619894 320 ntBASIC20.46■□□□□ 0.87
CCDC87Q9NVE4 HAPLN4-201ENST00000291481 3449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
CCDC87Q9NVE4 BAG3-201ENST00000369085 2571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
CCDC87Q9NVE4 AGO4-201ENST00000373210 7116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
CCDC87Q9NVE4 ANAPC2-201ENST00000323927 2632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
CCDC87Q9NVE4 ACSM2B-211ENST00000567001 1988 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
CCDC87Q9NVE4 CALM1-216ENST00000626705 1341 ntTSL 5 BASIC20.46■□□□□ 0.87
CCDC87Q9NVE4 C8orf33-201ENST00000331434 2677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
CCDC87Q9NVE4 SHANK3-203ENST00000445220 5175 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.46■□□□□ 0.87
CCDC87Q9NVE4 AL034417.2-201ENST00000445300 2044 ntTSL 2 BASIC20.46■□□□□ 0.87
CCDC87Q9NVE4 PAQR6-214ENST00000613336 1599 ntTSL 3 BASIC20.46■□□□□ 0.87
CCDC87Q9NVE4 SRRM3-204ENST00000611745 3612 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.46■□□□□ 0.87
CCDC87Q9NVE4 ADGRA3-202ENST00000334304 4566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
CCDC87Q9NVE4 ENOSF1-209ENST00000580982 1397 ntTSL 5 BASIC20.46■□□□□ 0.87
CCDC87Q9NVE4 TRIM11-202ENST00000366699 2511 ntTSL 2 BASIC20.46■□□□□ 0.87
CCDC87Q9NVE4 TNPO2-201ENST00000356861 4962 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
CCDC87Q9NVE4 KRT8P22-201ENST00000562317 1415 ntBASIC20.45■□□□□ 0.86
CCDC87Q9NVE4 TAB1-202ENST00000331454 1660 ntTSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
CCDC87Q9NVE4 PITX2-204ENST00000394595 1693 ntTSL 5 BASIC20.45■□□□□ 0.86
CCDC87Q9NVE4 PPIF-201ENST00000225174 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
CCDC87Q9NVE4 PEA15-202ENST00000368076 2694 ntTSL 2 BASIC20.45■□□□□ 0.86
CCDC87Q9NVE4 PCBP1-201ENST00000303577 1750 ntAPPRIS P1 BASIC20.45■□□□□ 0.86
CCDC87Q9NVE4 RABL2A-203ENST00000393166 1052 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
CCDC87Q9NVE4 AC073133.1-201ENST00000426187 432 ntTSL 3 BASIC20.45■□□□□ 0.86
CCDC87Q9NVE4 ELP6-209ENST00000446787 894 ntTSL 3 BASIC20.45■□□□□ 0.86
CCDC87Q9NVE4 CD74-212ENST00000524315 584 ntTSL 5 BASIC20.45■□□□□ 0.86
CCDC87Q9NVE4 HAUS2-207ENST00000568846 709 ntTSL 3 BASIC20.45■□□□□ 0.86
CCDC87Q9NVE4 ZSCAN30-208ENST00000592278 731 ntTSL 4 BASIC20.45■□□□□ 0.86
CCDC87Q9NVE4 AC011466.1-201ENST00000595201 566 ntTSL 4 BASIC20.45■□□□□ 0.86
CCDC87Q9NVE4 RBCK1-215ENST00000640614 2599 ntTSL 5 BASIC20.45■□□□□ 0.86
CCDC87Q9NVE4 ANKRD29-208ENST00000592179 3361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
CCDC87Q9NVE4 TMEFF2-201ENST00000272771 2604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
CCDC87Q9NVE4 QKI-205ENST00000392127 7911 ntTSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
CCDC87Q9NVE4 C1orf43-201ENST00000350592 1610 ntTSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
CCDC87Q9NVE4 EPN2-203ENST00000395618 2216 ntTSL 2 BASIC20.45■□□□□ 0.86
CCDC87Q9NVE4 RFC5-204ENST00000454402 1655 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
CCDC87Q9NVE4 PDX1-201ENST00000381033 2501 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
CCDC87Q9NVE4 ISLR2-203ENST00000435464 4259 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.44■□□□□ 0.86
CCDC87Q9NVE4 TSPAN12-202ENST00000415871 1495 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.44■□□□□ 0.86
CCDC87Q9NVE4 TMEM138-201ENST00000278826 1848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
CCDC87Q9NVE4 MEIS3-206ENST00000559524 1828 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.44■□□□□ 0.86
CCDC87Q9NVE4 GPS1-226ENST00000623691 1839 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.44■□□□□ 0.86
CCDC87Q9NVE4 PDIA3P1-201ENST00000471856 1510 ntBASIC20.44■□□□□ 0.86
CCDC87Q9NVE4 LETM1P2-201ENST00000597330 2178 ntBASIC20.44■□□□□ 0.86
CCDC87Q9NVE4 CPZ-203ENST00000382480 2538 ntTSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
CCDC87Q9NVE4 ETFB-201ENST00000309244 900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
CCDC87Q9NVE4 DBNDD2-208ENST00000372723 1118 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.44■□□□□ 0.86
CCDC87Q9NVE4 AC074338.1-201ENST00000416825 156 ntBASIC20.44■□□□□ 0.86
CCDC87Q9NVE4 AL162726.2-201ENST00000438986 1017 ntBASIC20.44■□□□□ 0.86
CCDC87Q9NVE4 SELENOT-203ENST00000477889 944 ntTSL 5 BASIC20.44■□□□□ 0.86
CCDC87Q9NVE4 AC106772.2-201ENST00000515085 442 ntTSL 3 BASIC20.44■□□□□ 0.86
CCDC87Q9NVE4 AL133153.2-201ENST00000557524 303 ntTSL 3 BASIC20.44■□□□□ 0.86
CCDC87Q9NVE4 OIP5-AS1-209ENST00000561226 775 ntTSL 3 BASIC20.44■□□□□ 0.86
CCDC87Q9NVE4 MIR5189-201ENST00000577370 114 ntBASIC20.44■□□□□ 0.86
CCDC87Q9NVE4 SPECC1-223ENST00000584527 940 ntTSL 3 BASIC20.44■□□□□ 0.86
CCDC87Q9NVE4 TUBB6-203ENST00000586653 788 ntTSL 2 BASIC20.44■□□□□ 0.86
CCDC87Q9NVE4 TECR-207ENST00000596073 1170 ntTSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
CCDC87Q9NVE4 TECR-220ENST00000600083 1204 ntTSL 2 BASIC20.44■□□□□ 0.86
CCDC87Q9NVE4 SEC14L2-215ENST00000617837 2632 ntTSL 2 BASIC20.44■□□□□ 0.86
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 60.9 ms