Protein–RNA interactions for Protein: Q96CM3

RPUSD4, Mitochondrial RNA pseudouridine synthase RPUSD4, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 377 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RPUSD4Q96CM3 ZNF524-203ENST00000591046 1260 ntAPPRIS P1 BASIC13.18□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 CIRBP-235ENST00000591935 746 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC13.18□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 HYMAI.1-201ENST00000620949 238 ntBASIC13.18□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 THSD4-202ENST00000355327 9200 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.18□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 ZFPM2-206ENST00000520492 3960 ntTSL 2 BASIC13.18□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 DDX55-201ENST00000238146 2654 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.18□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 RGPD6-202ENST00000330331 2848 ntTSL 2 BASIC13.18□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 RGPD8-202ENST00000330575 2848 ntTSL 2 BASIC13.18□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 SQSTM1-213ENST00000510187 1714 ntTSL 5 BASIC13.18□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 AL132857.2-201ENST00000634305 1737 ntTSL 5 BASIC13.18□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 PYCR1-201ENST00000329875 1855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.18□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 SYN1-201ENST00000295987 3299 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC13.18□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 HOXA3-202ENST00000396352 3263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.18□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 IRAK1-204ENST00000393687 2049 ntTSL 1 (best) BASIC13.18□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 ARID5A-201ENST00000357485 2188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.18□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 ABLIM2-202ENST00000361581 2472 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.18□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 GARS-201ENST00000389266 2634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.18□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 PPIL2-212ENST00000626352 2625 ntTSL 1 (best) BASIC13.18□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 PTPRO-201ENST00000281171 5301 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.18□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 RNF8-202ENST00000373479 5631 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.18□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 ANO1-201ENST00000316296 2118 ntTSL 2 BASIC13.18□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 SNX5-202ENST00000377768 2288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.18□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 LATS1-202ENST00000392273 2567 ntTSL 1 (best) BASIC13.18□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 NOTO-201ENST00000398468 2749 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.18□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 AC009242.1-201ENST00000634300 2706 ntTSL 5 BASIC13.18□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 TMTC1-207ENST00000552618 3915 ntTSL 5 BASIC13.18□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 AC138028.2-202ENST00000567968 4528 ntTSL 2 BASIC13.18□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 TBC1D16-209ENST00000576768 6342 ntTSL 1 (best) BASIC13.18□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 HLF-201ENST00000226067 5547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.17□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 DDX1-202ENST00000381341 2817 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.17□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 ILF3-210ENST00000588657 2697 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.17□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 FP565260.3-204ENST00000623795 2238 ntTSL 2 BASIC13.17□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 ZFP30-201ENST00000351218 6090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.17□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 POTEE-204ENST00000613282 1926 ntTSL 5 BASIC13.17□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 POTEI-202ENST00000615053 1926 ntTSL 5 BASIC13.17□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 FAM45BP-202ENST00000592932 1624 ntBASIC13.17□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 RPP14-202ENST00000445193 7985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.17□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 FAM53B-AS1-202ENST00000448422 1491 ntTSL 1 (best) BASIC13.17□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 TLX2-204ENST00000621092 1452 ntTSL 1 (best) BASIC13.17□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 IFNL4-204ENST00000634967 1493 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.17□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 HNRNPDL-208ENST00000621267 4139 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.17□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 ZNF219-202ENST00000421093 2908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.17□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 AL928970.1-201ENST00000422679 2923 ntTSL 5 BASIC13.17□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 PATZ1-203ENST00000351933 3638 ntTSL 1 (best) BASIC13.17□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 SNAI2-201ENST00000020945 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.17□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 RBM47-203ENST00000381795 4473 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC13.17□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 TFAP2C-201ENST00000201031 2866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.17□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 RUSC1-214ENST00000490373 1700 ntTSL 1 (best) BASIC13.17□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 ARHGEF28-202ENST00000296799 4424 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.17□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 TCEAL3-201ENST00000243286 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.17□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 RPA2-201ENST00000313433 1237 ntTSL 1 (best) BASIC13.17□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 EDARADD-201ENST00000334232 858 ntTSL 1 (best) BASIC13.17□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 COX5BP2-201ENST00000392354 334 ntBASIC13.17□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 TNFRSF10C-202ENST00000397703 1242 ntTSL 2 BASIC13.17□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 ZNF706-204ENST00000518336 501 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC13.17□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 LY6E-213ENST00000522528 606 ntTSL 3 BASIC13.17□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 AC079031.1-201ENST00000542627 1035 ntTSL 3 BASIC13.17□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 AC009084.1-201ENST00000566869 317 ntTSL 5 BASIC13.17□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 LINC01238-205ENST00000567549 1107 ntBASIC13.17□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 AC012645.3-201ENST00000568506 470 ntTSL 3 BASIC13.17□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 DFFB-212ENST00000625756 649 ntTSL 5 BASIC13.17□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 WDR6-223ENST00000627177 207 ntTSL 2 BASIC13.17□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 PCDHB13-201ENST00000341948 5061 ntAPPRIS P1 BASIC13.17□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 HOXD3-202ENST00000410016 2384 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.17□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 TMEM25-206ENST00000442938 2228 ntTSL 2 BASIC13.17□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 TCEAL4-201ENST00000372629 1511 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.17□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 FRMD8P1-201ENST00000440433 1524 ntBASIC13.17□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 RAP1GDS1-203ENST00000380158 2085 ntTSL 1 (best) BASIC13.17□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 BSCL2-201ENST00000278893 1364 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.17□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 PTPN13-203ENST00000427191 8487 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.17□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 C17orf100-201ENST00000542475 1756 ntAPPRIS P1 BASIC13.17□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 AC087164.1-202ENST00000583062 2158 ntTSL 1 (best) BASIC13.17□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 TRAK1-203ENST00000396175 5033 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.17□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 TRAF6-201ENST00000348124 2558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.17□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 CDCP2-202ENST00000530059 1623 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.17□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 SLC38A10-202ENST00000374759 4300 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.17□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 DLGAP2-215ENST00000637795 3380 ntTSL 5 BASIC13.17□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 BAG1-210ENST00000634734 3786 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.17□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 DHODH-201ENST00000219240 2426 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.17□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 TIFA-201ENST00000361717 4157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.17□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 PEX16-201ENST00000241041 1479 ntTSL 1 (best) BASIC13.16□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 WDR90-202ENST00000315764 1454 ntTSL 1 (best) BASIC13.16□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 ADAMTSL1-202ENST00000327883 1864 ntTSL 1 (best) BASIC13.16□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 AMT-206ENST00000458307 1860 ntTSL 2 BASIC13.16□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 SPHK2-210ENST00000599748 2683 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.16□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 TMEM63C-201ENST00000298351 5334 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.16□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 CHAF1A-201ENST00000301280 3339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.16□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 F2RL1-201ENST00000296677 2914 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.16□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 MYO3A-201ENST00000265944 5581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.16□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 MUTYH-201ENST00000354383 1744 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC13.16□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 DAND5-202ENST00000585548 1731 ntTSL 1 (best) BASIC13.16□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 ADAM15-201ENST00000271836 2799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.16□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 MYH7-201ENST00000355349 6087 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.16□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 SCNN1A-221ENST00000543768 2361 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.16□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 AC009237.3-202ENST00000608013 3042 ntTSL 1 (best) BASIC13.16□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 AC010460.3-201ENST00000511359 1579 ntBASIC13.16□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 LONP1-213ENST00000590729 2626 ntTSL 1 (best) BASIC13.16□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 RFX1-201ENST00000254325 4332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.16□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 MRPL57-201ENST00000309594 2246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.16□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 MCFD2-201ENST00000319466 4182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.16□□□□□ -0.3
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 48.2 ms