Protein–RNA interactions for Protein: P39880

CUX1, Homeobox protein cut-like 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,505 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CUX1P39880 AC127070.2-201ENST00000424075 555 ntTSL 2 BASIC26.89■■□□□ 1.89
CUX1P39880 TREX1-201ENST00000433541 1105 ntTSL 1 (best) BASIC26.89■■□□□ 1.89
CUX1P39880 AL160313.1-201ENST00000502101 1039 ntTSL 1 (best) BASIC26.89■■□□□ 1.89
CUX1P39880 AURKB-202ENST00000534871 1167 ntTSL 2 BASIC26.89■■□□□ 1.89
CUX1P39880 IFI27L1-210ENST00000556381 804 ntTSL 5 BASIC26.89■■□□□ 1.89
CUX1P39880 AC103810.3-201ENST00000583567 96 ntBASIC26.89■■□□□ 1.89
CUX1P39880 UEVLD-203ENST00000379387 1848 ntTSL 2 BASIC26.89■■□□□ 1.89
CUX1P39880 WRNIP1-202ENST00000380769 3239 ntTSL 1 (best) BASIC26.89■■□□□ 1.89
CUX1P39880 SIGLEC12-203ENST00000598614 1434 ntTSL 5 BASIC26.89■■□□□ 1.89
CUX1P39880 PTPRJ-201ENST00000418331 5122 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.88■■□□□ 1.89
CUX1P39880 CHRD-202ENST00000348986 3155 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.88■■□□□ 1.89
CUX1P39880 EPHX2-202ENST00000517536 1600 ntTSL 5 BASIC26.88■■□□□ 1.89
CUX1P39880 PKD1P6-201ENST00000343738 4769 ntBASIC26.88■■□□□ 1.89
CUX1P39880 NPY4R-202ENST00000612632 1800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.88■■□□□ 1.89
CUX1P39880 NPY4R2-202ENST00000613306 1800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.88■■□□□ 1.89
CUX1P39880 STPG3-201ENST00000388931 1207 ntTSL 1 (best) BASIC26.88■■□□□ 1.89
CUX1P39880 LINC01534-201ENST00000425254 815 ntTSL 2 BASIC26.88■■□□□ 1.89
CUX1P39880 TMEM107-204ENST00000437139 747 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.88■■□□□ 1.89
CUX1P39880 AC078785.1-203ENST00000467342 573 ntTSL 4 BASIC26.88■■□□□ 1.89
CUX1P39880 SHBG-212ENST00000575314 1146 ntTSL 1 (best) BASIC26.88■■□□□ 1.89
CUX1P39880 RN7SL560P-201ENST00000577943 264 ntBASIC26.88■■□□□ 1.89
CUX1P39880 METTL26-214ENST00000614890 801 ntTSL 3 BASIC26.88■■□□□ 1.89
CUX1P39880 AC244517.4-201ENST00000624549 580 ntTSL 4 BASIC26.88■■□□□ 1.89
CUX1P39880 THOC5-202ENST00000397871 2560 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.88■■□□□ 1.89
CUX1P39880 ADPRHL1-202ENST00000375418 1341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.88■■□□□ 1.89
CUX1P39880 PEA15-202ENST00000368076 2694 ntTSL 2 BASIC26.88■■□□□ 1.89
CUX1P39880 LRRC20-203ENST00000358141 2924 ntTSL 2 BASIC26.88■■□□□ 1.89
CUX1P39880 ZBTB45P2-201ENST00000452245 1531 ntBASIC26.88■■□□□ 1.89
CUX1P39880 LCMT2-202ENST00000567039 1545 ntTSL 2 BASIC26.88■■□□□ 1.89
CUX1P39880 CFLAR-205ENST00000342795 1613 ntTSL 5 BASIC26.88■■□□□ 1.89
CUX1P39880 PDX1-201ENST00000381033 2501 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.88■■□□□ 1.89
CUX1P39880 MAGEA4-206ENST00000393921 1727 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.88■■□□□ 1.89
CUX1P39880 CELF4-221ENST00000601019 1836 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.87■■□□□ 1.89
CUX1P39880 SCP2-213ENST00000528311 1896 ntTSL 2 BASIC26.87■■□□□ 1.89
CUX1P39880 TSPAN17-201ENST00000298564 2810 ntTSL 2 BASIC26.87■■□□□ 1.89
CUX1P39880 CHRNA7-207ENST00000635884 1975 ntTSL 5 BASIC26.87■■□□□ 1.89
CUX1P39880 PKLR-201ENST00000342741 2083 ntTSL 1 (best) BASIC26.87■■□□□ 1.89
CUX1P39880 DIO3-201ENST00000510508 2102 ntAPPRIS P1 BASIC26.87■■□□□ 1.89
CUX1P39880 IGHV3-16-201ENST00000390604 425 ntAPPRIS P1 BASIC26.87■■□□□ 1.89
CUX1P39880 AC017104.1-201ENST00000415129 720 ntTSL 3 BASIC26.87■■□□□ 1.89
CUX1P39880 CNN2P8-201ENST00000421872 913 ntBASIC26.87■■□□□ 1.89
CUX1P39880 AC093433.1-201ENST00000458048 571 ntBASIC26.87■■□□□ 1.89
CUX1P39880 POU5F1P6-201ENST00000466990 990 ntBASIC26.87■■□□□ 1.89
CUX1P39880 RPL13AP25-201ENST00000484130 612 ntBASIC26.87■■□□□ 1.89
CUX1P39880 GTF2H2C-215ENST00000514162 610 ntTSL 5 BASIC26.87■■□□□ 1.89
CUX1P39880 CNGA4-202ENST00000533426 936 ntTSL 2 BASIC26.87■■□□□ 1.89
CUX1P39880 VASH1-AS1-201ENST00000554058 871 ntTSL 3 BASIC26.87■■□□□ 1.89
CUX1P39880 DBNDD1-206ENST00000568838 993 ntTSL 2 BASIC26.87■■□□□ 1.89
CUX1P39880 ABBA01031663.1-201ENST00000635630 790 ntBASIC26.87■■□□□ 1.89
CUX1P39880 COMT-205ENST00000406520 1339 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.87■■□□□ 1.89
CUX1P39880 TSPAN12-202ENST00000415871 1495 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.87■■□□□ 1.89
CUX1P39880 LINC00593-202ENST00000560853 1483 ntTSL 1 (best) BASIC26.87■■□□□ 1.89
CUX1P39880 UBE2Q2-208ENST00000569423 2969 ntTSL 2 BASIC26.87■■□□□ 1.89
CUX1P39880 KAT8-201ENST00000219797 1525 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.87■■□□□ 1.89
CUX1P39880 ABCC9-203ENST00000326684 1693 ntTSL 1 (best) BASIC26.87■■□□□ 1.89
CUX1P39880 EIF4E1B-203ENST00000504597 1676 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.87■■□□□ 1.89
CUX1P39880 PPEF2-207ENST00000621010 1797 ntTSL 1 (best) BASIC26.87■■□□□ 1.89
CUX1P39880 ABHD2-207ENST00000565973 2347 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.87■■□□□ 1.89
CUX1P39880 APBB1-202ENST00000311051 2619 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.87■■□□□ 1.89
CUX1P39880 EGR2-203ENST00000439032 2844 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.87■■□□□ 1.89
CUX1P39880 CSPG5-201ENST00000264723 4080 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.87■■□□□ 1.89
CUX1P39880 POLR2I-201ENST00000221859 913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.86■■□□□ 1.89
CUX1P39880 TCP11L2-201ENST00000299045 2219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.86■■□□□ 1.89
CUX1P39880 CATSPERZ-201ENST00000328404 743 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC26.86■■□□□ 1.89
CUX1P39880 KLK3-202ENST00000360617 1664 ntTSL 1 (best) BASIC26.86■■□□□ 1.89
CUX1P39880 AGFG1-202ENST00000373671 1669 ntTSL 1 (best) BASIC26.86■■□□□ 1.89
CUX1P39880 ACP5-202ENST00000412435 1527 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.86■■□□□ 1.89
CUX1P39880 NR2C2-206ENST00000425241 2494 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.86■■□□□ 1.89
CUX1P39880 AC105020.1-201ENST00000435356 2205 ntBASIC26.86■■□□□ 1.89
CUX1P39880 AC012531.2-201ENST00000512206 1389 ntTSL 1 (best) BASIC26.86■■□□□ 1.89
CUX1P39880 SLC44A3-206ENST00000527077 1943 ntTSL 2 BASIC26.86■■□□□ 1.89
CUX1P39880 AC008011.2-201ENST00000538113 792 ntTSL 3 BASIC26.86■■□□□ 1.89
CUX1P39880 AC010328.2-201ENST00000597698 1111 ntBASIC26.86■■□□□ 1.89
CUX1P39880 AC097359.3-201ENST00000603982 1210 ntBASIC26.86■■□□□ 1.89
CUX1P39880 AC008687.7-202ENST00000637404 953 ntBASIC26.86■■□□□ 1.89
CUX1P39880 BID-201ENST00000317361 2495 ntTSL 1 (best) BASIC26.86■■□□□ 1.89
CUX1P39880 FMNL1-201ENST00000328118 2330 ntTSL 2 BASIC26.86■■□□□ 1.89
CUX1P39880 SERPINH1-201ENST00000358171 2225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.86■■□□□ 1.89
CUX1P39880 C11orf24-201ENST00000304271 2063 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.86■■□□□ 1.89
CUX1P39880 PYCR1-201ENST00000329875 1855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.86■■□□□ 1.89
CUX1P39880 MEG3-206ENST00000423456 1771 ntTSL 2 BASIC26.86■■□□□ 1.89
CUX1P39880 XAF1-201ENST00000346752 1584 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.86■■□□□ 1.89
CUX1P39880 MECR-201ENST00000263702 1353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.86■■□□□ 1.89
CUX1P39880 TBCEL-205ENST00000529397 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.86■■□□□ 1.89
CUX1P39880 RHD-204ENST00000417538 1333 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
CUX1P39880 CGB5-201ENST00000301408 841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
CUX1P39880 CYTL1-201ENST00000307746 1003 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
CUX1P39880 TEX30-203ENST00000376022 828 ntTSL 2 BASIC26.85■■□□□ 1.89
CUX1P39880 Z98752.1-201ENST00000442482 518 ntTSL 3 BASIC26.85■■□□□ 1.89
CUX1P39880 CGB8-201ENST00000448456 882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
CUX1P39880 PLEKHB1-206ENST00000535129 1049 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC26.85■■□□□ 1.89
CUX1P39880 AC009093.8-202ENST00000562902 677 ntTSL 2 BASIC26.85■■□□□ 1.89
CUX1P39880 AC129510.1-201ENST00000579979 555 ntTSL 3 BASIC26.85■■□□□ 1.89
CUX1P39880 HADH-212ENST00000638621 741 ntTSL 5 BASIC26.85■■□□□ 1.89
CUX1P39880 KRT8-217ENST00000619952 2437 ntTSL 2 BASIC26.85■■□□□ 1.89
CUX1P39880 SCOC-208ENST00000510586 2193 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.85■■□□□ 1.89
CUX1P39880 AC009292.1-201ENST00000502156 1986 ntTSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
CUX1P39880 SYT7-201ENST00000263846 4854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
CUX1P39880 ISG20-201ENST00000306072 1856 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
CUX1P39880 U73166.1-201ENST00000439898 2625 ntTSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 24.6 ms