Protein–RNA interactions for Protein: Q9P1Q0

VPS54, Vacuolar protein sorting-associated protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 977 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS54Q9P1Q0 GNB2-205ENST00000419828 1285 ntTSL 5 BASIC18.94■□□□□ 0.62
VPS54Q9P1Q0 SAPCD1-209ENST00000425424 820 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.94■□□□□ 0.62
VPS54Q9P1Q0 SPCS2P4-201ENST00000436160 681 ntBASIC18.94■□□□□ 0.62
VPS54Q9P1Q0 LINC01705-201ENST00000438158 562 ntTSL 2 BASIC18.94■□□□□ 0.62
VPS54Q9P1Q0 HRAS-205ENST00000451590 1151 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.94■□□□□ 0.62
VPS54Q9P1Q0 NT5C3B-215ENST00000521789 993 ntTSL 3 BASIC18.94■□□□□ 0.62
VPS54Q9P1Q0 FAM86C2P-203ENST00000528684 1004 ntBASIC18.94■□□□□ 0.62
VPS54Q9P1Q0 AP000275.2-202ENST00000553001 929 ntTSL 5 BASIC18.94■□□□□ 0.62
VPS54Q9P1Q0 QPRT-203ENST00000562473 579 ntTSL 3 BASIC18.94■□□□□ 0.62
VPS54Q9P1Q0 AC010503.2-201ENST00000599292 296 ntTSL 3 BASIC18.94■□□□□ 0.62
VPS54Q9P1Q0 HNRNPDL-206ENST00000602300 1291 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
VPS54Q9P1Q0 SLC9A3-AS1-205ENST00000606319 477 ntTSL 3 BASIC18.94■□□□□ 0.62
VPS54Q9P1Q0 LINC00623-201ENST00000613486 486 ntTSL 5 BASIC18.94■□□□□ 0.62
VPS54Q9P1Q0 AC055717.3-201ENST00000622967 595 ntBASIC18.94■□□□□ 0.62
VPS54Q9P1Q0 AC090164.4-201ENST00000632451 313 ntTSL 5 BASIC18.94■□□□□ 0.62
VPS54Q9P1Q0 AC092811.2-201ENST00000632561 559 ntTSL 4 BASIC18.94■□□□□ 0.62
VPS54Q9P1Q0 TMEM51-202ENST00000376014 1843 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.94■□□□□ 0.62
VPS54Q9P1Q0 HPN-201ENST00000262626 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
VPS54Q9P1Q0 ZNF805-201ENST00000354309 2396 ntTSL 5 BASIC18.94■□□□□ 0.62
VPS54Q9P1Q0 SPG11-215ENST00000559193 2579 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
VPS54Q9P1Q0 SAP130-202ENST00000259235 4065 ntTSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
VPS54Q9P1Q0 DMTN-223ENST00000523782 2235 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.94■□□□□ 0.62
VPS54Q9P1Q0 UNC5D-203ENST00000416672 3532 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.94■□□□□ 0.62
VPS54Q9P1Q0 HIST1H2AC-202ENST00000377791 1654 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
VPS54Q9P1Q0 SP100-204ENST00000409341 1898 ntTSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
VPS54Q9P1Q0 PARP9-204ENST00000471785 3040 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.94■□□□□ 0.62
VPS54Q9P1Q0 IQCC-202ENST00000537469 2252 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
VPS54Q9P1Q0 LRP4-201ENST00000378623 8076 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
VPS54Q9P1Q0 MAP4K1-203ENST00000586296 1363 ntTSL 5 BASIC18.93■□□□□ 0.62
VPS54Q9P1Q0 PSMC3IP-204ENST00000587209 1381 ntTSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
VPS54Q9P1Q0 CTSL-203ENST00000343150 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
VPS54Q9P1Q0 SLC25A22-201ENST00000320230 2796 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
VPS54Q9P1Q0 RNF169-201ENST00000299563 7823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
VPS54Q9P1Q0 SYT15-202ENST00000374323 6428 ntTSL 2 BASIC18.93■□□□□ 0.62
VPS54Q9P1Q0 CARD14-202ENST00000570421 2607 ntTSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
VPS54Q9P1Q0 CEP19-202ENST00000409690 2201 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
VPS54Q9P1Q0 CALHM2-202ENST00000369788 1843 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.93■□□□□ 0.62
VPS54Q9P1Q0 CCDC110-201ENST00000307588 2898 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
VPS54Q9P1Q0 PLPPR5-202ENST00000370188 4139 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
VPS54Q9P1Q0 MBD1-210ENST00000457839 2473 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.93■□□□□ 0.62
VPS54Q9P1Q0 ROCK2-209ENST00000616279 6401 ntTSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
VPS54Q9P1Q0 RRBP1-208ENST00000470422 2070 ntTSL 2 BASIC18.93■□□□□ 0.62
VPS54Q9P1Q0 SCP2-201ENST00000371509 1889 ntTSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
VPS54Q9P1Q0 CXXC1-201ENST00000285106 2936 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
VPS54Q9P1Q0 NMRK2-201ENST00000168977 1126 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.93■□□□□ 0.62
VPS54Q9P1Q0 ITGB2-204ENST00000397846 422 ntTSL 2 BASIC18.93■□□□□ 0.62
VPS54Q9P1Q0 NKIRAS1-204ENST00000416026 795 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC18.93■□□□□ 0.62
VPS54Q9P1Q0 AKIRIN1-203ENST00000446189 1243 ntTSL 2 BASIC18.93■□□□□ 0.62
VPS54Q9P1Q0 RN7SL589P-201ENST00000481268 310 ntBASIC18.93■□□□□ 0.62
VPS54Q9P1Q0 KRT73-AS1-202ENST00000551089 563 ntTSL 4 BASIC18.93■□□□□ 0.62
VPS54Q9P1Q0 AC009053.3-201ENST00000567148 574 ntTSL 4 BASIC18.93■□□□□ 0.62
VPS54Q9P1Q0 AC004832.1-201ENST00000610936 1005 ntTSL 5 BASIC18.93■□□□□ 0.62
VPS54Q9P1Q0 NMRK2-205ENST00000616156 1139 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.93■□□□□ 0.62
VPS54Q9P1Q0 CKMT1B-215ENST00000627381 1074 ntTSL 5 BASIC18.93■□□□□ 0.62
VPS54Q9P1Q0 VARS-215ENST00000375663 4312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
VPS54Q9P1Q0 SMAP1-201ENST00000316999 2403 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
VPS54Q9P1Q0 TEKT4P2-201ENST00000416067 1599 ntTSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
VPS54Q9P1Q0 RAB11FIP5-205ENST00000486777 6120 ntTSL 5 BASIC18.93■□□□□ 0.62
VPS54Q9P1Q0 WNT10B-203ENST00000407467 1802 ntTSL 2 BASIC18.93■□□□□ 0.62
VPS54Q9P1Q0 KCNK3-201ENST00000302909 6162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
VPS54Q9P1Q0 DOC2GP-204ENST00000639052 2548 ntBASIC18.93■□□□□ 0.62
VPS54Q9P1Q0 ZNF84-208ENST00000539354 3237 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
VPS54Q9P1Q0 NDUFS2-202ENST00000392179 2064 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
VPS54Q9P1Q0 TRIM9-202ENST00000338969 3312 ntTSL 2 BASIC18.92■□□□□ 0.62
VPS54Q9P1Q0 C10orf107-201ENST00000330194 1685 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
VPS54Q9P1Q0 VPS37C-201ENST00000301765 2865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
VPS54Q9P1Q0 NOX4-215ENST00000534731 2156 ntTSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
VPS54Q9P1Q0 BORCS8-203ENST00000477565 1489 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
VPS54Q9P1Q0 MCM7-203ENST00000354230 2975 ntTSL 2 BASIC18.92■□□□□ 0.62
VPS54Q9P1Q0 RFWD2-204ENST00000367669 3033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
VPS54Q9P1Q0 PIAS3-201ENST00000369298 2761 ntTSL 5 BASIC18.92■□□□□ 0.62
VPS54Q9P1Q0 CYP2T1P-202ENST00000641596 2535 ntBASIC18.92■□□□□ 0.62
VPS54Q9P1Q0 IL11-201ENST00000264563 2281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
VPS54Q9P1Q0 CLPTM1L-216ENST00000630539 2032 ntTSL 5 BASIC18.92■□□□□ 0.62
VPS54Q9P1Q0 GFAP-233ENST00000639277 1783 ntTSL 5 BASIC18.92■□□□□ 0.62
VPS54Q9P1Q0 C9orf116-202ENST00000371789 1278 ntTSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
VPS54Q9P1Q0 TEX30-206ENST00000376032 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
VPS54Q9P1Q0 PARK7-203ENST00000377491 977 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.92■□□□□ 0.62
VPS54Q9P1Q0 AL162231.1-204ENST00000423809 477 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC18.92■□□□□ 0.62
VPS54Q9P1Q0 RNF34-208ENST00000555076 593 ntTSL 3 BASIC18.92■□□□□ 0.62
VPS54Q9P1Q0 AC092718.3-202ENST00000564536 1032 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC18.92■□□□□ 0.62
VPS54Q9P1Q0 RAMP2-205ENST00000589683 858 ntTSL 3 BASIC18.92■□□□□ 0.62
VPS54Q9P1Q0 AC027307.2-201ENST00000591252 911 ntBASIC18.92■□□□□ 0.62
VPS54Q9P1Q0 AC022145.2-201ENST00000598203 171 ntBASIC18.92■□□□□ 0.62
VPS54Q9P1Q0 LINC00623-204ENST00000617702 746 ntTSL 5 BASIC18.92■□□□□ 0.62
VPS54Q9P1Q0 AC105339.1-204ENST00000636249 355 ntBASIC18.92■□□□□ 0.62
VPS54Q9P1Q0 AC104809.1-201ENST00000425110 2345 ntTSL 2 BASIC18.92■□□□□ 0.62
VPS54Q9P1Q0 KLF10-202ENST00000395884 3659 ntTSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
VPS54Q9P1Q0 PDCD1-201ENST00000334409 2114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
VPS54Q9P1Q0 MIDN-201ENST00000300952 3790 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.92■□□□□ 0.62
VPS54Q9P1Q0 MAGEA2B-201ENST00000331220 1946 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.92■□□□□ 0.62
VPS54Q9P1Q0 CD244-202ENST00000368033 1360 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
VPS54Q9P1Q0 NOL4L-210ENST00000616976 1376 ntTSL 5 BASIC18.92■□□□□ 0.62
VPS54Q9P1Q0 AL138694.1-201ENST00000637731 1689 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.92■□□□□ 0.62
VPS54Q9P1Q0 CBSL-201ENST00000398168 2514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
VPS54Q9P1Q0 PHF12-205ENST00000577226 7679 ntTSL 1 (best) BASIC18.91■□□□□ 0.62
VPS54Q9P1Q0 AC006449.6-201ENST00000612330 2296 ntBASIC18.91■□□□□ 0.62
VPS54Q9P1Q0 PLTP-204ENST00000420868 1420 ntTSL 2 BASIC18.91■□□□□ 0.62
VPS54Q9P1Q0 PRR30-202ENST00000432962 1440 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC18.91■□□□□ 0.62
VPS54Q9P1Q0 PRRT4-201ENST00000446477 3544 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.91■□□□□ 0.62
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 70.5 ms