Protein–RNA interactions for Protein: Q96JC1

VPS39, Vam6/Vps39-like protein, humanhuman

Predictions only

Length 886 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS39Q96JC1 PRR15-201ENST00000319694 1678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
VPS39Q96JC1 RUSC1-209ENST00000471876 1749 ntTSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
VPS39Q96JC1 PAUPAR-201ENST00000630360 2965 ntBASIC16.59■□□□□ 0.25
VPS39Q96JC1 ZNF514-201ENST00000295208 3011 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
VPS39Q96JC1 ADAMTS13-201ENST00000355699 4442 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
VPS39Q96JC1 GFOD2-201ENST00000268797 2126 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.25
VPS39Q96JC1 LTF-203ENST00000426532 2494 ntTSL 2 BASIC16.58■□□□□ 0.25
VPS39Q96JC1 GLS2-217ENST00000623608 2518 ntTSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.25
VPS39Q96JC1 ZSWIM8-201ENST00000398706 6062 ntTSL 2 BASIC16.58■□□□□ 0.25
VPS39Q96JC1 FAM109A-203ENST00000547838 2846 ntAPPRIS P3 TSL 4 BASIC16.58■□□□□ 0.25
VPS39Q96JC1 MYCBPAP-203ENST00000436259 3102 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.58■□□□□ 0.24
VPS39Q96JC1 WDR81-204ENST00000419248 3315 ntTSL 2 BASIC16.58■□□□□ 0.24
VPS39Q96JC1 NBEAL2-205ENST00000450053 8827 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.58■□□□□ 0.24
VPS39Q96JC1 TMEM44-201ENST00000330115 1278 ntTSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
VPS39Q96JC1 HCG4-201ENST00000418983 998 ntBASIC16.58■□□□□ 0.24
VPS39Q96JC1 CDK2AP2P3-201ENST00000422476 372 ntBASIC16.58■□□□□ 0.24
VPS39Q96JC1 TXNRD2-212ENST00000485358 850 ntTSL 2 BASIC16.58■□□□□ 0.24
VPS39Q96JC1 EEF1E1-205ENST00000507463 654 ntTSL 2 BASIC16.58■□□□□ 0.24
VPS39Q96JC1 AC068389.2-201ENST00000529518 430 ntTSL 2 BASIC16.58■□□□□ 0.24
VPS39Q96JC1 MRPL49-206ENST00000531705 489 ntTSL 5 BASIC16.58■□□□□ 0.24
VPS39Q96JC1 PLAUR-214ENST00000601723 1205 ntTSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
VPS39Q96JC1 AC008667.4-201ENST00000607370 168 ntBASIC16.58■□□□□ 0.24
VPS39Q96JC1 C1QL3-202ENST00000619991 783 ntTSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
VPS39Q96JC1 TST-204ENST00000622841 1105 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.58■□□□□ 0.24
VPS39Q96JC1 PGM5P2-202ENST00000637225 1043 ntBASIC16.58■□□□□ 0.24
VPS39Q96JC1 LY6E-207ENST00000520466 1419 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.58■□□□□ 0.24
VPS39Q96JC1 NKIRAS1-202ENST00000412028 1605 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.58■□□□□ 0.24
VPS39Q96JC1 FMO5-208ENST00000578284 1784 ntTSL 5 BASIC16.58■□□□□ 0.24
VPS39Q96JC1 CLDN14-204ENST00000399137 1942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
VPS39Q96JC1 GEM-202ENST00000396194 2103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
VPS39Q96JC1 AL445931.1-201ENST00000412181 2112 ntTSL 2 BASIC16.58■□□□□ 0.24
VPS39Q96JC1 NUTM2F-201ENST00000253262 2561 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
VPS39Q96JC1 ELMSAN1-201ENST00000286523 8091 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
VPS39Q96JC1 ZBTB9-201ENST00000395064 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
VPS39Q96JC1 SURF4-207ENST00000545297 2863 ntTSL 2 BASIC16.58■□□□□ 0.24
VPS39Q96JC1 MICALL1-201ENST00000215957 4710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
VPS39Q96JC1 STAT5B-201ENST00000293328 5103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
VPS39Q96JC1 MFSD4B-201ENST00000368847 5958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
VPS39Q96JC1 TMEM30A-201ENST00000230461 4594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
VPS39Q96JC1 SAP130-203ENST00000357702 4173 ntTSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
VPS39Q96JC1 NFATC3-222ENST00000575270 3824 ntTSL 5 BASIC16.57■□□□□ 0.24
VPS39Q96JC1 STARD7-201ENST00000337288 3368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
VPS39Q96JC1 TRIM27-202ENST00000377199 2967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
VPS39Q96JC1 EPN1-203ENST00000411543 2621 ntTSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
VPS39Q96JC1 DIABLO-208ENST00000464942 2569 ntTSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
VPS39Q96JC1 NRSN1-203ENST00000378478 2408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
VPS39Q96JC1 LITAF-201ENST00000339430 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
VPS39Q96JC1 NIM1K-201ENST00000326035 2313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
VPS39Q96JC1 H1F0-201ENST00000340857 2344 ntAPPRIS P1 BASIC16.57■□□□□ 0.24
VPS39Q96JC1 AC024909.3-201ENST00000611513 2257 ntBASIC16.57■□□□□ 0.24
VPS39Q96JC1 ORMDL1-203ENST00000392350 2009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
VPS39Q96JC1 CYP11A1-201ENST00000268053 1934 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
VPS39Q96JC1 SHISA5-209ENST00000443308 1933 ntTSL 2 BASIC16.57■□□□□ 0.24
VPS39Q96JC1 SHMT2-232ENST00000557487 1918 ntTSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
VPS39Q96JC1 REEP2-211ENST00000613650 1944 ntTSL 5 BASIC16.57■□□□□ 0.24
VPS39Q96JC1 LINC01144-201ENST00000626198 1710 ntBASIC16.57■□□□□ 0.24
VPS39Q96JC1 RHOBTB2-206ENST00000522948 4959 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.57■□□□□ 0.24
VPS39Q96JC1 PDXP-202ENST00000403251 1571 ntTSL 2 BASIC16.57■□□□□ 0.24
VPS39Q96JC1 SMIM10-201ENST00000330288 1536 ntAPPRIS P1 BASIC16.57■□□□□ 0.24
VPS39Q96JC1 INS-201ENST00000250971 503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
VPS39Q96JC1 GSTZ1-202ENST00000349555 867 ntTSL 2 BASIC16.57■□□□□ 0.24
VPS39Q96JC1 INIP-202ENST00000374236 874 ntTSL 2 BASIC16.57■□□□□ 0.24
VPS39Q96JC1 KCNAB2-205ENST00000378092 1202 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.57■□□□□ 0.24
VPS39Q96JC1 DNASE1L2-202ENST00000382437 1222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
VPS39Q96JC1 POMC-203ENST00000395826 959 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.57■□□□□ 0.24
VPS39Q96JC1 AC109309.1-201ENST00000418995 435 ntTSL 3 BASIC16.57■□□□□ 0.24
VPS39Q96JC1 C1orf226-202ENST00000426197 1049 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.57■□□□□ 0.24
VPS39Q96JC1 RMDN1-202ENST00000430676 1106 ntTSL 2 BASIC16.57■□□□□ 0.24
VPS39Q96JC1 STARD13-205ENST00000439831 945 ntTSL 2 BASIC16.57■□□□□ 0.24
VPS39Q96JC1 DUSP5P1-201ENST00000441325 1139 ntBASIC16.57■□□□□ 0.24
VPS39Q96JC1 MRPL2-208ENST00000489623 570 ntTSL 2 BASIC16.57■□□□□ 0.24
VPS39Q96JC1 EEF1D-238ENST00000531621 840 ntTSL 3 BASIC16.57■□□□□ 0.24
VPS39Q96JC1 MRPL52-208ENST00000553711 586 ntTSL 3 BASIC16.57■□□□□ 0.24
VPS39Q96JC1 RIN3-211ENST00000557762 517 ntTSL 3 BASIC16.57■□□□□ 0.24
VPS39Q96JC1 BMF-207ENST00000559701 630 ntTSL 3 BASIC16.57■□□□□ 0.24
VPS39Q96JC1 AC008992.1-201ENST00000591132 446 ntTSL 2 BASIC16.57■□□□□ 0.24
VPS39Q96JC1 DIS3-202ENST00000377780 5232 ntTSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
VPS39Q96JC1 FBLN1-202ENST00000327858 2896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
VPS39Q96JC1 CDKN2AIP-203ENST00000504169 2721 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
VPS39Q96JC1 DAGLA-201ENST00000257215 5757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
VPS39Q96JC1 KRT2-201ENST00000309680 2403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
VPS39Q96JC1 TIMM44-201ENST00000270538 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
VPS39Q96JC1 POLR2A-201ENST00000572844 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
VPS39Q96JC1 HAPLN3-201ENST00000359595 1980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
VPS39Q96JC1 TLE6-202ENST00000452088 1883 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
VPS39Q96JC1 SP100-205ENST00000409824 1802 ntTSL 5 BASIC16.56■□□□□ 0.24
VPS39Q96JC1 FAM49B-202ENST00000517654 1817 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.56■□□□□ 0.24
VPS39Q96JC1 ATP6V0E2-AS1-201ENST00000461019 2973 ntTSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
VPS39Q96JC1 EIPR1-202ENST00000398659 1795 ntTSL 5 BASIC16.56■□□□□ 0.24
VPS39Q96JC1 COPS8-202ENST00000392008 1654 ntTSL 2 BASIC16.56■□□□□ 0.24
VPS39Q96JC1 ARVCF-204ENST00000406522 2682 ntTSL 5 BASIC16.56■□□□□ 0.24
VPS39Q96JC1 GCAT-201ENST00000248924 1497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
VPS39Q96JC1 CYP51A1P2-201ENST00000419457 1499 ntBASIC16.56■□□□□ 0.24
VPS39Q96JC1 AP2A2-222ENST00000534328 1491 ntTSL 5 BASIC16.56■□□□□ 0.24
VPS39Q96JC1 NORAD-201ENST00000565493 5339 ntBASIC16.56■□□□□ 0.24
VPS39Q96JC1 HPN-201ENST00000262626 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
VPS39Q96JC1 VSIG10-202ENST00000359236 4946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
VPS39Q96JC1 PDE3A-201ENST00000359062 7576 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
VPS39Q96JC1 KIF25-201ENST00000351261 1326 ntTSL 5 BASIC16.56■□□□□ 0.24
VPS39Q96JC1 IGLL5-203ENST00000532223 1335 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 49.4 ms