Protein–RNA interactions for Protein: Q96JC1

VPS39, Vam6/Vps39-like protein, humanhuman

Predictions only

Length 886 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS39Q96JC1 LINC01215-201ENST00000607746 2592 ntTSL 3 BASIC16.51■□□□□ 0.23
VPS39Q96JC1 ACTR3-208ENST00000535589 1530 ntTSL 2 BASIC16.51■□□□□ 0.23
VPS39Q96JC1 SLC2A14-202ENST00000396589 2335 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
VPS39Q96JC1 KIFC1-211ENST00000428849 2706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
VPS39Q96JC1 SNCAIP-202ENST00000261368 3745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
VPS39Q96JC1 CHD4-210ENST00000544040 6514 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.51■□□□□ 0.23
VPS39Q96JC1 TMEM127-201ENST00000258439 6266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
VPS39Q96JC1 ACAD9-201ENST00000308982 2454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
VPS39Q96JC1 MBD1-210ENST00000457839 2473 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.51■□□□□ 0.23
VPS39Q96JC1 ZBTB47-202ENST00000505904 2456 ntTSL 5 BASIC16.51■□□□□ 0.23
VPS39Q96JC1 KRT73-201ENST00000305748 2284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
VPS39Q96JC1 KRT12-201ENST00000251643 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
VPS39Q96JC1 AFF2-204ENST00000370458 1488 ntTSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
VPS39Q96JC1 PKD1L2-209ENST00000531391 1488 ntTSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
VPS39Q96JC1 FAM99B-201ENST00000382166 1067 ntTSL 5 BASIC16.51■□□□□ 0.23
VPS39Q96JC1 MRPL20P1-201ENST00000400819 433 ntBASIC16.51■□□□□ 0.23
VPS39Q96JC1 FAU-209ENST00000531743 697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
VPS39Q96JC1 GPHA2-202ENST00000532246 466 ntTSL 3 BASIC16.51■□□□□ 0.23
VPS39Q96JC1 BAX-213ENST00000539787 458 ntTSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
VPS39Q96JC1 AL512357.1-201ENST00000557687 518 ntTSL 4 BASIC16.51■□□□□ 0.23
VPS39Q96JC1 AC012640.2-201ENST00000561606 901 ntBASIC16.51■□□□□ 0.23
VPS39Q96JC1 COQ7-208ENST00000568985 714 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.51■□□□□ 0.23
VPS39Q96JC1 AL121912.1-201ENST00000603683 238 ntBASIC16.51■□□□□ 0.23
VPS39Q96JC1 ANO2-212ENST00000612575 1087 ntTSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
VPS39Q96JC1 AC020765.3-201ENST00000613051 740 ntBASIC16.51■□□□□ 0.23
VPS39Q96JC1 FGF4-201ENST00000168712 3233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
VPS39Q96JC1 KCNA5-201ENST00000252321 2800 ntAPPRIS P1 BASIC16.51■□□□□ 0.23
VPS39Q96JC1 KANK2-201ENST00000586659 5162 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
VPS39Q96JC1 SEPT5-204ENST00000406395 1974 ntTSL 5 BASIC16.51■□□□□ 0.23
VPS39Q96JC1 INTS11-203ENST00000419704 1798 ntTSL 2 BASIC16.51■□□□□ 0.23
VPS39Q96JC1 ACP5-203ENST00000433365 1397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
VPS39Q96JC1 SRCIN1-215ENST00000621492 4644 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.5■□□□□ 0.23
VPS39Q96JC1 ELMO1-209ENST00000448602 2621 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
VPS39Q96JC1 CNST-203ENST00000366513 5126 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
VPS39Q96JC1 MYH14-204ENST00000440075 4247 ntTSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
VPS39Q96JC1 CCDC189-204ENST00000541260 1531 ntTSL 5 BASIC16.5■□□□□ 0.23
VPS39Q96JC1 ADM-201ENST00000278175 1885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
VPS39Q96JC1 AJ239322.1-201ENST00000419362 2209 ntTSL 2 BASIC16.5■□□□□ 0.23
VPS39Q96JC1 SDR39U1-206ENST00000553930 1325 ntTSL 5 BASIC16.5■□□□□ 0.23
VPS39Q96JC1 ABCB9-216ENST00000542678 6051 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
VPS39Q96JC1 AKAP12-201ENST00000253332 6597 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
VPS39Q96JC1 ADGRA1-AS1-201ENST00000366099 3236 ntBASIC16.5■□□□□ 0.23
VPS39Q96JC1 POR-218ENST00000461988 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
VPS39Q96JC1 AC097376.2-201ENST00000608661 2510 ntTSL 5 BASIC16.5■□□□□ 0.23
VPS39Q96JC1 NUDT16-203ENST00000537561 5943 ntTSL 5 BASIC16.5■□□□□ 0.23
VPS39Q96JC1 C1QTNF1-208ENST00000580474 1600 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
VPS39Q96JC1 DUOX1-201ENST00000321429 5738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
VPS39Q96JC1 ODF3B-204ENST00000405135 917 ntTSL 5 BASIC16.5■□□□□ 0.23
VPS39Q96JC1 IGF2-206ENST00000418738 934 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
VPS39Q96JC1 KRT18P67-201ENST00000432816 1264 ntBASIC16.5■□□□□ 0.23
VPS39Q96JC1 RNASET2-206ENST00000476238 887 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.5■□□□□ 0.23
VPS39Q96JC1 AP000688.1-201ENST00000535199 1221 ntTSL 2 BASIC16.5■□□□□ 0.23
VPS39Q96JC1 CHMP1A-208ENST00000550102 803 ntTSL 5 BASIC16.5■□□□□ 0.23
VPS39Q96JC1 OR7E47P-204ENST00000575924 449 ntBASIC16.5■□□□□ 0.23
VPS39Q96JC1 RPS15-207ENST00000591032 550 ntTSL 3 BASIC16.5■□□□□ 0.23
VPS39Q96JC1 AC012615.5-201ENST00000592720 581 ntTSL 4 BASIC16.5■□□□□ 0.23
VPS39Q96JC1 RPS15-212ENST00000593052 629 ntTSL 2 BASIC16.5■□□□□ 0.23
VPS39Q96JC1 COL26A1-203ENST00000613501 2970 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
VPS39Q96JC1 TULP2-201ENST00000221399 1754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
VPS39Q96JC1 ZMYND12-201ENST00000372565 1775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
VPS39Q96JC1 FES-207ENST00000444422 2266 ntTSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
VPS39Q96JC1 GAL3ST1-203ENST00000402321 1908 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.5■□□□□ 0.23
VPS39Q96JC1 GMPPB-201ENST00000308375 3217 ntTSL 2 BASIC16.5■□□□□ 0.23
VPS39Q96JC1 SLC29A1-205ENST00000371740 2219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
VPS39Q96JC1 TLE2-203ENST00000443826 2238 ntTSL 2 BASIC16.5■□□□□ 0.23
VPS39Q96JC1 CPVL-202ENST00000396276 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
VPS39Q96JC1 ARL8B-201ENST00000256496 3005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
VPS39Q96JC1 TICAM2-201ENST00000427199 3049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
VPS39Q96JC1 EIF4G1-203ENST00000350481 4990 ntTSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
VPS39Q96JC1 MEIS3-210ENST00000561096 1883 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.5■□□□□ 0.23
VPS39Q96JC1 CDH15-201ENST00000289746 2847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
VPS39Q96JC1 AC012569.1-201ENST00000591191 1524 ntBASIC16.5■□□□□ 0.23
VPS39Q96JC1 HPCAL1-208ENST00000622018 1535 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.5■□□□□ 0.23
VPS39Q96JC1 TPD52L2-204ENST00000351424 2302 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC16.5■□□□□ 0.23
VPS39Q96JC1 PM20D2-201ENST00000275072 4708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
VPS39Q96JC1 PRMT6-201ENST00000370078 2616 ntAPPRIS P1 BASIC16.49■□□□□ 0.23
VPS39Q96JC1 MINDY1-202ENST00000361738 1961 ntTSL 2 BASIC16.49■□□□□ 0.23
VPS39Q96JC1 CYP4B1-203ENST00000371923 2110 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
VPS39Q96JC1 WDR45B-201ENST00000392325 2587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
VPS39Q96JC1 FANCA-203ENST00000389302 1641 ntTSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
VPS39Q96JC1 SSFA2-205ENST00000431877 5150 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
VPS39Q96JC1 CRELD1-206ENST00000452070 1778 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.49■□□□□ 0.23
VPS39Q96JC1 DHX36-202ENST00000329463 2985 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
VPS39Q96JC1 VASP-201ENST00000245932 2305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
VPS39Q96JC1 TLCD1-201ENST00000292090 1017 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
VPS39Q96JC1 FLAD1-203ENST00000315144 1730 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
VPS39Q96JC1 RALGPS1-203ENST00000373434 2466 ntTSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
VPS39Q96JC1 HUS1B-201ENST00000380907 1025 ntAPPRIS P1 BASIC16.49■□□□□ 0.23
VPS39Q96JC1 CENPM-204ENST00000402420 688 ntTSL 5 BASIC16.49■□□□□ 0.23
VPS39Q96JC1 UBE2C-206ENST00000405520 641 ntTSL 2 BASIC16.49■□□□□ 0.23
VPS39Q96JC1 ATP6V0CP3-201ENST00000417255 467 ntBASIC16.49■□□□□ 0.23
VPS39Q96JC1 MBD4-203ENST00000429544 2478 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
VPS39Q96JC1 AL133343.2-201ENST00000457213 370 ntTSL 3 BASIC16.49■□□□□ 0.23
VPS39Q96JC1 EMBP1-201ENST00000458200 901 ntBASIC16.49■□□□□ 0.23
VPS39Q96JC1 AC108073.2-201ENST00000464002 357 ntBASIC16.49■□□□□ 0.23
VPS39Q96JC1 L2HGDH-206ENST00000555610 804 ntTSL 5 BASIC16.49■□□□□ 0.23
VPS39Q96JC1 RPL19-204ENST00000579260 1051 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.49■□□□□ 0.23
VPS39Q96JC1 AC068594.1-202ENST00000581657 749 ntTSL 3 BASIC16.49■□□□□ 0.23
VPS39Q96JC1 IER2-203ENST00000588173 2934 ntAPPRIS P1 BASIC16.49■□□□□ 0.23
VPS39Q96JC1 UBE2C-208ENST00000617055 705 ntTSL 3 BASIC16.49■□□□□ 0.23
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 43.2 ms