Protein–RNA interactions for Protein: Q70EL1

USP54, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 54, humanhuman

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Length 1,684 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP54Q70EL1 ZNF890P-201ENST00000422060 1352 ntTSL 2 BASIC21.48■■□□□ 1.03
USP54Q70EL1 QSOX1-201ENST00000367600 2519 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
USP54Q70EL1 RTN4-204ENST00000357732 2390 ntTSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
USP54Q70EL1 SF1-203ENST00000377387 2947 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
USP54Q70EL1 TTC8-202ENST00000345383 2329 ntTSL 5 BASIC21.48■■□□□ 1.03
USP54Q70EL1 AAED1-201ENST00000375234 2863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
USP54Q70EL1 MOGS-205ENST00000452063 2568 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
USP54Q70EL1 RGS14-201ENST00000408923 2415 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
USP54Q70EL1 TRPV4-205ENST00000537083 2436 ntTSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
USP54Q70EL1 RASL11B-201ENST00000248706 1995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
USP54Q70EL1 B3GNT9-201ENST00000449549 2917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
USP54Q70EL1 B9D2-201ENST00000243578 1027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
USP54Q70EL1 ECSIT-203ENST00000417981 970 ntTSL 2 BASIC21.47■■□□□ 1.03
USP54Q70EL1 AL929472.3-201ENST00000433474 700 ntTSL 5 BASIC21.47■■□□□ 1.03
USP54Q70EL1 AC104596.2-201ENST00000512793 793 ntBASIC21.47■■□□□ 1.03
USP54Q70EL1 DPF3-210ENST00000556509 1138 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
USP54Q70EL1 AGAP1-213ENST00000619456 1057 ntTSL 5 BASIC21.47■■□□□ 1.03
USP54Q70EL1 ACOXL-201ENST00000340561 2188 ntTSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
USP54Q70EL1 SLC39A13-201ENST00000354884 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
USP54Q70EL1 ATP6V0E2-203ENST00000456496 2722 ntTSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
USP54Q70EL1 ATP6V0E2-213ENST00000615196 2727 ntTSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
USP54Q70EL1 LHCGR-204ENST00000405626 2073 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.47■■□□□ 1.03
USP54Q70EL1 ACBD3-201ENST00000366812 3573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
USP54Q70EL1 UGT3A2-204ENST00000513300 1924 ntTSL 2 BASIC21.47■■□□□ 1.03
USP54Q70EL1 NOV-201ENST00000259526 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
USP54Q70EL1 ISCA1-201ENST00000311534 813 ntTSL 2 BASIC21.47■■□□□ 1.03
USP54Q70EL1 GNB3-202ENST00000435982 1110 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
USP54Q70EL1 SYNPR-202ENST00000450542 1004 ntTSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
USP54Q70EL1 AL122035.1-201ENST00000556640 550 ntTSL 2 BASIC21.47■■□□□ 1.03
USP54Q70EL1 CU634019.7-201ENST00000624153 1185 ntBASIC21.47■■□□□ 1.03
USP54Q70EL1 FP236241.2-201ENST00000624906 1185 ntBASIC21.47■■□□□ 1.03
USP54Q70EL1 RIC8A-217ENST00000626818 159 ntTSL 5 BASIC21.47■■□□□ 1.03
USP54Q70EL1 TMEM132A-202ENST00000453848 3346 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
USP54Q70EL1 GOLGA2-213ENST00000610329 2212 ntTSL 2 BASIC21.46■■□□□ 1.03
USP54Q70EL1 XRCC3-201ENST00000352127 2563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
USP54Q70EL1 NF2-208ENST00000403435 2568 ntTSL 5 BASIC21.46■■□□□ 1.03
USP54Q70EL1 DTX4-204ENST00000532982 1708 ntTSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
USP54Q70EL1 LINC01205-202ENST00000497996 1493 ntTSL 2 BASIC21.46■■□□□ 1.03
USP54Q70EL1 ZNF232-201ENST00000250076 2179 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.46■■□□□ 1.03
USP54Q70EL1 CNGA3-205ENST00000436404 2504 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
USP54Q70EL1 ATP6V1C2-201ENST00000272238 1565 ntTSL 5 BASIC21.46■■□□□ 1.03
USP54Q70EL1 RFC5-204ENST00000454402 1655 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
USP54Q70EL1 HMOX2-205ENST00000458134 1797 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.46■■□□□ 1.03
USP54Q70EL1 CREB3L1-206ENST00000621158 2687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
USP54Q70EL1 GAPDH-201ENST00000229239 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
USP54Q70EL1 TCTN1-202ENST00000397655 1879 ntTSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
USP54Q70EL1 TMEM101-201ENST00000206380 1536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
USP54Q70EL1 AC004803.1-204ENST00000543290 512 ntTSL 4 BASIC21.46■■□□□ 1.03
USP54Q70EL1 TIMM17BP1-201ENST00000545713 516 ntBASIC21.46■■□□□ 1.03
USP54Q70EL1 CMC2-214ENST00000565925 640 ntTSL 5 BASIC21.46■■□□□ 1.03
USP54Q70EL1 AC107373.2-201ENST00000607735 490 ntBASIC21.46■■□□□ 1.03
USP54Q70EL1 AC005252.2-201ENST00000624630 1141 ntBASIC21.46■■□□□ 1.03
USP54Q70EL1 SLC25A3-217ENST00000552981 1351 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
USP54Q70EL1 KTN1-AS1-201ENST00000335142 1465 ntTSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
USP54Q70EL1 NIM1K-201ENST00000326035 2313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
USP54Q70EL1 AC009053.2-201ENST00000563701 2365 ntBASIC21.45■■□□□ 1.02
USP54Q70EL1 CCDC110-201ENST00000307588 2898 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
USP54Q70EL1 CLPTM1L-209ENST00000507807 1740 ntTSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
USP54Q70EL1 CHRD-202ENST00000348986 3155 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.45■■□□□ 1.02
USP54Q70EL1 BLVRB-201ENST00000263368 873 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
USP54Q70EL1 CARTPT-201ENST00000296777 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
USP54Q70EL1 NUDT1-206ENST00000397049 714 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
USP54Q70EL1 Z82214.2-201ENST00000420269 531 ntTSL 4 BASIC21.45■■□□□ 1.02
USP54Q70EL1 USB1-202ENST00000423271 1217 ntTSL 2 BASIC21.45■■□□□ 1.02
USP54Q70EL1 STAG3L5P-205ENST00000473757 1255 ntTSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
USP54Q70EL1 AC106760.1-201ENST00000508690 800 ntBASIC21.45■■□□□ 1.02
USP54Q70EL1 AC136475.5-202ENST00000524824 587 ntTSL 4 BASIC21.45■■□□□ 1.02
USP54Q70EL1 TROAP-207ENST00000548311 623 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.45■■□□□ 1.02
USP54Q70EL1 CMTM3-212ENST00000566121 572 ntTSL 3 BASIC21.45■■□□□ 1.02
USP54Q70EL1 AC005785.1-202ENST00000597164 237 ntTSL 3 BASIC21.45■■□□□ 1.02
USP54Q70EL1 RERG-209ENST00000546331 1383 ntTSL 2 BASIC21.45■■□□□ 1.02
USP54Q70EL1 LINC00323-202ENST00000441268 2095 ntTSL 2 BASIC21.45■■□□□ 1.02
USP54Q70EL1 ITGB2-AS1-202ENST00000441379 2282 ntTSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
USP54Q70EL1 ADAM10-205ENST00000461408 1932 ntTSL 2 BASIC21.45■■□□□ 1.02
USP54Q70EL1 DTX2-202ENST00000413936 2472 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
USP54Q70EL1 ESR2-205ENST00000358599 1899 ntTSL 2 BASIC21.44■■□□□ 1.02
USP54Q70EL1 GNB1-209ENST00000610897 3145 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.44■■□□□ 1.02
USP54Q70EL1 FAM86MP-201ENST00000340703 885 ntBASIC21.44■■□□□ 1.02
USP54Q70EL1 TSPAN32-204ENST00000381121 999 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.44■■□□□ 1.02
USP54Q70EL1 SPEG-202ENST00000396686 1086 ntTSL 3 BASIC21.44■■□□□ 1.02
USP54Q70EL1 AC099336.1-201ENST00000417053 1171 ntBASIC21.44■■□□□ 1.02
USP54Q70EL1 RPL28-204ENST00000431533 590 ntTSL 2 BASIC21.44■■□□□ 1.02
USP54Q70EL1 GEMIN4-202ENST00000437269 1182 ntTSL 2 BASIC21.44■■□□□ 1.02
USP54Q70EL1 AL109811.2-201ENST00000447600 487 ntTSL 3 BASIC21.44■■□□□ 1.02
USP54Q70EL1 AL355994.2-201ENST00000447882 704 ntBASIC21.44■■□□□ 1.02
USP54Q70EL1 KRT90P-201ENST00000549264 1064 ntBASIC21.44■■□□□ 1.02
USP54Q70EL1 RPL28-206ENST00000558752 671 ntTSL 3 BASIC21.44■■□□□ 1.02
USP54Q70EL1 AC133552.6-201ENST00000613406 534 ntBASIC21.44■■□□□ 1.02
USP54Q70EL1 C9orf50-202ENST00000619117 796 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
USP54Q70EL1 CMTM4-201ENST00000330687 3414 ntTSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
USP54Q70EL1 MFSD4A-207ENST00000536357 1841 ntTSL 2 BASIC21.44■■□□□ 1.02
USP54Q70EL1 TP73-213ENST00000604479 1623 ntTSL 5 BASIC21.44■■□□□ 1.02
USP54Q70EL1 CEP76-202ENST00000423709 2197 ntTSL 2 BASIC21.44■■□□□ 1.02
USP54Q70EL1 CYB561D2-202ENST00000418577 1533 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.44■■□□□ 1.02
USP54Q70EL1 AL121723.1-201ENST00000445194 1519 ntBASIC21.44■■□□□ 1.02
USP54Q70EL1 VSIG10L2-202ENST00000638636 2304 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.44■■□□□ 1.02
USP54Q70EL1 TOM1L2-201ENST00000318094 2259 ntTSL 2 BASIC21.44■■□□□ 1.02
USP54Q70EL1 GRAMD2B-218ENST00000542322 2977 ntTSL 2 BASIC21.44■■□□□ 1.02
USP54Q70EL1 MRPL58-201ENST00000301585 890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
USP54Q70EL1 FAM169B-201ENST00000332908 579 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.44■■□□□ 1.02
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