Protein–RNA interactions for Protein: Q01955

COL4A3, Collagen alpha-3(IV) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,670 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A3Q01955 AC073263.1-201ENST00000616370 494 ntTSL 3 BASIC16.4■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 RIC8A-217ENST00000626818 159 ntTSL 5 BASIC16.4■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 POTEE-204ENST00000613282 1926 ntTSL 5 BASIC16.4■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 POTEI-202ENST00000615053 1926 ntTSL 5 BASIC16.4■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 CRH-201ENST00000276571 1543 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 AMT-232ENST00000636199 1546 ntTSL 5 BASIC16.39■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 CRELD1-201ENST00000326434 1994 ntTSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 TMUB2-209ENST00000587989 1969 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC16.39■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 MUL1-201ENST00000264198 2438 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 ZSCAN18-208ENST00000595944 1768 ntTSL 2 BASIC16.39■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 PPEF2-207ENST00000621010 1797 ntTSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 ZSCAN18-201ENST00000240727 2779 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 MYO3A-206ENST00000543632 2203 ntTSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 PTGDR-201ENST00000306051 2942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 DLG4-202ENST00000399506 3185 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.39■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 RAC2-201ENST00000249071 1482 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 AL163636.2-201ENST00000553909 1498 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.39■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 CHTOP-201ENST00000368686 2250 ntTSL 2 BASIC16.39■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 TRMT1-203ENST00000437766 2263 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 CALCR-207ENST00000426151 1741 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 FAM234A-203ENST00000399932 3213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 TAAR5-201ENST00000258034 1014 ntAPPRIS P1 BASIC16.39■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 MRPL55-202ENST00000336300 722 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.39■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 MRPL55-206ENST00000366732 722 ntTSL 3 BASIC16.39■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 GSTO1-201ENST00000369710 900 ntTSL 2 BASIC16.39■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 ADAMTSL1-208ENST00000380570 931 ntTSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 EEF1B2-202ENST00000392221 880 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.39■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 MAGEA12-203ENST00000393900 1299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 AL161638.1-201ENST00000420354 481 ntTSL 3 BASIC16.39■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 KRT18P64-201ENST00000434946 1219 ntBASIC16.39■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 AP000345.1-201ENST00000454863 569 ntTSL 4 BASIC16.39■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 AC106886.2-201ENST00000483578 883 ntTSL 5 BASIC16.39■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 AC009686.1-201ENST00000522494 364 ntTSL 3 BASIC16.39■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 C12orf57-206ENST00000544681 980 ntTSL 2 BASIC16.39■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 HNRNPUP1-201ENST00000554987 333 ntBASIC16.39■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 AC012322.1-201ENST00000561657 861 ntTSL 3 BASIC16.39■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 PAM16-215ENST00000577031 548 ntTSL 4 BASIC16.39■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 WNT2-201ENST00000265441 2907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 C16orf71-201ENST00000299320 2722 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 BCR-202ENST00000359540 4708 ntTSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 BTD-207ENST00000449107 1820 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC16.38■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 THOC5-202ENST00000397871 2560 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.38■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 GAS2L3-201ENST00000266754 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 TNXB-204ENST00000479795 2742 ntTSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 APBB1-202ENST00000311051 2619 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 FDFT1-202ENST00000443614 1393 ntTSL 2 BASIC16.38■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 CTSB-219ENST00000530640 1389 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.38■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 AL096870.2-201ENST00000565988 2108 ntTSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 PALM-201ENST00000264560 2755 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC16.38■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 SLC17A3-202ENST00000360657 1750 ntTSL 2 BASIC16.38■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 DUSP13-203ENST00000372702 1778 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 GJB3-201ENST00000373362 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 LCMT2-202ENST00000567039 1545 ntTSL 2 BASIC16.38■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 TNIP1-208ENST00000520931 2680 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 MRPL13-201ENST00000306185 1086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 LCE1E-202ENST00000368771 575 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC16.38■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 FTH1P14-201ENST00000482930 551 ntBASIC16.38■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 LINC01585-201ENST00000500496 1295 ntTSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 AC011466.1-201ENST00000595201 566 ntTSL 4 BASIC16.38■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 CU634019.7-201ENST00000624153 1185 ntBASIC16.38■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 FP236241.2-201ENST00000624906 1185 ntBASIC16.38■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 LILRA2-208ENST00000629481 661 ntTSL 2 BASIC16.38■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 ZNF232-201ENST00000250076 2179 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.38■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 MFSD2A-201ENST00000372809 2173 ntTSL 2 BASIC16.38■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 CLDN11-201ENST00000064724 2169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 ISM1-201ENST00000262487 2593 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.38■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 NFIX-210ENST00000588228 1692 ntTSL 2 BASIC16.38■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 BID-201ENST00000317361 2495 ntTSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 CTNNAL1-201ENST00000325551 2490 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 MIER1-206ENST00000371016 1802 ntTSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 UEVLD-203ENST00000379387 1848 ntTSL 2 BASIC16.38■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 NEURL4-203ENST00000570460 4890 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.38■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 PTP4A3-201ENST00000329397 2785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 VPS26A-202ENST00000373382 3229 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.38■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 DPY19L2P4-202ENST00000497063 2018 ntTSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 TLE2-201ENST00000262953 2705 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 VPS51-201ENST00000279281 2714 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 POLR3E-202ENST00000359210 2469 ntTSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 DTX2-206ENST00000430490 2623 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 RAB40C-205ENST00000539661 2609 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.38■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 SEPHS1-202ENST00000378614 2387 ntTSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 ARL6IP6-201ENST00000326446 2805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 MGST3-203ENST00000367885 680 ntTSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 MS4A13-201ENST00000378185 808 ntTSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 AC092933.1-201ENST00000393644 945 ntBASIC16.37■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 Z82214.2-201ENST00000420269 531 ntTSL 4 BASIC16.37■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 SNHG11-209ENST00000440918 556 ntTSL 3 BASIC16.37■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 POLR2F-208ENST00000470701 584 ntTSL 3 BASIC16.37■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 AJ271736.1-201ENST00000483543 773 ntTSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 SNHG9-201ENST00000531523 275 ntTSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 SLC25A47P1-201ENST00000531577 414 ntBASIC16.37■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 RIT1-205ENST00000539040 919 ntTSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 AC007611.1-201ENST00000568150 826 ntTSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 CD300LG-205ENST00000586233 942 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 C19orf70-204ENST00000587950 655 ntTSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 BTNL10-201ENST00000595971 695 ntBASIC16.37■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 GLRB-201ENST00000264428 3126 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 OXA1L-203ENST00000412791 1440 ntTSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 CD300A-202ENST00000360141 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 GPER1-206ENST00000617001 1900 ntTSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 10.5 ms