Protein–RNA interactions for Protein: Q13263

TRIM28, Transcription intermediary factor 1-beta, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 835 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM28Q13263 PCM1-206ENST00000518537 2171 ntTSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
TRIM28Q13263 AR-207ENST00000612010 3896 ntTSL 5 BASIC20.26■□□□□ 0.83
TRIM28Q13263 SETD3-202ENST00000331768 2878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
TRIM28Q13263 STRN4-201ENST00000263280 3210 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
TRIM28Q13263 SLC39A1-211ENST00000621013 2322 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.26■□□□□ 0.83
TRIM28Q13263 HMGA1-204ENST00000401473 1887 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
TRIM28Q13263 ZNF707-202ENST00000418203 2661 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.26■□□□□ 0.83
TRIM28Q13263 HRASLS5-206ENST00000540857 3032 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
TRIM28Q13263 TUBB3-201ENST00000315491 1769 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
TRIM28Q13263 ETV2-205ENST00000479824 1342 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
TRIM28Q13263 SNAI2-201ENST00000020945 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
TRIM28Q13263 NFIC-201ENST00000341919 1573 ntTSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
TRIM28Q13263 TCF7-204ENST00000395029 3330 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.25■□□□□ 0.83
TRIM28Q13263 DIABLO-206ENST00000443649 2250 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.25■□□□□ 0.83
TRIM28Q13263 MCC-208ENST00000514701 2855 ntTSL 2 BASIC20.25■□□□□ 0.83
TRIM28Q13263 AC106886.4-201ENST00000623557 2502 ntBASIC20.25■□□□□ 0.83
TRIM28Q13263 CCDC28A-201ENST00000332797 1496 ntTSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
TRIM28Q13263 GOLGA6L2-204ENST00000567107 3030 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.25■□□□□ 0.83
TRIM28Q13263 ZGLP1-202ENST00000403903 2303 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
TRIM28Q13263 ME2P1-201ENST00000426028 1970 ntBASIC20.25■□□□□ 0.83
TRIM28Q13263 THOC5-202ENST00000397871 2560 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.25■□□□□ 0.83
TRIM28Q13263 NF2-208ENST00000403435 2568 ntTSL 5 BASIC20.25■□□□□ 0.83
TRIM28Q13263 PRRX1-202ENST00000367760 2217 ntTSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
TRIM28Q13263 C1QTNF1-208ENST00000580474 1600 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
TRIM28Q13263 SNHG22-201ENST00000589499 1615 ntTSL 2 BASIC20.25■□□□□ 0.83
TRIM28Q13263 KDM1A-202ENST00000400181 3059 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
TRIM28Q13263 STXBP3-201ENST00000370008 2478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
TRIM28Q13263 CMA1-201ENST00000206446 633 ntTSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
TRIM28Q13263 MRPL53-201ENST00000258105 1162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
TRIM28Q13263 TOMM5-201ENST00000321301 751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
TRIM28Q13263 VHLL-201ENST00000339922 676 ntAPPRIS P1 BASIC20.25■□□□□ 0.83
TRIM28Q13263 NTMT1-201ENST00000372480 852 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.25■□□□□ 0.83
TRIM28Q13263 AQP7-204ENST00000379506 1062 ntTSL 2 BASIC20.25■□□□□ 0.83
TRIM28Q13263 PIR-201ENST00000380420 1282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
TRIM28Q13263 CCL25-203ENST00000390669 924 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
TRIM28Q13263 MEP1AP4-201ENST00000423244 1087 ntBASIC20.25■□□□□ 0.83
TRIM28Q13263 FXR1-221ENST00000491674 365 ntTSL 2 BASIC20.25■□□□□ 0.83
TRIM28Q13263 AC091133.3-201ENST00000504865 432 ntTSL 5 BASIC20.25■□□□□ 0.83
TRIM28Q13263 YEATS4-202ENST00000548020 1100 ntTSL 2 BASIC20.25■□□□□ 0.83
TRIM28Q13263 PIMREG-202ENST00000570337 891 ntTSL 5 BASIC20.25■□□□□ 0.83
TRIM28Q13263 PIMREG-203ENST00000571373 1002 ntTSL 3 BASIC20.25■□□□□ 0.83
TRIM28Q13263 LINC01975-201ENST00000571890 549 ntTSL 4 BASIC20.25■□□□□ 0.83
TRIM28Q13263 AC007216.4-201ENST00000574364 562 ntTSL 4 BASIC20.25■□□□□ 0.83
TRIM28Q13263 C1QTNF1-212ENST00000583904 1129 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC20.25■□□□□ 0.83
TRIM28Q13263 AC027575.2-201ENST00000585258 1295 ntTSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
TRIM28Q13263 FAM66A-202ENST00000602658 546 ntTSL 5 BASIC20.25■□□□□ 0.83
TRIM28Q13263 DUSP13-214ENST00000607131 1019 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
TRIM28Q13263 ALDH3B1-203ENST00000612297 1231 ntTSL 3 BASIC20.25■□□□□ 0.83
TRIM28Q13263 ASAH1-240ENST00000636997 1774 ntTSL 5 BASIC20.25■□□□□ 0.83
TRIM28Q13263 NCAPH2-205ENST00000420993 2037 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
TRIM28Q13263 SH2D3C-203ENST00000373277 2750 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
TRIM28Q13263 MCM3AP-AS1-202ENST00000420074 1947 ntTSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
TRIM28Q13263 HERPUD2-202ENST00000396081 3057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
TRIM28Q13263 GALNT11-205ENST00000430044 2727 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.25■□□□□ 0.83
TRIM28Q13263 BID-201ENST00000317361 2495 ntTSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
TRIM28Q13263 ISLR2-203ENST00000435464 4259 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.24■□□□□ 0.83
TRIM28Q13263 POLR3E-203ENST00000418581 2529 ntTSL 2 BASIC20.24■□□□□ 0.83
TRIM28Q13263 ACBD3-201ENST00000366812 3573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
TRIM28Q13263 FAM174A-201ENST00000312637 1356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
TRIM28Q13263 DZANK1-202ENST00000329494 1389 ntTSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
TRIM28Q13263 GLMP-213ENST00000612353 1365 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.24■□□□□ 0.83
TRIM28Q13263 GLMP-215ENST00000622703 1364 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.24■□□□□ 0.83
TRIM28Q13263 SLC17A3-202ENST00000360657 1750 ntTSL 2 BASIC20.24■□□□□ 0.83
TRIM28Q13263 UBXN11-205ENST00000374221 1792 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC20.24■□□□□ 0.83
TRIM28Q13263 CYP21A2-221ENST00000418967 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
TRIM28Q13263 SLC12A2-208ENST00000628403 3617 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.24■□□□□ 0.83
TRIM28Q13263 SCYL2-201ENST00000360820 5779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
TRIM28Q13263 CFLAR-214ENST00000443227 1679 ntTSL 2 BASIC20.24■□□□□ 0.83
TRIM28Q13263 KRT8-215ENST00000552150 1687 ntTSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
TRIM28Q13263 NDUFA2-201ENST00000252102 804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
TRIM28Q13263 FLYWCH2-201ENST00000293981 915 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC20.24■□□□□ 0.83
TRIM28Q13263 FOXR1-201ENST00000317011 1159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
TRIM28Q13263 AC098614.1-201ENST00000368528 745 ntBASIC20.24■□□□□ 0.83
TRIM28Q13263 LRCOL1-201ENST00000376608 778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
TRIM28Q13263 WDR45-208ENST00000396681 1146 ntTSL 5 BASIC20.24■□□□□ 0.83
TRIM28Q13263 MRPS6-201ENST00000399312 990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
TRIM28Q13263 SELENOM-201ENST00000400299 694 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
TRIM28Q13263 LINC01273-201ENST00000411453 685 ntTSL 2 BASIC20.24■□□□□ 0.83
TRIM28Q13263 HEBP2-202ENST00000448741 661 ntTSL 5 BASIC20.24■□□□□ 0.83
TRIM28Q13263 HHEX-203ENST00000492654 808 ntTSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
TRIM28Q13263 AC138474.1-201ENST00000586630 523 ntTSL 3 BASIC20.24■□□□□ 0.83
TRIM28Q13263 KLK15-203ENST00000596931 692 ntTSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
TRIM28Q13263 KLK15-204ENST00000598239 855 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
TRIM28Q13263 AC074044.1-201ENST00000609673 707 ntBASIC20.24■□□□□ 0.83
TRIM28Q13263 GTF2H2C-201ENST00000380729 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
TRIM28Q13263 MAP3K8-207ENST00000542547 2782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
TRIM28Q13263 RUSC2-202ENST00000455600 5636 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
TRIM28Q13263 CCDC112-205ENST00000506442 2145 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.24■□□□□ 0.83
TRIM28Q13263 TXNDC2-201ENST00000306084 1873 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
TRIM28Q13263 ESR2-205ENST00000358599 1899 ntTSL 2 BASIC20.24■□□□□ 0.83
TRIM28Q13263 PLA2G2D-202ENST00000617227 1856 ntTSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
TRIM28Q13263 LINC02370-201ENST00000428272 2009 ntTSL 5 BASIC20.24■□□□□ 0.83
TRIM28Q13263 MFSD2A-201ENST00000372809 2173 ntTSL 2 BASIC20.24■□□□□ 0.83
TRIM28Q13263 DNMT3A-205ENST00000402667 2300 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.24■□□□□ 0.83
TRIM28Q13263 Z97205.2-201ENST00000564697 1639 ntBASIC20.24■□□□□ 0.83
TRIM28Q13263 DNAJA4-206ENST00000446172 1399 ntTSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
TRIM28Q13263 AC106820.2-201ENST00000563775 3264 ntBASIC20.23■□□□□ 0.83
TRIM28Q13263 THOC7-201ENST00000295899 990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
TRIM28Q13263 MRPL13-201ENST00000306185 1086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
TRIM28Q13263 NSFL1C-202ENST00000353088 2611 ntTSL 2 BASIC20.23■□□□□ 0.83
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