Protein–RNA interactions for Protein: P12109

COL6A1, Collagen alpha-1(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,028 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A1P12109 PPA1-206ENST00000625364 644 ntTSL 5 BASIC17.91■□□□□ 0.46
COL6A1P12109 FARP2-202ENST00000373287 2580 ntTSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
COL6A1P12109 AR-207ENST00000612010 3896 ntTSL 5 BASIC17.91■□□□□ 0.46
COL6A1P12109 FKBP8-201ENST00000222308 1710 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
COL6A1P12109 TFAP2E-201ENST00000373235 2189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
COL6A1P12109 AMT-232ENST00000636199 1546 ntTSL 5 BASIC17.91■□□□□ 0.46
COL6A1P12109 SOCS2-212ENST00000622746 2881 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.91■□□□□ 0.46
COL6A1P12109 UBQLN4-201ENST00000368309 3576 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
COL6A1P12109 TTC24-201ENST00000368236 2005 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.91■□□□□ 0.46
COL6A1P12109 DAG1-220ENST00000539901 5665 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.91■□□□□ 0.46
COL6A1P12109 AC118553.2-202ENST00000638792 2729 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.91■□□□□ 0.46
COL6A1P12109 FDFT1-202ENST00000443614 1393 ntTSL 2 BASIC17.91■□□□□ 0.46
COL6A1P12109 CLDN9-201ENST00000445369 2050 ntAPPRIS P1 BASIC17.91■□□□□ 0.46
COL6A1P12109 MPPE1-201ENST00000309976 1636 ntTSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
COL6A1P12109 ARHGEF5-202ENST00000471847 1862 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
COL6A1P12109 SMTNL2-201ENST00000338859 1919 ntTSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
COL6A1P12109 SUPT20H-202ENST00000356185 2681 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
COL6A1P12109 SPAG9-202ENST00000357122 4761 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
COL6A1P12109 IDH3B-201ENST00000380843 1545 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
COL6A1P12109 RHCE-205ENST00000349438 1235 ntTSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
COL6A1P12109 RABL2A-203ENST00000393166 1052 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
COL6A1P12109 MAGI2-AS3-208ENST00000446159 670 ntTSL 3 BASIC17.9■□□□□ 0.46
COL6A1P12109 PGAP2-209ENST00000464261 830 ntTSL 3 BASIC17.9■□□□□ 0.46
COL6A1P12109 AC018653.3-202ENST00000538062 735 ntTSL 3 BASIC17.9■□□□□ 0.46
COL6A1P12109 AL118558.1-202ENST00000557242 451 ntTSL 3 BASIC17.9■□□□□ 0.46
COL6A1P12109 RN7SL190P-201ENST00000582519 257 ntBASIC17.9■□□□□ 0.46
COL6A1P12109 BRI3BPP1-201ENST00000594224 787 ntBASIC17.9■□□□□ 0.46
COL6A1P12109 Z84492.1-201ENST00000606589 408 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.9■□□□□ 0.46
COL6A1P12109 RPP40-207ENST00000618533 1056 ntTSL 5 BASIC17.9■□□□□ 0.46
COL6A1P12109 C9orf50-202ENST00000619117 796 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
COL6A1P12109 ITPK1-202ENST00000354313 2803 ntTSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
COL6A1P12109 AC018470.1-201ENST00000624790 3129 ntBASIC17.9■□□□□ 0.46
COL6A1P12109 HOXA2-201ENST00000222718 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
COL6A1P12109 SDR16C5-201ENST00000303749 1840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
COL6A1P12109 GPR137-212ENST00000539851 1843 ntTSL 2 BASIC17.9■□□□□ 0.46
COL6A1P12109 ALDH4A1-201ENST00000290597 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
COL6A1P12109 AGXT-201ENST00000307503 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
COL6A1P12109 MCCC1-214ENST00000610757 2410 ntTSL 5 BASIC17.9■□□□□ 0.46
COL6A1P12109 MIER1-209ENST00000401042 1648 ntTSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
COL6A1P12109 KIAA1549-201ENST00000422774 6283 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
COL6A1P12109 STIM2-212ENST00000639640 2241 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
COL6A1P12109 TNFAIP2-201ENST00000333007 4175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
COL6A1P12109 SMC4-201ENST00000344722 5356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
COL6A1P12109 AHSA1-201ENST00000216479 1402 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.46
COL6A1P12109 CDC42EP3-201ENST00000295324 5700 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.46
COL6A1P12109 MUTYH-201ENST00000354383 1744 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.46
COL6A1P12109 FADS1-216ENST00000542506 1725 ntTSL 2 BASIC17.89■□□□□ 0.46
COL6A1P12109 AL031658.1-201ENST00000449519 2013 ntTSL 2 BASIC17.89■□□□□ 0.46
COL6A1P12109 IL17RC-206ENST00000416074 2342 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.46
COL6A1P12109 RNF157-201ENST00000269391 4955 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.46
COL6A1P12109 UVSSA-208ENST00000511563 1494 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.89■□□□□ 0.45
COL6A1P12109 UNKL-204ENST00000389221 5116 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.89■□□□□ 0.45
COL6A1P12109 AEBP2-201ENST00000266508 3620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.45
COL6A1P12109 STK10-201ENST00000176763 6060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.45
COL6A1P12109 GYG1-201ENST00000296048 1890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.45
COL6A1P12109 CABP1-204ENST00000453000 1857 ntTSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.45
COL6A1P12109 NINJ2-201ENST00000305108 1252 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.45
COL6A1P12109 RPL28-203ENST00000428193 573 ntTSL 2 BASIC17.89■□□□□ 0.45
COL6A1P12109 AL162742.1-201ENST00000434792 954 ntTSL 2 BASIC17.89■□□□□ 0.45
COL6A1P12109 AL157834.2-201ENST00000451737 663 ntTSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.45
COL6A1P12109 KRT8P13-201ENST00000463294 1010 ntBASIC17.89■□□□□ 0.45
COL6A1P12109 ZNF527-203ENST00000483919 1142 ntTSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.45
COL6A1P12109 AC068587.3-201ENST00000526613 355 ntBASIC17.89■□□□□ 0.45
COL6A1P12109 RPL28-207ENST00000558815 616 ntTSL 2 BASIC17.89■□□□□ 0.45
COL6A1P12109 AL359711.2-201ENST00000563105 872 ntBASIC17.89■□□□□ 0.45
COL6A1P12109 LINC01115-203ENST00000606068 577 ntBASIC17.89■□□□□ 0.45
COL6A1P12109 LINC00623-205ENST00000621058 767 ntTSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.45
COL6A1P12109 AC133548.2-201ENST00000568567 2605 ntTSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.45
COL6A1P12109 EIF4E1B-201ENST00000318682 1974 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.89■□□□□ 0.45
COL6A1P12109 AC099850.1-201ENST00000451775 1338 ntTSL 2 BASIC17.89■□□□□ 0.45
COL6A1P12109 AC067852.2-201ENST00000590513 2313 ntBASIC17.89■□□□□ 0.45
COL6A1P12109 GDA-201ENST00000238018 2074 ntTSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.45
COL6A1P12109 AC254629.1-202ENST00000618276 2112 ntTSL 2 BASIC17.89■□□□□ 0.45
COL6A1P12109 EIF2AK3-201ENST00000303236 4646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.45
COL6A1P12109 ARFIP2-201ENST00000254584 2543 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.45
COL6A1P12109 PIP5K1C-205ENST00000589578 2933 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
COL6A1P12109 SLC39A1-210ENST00000617697 2214 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.88■□□□□ 0.45
COL6A1P12109 CEP78-204ENST00000415759 2623 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.88■□□□□ 0.45
COL6A1P12109 ABCC3-202ENST00000427699 1881 ntTSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
COL6A1P12109 DEF6-201ENST00000316637 2262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
COL6A1P12109 PTPN12-201ENST00000248594 3406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
COL6A1P12109 SMYD3-214ENST00000490107 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
COL6A1P12109 GOLGA7-204ENST00000520817 1984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
COL6A1P12109 DNAJB2-201ENST00000336576 3176 ntTSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
COL6A1P12109 NPAS3-202ENST00000356141 2802 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
COL6A1P12109 PRR36-202ENST00000618550 4456 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.88■□□□□ 0.45
COL6A1P12109 AGRP-201ENST00000290953 764 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
COL6A1P12109 TFF2-201ENST00000291526 737 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
COL6A1P12109 AGER-203ENST00000375065 665 ntTSL 2 BASIC17.88■□□□□ 0.45
COL6A1P12109 ADAMTSL1-208ENST00000380570 931 ntTSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
COL6A1P12109 PEMT-203ENST00000395782 895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
COL6A1P12109 CLDN15-202ENST00000401528 2131 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.88■□□□□ 0.45
COL6A1P12109 YBX1P6-201ENST00000442962 1002 ntBASIC17.88■□□□□ 0.45
COL6A1P12109 RPL13AP20-201ENST00000459725 609 ntBASIC17.88■□□□□ 0.45
COL6A1P12109 AC078852.2-201ENST00000504748 527 ntTSL 5 BASIC17.88■□□□□ 0.45
COL6A1P12109 CDKN2AIP-205ENST00000510928 860 ntTSL 2 BASIC17.88■□□□□ 0.45
COL6A1P12109 AP000721.1-201ENST00000535431 559 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.88■□□□□ 0.45
COL6A1P12109 ENPP7P5-201ENST00000541031 1031 ntBASIC17.88■□□□□ 0.45
COL6A1P12109 DYNLRB2-205ENST00000568035 409 ntTSL 5 BASIC17.88■□□□□ 0.45
COL6A1P12109 TSR1-204ENST00000576112 1290 ntTSL 5 BASIC17.88■□□□□ 0.45
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 48.1 ms